GA-1 - Complete Raw Mutation Data

Full TSV data with all sample columns and abundance information
← Back to Dashboard

Complete Mutations Data

This table shows the complete data from the mutations.tsv file exactly as it appears in the source. Scroll horizontally to see all columns.

SRR31830294(2537039) SRR31830295(998356) SRR31830296(2595588) SRR31830297(1173667) SRR31830298(194119) SRR31830326(1235891) SRR31830327(1007047) SRR31830328(1020779) SRR31830330(2458858) SRR31830331(679915) SRR31830571(1814432) SRR31830572(2502189) SRR31830573(2679579) SRR31830574(1491071) SRR31830575(1044036) SRR31830577(2) SRR31830578(1) SRR31830579(99555) SRR31830580(337353) SRR31830581(845988) SRR31830582(940880) SRR31830583(2022986) SRR31830584(1648614) SRR31830585(1674192) SRR31830586(1275361) SRR31830588(974065) SRR31830589(669017) SRR31830590(985824) SRR31830591(1535826) SRR31830592(2415979) SRR31830593(2097485) SRR31830594(4361618) SRR31830595(4923443) SRR31830596(6167165) SRR31830597(4830581) SRR31830615(3414488) SRR31830616(3533673) SRR31830617(4545262) SRR31830618(912483) SRR31830672(1136650) SRR31830673(437469) SRR31830677(1000394) SRR31830678(814472) SRR31830679(1020841) SRR31830680(2039346) SRR31830681(3571701) SRR31830682(516447) SRR31830683(298561) SRR31830684(1361498) SRR31830685(1379038) SRR31830687(2328411) SRR31830688(1151354) SRR31830692(1514385) SRR31830693(1859234) SRR31830694(5312825) SRR31830695(2108707) SRR31830696(3379024) SRR31830697(5501994) SRR31830698(3895432) SRR31830699(5301873) SRR31830702(2420886) SRR31830703(944061) SRR31830704(1398243) SRR31830705(1617154) SRR31830706(474859) SRR31830708(470058) SRR31830709(133724) SRR31830710(91607) SRR31830711(182686) SRR31830713(153306) SRR31830714(141344) SRR31830715(367391) SRR31830716(653480) SRR31830717(927971) SRR31830718(2460863) SRR31830719(1645332) SRR31830815(6200877) SRR31830831(5884021) SRR31830832(5366544) SRR31830833(4) SRR31830834(2442310) SRR31830835(344465) SRR31830836(2073913) SRR31830837(123632) SRR31830839(245197) SRR31830840(219859) SRR31830841(463464) SRR31830842(1361565) SRR31830843(1718179) SRR31830844(1234559) SRR31830845(511594) SRR31830846(475586) SRR31830847(13) SRR34667012(1040157) SRR34667013(553065) SRR34667015(611078) SRR34667026(712704) SRR34667034(293002) SRR34667039(2631290) SRR34667040(944028) SRR34667041(796993) SRR34667043(1466890) SRR34667044(131762) SRR34667046(824345) SRR34667060(896544) SRR34667072(2251544) SRR34667073(1498719) SRR34667074(575652) SRR34667075(1054029)
('2024-01-21', '120000') ('2024-01-15', '120000') ('2024-01-11', '120000') ('2024-01-08', '120000') ('2024-01-07', '120000') ('2024-01-21', '198000') ('2024-01-15', '198000') ('2024-01-14', '198000') ('2024-01-11', '198000') ('2024-01-10', '198000') ('2024-06-16', '190000') ('2024-05-28', '190000') ('2024-05-27', '190000') ('2024-05-20', '190000') ('2024-05-19', '190000') ('2024-05-07', '190000') ('2024-05-06', '190000') ('2024-03-18', '190000') ('2024-03-17', '190000') ('2024-03-11', '190000') ('2024-03-10', '190000') ('2024-02-26', '190000') ('2024-02-25', '190000') ('2024-02-19', '190000') ('2024-02-18', '190000') ('2024-02-12', '190000') ('2024-02-11', '190000') ('2024-01-29', '190000') ('2024-01-28', '190000') ('2024-01-22', '190000') ('2024-01-21', '190000') ('2024-01-15', '190000') ('2024-01-14', '190000') ('2024-01-08', '190000') ('2024-01-07', '190000') ('2024-06-17', '120000') ('2024-06-16', '120000') ('2024-06-03', '120000') ('2024-06-02', '120000') ('2024-05-20', '120000') ('2024-05-19', '120000') ('2024-05-05', '120000') ('2024-03-11', '120000') ('2024-03-10', '120000') ('2024-02-26', '120000') ('2024-02-25', '120000') ('2024-02-19', '120000') ('2024-02-18', '120000') ('2024-02-12', '120000') ('2024-02-08', '120000') ('2024-01-22', '120000') ('2024-02-12', '190000') ('2024-01-29', '190000') ('2024-01-28', '190000') ('2024-01-22', '190000') ('2024-01-21', '190000') ('2024-01-15', '190000') ('2024-01-14', '190000') ('2024-01-08', '190000') ('2024-01-07', '190000') ('2024-06-16', '198000') ('2024-06-13', '198000') ('2024-06-02', '198000') ('2024-05-30', '198000') ('2024-05-19', '198000') ('2024-03-10', '198000') ('2024-03-07', '198000') ('2024-03-03', '198000') ('2024-02-29', '198000') ('2024-02-25', '198000') ('2024-02-22', '198000') ('2024-02-18', '198000') ('2024-02-15', '198000') ('2024-02-10', '198000') ('2024-02-08', '198000') ('2024-01-22', '198000') ('2024-06-17', '190000') ('2024-06-17', '190000') ('2024-06-16', '190000') ('2024-06-03', '190000') ('2024-06-02', '190000') ('2024-05-20', '190000') ('2024-05-19', '190000') ('2024-03-18', '190000') ('2024-03-17', '190000') ('2024-03-11', '190000') ('2024-03-10', '190000') ('2024-03-04', '190000') ('2024-03-03', '190000') ('2024-02-26', '190000') ('2024-02-25', '190000') ('2024-02-19', '190000') ('2024-02-18', '190000') ('2025-06-26', '180000') ('2025-06-23', '180000') ('2025-06-10', '180000') ('2025-06-09', '180000') ('2025-06-23', '650000') ('2025-06-30', '190000') ('2025-06-30', '650000') ('2025-06-29', '650000') ('2025-06-22', '650000') ('2025-06-23', '190000') ('2025-06-22', '190000') ('2025-06-16', '180000') ('2025-06-16', '190000') ('2025-06-15', '190000') ('2025-06-16', '650000') ('2025-06-15', '650000')
