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| SRR35288390(2133) | SRR35288904(30952) | SRR35288905(40354) | SRR35288911(59817) | SRR35288927(45558) | SRR35294484(53120) | SRR35294647(18456) | SRR35294709(55857) | SRR35294776(13070) | SRR35294878(93216) | SRR35294885(15378) | SRR35295099(64525) | SRR35295109(52962) | |||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ('2024-07-29', '29643.0') | ('2024-07-31', '15000') | ('2024-07-29', '15000.0') | ('2024-07-29', '17571') | ('2024-07-29', '23194') | ('2024-07-29', '18364') | ('2024-07-29', '27857') | ('2024-07-29', '23429') | ('2024-07-29', '16714.0') | ('2024-07-29', '28571') | ('2024-07-29', '25714') | ('2024-07-29', '17601') | ('2024-07-29', '26621') | |||||||||||||||||||||
| Sequences | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Total samples | Positives Sum | Negatives Sum | Total Sum | |||
| 147 | C147A | 3 | 0.300 | 1 | 0.3 | 0 | 0.3 | ||||||||||||||||||||||||||
| linked | 344 | C344T|(ORF1ab_polyprotein:C79T(L27F))|(ORF1a_polyprotein:C79T(L27F)) | 3 | 0.176 | 1 | 0.176 | 0 | 0.176 | |||||||||||||||||||||||||
| 376 | G376A|(ORF1ab_polyprotein:G111A(E37E))|(ORF1a_polyprotein:G111A(E37E)) | 4 | 0.364 | 1 | 0.364 | 0 | 0.364 | ||||||||||||||||||||||||||
| 444 | T444-444del|(ORF1ab_polyprotein:179-179del(60fs))|(ORF1a_polyprotein:179-179del(60fs)) | 6 | 0.857 | 1 | 0.857 | 0 | 0.857 | ||||||||||||||||||||||||||
| 510 | GTCATGTTATGGTT510-523del|(ORF1ab_polyprotein:245-258del(82fs))|(ORF1a_polyprotein:245-258del(82fs)) | 5 | 0.833 | 1 | 0.833 | 0 | 0.833 | ||||||||||||||||||||||||||
| 569 | G569A|(ORF1ab_polyprotein:G304A(E102K))|(ORF1a_polyprotein:G304A(E102K)) | 8 | 1.000 | 1 | 1.0 | 0 | 1.0 | ||||||||||||||||||||||||||
| 711 | T711C|(ORF1ab_polyprotein:T446C(L149P))|(ORF1a_polyprotein:T446C(L149P)) | 48 | 0.043 | 111 | 0.163 | 1 | 0.001 | 1 | 0.001 | 4 | 0.20600000000000002 | 0.002 | 0.20800000000000002 | ||||||||||||||||||||
| 721 | T721A|(ORF1ab_polyprotein:T456A(D152E))|(ORF1a_polyprotein:T456A(D152E)) | 103 | 0.087 | 161 | 0.200 | 1 | 0.001 | 1 | 0.000 | 4 | 0.28700000000000003 | 0.001 | 0.28800000000000003 | ||||||||||||||||||||
| 786 | T786C|(ORF1ab_polyprotein:T521C(M174T))|(ORF1a_polyprotein:T521C(M174T)) | 125 | 0.109 | 420 | 0.530 | 1 | 0.001 | 1 | 0.003 | 4 | 0.639 | 0.004 | 0.643 | ||||||||||||||||||||
| 795 | T795C|(ORF1ab_polyprotein:T530C(L177P))|(ORF1a_polyprotein:T530C(L177P)) | 227 | 0.262 | 1 | 0.001 | 1 | 0.000 | 3 | 0.262 | 0.001 | 0.263 | ||||||||||||||||||||||
| 888 | C888T|(ORF1ab_polyprotein:C623T(A208V))|(ORF1a_polyprotein:C623T(A208V)) | 475 | 0.331 | 2 | 0.001 | 2 | 0.331 | 0.001 | 0.332 | ||||||||||||||||||||||||
| linked | 897 | C897A|(ORF1ab_polyprotein:C632A(A211D))|(ORF1a_polyprotein:C632A(A211D)) | 957 | 0.651 | 37 | 0.030 | 978 | 0.996 | 995 | 0.996 | 1608 | 1.000 | 1905 | 0.997 | 2678 | 0.999 | 448 | 0.998 | 1799 | 0.997 | 9 | 0.681 | 6.983 | 7.664 | |||||||||
| 942 | G942A|(ORF1ab_polyprotein:G677A(R226K))|(ORF1a_polyprotein:G677A(R226K)) | 250 | 0.336 | 600 | 0.909 | 1 | 0.001 | 3 | 1.245 | 0.001 | 1.246 | ||||||||||||||||||||||
| 1088 | T1088A|(ORF1ab_polyprotein:T823A(F275I))|(ORF1a_polyprotein:T823A(F275I)) | 9 | 0.750 | 1 | 0.75 | 0 | 0.75 | ||||||||||||||||||||||||||
| 1099 | T1099C|(ORF1ab_polyprotein:T834C(N278N))|(ORF1a_polyprotein:T834C(N278N)) | 11 | 0.917 | 1 | 0.917 | 0 | 0.917 | ||||||||||||||||||||||||||
| 1419 | C1419G|(ORF1ab_polyprotein:C1154G(A385G))|(ORF1a_polyprotein:C1154G(A385G)) | 1 | 1.000 | 1 | 1.0 | 0 | 1.0 | ||||||||||||||||||||||||||
| 1628 | C1628A|(ORF1ab_polyprotein:CAA1363-1365AAC(Q455N))|(ORF1a_polyprotein:CAA1363-1365AAC(Q455N)) | 3 | 0.250 | 1 | 0.25 | 0 | 0.25 | ||||||||||||||||||||||||||
| 1630 | A1630C|(ORF1ab_polyprotein:CAA1363-1365AAC(Q455N))|(ORF1a_polyprotein:CAA1363-1365AAC(Q455N)) | 3 | 0.250 | 1 | 0.25 | 0 | 0.25 | ||||||||||||||||||||||||||
| 1703 | T1703C|(ORF1ab_polyprotein:T1438C(F480L))|(ORF1a_polyprotein:T1438C(F480L)) | 3 | 0.250 | 1 | 0.25 | 0 | 0.25 | ||||||||||||||||||||||||||
| 1710 | C1710T|(ORF1ab_polyprotein:C1445T(A482V))|(ORF1a_polyprotein:C1445T(A482V)) | 7 | 0.233 | 1 | 0.233 | 0 | 0.233 | ||||||||||||||||||||||||||
| 2037 | RATG13 | C2037T|(ORF1ab_polyprotein:C1772T(A591V))|(ORF1a_polyprotein:C1772T(A591V)) | 30 | 0.395 | 1 | 0.003 | 2 | 0.395 | 0.003 | 0.398 | |||||||||||||||||||||||
| 2485 | RATG13 | C2485T|(ORF1ab_polyprotein:C2220T(I740I))|(ORF1a_polyprotein:C2220T(I740I)) | 2 | 0.250 | 1 | 0.25 | 0 | 0.25 | |||||||||||||||||||||||||
| 2494 | G2494T|(ORF1ab_polyprotein:G2229T(E743D))|(ORF1a_polyprotein:G2229T(E743D)) | 1 | 0.500 | 1 | 0.5 | 0 | 0.5 | ||||||||||||||||||||||||||
| 2534 | G2534A|(ORF1ab_polyprotein:G2269A(V757I))|(ORF1a_polyprotein:G2269A(V757I)) | 1 | 0.500 | 1 | 0.250 | 2 | 0.75 | 0 | 0.75 | ||||||||||||||||||||||||