Sequences Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Total samples Positives Sum Negatives Sum Total Sum
78 T78A 1028 0.248 13 0.178 137 0.396 818 0.349 2 0.062 1 1.000 3 1.000 42 0.130 8 3.3629999999999995 0 3.3629999999999995
79 A79T 1027 0.248 13 0.178 137 0.396 818 0.349 2 0.062 3 1.000 42 0.130 7 2.3629999999999995 0 2.3629999999999995
84 C84A 1 0.010 1030 0.240 18 0.231 137 0.384 821 0.340 2 0.062 1 1.000 3 1.000 43 0.130 9 3.3869999999999996 0.01 3.3969999999999994
85 T85C 1028 0.239 137 0.384 817 0.339 1 0.030 3 1.000 42 0.127 6 2.1189999999999998 0 2.1189999999999998
88 G88A 1036 0.235 22 0.253 137 0.376 824 0.335 3 0.088 1 1.000 3 1.000 42 0.124 8 3.411 0 3.411
100 C100A 2566 0.385 40 0.357 286 0.523 2040 0.496 4 0.091 1 1.000 5 1.000 68 0.168 1 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.001 12 4.021 0.001 4.022
111 T111C 3342 0.419 52 0.374 383 0.562 2561 0.520 10 0.196 1 1.000 5 1.000 92 0.188 1 0.000 1 0.000 10 4.259 0.0 4.259
120 T120C 1 0.000 4 0.069 6 1.000 1 0.000 4 1.069 0.0 1.069
123 C123T 4487 0.445 69 0.418 662 0.662 3681 0.556 11 0.186 2 1.000 6 1.000 1 1.000 121 0.213 1 0.001 10 5.48 0.001 5.481000000000001
131 A131G 1 0.000 83 0.407 5 0.075 3 1.000 2 0.000 5 1.482 0.0 1.482
143 A143C 1 0.012 13 0.001 1 0.005 5 0.003 11 0.001 3 1.000 1 1.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.001 1 1.000 2 0.000 15 3.0239999999999996 0.0 3.0239999999999996
143 A143T 1 0.010 1133 0.738 1 0.000 3 0.738 0.01 0.748
174 174-insertATCTA 3 1.000 1 1.0 0 1.0
175 T175C 3 0.000 3 1.000 173 0.019 1 0.000 1 0.000 5 1.019 0.0 1.019
178 A178G 62 0.689 12748 0.996 118 0.513 1759 0.801 8699 0.975 73 1.000 8 1.000 8 1.000 1 1.000 88 0.917 4 1.000 713 0.999 3331 0.822 1 0.000 2 0.001 15 11.712 0.001 11.713
190 RATG13 C190T 114 0.514 1981 0.825 4974 0.550 7 0.092 1 0.000 5 1.981 0 1.981
203 C203T 36 1.000 4867 0.369 3351 0.363 5 1.000 193 0.251 1 0.000 1 0.000 7 1.9829999999999999 0.0 1.9829999999999999
204 G204A 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 6 1.000 1 0.000 6 1.0 0.0 1.0
206 C206T 1 0.000 2 0.000 6 0.087 9 1.000 1 1.000 1 0.000 1 0.001 7 2.088 0.0 2.088
221 T221C 1 0.000 6 0.086 1 1.000 1 0.000 2 0.000 5 1.086 0.0 1.086
222 C222A 1 0.005 2 0.000 4 0.000 6 0.083 1 1.000 1 0.001 1 0.000 2 0.000 1 0.001 9 1.0839999999999999 0.006 1.0899999999999999
284 G284T|(ORF1ab_polyprotein:G19T(G7C))|(ORF1a_polyprotein:G19T(G7C)) 1 0.005 5993 0.501 106 0.561 4791 0.612 8 0.140 2 1.000 1 0.011 5 1.000 126 0.187 2 0.000 1 0.001 11 4.013 0.0 4.013
300 C300T|(ORF1ab_polyprotein:C35T(T12I))|(ORF1a_polyprotein:C35T(T12I)) 6068 0.488 742 0.880 2351 0.839 4819 0.600 11 0.200 10 1.000 2 1.000 1 1.000 7 1.000 110 0.151 10 7.1579999999999995 0 7.1579999999999995
324 TTT324-326del|(ORF1ab_polyprotein:GTTTTA58-63GTAdel(VL20-21Vdel))|(ORF1a_polyprotein:GTTTTA58-63GTAdel(VL20-21Vdel)) 4477 0.467 908 0.872 1891 0.824 3622 0.580 8 0.151 8 1.000 1 1.000 1 1.000 6 1.000 64 0.106 10 6.999999999999999 0 6.999999999999999
329 C329A|(ORF1ab_polyprotein:C64A(Q22K))|(ORF1a_polyprotein:C64A(Q22K)) 1 0.005 4474 0.457 906 0.844 1886 0.751 3617 0.557 8 0.145 8 0.800 1 0.333 1 0.143 6 0.133 64 0.104 1 0.000 1 0.000 1 0.001 14 4.272 0.001 4.273000000000001
linked 335 C335T|(ORF1ab_polyprotein:C70T(R24C))|(ORF1a_polyprotein:C70T(R24C)) 5 0.002 2 0.004 3 0.001 3 0.060 1 0.000 1 0.000 1 0.001 2 0.001 1 0.001 8 0.001 3 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.001 1 0.000 1 0.000 4433 0.301 755 0.310 3 0.000 1888 0.199 2 0.000 3632 0.245 1 0.001 2 0.003 2 0.001 8 0.002 9 0.002 1 0.000 1 0.000 6 0.006 1 0.004 66 0.067 2 0.001 1 0.000 34 1.136 0.07400000000000001 1.21
linked 347 G347A|(ORF1ab_polyprotein:G82A(V28I))|(ORF1a_polyprotein:G82A(V28I)) 1 0.000 2 0.000 1 0.001 1 0.000 5 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 8 0.000 8 0.000 8 0.000 1 0.000 2 0.001 6360 0.507 1 0.000 1 0.001 3 0.000 2 0.000 3 0.001 1 0.000 7 0.001 6279 0.270 1273 0.295 8 0.000 1692 0.097 3112 0.133 3 0.000 126 0.106 2 0.000 10 0.001 8 0.000 5 0.000 1 0.000 1 0.000 5 0.002 2 0.000 45 0.031 3398 0.846 2 0.000 1 0.001 5 0.001 1 0.001 44 1.678 0.617 2.295
487 RATG13 G487T|(ORF1ab_polyprotein:G222T(S74S))|(ORF1a_polyprotein:G222T(S74S)) 5 0.000 3 0.002 8 0.001 1 0.000 2 0.001 1 0.001 1 0.001 6 0.000 3 0.001 1 0.000 1 0.000 16 0.001 4 0.001 2 0.001 1 0.000 8 0.001 8 0.000 14 0.001 8 0.001 4 0.000 2 0.000 11 0.001 1 0.000 4 0.001 6 0.000 25 0.000 19 0.000 26 0.000 4 0.000 3 0.000 13 0.000 8 0.000 2 0.000 3 0.000 16 0.000 22 0.000 1 0.000 5 0.000 11 0.001 2 0.000 8 0.000 14 0.000 19 0.000 79 0.000 13 0.000 18 0.000 26 0.000 2 0.000 2 0.000 5 0.001 1 0.001 1 0.000 3 0.001 9 0.000 1 0.000 9 0.000 8789 0.180 19 0.000 25 0.000 28500 0.444 11 0.000 6 0.001 4 0.001 3 0.000 12 0.001 3 0.001 1 0.001 1 0.000 36 0.590 17 0.773 70 1.9919999999999993 0.010000000000000002 2.0019999999999993
498 C498A|(ORF1ab_polyprotein:C233A(T78N))|(ORF1a_polyprotein:C233A(T78N)) 5 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.000 3 0.000 4 0.000 1 0.000 5 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.001 4 0.000 1 0.000 3 0.000 6 0.000 4 0.000 2 0.003 5 0.000 4 0.000 4 0.000 17 0.000 15 0.000 19 0.000 1 0.000 3 0.000 9 0.000 6 0.000 1 0.000 5 0.001 9 0.000 14 0.000 5 0.001 6 0.000 2 0.000 1 0.000 7 0.000 2357 0.055 5 0.000 2 0.000 46 0.000 11 0.000 11 0.000 13 0.000 5 0.001 2 0.000 5 0.001 1 0.002 1 0.000 3 0.001 7 0.000 1 0.000 3 0.000 8227 0.163 24 0.000 15 0.000 13 0.000 6 0.000 1 0.001 7 0.001 1 0.000 3 0.000 6 0.000 1 0.000 2 0.001 3 0.001 25 0.543 15 0.714 68 1.4789999999999996 0.007 1.4859999999999995
511 RATG13 T511C|(ORF1ab_polyprotein:T246C(G82G))|(ORF1a_polyprotein:T246C(G82G)) 6 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 3 0.001 3 0.003 1 0.000 8 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 5 0.000 4 0.000 2 0.000 4 0.000 1 0.000 6 0.000 6 0.000 5 0.000 3 0.000 2 0.000 12 0.000 20 0.000 12 0.000 3 0.000 4 0.000 9 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 6 0.000 13 0.000 5 0.000 3 0.000 1 0.000 3 0.000 2269 0.052 5101 0.106 545 0.058 67 0.000 14 0.000 13 0.000 14 0.000 3 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 6 0.000 2 0.000 7996 0.154 7 0.000 11 0.000 27358 0.410 11 0.000 3 0.001 2 0.000 195 0.110 1 0.000 26 0.553 15 0.750 61 2.1939999999999995 0.005 2.1989999999999994
513 A513G|(ORF1ab_polyprotein:A248G(H83R))|(ORF1a_polyprotein:A248G(H83R)) 1 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 3 0.001 2 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.000 3 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 3 0.000 6 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 2259 0.053 2226 0.047 18 0.000 6 0.000 5 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 7987 0.159 1 0.000 3 0.000 27407 0.421 3 0.000 2 0.000 3 0.001 2 0.000 1 0.000 1 0.000 195 0.115 26 0.553 15 0.750 44 2.0989999999999998 0.0 2.0989999999999998
539 C539T|(ORF1ab_polyprotein:C274T(L92F))|(ORF1a_polyprotein:C274T(L92F)) 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 2 0.000 1 0.000 6 0.000 6 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 4 0.000 6 0.000 1 0.000 2375 0.055 5139 0.102 576 0.060 5 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 8604 0.169 4 0.000 8 0.000 27879 0.424 2 0.000 1 0.001 1 0.000 1 0.000 212 0.120 27 0.587 16 0.842 37 2.36 0.0 2.36
670 T670A|(ORF1ab_polyprotein:T405A(S135R))|(ORF1a_polyprotein:T405A(S135R)) 1 0.000 2 0.000 4 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 3 0.000 4 0.000 5 0.000 5 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 6 0.000 3583 0.075 1026 0.087 12 0.000 2 0.000 1826 0.032 2 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 4990 0.107 2 0.000 2 0.000 19920 0.454 2865 0.126 2 0.000 140 0.123 301 0.075 29 0.744 11 0.917 1 0.012 46 2.7520000000000007 0.0 2.7520000000000007
898 T898G|(ORF1ab_polyprotein:T633G(A211A))|(ORF1a_polyprotein:T633G(A211A)) 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 386 0.010 841 0.062 2 0.000 2620 0.065 1 0.000 15010 0.374 7946 0.521 533 0.107 2030 0.169 14861 0.998 18 2.3059999999999996 0.0 2.3059999999999996
1562 T1562A|(ORF1ab_polyprotein:T1297A(C433S))|(ORF1a_polyprotein:T1297A(C433S)) 1 0.001 1 0.001 2 0.000 5 0.001 1 0.000 5 0.001 1 0.001 1 0.002 1 0.003 2 0.002 6 0.001 7 0.001 3 0.001 2 0.001 1 0.001 1 0.001 1 0.001 1 0.000 1 0.000 367 0.037 1 0.002 2 0.004 15 0.242 25 0.357 16 0.110 25 0.754 0.007 0.761
1616 C1616A|(ORF1ab_polyprotein:C1351A(L451I))|(ORF1a_polyprotein:C1351A(L451I)) 3 0.000 2 0.000 4 0.000 1 0.002 3 0.001 2 0.001 1 0.001 3 0.001 2 0.000 7 0.000 6 0.000 4 0.000 3 0.001 10 0.000 10 0.001 1 0.001 1 0.002 253 0.047 1 0.000 5 0.000 10 0.001 2 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 159 0.009 1 0.001 3 0.001 1 0.014 32 0.114 15 0.053 10 0.014 7 0.026 943 0.585 53 1.000 10 0.067 36 1.9339999999999995 0.003 1.9369999999999994
2037 RATG13 C2037T|(ORF1ab_polyprotein:C1772T(A591V))|(ORF1a_polyprotein:C1772T(A591V)) 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 14 1.000 9 1.001 0.001 1.0019999999999998
2061 C2061T|(ORF1ab_polyprotein:C1796T(A599V))|(ORF1a_polyprotein:C1796T(A599V)) 1 0.000 1 0.004 2 0.000 1 0.001 1 0.000 1 0.001 1 0.002 1 0.000 2 0.000 10 1.000 1 0.000 11 1.003 0.001 1.0039999999999998
2138 A2138C|(ORF1ab_polyprotein:A1873C(K625Q))|(ORF1a_polyprotein:A1873C(K625Q)) 1 0.002 2 0.001 1 0.000 261 0.219 1 0.000 2 0.000 3 0.000 12541 0.886 1 0.008 33 0.224 1580 0.610 2380 0.999 12 2.9459999999999997 0.0 2.9459999999999997
2143 RATG13 C2143T|(ORF1ab_polyprotein:C1878T(P626P))|(ORF1a_polyprotein:C1878T(P626P)) 1 0.000 1 0.000 1 0.000 118 0.039 1 0.000 1 0.000 1606 0.592 1 0.000 8 0.631 0.0 0.631
2293 G2293C|(ORF1ab_polyprotein:G2028C(Q676H))|(ORF1a_polyprotein:G2028C(Q676H)) 2 0.002 1 0.001 1 0.001 1 0.001 1 0.001 1 0.001 1 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.003 1 0.001 225 0.827 1 0.003 1 0.000 14 0.831 0.004 0.835
2388 C2388T|(ORF1ab_polyprotein:C2123T(T708I))|(ORF1a_polyprotein:C2123T(T708I)) 1 0.001 1 0.001 657 0.213 62 0.043 1 0.002 1 0.000 2 0.000 5790 0.689 1 0.000 9 0.947 0.001 0.948
2445 C2445T|(ORF1ab_polyprotein:C2180T(T727I))|(ORF1a_polyprotein:C2180T(T727I)) 1667 0.951 1 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 5 0.951 0.001 0.952
2465 A2465C|(ORF1ab_polyprotein:A2200C(K734Q))|(ORF1a_polyprotein:A2200C(K734Q)) 2 0.001 1 0.001 1 0.003 1 0.001 1 0.001 1 0.001 2 0.001 2 0.001 2 0.002 3 0.001 1 0.001 1 0.001 1 0.001 1 0.002 2 0.000 5542 0.653 16 0.657 0.010000000000000002 0.667