| 2551 | T2551C|(ORF1ab_polyprotein:T2286C(D762D))|(ORF1a_polyprotein:T2286C(D762D)) | 2 | 0.500 | 1 | 0.5 | 0 | 0.5 | ||||||||||||||||||||||||||
| 2570 | C2570T|(ORF1ab_polyprotein:C2305T(P769S))|(ORF1a_polyprotein:C2305T(P769S)) | 1 | 0.333 | 1 | 0.333 | 2 | 0.666 | 0 | 0.666 | ||||||||||||||||||||||||
| ubiq | 3037 | RATG13,Delta | C3037T|(ORF1ab_polyprotein:C2772T(F924F))|(ORF1a_polyprotein:C2772T(F924F)) | 9 | 1.000 | 18 | 1.000 | 33 | 1.000 | 43 | 1.000 | 52 | 1.000 | 1 | 1.000 | 11 | 1.000 | 7 | 1.000 | 17 | 1.000 | 27 | 1.000 | 24 | 0.960 | 11 | 2.0 | 8.96 | 10.96 | ||||
| 3177 | C3177T|(ORF1ab_polyprotein:C2912T(P971L))|(ORF1a_polyprotein:C2912T(P971L)) | 4 | 0.571 | 9 | 1.000 | 2 | 1.571 | 0 | 1.571 | ||||||||||||||||||||||||
| 3562 | G3562A|(ORF1ab_polyprotein:G3297A(V1099V))|(ORF1a_polyprotein:G3297A(V1099V)) | 7 | 0.304 | 1 | 0.304 | 0 | 0.304 | ||||||||||||||||||||||||||
| 3695 | C3695T|(ORF1ab_polyprotein:C3430T(L1144L))|(ORF1a_polyprotein:C3430T(L1144L)) | 19 | 0.365 | 1 | 0.365 | 0 | 0.365 | ||||||||||||||||||||||||||
| 3743 | C3743T|(ORF1ab_polyprotein:C3478T(H1160Y))|(ORF1a_polyprotein:C3478T(H1160Y)) | 17 | 0.567 | 1 | 0.567 | 0 | 0.567 | ||||||||||||||||||||||||||
| 3927 | C3927T|(ORF1ab_polyprotein:C3662T(S1221L))|(ORF1a_polyprotein:C3662T(S1221L)) | 2 | 0.667 | 1 | 0.667 | 0 | 0.667 | ||||||||||||||||||||||||||
| 4181 | G4181A|(ORF1ab_polyprotein:G3916A(A1306T))|(ORF1a_polyprotein:G3916A(A1306T)) | 34 | 0.607 | 119 | 0.672 | 2 | 1.279 | 0 | 1.279 | ||||||||||||||||||||||||
| 4321 | C4321A|(ORF1ab_polyprotein:C4056A(A1352A))|(ORF1a_polyprotein:C4056A(A1352A)) | 45 | 0.634 | 109 | 0.703 | 2 | 1.337 | 0 | 1.337 | ||||||||||||||||||||||||
| 5182 | T5182G|(ORF1ab_polyprotein:T4917G(D1639E))|(ORF1a_polyprotein:T4917G(D1639E)) | 4 | 0.444 | 1 | 0.014 | 2 | 0.444 | 0.014 | 0.458 | ||||||||||||||||||||||||
| 5225 | 5225-insertA|(ORF1ab_polyprotein:4960insertA(1654fs))|(ORF1a_polyprotein:4960insertA(1654fs)) | 3 | 0.250 | 1 | 0.25 | 0 | 0.25 | ||||||||||||||||||||||||||
| 5309 | A5309G|(ORF1ab_polyprotein:A5044G(T1682A))|(ORF1a_polyprotein:A5044G(T1682A)) | 1 | 0.500 | 1 | 0.062 | 2 | 0.562 | 0 | 0.562 | ||||||||||||||||||||||||
| 5431 | A5431G|(ORF1ab_polyprotein:A5166G(V1722V))|(ORF1a_polyprotein:A5166G(V1722V)) | 13 | 0.224 | 1 | 0.224 | 0 | 0.224 | ||||||||||||||||||||||||||
| 5455 | A5455C|(ORF1ab_polyprotein:A5190C(E1730D))|(ORF1a_polyprotein:A5190C(E1730D)) | 65 | 0.774 | 1 | 0.774 | 0 | 0.774 | ||||||||||||||||||||||||||
| 5600 | RATG13 | T5600C|(ORF1ab_polyprotein:T5335C(F1779L))|(ORF1a_polyprotein:T5335C(F1779L)) | 53 | 0.707 | 1 | 0.707 | 0 | 0.707 | |||||||||||||||||||||||||
| 5648 | RATG13 | A5648C|(ORF1ab_polyprotein:A5383C(K1795Q))|(ORF1a_polyprotein:A5383C(K1795Q)) | 50 | 0.735 | 1 | 0.735 | 0 | 0.735 | |||||||||||||||||||||||||
| 5831 | T5831C|(ORF1ab_polyprotein:T5566C(S1856P))|(ORF1a_polyprotein:T5566C(S1856P)) | 5 | 0.833 | 1 | 0.833 | 0 | 0.833 | ||||||||||||||||||||||||||
| 5878 | RATG13 | C5878T|(ORF1ab_polyprotein:C5613T(N1871N))|(ORF1a_polyprotein:C5613T(N1871N)) | 2 | 0.333 | 1 | 0.333 | 0 | 0.333 | |||||||||||||||||||||||||
| 6283 | RATG13 | T6283C|(ORF1ab_polyprotein:T6018C(N2006N))|(ORF1a_polyprotein:T6018C(N2006N)) | 135 | 0.567 | 1 | 0.567 | 0 | 0.567 | |||||||||||||||||||||||||
| 6317 | C6317T|(ORF1ab_polyprotein:C6052T(P2018S))|(ORF1a_polyprotein:C6052T(P2018S)) | 130 | 0.344 | 1 | 0.344 | 0 | 0.344 | ||||||||||||||||||||||||||
| 6336 | C6336T|(ORF1ab_polyprotein:C6071T(S2024L))|(ORF1a_polyprotein:C6071T(S2024L)) | 19 | 0.088 | 426 | 0.957 | 1 | 0.002 | 3 | 1.045 | 0.002 | 1.047 | ||||||||||||||||||||||
| 6513 | GTT6513-6515del|(ORF1ab_polyprotein:AGTTTA6247-6252ATAdel(SL2083-2084Idel))|(ORF1a_polyprotein:AGTTTA6247-6252ATAdel(SL2083-2084Idel)) | 7 | 0.043 | 335 | 0.923 | 2 | 0.9660000000000001 | 0 | 0.9660000000000001 | ||||||||||||||||||||||||
| 6527 | GAAGAGGTTGGCCACACAGATCTAATGGCTGCTTATGTAGACAATTCTAGTCTTACTATTAAGAAACCTAATGAATTATCTAGAGTATTAGGTTT6527-6621del|(ORF1ab_polyprotein:6262-6356del(2088fs))|(ORF1a_polyprotein:6262-6356del(2088fs)) | 2 | 1.000 | 1 | 1.0 | 0 | 1.0 | ||||||||||||||||||||||||||
| 6593 | C6593A|(ORF1ab_polyprotein:C6328A(P2110T))|(ORF1a_polyprotein:C6328A(P2110T)) | 8 | 0.333 | 1 | 0.333 | 0 | 0.333 | ||||||||||||||||||||||||||
| 6656 | A6656-6656del|(ORF1ab_polyprotein:6391-6391del(2131fs))|(ORF1a_polyprotein:6391-6391del(2131fs)) | 6 | 0.300 | 1 | 0.3 | 0 | 0.3 | ||||||||||||||||||||||||||
| linked | 6659 | A6659T|(ORF1ab_polyprotein:A6394T(S2132C))|(ORF1a_polyprotein:A6394T(S2132C)) | 1 | 0.100 | 1 | 0.1 | 0 | 0.1 | |||||||||||||||||||||||||
| 6696 | C6696A|(ORF1ab_polyprotein:C6431A(P2144H))|(ORF1a_polyprotein:C6431A(P2144H)) | 1 | 0.250 | 1 | 0.25 | 0 | 0.25 | ||||||||||||||||||||||||||