2611 A2611C|(ORF1ab_polyprotein:A2346C(P782P))|(ORF1a_polyprotein:A2346C(P782P)) 177 0.994 694 0.999 2 0.999 0 0.999
2618 A2618G|(ORF1ab_polyprotein:A2353G(I785V))|(ORF1a_polyprotein:A2353G(I785V)) 1 0.001 1 0.002 1 0.004 3 0.006 1376 0.639 324 0.988 6 1.633 0.007 1.64
2679 A2679C|(ORF1ab_polyprotein:A2414C(N805T))|(ORF1a_polyprotein:A2414C(N805T)) 2 0.001 1 0.001 1 0.005 1 0.001 1 0.001 1 0.000 1 0.007 3 0.001 1 0.000 1 1.000 10 1.001 0.009000000000000001 1.0099999999999998
2688 T2688C|(ORF1ab_polyprotein:T2423C(V808A))|(ORF1a_polyprotein:T2423C(V808A)) 157 0.272 1 0.004 1 0.002 2158 1.000 381 0.992 438 0.333 6 2.6029999999999998 0 2.6029999999999998
2756 A2756G|(ORF1ab_polyprotein:A2491G(I831V))|(ORF1a_polyprotein:A2491G(I831V)) 2 0.001 1 0.001 160 0.267 2180 1.000 371 0.997 629 0.483 6 2.747 0.001 2.7479999999999998
2776 G2776A|(ORF1ab_polyprotein:G2511A(K837K))|(ORF1a_polyprotein:G2511A(K837K)) 63 0.104 2092 1.000 371 0.997 754 0.492 4 2.593 0 2.593
3022 T3022C|(ORF1ab_polyprotein:T2757C(H919H))|(ORF1a_polyprotein:T2757C(H919H)) 2 0.001 1 0.000 1 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.001 4 0.000 1 0.001 3 0.000 208 1.000 1 0.002 1 0.000 1 0.013 19 1.0159999999999998 0.003 1.0189999999999997
3095 RATG13 T3095C|(ORF1ab_polyprotein:T2830C(S944P))|(ORF1a_polyprotein:T2830C(S944P)) 1 0.000 1 0.001 1 0.000 1 0.001 2 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.001 1 0.000 1 0.001 2 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.000 1 0.003 67 1.000 22 1.003 0.005 1.0079999999999998
3549 G3549A|(ORF1ab_polyprotein:G3284A(G1095E))|(ORF1a_polyprotein:G3284A(G1095E)) 2 0.000 1 0.001 1 0.000 2 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.001 1 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.001 2 0.000 1 0.000 8 1.000 1 0.001 1 0.003 16 1.005 0.001 1.0059999999999998
3772 T3772G|(ORF1ab_polyprotein:T3507G(V1169V))|(ORF1a_polyprotein:T3507G(V1169V)) 1 0.000 3 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 4 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 5 0.000 5384 0.992 11 0.992 0.0 0.992
3828 C3828T|(ORF1ab_polyprotein:C3563T(S1188L))|(ORF1a_polyprotein:C3563T(S1188L)) 1 0.002 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.002 333 0.117 53 0.017 2 0.001 547 0.076 3 0.000 21994 0.695 6150 0.997 3 0.042 3001 0.690 1 1.000 19 3.6369999999999996 0.002 3.6389999999999993
3852 A3852T|(ORF1ab_polyprotein:A3587T(E1196V))|(ORF1a_polyprotein:A3587T(E1196V)) 2 0.000 11 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.011 1 0.000 4 0.000 2 0.001 15 0.000 8 0.000 8 0.000 1 0.000 10 0.000 1 0.000 1 0.020 1 0.002 1 0.003 1 0.000 5 0.001 2 0.000 4 0.000 5 0.000 2 0.000 9 0.000 11652 0.373 1 0.000 2 0.000 2325 0.635 2 0.000 228 1.000 1 0.000 31 2.013 0.022 2.0349999999999997
3997 A3997G|(ORF1ab_polyprotein:A3732G(E1244E))|(ORF1a_polyprotein:A3732G(E1244E)) 1 0.001 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 6 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.002 3 0.000 4 0.000 5158 0.996 483 1.000 1 0.000 20 1.996 0.003 1.9989999999999999
4041 T4041C|(ORF1ab_polyprotein:T3776C(I1259T))|(ORF1a_polyprotein:T3776C(I1259T)) 1 0.005 1 0.001 2 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.000 3 0.000 1 0.001 3 0.000 1 0.001 461 0.157 1 0.000 1 0.000 301 0.039 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 3310 0.902 3 0.097 348 0.267 1 0.001 633 0.998 1 0.000 25 2.4600000000000004 0.009000000000000001 2.4690000000000003
4080 RATG13 G4080A|(ORF1ab_polyprotein:G3815A(S1272N))|(ORF1a_polyprotein:G3815A(S1272N)) 2 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 214 0.029 2 0.000 254 0.018 1 0.001 415 0.267 733 0.997 1 0.000 11 1.3119999999999998 0.0 1.3119999999999998
4181 G4181A|(ORF1ab_polyprotein:G3916A(A1306T))|(ORF1a_polyprotein:G3916A(A1306T)) 6 0.000 3 0.000 1 0.000 2 0.000 2645 0.174 2 0.000 4 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 8062 0.608 1 0.000 13 0.782 0.0 0.782
4386 A4386G|(ORF1ab_polyprotein:A4121G(N1374S))|(ORF1a_polyprotein:A4121G(N1374S)) 1 0.002 2 0.001 1 0.001 1 0.000 1 0.000 1983 0.335 1 0.000 1003 0.102 2 0.000 1 0.001 1 0.003 195 0.332 2 0.000 8 0.000 3 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 18 0.773 0.0 0.773
4485 A4485C|(ORF1ab_polyprotein:A4220C(K1407T))|(ORF1a_polyprotein:A4220C(K1407T)) 1 0.001 153 0.773 2 0.774 0 0.774
4516 T4516G|(ORF1ab_polyprotein:T4251G(D1417E))|(ORF1a_polyprotein:T4251G(D1417E)) 40 0.212 3886 0.446 2 0.658 0 0.658
4524 C4524T|(ORF1ab_polyprotein:C4259T(A1420V))|(ORF1a_polyprotein:C4259T(A1420V)) 113 0.711 1 0.711 0 0.711
4524 C4524T|(ORF1ab_polyprotein:GCT4258-4260GTC(A1420V))|(ORF1a_polyprotein:GCT4258-4260GTC(A1420V)) 763 0.990 1 0.99 0 0.99
4525 RATG13 T4525C|(ORF1ab_polyprotein:GCT4258-4260GTC(A1420V))|(ORF1a_polyprotein:GCT4258-4260GTC(A1420V)) 763 0.990 1 0.99 0 0.99
4595 A4595G|(ORF1ab_polyprotein:A4330G(T1444A))|(ORF1a_polyprotein:A4330G(T1444A)) 626 0.997 38 0.260 1 0.000 3529 0.410 4 1.6669999999999998 0.0 1.6669999999999998
4608 T4608C|(ORF1ab_polyprotein:T4343C(M1448T))|(ORF1a_polyprotein:T4343C(M1448T)) 98 0.737 1 0.737 0 0.737
4659 A4659T|(ORF1ab_polyprotein:A4394T(Y1465F))|(ORF1a_polyprotein:A4394T(Y1465F)) 1 0.001 3 0.001 1 0.000 65 0.064 4 0.001 287 0.039 1 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.000 1 0.001 19 0.065 1 0.000 3964 0.474 1 0.000 15 0.6439999999999999 0.002 0.6459999999999999
4888 T4888C|(ORF1ab_polyprotein:T4623C(P1541P))|(ORF1a_polyprotein:T4623C(P1541P)) 1 0.000 2 0.002 1 0.001 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 4 0.000 3 0.000 2 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.000 2 0.000 1 0.000 23525 0.984 1 0.000 2 0.000 33 0.985 0.004 0.989
4900 C4900T|(ORF1ab_polyprotein:C4635T(H1545H))|(ORF1a_polyprotein:C4635T(H1545H)) 2 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 4455 0.998 1 0.000 1 0.000 2 0.000 14 0.998 0.0 0.998
4960 G4960A|(ORF1ab_polyprotein:G4695A(V1565V))|(ORF1a_polyprotein:G4695A(V1565V)) 1 0.000 1 0.004 1 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 236 0.143 11 0.003 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.000 17051 0.376 16122 0.740 9946 0.401 3 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 21 1.6629999999999998 0.0 1.6629999999999998
5026 A5026C|(ORF1ab_polyprotein:A4761C(S1587S))|(ORF1a_polyprotein:A4761C(S1587S)) 1 0.001 21 0.000 12 0.000 30 0.000 24 0.001 1 0.002 1 0.002 1 0.001 1 0.001 7 0.000 12 0.000 48 0.001 1 0.002 1 0.001 1 0.001 1 0.001 20 0.000 9 0.000 57 0.000 39 0.000 37 0.000 56765 0.997 1 0.000 21 0.000 1 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 28 1.001 0.004 1.005
5063 G5063T|(ORF1ab_polyprotein:GAT4798-4800TTT(D1600F))|(ORF1a_polyprotein:GAT4798-4800TTT(D1600F)) 1 0.000 1 0.001 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 1.000 1 0.000 9 1.001 0.0 1.001
5064 A5064T|(ORF1ab_polyprotein:GAT4798-4800TTT(D1600F))|(ORF1a_polyprotein:GAT4798-4800TTT(D1600F)) 1 0.000 1 0.001 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 1.000 1 0.000 9 1.001 0.0 1.001
5067 G5067T|(ORF1ab_polyprotein:G4802T(G1601V))|(ORF1a_polyprotein:G4802T(G1601V)) 1 0.002 1 0.000 14 0.000 7 0.000 16 0.000 24 0.001 1 0.002 1 0.002 1 0.001 1 0.002 1 0.001 8 0.000 3 0.000 36 0.000 1 0.001 2 0.004 1 0.001 10 0.000 5 0.000 2 0.007 40 0.000 40 0.000 37 0.000 20 0.000 1 0.000 32 0.000 1 0.010 1 1.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 3 0.000 2 0.000 4 0.000 36 1.0119999999999998 0.014 1.0259999999999998
5098 T5098A|(ORF1ab_polyprotein:T4833A(N1611K))|(ORF1a_polyprotein:T4833A(N1611K)) 1 0.002 1 0.001 1 0.000 19 0.000 9 0.000 17 0.000 17 0.000 1 0.003 1 0.001 1 0.002 1 0.001 9 0.000 8 0.000 18 0.000 1 0.002 1 0.001 1 0.001 1 0.001 9 0.000 7 0.000 1 0.004 40 0.000 45877 0.393 23 0.000 54388 0.994 1 0.000 31056 0.510 117 0.190 1 0.002 72 0.097 30 2.186 0.012000000000000002 2.198
5334 5334-insertG|(ORF1ab_polyprotein:5069insertG(1690fs))|(ORF1a_polyprotein:5069insertG(1690fs)) 4 0.001 2 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.001 4 0.001 20 0.001 5 0.000 1 0.000 3 0.001 6 0.001 7 0.000 5 0.000 6 0.009 1 0.000 8 0.001 3 0.001 8 0.001 2 1.000 1 0.000 1 0.001 21 1.0039999999999996 0.011 1.0149999999999995
5648 RATG13 A5648C|(ORF1ab_polyprotein:A5383C(K1795Q))|(ORF1a_polyprotein:A5383C(K1795Q)) 1 0.000 3 0.001 1 0.002 3 0.000 1 0.006 4 0.000 1 0.000 6 0.000 9 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 5 0.000 3 0.000 2 0.000 6 0.000 12 0.000 12 0.000 3 0.000 4 0.000 3 0.000 9 0.000 5 0.000 6 0.000 1 0.001 1 0.000 4 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 10210 0.239 1 0.000 9 0.000 4693 0.097 13 0.000 2 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.000 2 0.001 5 0.000 29208 0.478 5 0.000 6 0.000 5 0.000 283 0.327 218 0.150 1 0.001 1 0.000 12198 0.734 3924 0.272 4 0.000 53 2.2979999999999996 0.011000000000000003 2.3089999999999997
5714 A5714G|(ORF1ab_polyprotein:A5449G(K1817E))|(ORF1a_polyprotein:A5449G(K1817E)) 1 0.000 1 0.000 1 0.002 1 0.000 1 0.000 8 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.000 2 0.000 2 0.000 8 0.000 3 0.000 2 0.000 3 0.000 1 0.000 3 0.001 4 0.000 3 0.000 4 0.000 1 0.000 1 0.000 11899 0.234 1 0.000 3 0.000 5655 0.096 6 0.000 3 0.000 1 0.003 4 0.000 3 0.000 33876 0.469 5 0.000 6 0.000 5 0.000 148 0.153 229 0.140 38 0.404 40 1.496 0.006 1.502
5730 RATG13 C5730T|(ORF1ab_polyprotein:C5465T(T1822I))|(ORF1a_polyprotein:C5465T(T1822I)) 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 3 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 2 0.000 3 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 2 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 60 0.984 26 0.984 0.0 0.984
5767 T5767A|(ORF1ab_polyprotein:T5502A(G1834G))|(ORF1a_polyprotein:T5502A(G1834G)) 3 0.000 1 0.000 1 0.000 5 0.000 6 0.000 1 0.000 2 0.000 5 0.000 5 0.001 3 0.001 2 0.000 3 0.000 7 0.001 2 0.000 1 0.004 1 0.000 1 0.000 3 0.000 7 0.000 14 0.000 20 0.000 25 0.001 7 0.000 5 0.000 7 0.000 12 0.000 5 0.000 4 0.000 1 0.000 2 0.000 15 0.000 2 0.000 1 0.000 14 0.000 40 0.001 27 0.001 3 0.000 1 0.003 5 0.001 7 0.000 8 0.000 13 0.000 5 0.000 4 0.000 4 0.000 1 1.000 2 0.001 1 0.001 48 1.0049999999999997 0.004 1.0089999999999997
6255 C6255T|(ORF1ab_polyprotein:C5990T(A1997V))|(ORF1a_polyprotein:C5990T(A1997V)) 1 0.001 2 0.000 4 0.000 1 0.000 6 0.000 3 0.000 1 0.001 1 0.001 1 0.000 2956 1.000 10 1.0019999999999998 0.001 1.0029999999999997