| 6761 | A6761T|(ORF1ab_polyprotein:A6496T(T2166S))|(ORF1a_polyprotein:A6496T(T2166S)) | 1 | 0.333 | 1 | 0.333 | 0 | 0.333 | ||||||||||||||||||||||||||
| 6762 | C6762T|(ORF1ab_polyprotein:C6497T(T2166I))|(ORF1a_polyprotein:C6497T(T2166I)) | 6 | 1.000 | 1 | 1.0 | 0 | 1.0 | ||||||||||||||||||||||||||
| 6913 | T6913C|(ORF1ab_polyprotein:T6648C(N2216N))|(ORF1a_polyprotein:T6648C(N2216N)) | 215 | 0.348 | 1 | 0.002 | 1 | 0.001 | 1 | 0.000 | 4 | 0.348 | 0.003 | 0.351 | ||||||||||||||||||||
| 7295 | G7295A|(ORF1ab_polyprotein:G7030A(A2344T))|(ORF1a_polyprotein:G7030A(A2344T)) | 1 | 1.000 | 1 | 1.0 | 0 | 1.0 | ||||||||||||||||||||||||||
| 7452 | G7452T|(ORF1ab_polyprotein:G7187T(S2396I))|(ORF1a_polyprotein:G7187T(S2396I)) | 1 | 1.000 | 1 | 1.0 | 0 | 1.0 | ||||||||||||||||||||||||||
| 7834 | C7834T|(ORF1ab_polyprotein:C7569T(N2523N))|(ORF1a_polyprotein:C7569T(N2523N)) | 13 | 0.765 | 1 | 0.014 | 2 | 0.765 | 0.014 | 0.779 | ||||||||||||||||||||||||
| ubiq | 8393 | G8393A|(ORF1ab_polyprotein:G8128A(A2710T))|(ORF1a_polyprotein:G8128A(A2710T)) | 105 | 0.991 | 214 | 1.000 | 436 | 0.995 | 138 | 0.993 | 219 | 0.995 | 268 | 1.000 | 565 | 0.995 | 99 | 1.000 | 670 | 0.985 | 9 | 1.991 | 6.963 | 8.954 | |||||||||
| 8634 | T8634C|(ORF1ab_polyprotein:T8369C(I2790T))|(ORF1a_polyprotein:T8369C(I2790T)) | 8 | 0.667 | 1 | 0.667 | 0 | 0.667 | ||||||||||||||||||||||||||
| 8863 | G8863A|(ORF1ab_polyprotein:G8598A(V2866V))|(ORF1a_polyprotein:G8598A(V2866V)) | 3 | 0.273 | 1 | 0.273 | 0 | 0.273 | ||||||||||||||||||||||||||
| 8894 | A8894G|(ORF1ab_polyprotein:A8629G(T2877A))|(ORF1a_polyprotein:A8629G(T2877A)) | 5 | 0.714 | 1 | 0.714 | 0 | 0.714 | ||||||||||||||||||||||||||
| 9042 | C9042T|(ORF1ab_polyprotein:C8777T(S2926F))|(ORF1a_polyprotein:C8777T(S2926F)) | 3 | 0.600 | 1 | 0.6 | 0 | 0.6 | ||||||||||||||||||||||||||
| 9269 | G9269T|(ORF1ab_polyprotein:G9004T(G3002C))|(ORF1a_polyprotein:G9004T(G3002C)) | 1 | 0.250 | 1 | 0.25 | 0 | 0.25 | ||||||||||||||||||||||||||
| linked | 9315 | T9315G|(ORF1ab_polyprotein:T9050G(V3017G))|(ORF1a_polyprotein:T9050G(V3017G)) | 1 | 0.125 | 1 | 0.056 | 2 | 0.125 | 0.056 | 0.181 | |||||||||||||||||||||||
| 9756 | G9756A|(ORF1ab_polyprotein:G9491A(R3164H))|(ORF1a_polyprotein:G9491A(R3164H)) | 28 | 0.718 | 1 | 0.718 | 0 | 0.718 | ||||||||||||||||||||||||||
| 10012 | T10012A|(ORF1ab_polyprotein:T9747A(L3249L))|(ORF1a_polyprotein:T9747A(L3249L)) | 1 | 1.000 | 2 | 0.667 | 2 | 1.667 | 0 | 1.667 | ||||||||||||||||||||||||
| linkedubiq | 10029 | C10029T|(ORF1ab_polyprotein:C9764T(T3255I))|(ORF1a_polyprotein:C9764T(T3255I)) | 1 | 1.000 | 2 | 1.000 | 6 | 1.000 | 2 | 1.000 | 7 | 1.000 | 2 | 1.000 | 3 | 1.000 | 1 | 1.000 | 14 | 1.000 | 9 | 2.0 | 7.0 | 9.0 | |||||||||
| 10078 | C10078T|(ORF1ab_polyprotein:C9813T(F3271F))|(ORF1a_polyprotein:C9813T(F3271F)) | 1 | 0.333 | 1 | 0.333 | 0 | 0.333 | ||||||||||||||||||||||||||
| ubiq | 10449 | C10449A|(ORF1ab_polyprotein:C10184A(P3395H))|(ORF1a_polyprotein:C10184A(P3395H)) | 160 | 1.000 | 344 | 1.000 | 478 | 1.000 | 284 | 0.993 | 326 | 1.000 | 211 | 1.000 | 163 | 0.988 | 131 | 1.000 | 698 | 0.999 | 258 | 1.000 | 1607 | 0.999 | 11 | 2.0 | 8.979 | 10.979 | |||||
| 10717 | T10717C|(ORF1ab_polyprotein:T10452C(N3484N))|(ORF1a_polyprotein:T10452C(N3484N)) | 12 | 0.235 | 36 | 0.429 | 2 | 0.6639999999999999 | 0 | 0.6639999999999999 | ||||||||||||||||||||||||
| 10875 | A10875G|(ORF1ab_polyprotein:A10610G(N3537S))|(ORF1a_polyprotein:A10610G(N3537S)) | 10 | 0.323 | 1 | 0.323 | 0 | 0.323 | ||||||||||||||||||||||||||
| 11081 | RATG13 | T11081G|(ORF1ab_polyprotein:T10816G(L3606V))|(ORF1a_polyprotein:T10816G(L3606V)) | 1 | 0.019 | 78 | 0.765 | 2 | 0.784 | 0 | 0.784 | |||||||||||||||||||||||
| 11109 | C11109T|(ORF1ab_polyprotein:C10844T(A3615V))|(ORF1a_polyprotein:C10844T(A3615V)) | 56 | 0.528 | 1 | 0.528 | 0 | 0.528 | ||||||||||||||||||||||||||
| 11199 | C11199T|(ORF1ab_polyprotein:C10934T(A3645V))|(ORF1a_polyprotein:C10934T(A3645V)) | 1 | 0.043 | 69 | 0.812 | 2 | 0.8550000000000001 | 0 | 0.8550000000000001 | ||||||||||||||||||||||||
| 11278 | T11278C|(ORF1ab_polyprotein:T11013C(D3671D))|(ORF1a_polyprotein:T11013C(D3671D)) | 13 | 0.232 | 197 | 0.727 | 2 | 0.959 | 0 | 0.959 | ||||||||||||||||||||||||
| 11283 | GTTTGTCTG11283-11291del|(ORF1ab_polyprotein:AGTTTGTCTGGT11017-11028AGTdel(SLSG3673-3676Sdel))|(ORF1a_polyprotein:AGTTTGTCTGGT11017-11028AGTdel(SLSG3673-3676Sdel)) | 12 | 0.250 | 184 | 0.814 | 2 | 1.064 | 0 | 1.064 | ||||||||||||||||||||||||
| 11537 | A11537G|(ORF1ab_polyprotein:A11272G(I3758V))|(ORF1a_polyprotein:A11272G(I3758V)) | 1 | 0.500 | 1 | 0.5 | 0 | 0.5 | ||||||||||||||||||||||||||
| 11615 | T11615C|(ORF1ab_polyprotein:T11350C(C3784R))|(ORF1a_polyprotein:T11350C(C3784R)) | 1 | 1.000 | 1 | 1.0 | 0 | 1.0 | ||||||||||||||||||||||||||