6378 A6378C|(ORF1ab_polyprotein:A6113C(N2038T))|(ORF1a_polyprotein:A6113C(N2038T)) 1 0.000 1 0.001 2 0.000 297 0.154 96 0.010 4 0.002 10405 0.387 5231 0.296 1 0.000 1 0.001 46 0.484 11 1.000 114 0.983 128 0.452 426 0.259 385 0.428 208 0.078 3355 0.519 18 5.051999999999999 0.001 5.052999999999999
6426 A6426C|(ORF1ab_polyprotein:A6161C(N2054T))|(ORF1a_polyprotein:A6161C(N2054T)) 1 0.002 2 0.000 1 0.002 3 0.000 3 0.000 1 0.001 1 0.000 1 0.001 1 0.001 245 0.140 2 0.000 1 0.000 3 0.000 9106 0.384 4424 0.289 45 0.500 11 1.000 117 1.000 93 0.384 345 0.239 1 0.001 361 0.432 155 0.062 2934 0.485 24 4.917 0.004 4.920999999999999
6472 C6472A|(ORF1ab_polyprotein:C6207A(T2069T))|(ORF1a_polyprotein:C6207A(T2069T)) 1 0.002 2 0.001 1 0.001 1 0.000 2 0.000 3 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.001 1 1.000 2 0.000 1 0.000 12 1.0 0.004 1.004
6568 C6568A|(ORF1ab_polyprotein:C6303A(D2101E))|(ORF1a_polyprotein:C6303A(D2101E)) 15 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 11 0.001 12 0.001 3 0.001 1 0.000 8 0.001 5 0.001 11 0.001 11 0.002 1 0.000 1 0.000 5 0.001 2 0.000 3 0.000 1 0.000 4 0.000 5 0.000 3 0.000 6 0.000 3 0.000 4 0.000 5 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.001 4 0.000 1 0.001 4 0.001 3 0.000 4 0.000 5 0.000 2 0.000 1 0.000 1184 0.033 3 0.000 11 0.001 11 0.001 5 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 6 0.001 4 0.001 1 0.002 2 0.000 2 0.001 3 0.001 9 0.001 1 0.000 1 0.000 4 0.000 2 0.000 19 1.000 5 0.000 5 0.001 4 0.000 3 0.000 2 0.000 1 0.001 1 0.003 1 0.333 66 1.3729999999999998 0.014000000000000005 1.3869999999999998
6609 G6609T|(ORF1ab_polyprotein:G6344T(R2115I))|(ORF1a_polyprotein:G6344T(R2115I)) 3 0.000 4 0.000 2 0.000 3 0.000 9 0.000 1 0.000 2 0.000 7 0.001 1 0.000 12 0.002 4 0.001 4 0.000 5 0.001 5 0.001 2 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 4 0.000 1 0.000 1 0.000 11 0.000 9 0.000 1 0.000 4 0.000 3 0.000 1 0.001 8 0.001 6 0.002 4 0.000 3 0.000 2 0.000 8 0.001 3 0.000 2 0.000 10936 0.303 2 0.000 6 0.000 5 0.000 7 0.000 1 0.000 4 0.000 8 0.002 3 0.001 1 0.000 1 0.000 4 0.000 2 0.000 6 0.000 4 0.000 24 1.000 13 0.001 747 0.171 3469 0.319 1 0.000 1 0.000 534 0.290 1 0.001 1 0.001 3 1.000 1 0.000 61 3.086 0.008 3.094
6884 G6884T|(ORF1ab_polyprotein:G6619T(G2207C))|(ORF1a_polyprotein:G6619T(G2207C)) 1 0.001 3 0.004 1 0.001 151 0.203 1 0.002 1 0.002 1 0.167 82 0.352 5937 0.350 9 1.074 0.003 1.077
6896 C6896T|(ORF1ab_polyprotein:C6631T(L2211L))|(ORF1a_polyprotein:C6631T(L2211L)) 11 0.151 20 0.034 16 0.073 17 0.066 10 0.077 21 1.000 6 1.077 0 1.077
6951 T6951G|(ORF1ab_polyprotein:T6686G(I2229S))|(ORF1a_polyprotein:T6686G(I2229S)) 1 0.000 154 0.189 1 0.500 91 0.347 12584 0.396 3 0.000 1 0.000 4 0.000 1 0.000 9 1.432 0.0 1.432
7007 G7007A|(ORF1ab_polyprotein:G6742A(A2248T))|(ORF1a_polyprotein:G6742A(A2248T)) 1 0.001 1 0.007 1 0.001 1 0.003 1 0.004 1 0.001 1 0.004 1 0.002 100 0.676 1 0.000 5 0.000 9 0.000 2 0.000 18 0.000 2 0.000 1 0.000 16 0.678 0.005 0.683
7165 C7165T|(ORF1ab_polyprotein:C6900T(T2300T))|(ORF1a_polyprotein:C6900T(T2300T)) 1 0.000 1 0.001 3 0.000 2 0.000 359 0.997 3 0.000 1 0.000 7 0.998 0.0 0.998
7735 RATG13 C7735T|(ORF1ab_polyprotein:C7470T(I2490I))|(ORF1a_polyprotein:C7470T(I2490I)) 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 2 0.000 3 0.000 1 0.000 2 0.000 1338 0.122 2 0.000 2587 0.080 5 0.000 1 0.000 1 0.002 1 0.001 2 0.000 1 0.000 1779 0.208 1 0.000 222 0.070 586 0.641 22 1.121 0.003 1.1239999999999999
7766 A7766C|(ORF1ab_polyprotein:A7501C(I2501L))|(ORF1a_polyprotein:A7501C(I2501L)) 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.000 3 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 8 0.000 4 0.000 1 0.000 2 0.001 2 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.001 3 0.002 1985 0.224 1 0.000 1 0.000 1 0.000 452 0.614 42 0.841 0.001 0.842
7771 7771-insertAT|(ORF1ab_polyprotein:7506insertAT(2502fs))|(ORF1a_polyprotein:7506insertAT(2502fs)) 1 1.000 1 1.0 0 1.0
7775 T7775C|(ORF1ab_polyprotein:T7510C(Y2504H))|(ORF1a_polyprotein:T7510C(Y2504H)) 1 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 4 0.001 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.001 2 0.000 1 0.000 1 1.000 2 0.000 27 1.001 0.001 1.0019999999999998
7982 G7982A|(ORF1ab_polyprotein:G7717A(D2573N))|(ORF1a_polyprotein:G7717A(D2573N)) 1 0.000 1 0.000 4 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 4902 0.999 10 0.999 0.0 0.999
8040 A8040G|(ORF1ab_polyprotein:A7775G(D2592G))|(ORF1a_polyprotein:A7775G(D2592G)) 3 0.000 1 0.000 2 0.000 3 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.001 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.001 3077 0.236 2 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 5 0.000 1 0.000 1974 0.274 242 0.253 3 0.000 5943 0.167 1 0.000 1 0.000 9169 0.303 2 0.000 31 1.233 0.002 1.235
8067 C8067A|(ORF1ab_polyprotein:C7802A(T2601N))|(ORF1a_polyprotein:C7802A(T2601N)) 4 0.001 2 0.002 1 0.001 3 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 8 0.007 9 0.008 2 0.001 3 0.001 11 0.003 3 0.002 1 0.000 3 0.001 1 0.000 2 0.000 16 0.001 16 0.001 2 0.000 5 0.000 1 0.000 2 0.003 2 0.000 1 0.000 1 0.002 5 0.003 5 0.002 1 0.001 2738 0.233 1 0.000 3 0.000 26 0.002 20 0.002 1 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.002 9 0.003 21 0.003 2 0.000 2 0.000 2885 0.377 2 0.006 211 0.261 2 0.001 2 0.002 1 0.002 6401 0.172 1 0.000 19354 0.605 51 1.664 0.024000000000000007 1.688