| 11875 | A11875G|(ORF1ab_polyprotein:A11610G(V3870V))|(ORF1a_polyprotein:A11610G(V3870V)) | 9 | 0.529 | 1 | 0.529 | 0 | 0.529 | ||||||||||||||||||||||||||
| 11950 | C11950T|(ORF1ab_polyprotein:C11685T(H3895H))|(ORF1a_polyprotein:C11685T(H3895H)) | 14 | 0.636 | 1 | 0.636 | 0 | 0.636 | ||||||||||||||||||||||||||
| 12525 | C12525T|(ORF1ab_polyprotein:C12260T(T4087I))|(ORF1a_polyprotein:C12260T(T4087I)) | 10 | 0.455 | 1 | 0.455 | 0 | 0.455 | ||||||||||||||||||||||||||
| ubiq | 12815 | RATG13 | C12815T|(ORF1ab_polyprotein:C12550T(L4184L))|(ORF1a_polyprotein:C12550T(L4184L)) | 2 | 1.000 | 32 | 0.941 | 11 | 1.000 | 6 | 1.000 | 11 | 1.000 | 13 | 1.000 | 11 | 0.917 | 7 | 1.9409999999999998 | 4.917 | 6.858 | ||||||||||||
| 13137 | T13137A|(ORF1ab_polyprotein:T12872A(I4291N))|(ORF1a_polyprotein:T12872A(I4291N)) | 1 | 1.000 | 1 | 1.0 | 0 | 1.0 | ||||||||||||||||||||||||||
| 13150 | T13150G|(ORF1ab_polyprotein:T12885G(V4295V))|(ORF1a_polyprotein:T12885G(V4295V)) | 1 | 0.500 | 1 | 0.5 | 0 | 0.5 | ||||||||||||||||||||||||||
| 13195 | T13195C|(ORF1ab_polyprotein:T12930C(V4310V))|(ORF1a_polyprotein:T12930C(V4310V)) | 1 | 0.333 | 1 | 0.333 | 0 | 0.333 | ||||||||||||||||||||||||||
| 13296 | A13296C|(ORF1ab_polyprotein:A13031C(D4344A))|(ORF1a_polyprotein:A13031C(D4344A)) | 1 | 1.000 | 1 | 1.0 | 0 | 1.0 | ||||||||||||||||||||||||||
| 13427 | G13427A|(ORF1ab_polyprotein:G13162A(E4388K))|(ORF1a_polyprotein:G13162A(E4388K)) | 1 | 1.000 | 1 | 1.0 | 0 | 1.0 | ||||||||||||||||||||||||||
| 13560 | T13560C|(ORF1ab_polyprotein:T13296C(D4432D)) | 93 | 0.220 | 1 | 0.003 | 2 | 0.22 | 0.003 | 0.223 | ||||||||||||||||||||||||
| 14107 | A14107C|(ORF1ab_polyprotein:A13843C(I4615L)) | 2 | 1.000 | 1 | 1.0 | 0 | 1.0 | ||||||||||||||||||||||||||
| 14116 | A14116G|(ORF1ab_polyprotein:A13852G(T4618A)) | 7 | 0.233 | 1 | 0.233 | 0 | 0.233 | ||||||||||||||||||||||||||
| 14126 | G14126A|(ORF1ab_polyprotein:G13862A(S4621N)) | 33 | 0.717 | 1 | 0.717 | 0 | 0.717 | ||||||||||||||||||||||||||
| 14408 | C14408A|(ORF1ab_polyprotein:C14144A(P4715H)) | 6 | 0.316 | 1 | 0.316 | 0 | 0.316 | ||||||||||||||||||||||||||
| 14558 | T14558A|(ORF1ab_polyprotein:T14294A(V4765E)) | 1 | 0.250 | 1 | 0.25 | 0 | 0.25 | ||||||||||||||||||||||||||
| 14698 | T14698A|(ORF1ab_polyprotein:T14434A(Y4812N)) | 1 | 1.000 | 1 | 1.0 | 0 | 1.0 | ||||||||||||||||||||||||||
| 14868 | T14868A|(ORF1ab_polyprotein:T14604A(V4868V)) | 4 | 0.308 | 1 | 0.308 | 0 | 0.308 | ||||||||||||||||||||||||||
| 15240 | C15240T|(ORF1ab_polyprotein:C14976T(N4992N)) | 125 | 0.762 | 1 | 0.002 | 2 | 0.762 | 0.002 | 0.764 | ||||||||||||||||||||||||
| 15640 | A15640G|(ORF1ab_polyprotein:A15376G(N5126D)) | 11 | 0.077 | 68 | 0.673 | 2 | 0.75 | 0 | 0.75 | ||||||||||||||||||||||||
| 15656 | C15656T|(ORF1ab_polyprotein:C15392T(T5131I)) | 13 | 0.091 | 60 | 0.638 | 2 | 0.729 | 0 | 0.729 | ||||||||||||||||||||||||
| 16175 | C16175A|(ORF1ab_polyprotein:C15911A(T5304N)) | 53 | 0.189 | 159 | 0.674 | 2 | 0.863 | 0 | 0.863 | ||||||||||||||||||||||||
| 16926 | T16926C|(ORF1ab_polyprotein:T16662C(H5554H)) | 45 | 0.134 | 37 | 0.135 | 2 | 0.269 | 0 | 0.269 | ||||||||||||||||||||||||
| 17236 | A17236G|(ORF1ab_polyprotein:A16972G(I5658V)) | 61 | 0.389 | 246 | 0.882 | 2 | 1.271 | 0 | 1.271 | ||||||||||||||||||||||||
| 17322 | A17322G|(ORF1ab_polyprotein:A17058G(A5686A)) | 2 | 0.008 | 111 | 0.771 | 2 | 0.779 | 0 | 0.779 | ||||||||||||||||||||||||
| 18139 | 18139-insertA|(ORF1ab_polyprotein:17875insertA(5959fs)) | 2 | 0.286 | 1 | 0.286 | 0 | 0.286 | ||||||||||||||||||||||||||
| linked | 18163 | A18163G|(ORF1ab_polyprotein:A17899G(I5967V)) | 6 | 1.000 | 2 | 0.125 | 28 | 1.000 | 10 | 1.000 | 2 | 1.000 | 13 | 1.000 | 11 | 1.000 | 52 | 1.000 | 33 | 1.000 | 18 | 1.000 | 10 | 1.125 | 8.0 | 9.125 | |||||||
| 18306 | RATG13 | C18306T|(ORF1ab_polyprotein:C18042T(F6014F)) | 3 | 0.273 | 1 | 0.273 | 0 | 0.273 | |||||||||||||||||||||||||
| 19287 | T19287C|(ORF1ab_polyprotein:T19023C(G6341G)) | 2 | 0.222 | 58 | 0.707 | 1 | 0.006 | 3 | 0.9289999999999999 | 0.006 | 0.9349999999999999 | ||||||||||||||||||||||
| 19290 | C19290T|(ORF1ab_polyprotein:C19026T(G6342G)) | 2 | 0.222 | 1 | 0.222 | 0 | 0.222 | ||||||||||||||||||||||||||
| 19493 | G19493A|(ORF1ab_polyprotein:G19229A(R6410K)) | 48 | 0.212 | 1 | 0.212 | 0 | 0.212 | ||||||||||||||||||||||||||
| 19538 | T19538C|(ORF1ab_polyprotein:T19274C(M6425T)) | 55 | 0.417 | 1 | 0.002 | 2 | 0.417 | 0.002 | 0.419 | ||||||||||||||||||||||||
| 19718 | C19718T|(ORF1ab_polyprotein:C19454T(T6485I)) | 31 | 0.564 | 1 | 0.564 | 0 | 0.564 | ||||||||||||||||||||||||||
| 19722 | A19722G|(ORF1ab_polyprotein:A19458G(K6486K)) | 24 | 0.436 | 33 | 0.277 | 2 | 0.7130000000000001 | 0 | 0.7130000000000001 | ||||||||||||||||||||||||
| 20404 | C20404T|(ORF1ab_polyprotein:C20140T(P6714S)) | 3 | 0.600 | 1 | 0.6 | 0 | 0.6 | ||||||||||||||||||||||||||
| 20411 | A20411C|(ORF1ab_polyprotein:A20147C(E6716A)) | 4 | 0.500 | 1 | 0.5 | 0 | 0.5 | ||||||||||||||||||||||||||
| 20846 | A20846G|(ORF1ab_polyprotein:A20582G(Y6861C)) | 8 | 0.250 | 1 | 0.25 | 0 | 0.25 | ||||||||||||||||||||||||||
| linked | 20976 | T20976A|(ORF1ab_polyprotein:T20712A(D6904E)) | 1 | 0.023 | 1 | 0.023 | 0 | 0.023 | |||||||||||||||||||||||||
| linked | 20985 | A20985C|(ORF1ab_polyprotein:A20721C(S6907S)) | 1 | 0.028 | 1 | 0.028 | 0 | 0.028 | |||||||||||||||||||||||||
| linked | 20988 | T20988A|(ORF1ab_polyprotein:T20724A(T6908T)) | 1 | 0.034 | 1 | 0.034 | 0 | 0.034 | |||||||||||||||||||||||||
| linked | 21010 | G21010T|(ORF1ab_polyprotein:G20746T(V6916L)) | 1 | 0.062 | 1 | 0.062 | 0 | 0.062 | |||||||||||||||||||||||||
| 21021 | T21021A|(ORF1ab_polyprotein:T20757A(A6919A)) | 1 | 0.500 | 1 | 0.5 | 0 | 0.5 | ||||||||||||||||||||||||||
| 21430 | G21430T|(ORF1ab_polyprotein:G21166T(A7056S)) | 7 | 0.206 | 1 | 0.206 | 0 | 0.206 | ||||||||||||||||||||||||||
| 21587 | C21587A|(surface_glycoprotein:C25A(P9T)) | 25 | 0.581 | 1 | 0.581 | 0 | 0.581 | ||||||||||||||||||||||||||
| linked | 21618 | C21618T|(surface_glycoprotein:C56T(T19I)) | 7 | 0.412 | 2 | 0.059 | 20 | 1.000 | 30 | 1.000 | 7 | 1.000 | 2 | 1.000 | 3 | 1.000 | 63 | 1.000 | 16 | 1.000 | 9 | 0.471 | 7.0 | 7.471 | |||||||||
| linked | 21622 | RATG13 | C21622T|(surface_glycoprotein:C60T(T20T)) | 7 | 0.500 | 2 | 0.050 | 20 | 1.000 | 30 | 1.000 | 7 | 1.000 | 2 | 1.000 | 3 | 1.000 | 63 | 1.000 | 16 | 1.000 | 9 | 0.55 | 7.0 | 7.55 | ||||||||
| linked | 21624 | G21624C|(surface_glycoprotein:G62C(R21T)) | 7 | 0.500 | 2 | 0.042 | 20 | 1.000 | 30 | 1.000 | 7 | 1.000 | 2 | 1.000 | 3 | 1.000 | 63 | 1.000 | 16 | 1.000 | 9 | 0.542 | 7.0 | 7.542 | |||||||||
| 21633 | T21633C|(surface_glycoprotein:T71C(L24S)) | 7 | 0.500 | 10 | 0.208 | 2 | 0.708 | 0 | 0.708 | ||||||||||||||||||||||||
| 21634 | ACCCCCTGC21634-21642del|(surface_glycoprotein:TTACCCCCTGCA70-81TTAdel(LPPA24-27Ldel)) | 4 | 0.286 | 1 | 0.286 | 0 | 0.286 | ||||||||||||||||||||||||||
| linked | 21711 | RATG13 | C21711T|(surface_glycoprotein:C149T(S50L)) | 10 | 1.000 | 32 | 0.865 | 11 | 1.000 | 9 | 1.000 | 9 | 1.000 | 3 | 1.000 | 26 | 1.000 | 15 | 1.000 | 8 | 1.865 | 6.0 | 7.865 | ||||||||||
| 21762 | C21762T|(surface_glycoprotein:C200T(A67V)) | 25 | 0.962 | 1 | 0.962 | 0 | 0.962 | ||||||||||||||||||||||||||
| linkedubiq | 21765 | TACATG21765-21770del|(surface_glycoprotein:ATACATGTC202-210ATCdel(IHV68-70Idel)) | 6 | 1.000 | 19 | 1.000 | 5 | 1.000 | 6 | 1.000 | 4 | 1.000 | 1 | 1.000 | 19 | 1.000 | 7 | 1.000 | 8 | 2.0 | 6.0 | 8.0 | |||||||||||
| 21788 | A21788G|(surface_glycoprotein:ACT226-228GTT(T76V)) | 4 | 0.211 | 1 | 0.211 | 0 | 0.211 | ||||||||||||||||||||||||||
| 21789 | RATG13 | C21789T|(surface_glycoprotein:ACT226-228GTT(T76V)) | 4 | 0.211 | 1 | 0.211 | 0 | 0.211 | |||||||||||||||||||||||||
| 21789 | RATG13 | C21789T|(surface_glycoprotein:C227T(T76I)) | 10 | 0.526 | 1 | 0.526 | 0 | 0.526 | |||||||||||||||||||||||||
| 21816 | C21816A|(surface_glycoprotein:C254A(P85Q)) | 4 | 0.571 | 1 | 0.571 | 0 | 0.571 | ||||||||||||||||||||||||||
| 21846 | C21846T|(surface_glycoprotein:C284T(T95I)) | 27 | 1.000 | 1 | 1.0 | 0 | 1.0 | ||||||||||||||||||||||||||
| 21977 | CCATTTTTGGGTGTTTATTACCACAAAAACAACAAAAGTTGG21977-22018del|(surface_glycoprotein:415-456del(PFLGVYYHKNNKSW139-152del)) | 2 | 0.080 | 21 | 0.488 | 2 | 0.568 | 0 | 0.568 | ||||||||||||||||||||||||
| 22111 | G22111A|(surface_glycoprotein:G549A(Q183Q)) | 7 | 0.189 | 65 | 0.619 | 2 | 0.808 | 0 | 0.808 | ||||||||||||||||||||||||
| 22120 | C22120T|(surface_glycoprotein:C558T(F186F)) | 8 | 0.205 | 1 | 0.205 | 0 | 0.205 | ||||||||||||||||||||||||||
| linkedubiq | 22194 | ATT22194-22196del|(surface_glycoprotein:AATTTA631-636ATAdel(NL211-212Idel)) | 8 | 1.000 | 40 | 1.000 | 19 | 1.000 | 7 | 1.000 | 29 | 1.000 | 9 | 1.000 | 39 | 1.000 | 10 | 1.000 | 65 | 0.985 | 9 | 2.0 | 6.985 | 8.985 | |||||||||
| 22205 | 22205-insertGAGCCAGAA|(surface_glycoprotein:643insertGAGCCAGAA(215EPE)) | 2 | 0.250 | 15 | 0.349 | 2 | 0.599 | 0 | 0.599 | ||||||||||||||||||||||||
| 22217 | G22217A|(surface_glycoprotein:G655A(G219S)) | 9 | 0.750 | 35 | 0.778 | 2 | 1.528 | 0 | 1.528 | ||||||||||||||||||||||||
| 22246 | T22246G|(surface_glycoprotein:T684G(D228E)) | 2 | 0.286 | 1 | 0.286 | 0 | 0.286 | ||||||||||||||||||||||||||
| 22281 | CTTTACTTG22281-22289del|(surface_glycoprotein:ACTTTACTTGCT718-729ACTdel(TLLA240-243Tdel)) | 3 | 0.500 | 3 | 0.103 | 2 | 0.603 | 0 | 0.603 | ||||||||||||||||||||||||
| 22308 | T22308C|(surface_glycoprotein:T746C(L249S)) | 2 | 1.000 | 23 | 0.742 | 2 | 1.742 | 0 | 1.742 | ||||||||||||||||||||||||