9042 C9042T|(ORF1ab_polyprotein:C8777T(S2926F))|(ORF1a_polyprotein:C8777T(S2926F)) 2 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 8 0.000 5 0.000 2 0.000 4 0.000 4 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 4 0.000 2 0.000 2057 0.092 13867 0.440 1 0.000 3 0.000 6282 0.165 2 0.000 1 0.000 2 0.000 5 0.000 141073 0.998 5 0.000 1 0.000 2518 0.520 1 0.000 1 0.000 33 2.2150000000000003 0.0 2.2150000000000003
9112 RATG13 C9112T|(ORF1ab_polyprotein:C8847T(R2949R))|(ORF1a_polyprotein:C8847T(R2949R)) 1 0.000 2 0.000 11 0.002 3 0.000 3 0.000 8 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 10 0.000 4 0.000 3 0.000 3 0.000 2 0.000 6 0.000 2 0.000 2 0.000 8 0.000 4 0.000 1 0.000 11 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 3 0.000 1 0.000 1888 0.086 12593 0.426 1 0.000 1 0.000 6 0.000 5241 0.146 8 0.000 6 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 3 0.000 6 0.000 13 0.000 136802 0.999 4 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 5 0.000 5 0.000 3 0.000 1 0.000 50 1.657 0.002 1.659
9145 T9145C|(ORF1ab_polyprotein:T8880C(S2960S))|(ORF1a_polyprotein:T8880C(S2960S)) 3 0.000 1 0.000 4 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 5 0.000 6 0.000 3 0.000 2 0.000 1 0.000 10 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 4 0.000 1 0.000 5 0.000 2 0.000 10 0.000 2 0.000 3 0.000 5 0.000 7 0.000 6 0.000 4 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 2 0.000 3 0.000 3 0.000 7 0.000 9 0.000 4 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 8 0.000 13 0.000 142564 0.999 3 0.000 2 0.000 1 0.000 4 0.000 9 0.000 1 0.000 3 0.001 54 1.0 0.001 1.001
9430 C9430T|(ORF1ab_polyprotein:C9165T(I3055I))|(ORF1a_polyprotein:C9165T(I3055I)) 1 0.008 1 0.000 1 0.000 302 0.997 130 0.043 5 1.048 0 1.048
9803 RATG13 C9803T|(ORF1ab_polyprotein:C9538T(L3180L))|(ORF1a_polyprotein:C9538T(L3180L)) 1 0.001 1 0.000 2 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 5 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.001 7719 0.999 2 0.000 2 0.000 1 0.000 26 1.0 0.001 1.001
10042 RATG13 A10042G|(ORF1ab_polyprotein:A9777G(S3259S))|(ORF1a_polyprotein:A9777G(S3259S)) 1 0.002 9 0.063 1 0.006 1 0.010 1 0.002 33 1.000 6 1.0 0.020000000000000004 1.02
10156 RATG13 C10156T|(ORF1ab_polyprotein:C9891T(D3297D))|(ORF1a_polyprotein:C9891T(D3297D)) 1 0.000 2 0.000 1 0.000 5497 0.976 2747 0.464 1 0.000 2 0.000 2 0.000 4 0.000 3 0.000 963 0.997 11 2.4370000000000003 0.0 2.4370000000000003
10207 RATG13 C10207T|(ORF1ab_polyprotein:C9942T(N3314N))|(ORF1a_polyprotein:C9942T(N3314N)) 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 5 0.000 1 0.000 4 0.000 1 0.000 5638 0.995 12 0.995 0.0 0.995
10282 RATG13 G10282A|(ORF1ab_polyprotein:G10017A(R3339R))|(ORF1a_polyprotein:G10017A(R3339R)) 2 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 908 0.999 6 0.999 0.0 0.999
10754 G10754A|(ORF1ab_polyprotein:G10489A(A3497T))|(ORF1a_polyprotein:G10489A(A3497T)) 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 6127 0.997 2 0.000 11 0.997 0.001 0.998
10947 G10947A|(ORF1ab_polyprotein:G10682A(R3561K))|(ORF1a_polyprotein:G10682A(R3561K)) 1 0.000 348 0.254 1 0.000 1922 0.176 2084 0.118 3820 0.352 117 0.181 7 1.081 0 1.081
11070 11070-insertG|(ORF1ab_polyprotein:10805insertG(3602fs))|(ORF1a_polyprotein:10805insertG(3602fs)) 1 0.000 1 0.000 42 0.007 46 0.004 20 0.001 9 0.001 1 0.000 10 0.000 12 0.001 6 0.005 1 1.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 5 0.000 2 0.000 14 0.004 8 0.004 10 0.001 10 0.001 13 0.006 2 0.003 5 0.002 23 1.0119999999999998 0.015000000000000003 1.0269999999999997
11506 A11506T|(ORF1ab_polyprotein:A11241T(V3747V))|(ORF1a_polyprotein:A11241T(V3747V)) 10 0.001 2 0.000 2 0.001 3 0.000 1 0.000 4 0.000 16 0.001 3 0.001 2 0.001 1 0.002 3 0.003 5 0.002 10 0.000 16 0.001 8 0.001 6 0.001 1 0.001 2 0.000 2 0.001 2 0.000 15 0.001 8 0.001 9 0.000 9 0.000 49 0.001 52 0.001 5 0.000 11 0.001 2 0.000 4 0.001 15 0.002 13 0.003 4 0.000 2 0.001 1 0.001 7 0.001 4 0.000 4 0.000 9 0.001 2 0.001 6 0.001 14 0.000 7 0.001 11 0.000 11 0.001 68 0.001 3 0.000 3 0.000 2 0.002 1 0.001 2 0.001 3 0.001 4 0.001 23 0.001 6 0.001 11 0.000 4 0.000 6 0.000 7 0.000 5 0.001 1 1.000 3 0.002 3 0.002 12 0.001 4 0.002 2 0.000 66 1.014999999999999 0.020000000000000007 1.034999999999999
11507 G11507T|(ORF1ab_polyprotein:G11242T(V3748F))|(ORF1a_polyprotein:G11242T(V3748F)) 7 0.000 4 0.001 1 0.000 5 0.001 1 0.000 1 0.002 11 0.001 11 0.000 5 0.001 4 0.001 2 0.001 19 0.001 12 0.000 7 0.001 2 0.000 1 0.001 4 0.001 2 0.001 1 0.000 12 0.001 6 0.001 15 0.001 13 0.000 22 0.000 29 0.001 8 0.001 4 0.000 2 0.001 4 0.001 1 0.000 6 0.001 4 0.001 1 0.001 6 0.000 1 0.001 2 0.001 3 0.000 3 0.000 4 0.000 2 0.000 4 0.001 3 0.000 24 0.001 7 0.001 23 0.001 12 0.001 22 0.000 2 0.000 3 0.000 1 0.001 2 0.001 6 0.001 8 0.000 1 0.000 10 0.000 4 0.000 2 0.000 12 0.001 4 0.000 1 1.000 1 0.002 4 0.003 4 0.000 12 0.001 1 0.000 2 0.000 66 1.0129999999999992 0.016000000000000007 1.0289999999999992