| 22329 | CAGGTTGGACAGCTGGTGCTG22329-22349del|(surface_glycoprotein:TCAGGTTGGACAGCTGGTGCTGCA766-789TCAdel(SGWTAGAA256-263Sdel)) | 12 | 0.667 | 1 | 0.667 | 0 | 0.667 | ||||||||||||||||||||||||||
| 22578 | G22578A|(surface_glycoprotein:G1016A(G339D)) | 3 | 1.000 | 11 | 1.000 | 2 | 2.0 | 0 | 2.0 | ||||||||||||||||||||||||
| linked | 22599 | RATG13 | G22599C|(surface_glycoprotein:G1037C(R346T)) | 2 | 1.000 | 8 | 0.727 | 5 | 0.625 | 4 | 1.000 | 3 | 0.103 | 2 | 0.069 | 48 | 0.857 | 2 | 0.133 | 8 | 1.7269999999999999 | 2.787 | 4.513999999999999 | ||||||||||
| 22632 | G22632A|(surface_glycoprotein:G1070A(R357K)) | 3 | 0.375 | 1 | 0.375 | 0 | 0.375 | ||||||||||||||||||||||||||
| 22661 | G22661T|(surface_glycoprotein:G1099T(V367F)) | 2 | 1.000 | 3 | 0.600 | 2 | 1.6 | 0 | 1.6 | ||||||||||||||||||||||||
| 22667 | T22667A|(surface_glycoprotein:T1105A(Y369N)) | 2 | 1.000 | 1 | 0.250 | 2 | 1.25 | 0 | 1.25 | ||||||||||||||||||||||||
| linked | 22672 | T22672G|(surface_glycoprotein:T1110G(N370K)) | 1 | 0.200 | 1 | 0.2 | 0 | 0.2 | |||||||||||||||||||||||||
| 22673 | T22673C|(surface_glycoprotein:TCC1111-1113CTC(S371L)) | 2 | 1.000 | 2 | 0.500 | 2 | 1.5 | 0 | 1.5 | ||||||||||||||||||||||||
| 22674 | C22674T|(surface_glycoprotein:TCC1111-1113CTC(S371L)) | 2 | 1.000 | 2 | 0.500 | 2 | 1.5 | 0 | 1.5 | ||||||||||||||||||||||||
| 22676 | RATG13 | G22676A|(surface_glycoprotein:G1114A(A372T)) | 2 | 1.000 | 1 | 1.0 | 0 | 1.0 | |||||||||||||||||||||||||
| linked | 22679 | T22679C|(surface_glycoprotein:T1117C(S373P)) | 1 | 1.000 | 2 | 1.000 | 3 | 0.750 | 1 | 1.000 | 7 | 1.000 | 2 | 1.000 | 1 | 1.000 | 17 | 1.000 | 15 | 1.000 | 56 | 1.000 | 3 | 1.000 | 8 | 1.000 | 12 | 1.75 | 10.0 | 11.75 | |||
| 22679 | TCATTTT22679-22685del|(surface_glycoprotein:TCATTTTCCACTTTT1117-1131CCAdel(SFSTF373-377Pdel)) | 1 | 0.250 | 1 | 0.25 | 0 | 0.25 | ||||||||||||||||||||||||||
| 22683 | T22683C|(surface_glycoprotein:T1121C(F374S)) | 3 | 0.600 | 2 | 0.400 | 2 | 1.0 | 0 | 1.0 | ||||||||||||||||||||||||
| linked | 22689 | CTTTT22689-22693del|(surface_glycoprotein:TCATTTTCCACTTTT1117-1131CCAdel(SFSTF373-377Pdel)) | 1 | 0.125 | 1 | 0.125 | 0 | 0.125 | |||||||||||||||||||||||||
| 22812 | A22812C|(surface_glycoprotein:AAG1249-1251ACT(K417T)) | 23 | 0.657 | 78 | 0.848 | 2 | 1.505 | 0 | 1.505 | ||||||||||||||||||||||||
| 22813 | G22813T|(surface_glycoprotein:AAG1249-1251ACT(K417T)) | 23 | 0.657 | 78 | 0.848 | 2 | 1.505 | 0 | 1.505 | ||||||||||||||||||||||||
| 22894 | RATG13 | G22894A|(surface_glycoprotein:G1332A(K444K)) | 49 | 0.299 | 1 | 0.299 | 0 | 0.299 | |||||||||||||||||||||||||
| 22907 | T22907A|(surface_glycoprotein:T1345A(Y449N)) | 53 | 0.356 | 1 | 0.356 | 0 | 0.356 | ||||||||||||||||||||||||||
| 22907 | T22907C|(surface_glycoprotein:T1345C(Y449H)) | 45 | 0.938 | 79 | 0.530 | 2 | 1.468 | 0 | 1.468 | ||||||||||||||||||||||||
| linkedubiq | 22992 | G22992A|(surface_glycoprotein:G1430A(S477N)) | 52 | 1.000 | 169 | 0.994 | 32 | 1.000 | 4 | 1.000 | 11 | 1.000 | 22 | 1.000 | 31 | 0.969 | 92 | 1.000 | 12 | 1.000 | 14 | 1.000 | 10 | 1.994 | 7.969 | 9.963000000000001 | |||||||
| 23040 | A23040G|(surface_glycoprotein:A1478G(Q493R)) | 28 | 0.800 | 117 | 0.854 | 2 | 1.654 | 0 | 1.654 | ||||||||||||||||||||||||
| linkedubiq | 23063 | A23063T|(surface_glycoprotein:A1501T(N501Y)) | 20 | 1.000 | 78 | 1.000 | 8 | 1.000 | 1 | 1.000 | 5 | 1.000 | 4 | 1.000 | 14 | 1.000 | 26 | 1.000 | 4 | 1.000 | 6 | 1.000 | 10 | 2.0 | 8.0 | 10.0 | |||||||
| 23073 | G23073A|(surface_glycoprotein:G1511A(G504D)) | 6 | 0.600 | 37 | 0.902 | 2 | 1.502 | 0 | 1.502 | ||||||||||||||||||||||||
| linkedubiq | 23075 | RATG13 | T23075C|(surface_glycoprotein:T1513C(Y505H)) | 10 | 1.000 | 41 | 1.000 | 4 | 1.000 | 1 | 1.000 | 1 | 1.000 | 1 | 1.000 | 9 | 1.000 | 12 | 1.000 | 4 | 1.000 | 3 | 1.000 | 10 | 2.0 | 8.0 | 10.0 | ||||||
| 23202 | C23202A|(surface_glycoprotein:C1640A(T547K)) | 30 | 0.273 | 64 | 0.561 | 2 | 0.018 | 3 | 0.8340000000000001 | 0.018 | 0.8520000000000001 | ||||||||||||||||||||||
| ubiq | 23403 | Delta | A23403G|(surface_glycoprotein:A1841G(D614G)) | 26 | 1.000 | 58 | 1.000 | 60 | 1.000 | 59 | 0.983 | 56 | 1.000 | 125 | 1.000 | 107 | 0.991 | 152 | 1.000 | 49 | 1.000 | 25 | 1.000 | 46 | 1.000 | 172 | 0.994 | 12 | 2.0 | 9.968 | 11.968 | ||
| 23707 | RATG13 | C23707T|(surface_glycoprotein:C2145T(P715P)) | 8 | 0.333 | 1 | 0.333 | 0 | 0.333 | |||||||||||||||||||||||||
| linkedubiq | 24424 | A24424T|(surface_glycoprotein:A2862T(Q954H)) | 3 | 1.000 | 1 | 1.000 | 2 | 1.000 | 2 | 1.000 | 1 | 1.000 | 2 | 1.000 | 4 | 1.000 | 7 | 2.0 | 5.0 | 7.0 | |||||||||||||
| linkedubiq | 24469 | T24469A|(surface_glycoprotein:T2907A(N969K)) | 3 | 1.000 | 2 | 1.000 | 3 | 1.000 | 3 | 1.000 | 1 | 1.000 | 2 | 1.000 | 7 | 1.000 | 7 | 2.0 | 5.0 | 7.0 | |||||||||||||
| 24503 | C24503T|(surface_glycoprotein:C2941T(L981F)) | 2 | 0.333 | 1 | 0.333 | 0 | 0.333 | ||||||||||||||||||||||||||
| 24503 | C24503T|(surface_glycoprotein:CTT2941-2943TTG(L981L)) | 1 | 0.333 | 1 | 0.167 | 2 | 0.5 | 0 | 0.5 | ||||||||||||||||||||||||
| 24505 | T24505G|(surface_glycoprotein:CTT2941-2943TTG(L981L)) | 1 | 0.333 | 1 | 0.167 | 2 | 0.5 | 0 | 0.5 | ||||||||||||||||||||||||
| ubiq | 25000 | RATG13 | C25000T|(surface_glycoprotein:C3438T(D1146D)) | 15 | 1.000 | 97 | 0.990 | 101 | 1.000 | 18 | 0.947 | 43 | 1.000 | 10 | 1.000 | 1 | 1.000 | 25 | 1.000 | 92 | 1.000 | 60 | 1.000 | 26 | 1.000 | 11 | 1.99 | 8.947 | 10.937 | ||||
| 25067 | A25067T|(surface_glycoprotein:A3505T(I1169F)) | 2 | 0.143 | 37 | 0.474 | 2 | 0.617 | 0 | 0.617 | ||||||||||||||||||||||||
| 25265 | T25265A|(surface_glycoprotein:T3703A(C1235S)) | 1 | 0.333 | 1 | 0.333 | 0 | 0.333 | ||||||||||||||||||||||||||
| 25296 | A25296G|(surface_glycoprotein:A3734G(K1245R)) | 1 | 0.500 | 1 | 0.5 | 0 | 0.5 | ||||||||||||||||||||||||||
| 25392 | T25392C | 3 | 0.750 | 1 | 0.75 | 0 | 0.75 | ||||||||||||||||||||||||||
| 25420 | RATG13 | A25420C|(ORF3a_protein:A28C(I10L)) | 20 | 0.625 | 1 | 0.625 | 0 | 0.625 | |||||||||||||||||||||||||
| 25440 | RATG13 | G25440A|(ORF3a_protein:G48A(K16K)) | 3 | 0.333 | 5 | 0.083 | 2 | 0.41600000000000004 | 0 | 0.41600000000000004 | |||||||||||||||||||||||
| 25525 | T25525A|(ORF3a_protein:T133A(W45R)) | 6 | 0.261 | 57 | 0.626 | 2 | 0.887 | 0 | 0.887 | ||||||||||||||||||||||||
| 25536 | T25536A|(ORF3a_protein:T144A(V48V)) | 8 | 0.320 | 67 | 0.684 | 2 | 1.004 | 0 | 1.004 | ||||||||||||||||||||||||
| linkedubiq | 25584 | C25584T|(ORF3a_protein:C192T(T64T)) | 27 | 1.000 | 114 | 0.983 | 83 | 0.988 | 31 | 0.969 | 81 | 1.000 | 117 | 1.000 | 194 | 0.995 | 39 | 1.000 | 369 | 0.932 | 9 | 1.983 | 6.884 | 8.867 | |||||||||
| 25614 | RATG13 | C25614T|(ORF3a_protein:C222T(S74S)) | 6 | 0.400 | 47 | 0.635 | 2 | 1.0350000000000001 | 0 | 1.0350000000000001 | |||||||||||||||||||||||
| 25698 | A25698T|(ORF3a_protein:A306T(E102D)) | 4 | 0.286 | 17 | 0.189 | 1 | 0.003 | 3 | 0.475 | 0.003 | 0.478 | ||||||||||||||||||||||
| 25710 | C25710T|(ORF3a_protein:C318T(L106L)) | 1 | 0.091 | 55 | 0.753 | 2 | 0.844 | 0 | 0.844 | ||||||||||||||||||||||||
| 26013 | C26013T|(ORF3a_protein:C621T(F207F)) | 2 | 0.500 | 1 | 0.5 | 0 | 0.5 | ||||||||||||||||||||||||||
| 26185 | G26185T|(ORF3a_protein:G793T(D265Y)) | 3 | 0.429 | 18 | 0.750 | 2 | 1.179 | 0 | 1.179 | ||||||||||||||||||||||||
| 26205 | T26205C|(ORF3a_protein:T813C(T271T)) | 1 | 0.250 | 7 | 0.259 | 2 | 0.509 | 0 | 0.509 | ||||||||||||||||||||||||
| 26251 | T26251C|(envelope_protein:T7C(S3P)) | 2 | 0.400 | 11 | 0.458 | 2 | 0.8580000000000001 | 0 | 0.8580000000000001 | ||||||||||||||||||||||||
| linkedubiq | 26270 | C26270T|(envelope_protein:C26T(T9I)) | 6 | 1.000 | 27 | 1.000 | 43 | 1.000 | 12 | 1.000 | 20 | 1.000 | 2 | 1.000 | 5 | 1.000 | 4 | 1.000 | 45 | 1.000 | 9 | 1.000 | 33 | 1.000 | 11 | 2.0 | 9.0 | 11.0 | |||||
| 26416 | G26416A|(envelope_protein:G172A(V58I)) | 34 | 0.209 | 1 | 0.209 | 0 | 0.209 | ||||||||||||||||||||||||||
| 26485 | TTATATTAGTTTTTCTGTTTGGAACTTTAATT26485-26516del | 15 | 0.114 | 51 | 0.209 | 2 | 0.323 | 0 | 0.323 | ||||||||||||||||||||||||
| 26530 | A26530G|(membrane_glycoprotein:A8G(D3G)) | 67 | 0.545 | 162 | 0.747 | 2 | 1.292 | 0 | 1.292 | ||||||||||||||||||||||||
| 26533 | C26533A|(membrane_glycoprotein:C11A(S4Y)) | 27 | 0.218 | 80 | 0.362 | 1 | 0.009 | 3 | 0.58 | 0.009 | 0.589 | ||||||||||||||||||||||
| linkedubiq | 26577 | C26577G|(membrane_glycoprotein:C55G(Q19E)) | 51 | 1.000 | 158 | 1.000 | 287 | 0.993 | 209 | 0.986 | 246 | 0.996 | 12 | 1.000 | 49 | 1.000 | 72 | 1.000 | 130 | 1.000 | 54 | 1.000 | 87 | 0.989 | 264 | 0.996 | 12 | 1.9929999999999999 | 9.967 | 11.96 | |||
| 26598 | T26598G|(membrane_glycoprotein:T76G(F26V)) | 28 | 0.165 | 16 | 0.051 | 2 | 0.216 | 0 | 0.216 | ||||||||||||||||||||||||
| ubiq | 26709 | G26709A|(membrane_glycoprotein:G187A(A63T)) | 22 | 1.000 | 439 | 0.989 | 700 | 0.992 | 698 | 0.987 | 184 | 1.000 | 258 | 0.996 | 505 | 0.998 | 236 | 1.000 | 35 | 1.000 | 912 | 0.998 | 18 | 1.000 | 649 | 0.995 | 94 | 0.989 | 13 | 1.9809999999999999 | 10.963 | 12.943999999999999 | |
| 26873 | C26873T|(membrane_glycoprotein:C351T(N117N)) | 15 | 0.034 | 212 | 0.290 | 2 | 0.002 | 3 | 0.32399999999999995 | 0.002 | 0.32599999999999996 | ||||||||||||||||||||||
| 26934 | C26934A|(membrane_glycoprotein:C412A(L138I)) | 10 | 0.034 | 187 | 0.325 | 2 | 0.359 | 0 | 0.359 | ||||||||||||||||||||||||
| 27005 | C27005A|(membrane_glycoprotein:C483A(I161I)) | 2 | 0.133 | 4 | 0.068 | 2 | 0.201 | 0 | 0.201 | ||||||||||||||||||||||||
| 27050 | T27050C|(membrane_glycoprotein:T528C(L176L)) | 19 | 0.311 | 140 | 0.491 | 2 | 0.802 | 0 | 0.802 | ||||||||||||||||||||||||
| 27247 | C27247G|(ORF6_protein:C46G(L16V)) | 57 | 0.317 | 1 | 0.317 | 0 | 0.317 | ||||||||||||||||||||||||||
| 27247 | C27247T|(ORF6_protein:C46T(L16L)) | 25 | 0.347 | 77 | 0.428 | 2 | 0.7749999999999999 | 0 | 0.7749999999999999 | ||||||||||||||||||||||||
| linkedubiq | 27259 | A27259C|(ORF6_protein:A58C(R20R)) | 5 | 1.000 | 76 | 1.000 | 178 | 0.994 | 200 | 1.000 | 78 | 1.000 | 53 | 1.000 | 28 | 1.000 | 71 | 1.000 | 107 | 1.000 | 162 | 1.000 | 72 | 1.000 | 105 | 1.000 | 37 | 0.974 | 13 | 1.994 | 10.974 | 12.968 | |
| 27281 | G27281T|(ORF6_protein:G80T(W27L)) | 19 | 0.161 | 121 | 0.634 | 2 | 0.795 | 0 | 0.795 | ||||||||||||||||||||||||
| 27305 | T27305G|(ORF6_protein:T104G(L35R)) | 17 | 0.145 | 115 | 0.612 | 1 | 0.003 | 3 | 0.757 | 0.003 | 0.76 | ||||||||||||||||||||||
| ubiq | 27807 | C27807T|(ORF7b:C52T(L18L)) | 152 | 1.000 | 298 | 0.993 | 110 | 1.000 | 755 | 0.995 | 703 | 0.996 | 461 | 1.000 | 318 | 1.000 | 973 | 0.998 | 296 | 1.000 | 718 | 0.999 | 313 | 0.994 | 369 | 0.997 | 1081 | 0.997 | 13 | 1.9929999999999999 | 10.975999999999999 | 12.969 | |
| 28098 | T28098A|(ORF8_protein:T205A(S69T)) | 4 | 0.364 | 1 | 0.364 | 0 | 0.364 | ||||||||||||||||||||||||||
| linkedubiq | 28271 | A28271T | 3 | 1.000 | 16 | 1.000 | 31 | 1.000 | 10 | 1.000 | 4 | 1.000 | 4 | 1.000 | 8 | 1.000 | 26 | 1.000 | 6 | 1.000 | 7 | 1.000 | 10 | 1.000 | 12 | 1.000 | 12 | 2.0 | 10.0 | 12.0 | |||
| 28303 | A28303G|(nucleocapsid_phosphoprotein:A30G(R10R)) | 16 | 0.254 | 1 | 0.254 | 0 | 0.254 | ||||||||||||||||||||||||||
| linkedubiq | 28311 | C28311T|(nucleocapsid_phosphoprotein:C38T(P13L)) | 4 | 1.000 | 21 | 1.000 | 68 | 0.986 | 9 | 1.000 | 3 | 1.000 | 3 | 1.000 | 7 | 1.000 | 22 | 1.000 | 3 | 1.000 | 5 | 1.000 | 10 | 1.000 | 10 | 1.000 | 12 | 1.986 | 10.0 | 11.986 | |||
| 28340 | T28340C|(nucleocapsid_phosphoprotein:T67C(S23P)) | 5 | 0.227 | 1 | 0.227 | 0 | 0.227 | ||||||||||||||||||||||||||
| linkedubiq | 28362 | GAGAACGCA28362-28370del|(nucleocapsid_phosphoprotein:GGAGAACGCAGT88-99GGTdel(GERS30-33Gdel)) | 3 | 1.000 | 18 | 1.000 | 75 | 1.000 | 7 | 1.000 | 2 | 1.000 | 4 | 1.000 | 6 | 1.000 | 18 | 0.947 | 2 | 1.000 | 2 | 1.000 | 7 | 1.000 | 10 | 1.000 | 12 | 2.0 | 9.947 | 11.947 | |||
| 28382 | RATG13 | T28382C|(nucleocapsid_phosphoprotein:T109C(S37P)) | 56 | 0.718 | 1 | 0.718 | 0 | 0.718 | |||||||||||||||||||||||||
| 28472 | C28472T|(nucleocapsid_phosphoprotein:C199T(P67S)) | 13 | 1.000 | 43 | 0.878 | 2 | 1.8780000000000001 | 0 | 1.8780000000000001 | ||||||||||||||||||||||||
| linked | 28881 | G28881A|(nucleocapsid_phosphoprotein:AGG607-609AAA(R203K)) | 23 | 1.000 | 77 | 0.740 | 167 | 0.988 | 251 | 0.988 | 35 | 0.946 | 81 | 1.000 | 18 | 1.000 | 75 | 1.000 | 115 | 1.000 | 61 | 1.000 | 152 | 1.000 | 11 | 1.728 | 8.934 | 10.661999999999999 | |||||
| linked | 28882 | G28882A|(nucleocapsid_phosphoprotein:AGG607-609AAA(R203K)) | 23 | 1.000 | 77 | 0.740 | 167 | 0.988 | 251 | 0.988 | 35 | 0.946 | 81 | 1.000 | 18 | 1.000 | 75 | 1.000 | 115 | 1.000 | 61 | 1.000 | 152 | 1.000 | 11 | 1.728 | 8.934 | 10.661999999999999 | |||||
| 28882 | G28882A|(nucleocapsid_phosphoprotein:G609A(R203R)) | 26 | 0.250 | 1 | 0.25 | 0 | 0.25 | ||||||||||||||||||||||||||
| linked | 28883 | G28883C|(nucleocapsid_phosphoprotein:G610C(G204R)) | 23 | 1.000 | 104 | 1.000 | 147 | 0.870 | 202 | 0.795 | 36 | 0.973 | 81 | 1.000 | 15 | 0.833 | 49 | 0.653 | 115 | 1.000 | 56 | 0.918 | 152 | 1.000 | 11 | 1.87 | 8.172 | 10.042000000000002 | |||||
| 28896 | C28896T|(nucleocapsid_phosphoprotein:C623T(A208V)) | 61 | 0.292 | 1 | 0.292 | 0 | 0.292 | ||||||||||||||||||||||||||
| 28928 | C28928T|(nucleocapsid_phosphoprotein:C655T(L219F)) | 11 | 0.069 | 238 | 0.799 | 1 | 0.009 | 3 | 0.021 | 1 | 0.006 | 1 | 0.004 | 6 | 0.8680000000000001 | 0.04 | 0.9080000000000001 | ||||||||||||||||
| 28992 | A28992G|(nucleocapsid_phosphoprotein:A719G(Q240R)) | 75 | 0.240 | 1 | 0.24 | 0 | 0.24 | ||||||||||||||||||||||||||
| 29006 | A29006G|(nucleocapsid_phosphoprotein:A733G(T245A)) | 68 | 0.212 | 1 | 0.212 | 0 | 0.212 | ||||||||||||||||||||||||||
| 29089 | A29089G|(nucleocapsid_phosphoprotein:A816G(Q272Q)) | 62 | 0.244 | 1 | 0.244 | 0 | 0.244 | ||||||||||||||||||||||||||
| 29138 | C29138A|(nucleocapsid_phosphoprotein:C865A(Q289K)) | 76 | 0.384 | 1 | 0.384 | 0 | 0.384 | ||||||||||||||||||||||||||
| 29708 | C29708T | 145 | 0.061 | 1083 | 0.426 | 1 | 0.000 | 3 | 0.487 | 0.0 | 0.487 | ||||||||||||||||||||||
| 29730 | CACCGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTACAGTG29730-29766del | 242 | 0.243 | 1 | 0.243 | 0 | 0.243 | ||||||||||||||||||||||||||
| 29736 | GGCCACGCG29736-29744del | 230 | 0.231 | 1 | 0.231 | 0 | 0.231 | ||||||||||||||||||||||||||
| 29738 | CCACGCGGAGTACGATCGAGT29738-29758del | 62 | 0.069 | 154 | 0.155 | 2 | 0.224 | 0 | 0.224 |