11510 A11510T|(ORF1ab_polyprotein:A11245T(T3749S))|(ORF1a_polyprotein:A11245T(T3749S)) 16 0.001 2 0.001 6 0.001 7 0.002 3 0.000 10 0.001 16 0.001 7 0.001 5 0.001 2 0.004 2 0.002 7 0.003 17 0.001 22 0.001 13 0.001 7 0.001 2 0.001 3 0.001 2 0.001 5 0.001 7 0.000 5 0.000 10 0.001 22 0.001 47 0.001 47 0.001 6 0.000 15 0.001 3 0.001 3 0.001 3 0.001 8 0.001 7 0.001 2 0.002 11 0.001 1 0.001 4 0.002 6 0.001 10 0.001 7 0.001 5 0.001 2 0.001 6 0.001 20 0.001 6 0.001 29 0.001 8 0.001 72 0.001 2 0.000 2 0.000 4 0.003 3 0.002 2 0.001 13 0.002 23 0.001 10 0.002 11 0.000 10 0.001 6 0.000 14 0.001 8 0.001 1 1.000 2 0.004 5 0.003 3 0.002 7 0.001 13 0.001 2 0.001 4 0.001 6 0.001 70 1.0259999999999987 0.032000000000000015 1.0579999999999987
11824 RATG13 C11824T|(ORF1ab_polyprotein:C11559T(I3853I))|(ORF1a_polyprotein:C11559T(I3853I)) 1 0.000 1 0.000 1 0.001 4 0.001 3 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 10 0.001 1 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 4 0.000 1427 0.111 915 0.051 1 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.005 27 0.730 24 0.898 0.001 0.899
11857 11857-insertTG|(ORF1ab_polyprotein:GATGTAAAG11590-11598GATGTGTATAAGinsert(DVK3864-3866DVYKinsert))|(ORF1a_polyprotein:GATGTAAAG11590-11598GATGTGTATAAGinsert(DVK3864-3866DVYKinsert)) 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.001 1 0.000 2 0.000 2 0.045 1 0.000 1 1.000 1 0.000 10 1.045 0.001 1.0459999999999998
11861 11861-insertT|(ORF1ab_polyprotein:GATGTAAAG11590-11598GATGTGTATAAGinsert(DVK3864-3866DVYKinsert))|(ORF1a_polyprotein:GATGTAAAG11590-11598GATGTGTATAAGinsert(DVK3864-3866DVYKinsert)) 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.001 1 0.000 2 0.000 2 0.045 1 0.000 1 1.000 1 0.000 10 1.045 0.001 1.0459999999999998
11864 T11864A|(ORF1ab_polyprotein:TGC11599-11601AGdel(C3867del;fs))|(ORF1a_polyprotein:TGC11599-11601AGdel(C3867del;fs)) 1 0.000 2 0.000 1 0.001 1 0.026 1 0.000 1 0.000 1 1.000 7 1.026 0.001 1.027
11866 C11866-11866del|(ORF1ab_polyprotein:TGC11599-11601AGdel(C3867del;fs))|(ORF1a_polyprotein:TGC11599-11601AGdel(C3867del;fs)) 1 0.000 2 0.000 1 0.001 1 0.025 1 0.000 1 0.000 1 1.000 7 1.025 0.001 1.0259999999999998
11935 A11935T|(ORF1ab_polyprotein:A11670T(Q3890H))|(ORF1a_polyprotein:A11670T(Q3890H)) 6 0.000 2 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 4 0.000 5 0.000 1 0.000 3 0.000 2 0.000 6 0.000 7 0.000 7 0.000 8 0.000 3 0.000 1 0.000 4 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 2 0.000 3 0.000 9 0.000 1 0.000 3 0.000 3 0.000 4 0.000 4 0.000 3 0.000 5 0.000 2 0.000 34 0.000 5 0.000 7 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 5 0.000 2 0.000 7 0.000 1 0.000 1 1.000 2 0.000 3 0.000 1 0.000 2 0.000 3 0.000 1 0.000 56 1.0 0.001 1.001
12157 T12157C|(ORF1ab_polyprotein:T11892C(Y3964Y))|(ORF1a_polyprotein:T11892C(Y3964Y)) 3 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.001 3 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 6 0.000 2 0.000 4 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 5 0.000 2 0.000 10 0.000 6 0.000 9 0.000 13 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 9 0.000 2 0.000 1 0.000 3 0.000 4 0.000 1 0.000 3 0.000 4 0.000 3 0.000 16 0.000 11 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 4 0.000 1 0.000 2 0.000 5 0.000 8259 0.170 3843 0.997 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 425 0.034 471 0.994 57 2.195 0.001 2.1959999999999997
12164 G12164T|(ORF1ab_polyprotein:G11899T(A3967S))|(ORF1a_polyprotein:G11899T(A3967S)) 17 0.000 9 0.001 15 0.001 5 0.000 8 0.000 4 0.000 3 0.001 16 0.000 7 0.000 4 0.000 3 0.000 2 0.000 3 0.001 4 0.001 4 0.001 15 0.001 18 0.001 8 0.000 11 0.000 12 0.001 3 0.000 2 0.000 7 0.000 24 0.001 16 0.001 30 0.000 48 0.000 19 0.000 26 0.000 5 0.000 11 0.000 1 0.000 6 0.001 4 0.001 9 0.001 8 0.001 22 0.000 35 0.000 1 0.000 12 0.001 19 0.001 11 0.000 19 0.001 11 0.000 8 0.000 12 0.001 45 0.001 10 0.000 70 0.000 41 0.000 10 0.000 2560 0.039 1 0.000 1 0.000 2 0.001 3 0.000 1 0.000 2 0.000 3 0.000 6 0.000 22 0.000 10 0.001 5 0.000 4 0.000 18 0.000 7869 0.167 3629 0.996 6 0.001 2 0.000 923 0.118 16 0.001 14 0.001 7 0.001 363 0.033 1732 0.200 896 0.997 76 2.555999999999999 0.012000000000000004 2.567999999999999
12181 RATG13 T12181C|(ORF1ab_polyprotein:T11916C(D3972D))|(ORF1a_polyprotein:T11916C(D3972D)) 3 0.000 2 0.000 6 0.001 2 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 3 0.001 1 0.000 4 0.000 1 0.000 4 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 3 0.000 2 0.000 2 0.000 10 0.000 13 0.000 8 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 6 0.000 12 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.000 3 0.000 4 0.000 3 0.000 1 0.000 13 0.000 1 0.000 26 0.000 10 0.000 1757 0.068 2432 0.041 1 0.000 2 0.000 2 0.000 6 0.000 3 0.000 4 0.000 8 0.000 7530 0.163 3554 0.997 2 0.000 1 0.000 810 0.124 1 0.000 1 0.000 309 0.034 2128 0.297 1 0.000 1374 1.000 60 2.7239999999999998 0.001 2.7249999999999996
12334 A12334T|(ORF1ab_polyprotein:A12069T(A4023A))|(ORF1a_polyprotein:A12069T(A4023A)) 1 0.000 1 0.004 1 0.001 3 0.001 1 0.000 2 0.001 1 0.002 1 0.000 3 0.000 8 0.000 9 0.001 1 0.000 2 0.000 2 0.001 1 0.001 1 0.000 1 0.000 4 0.000 6 0.001 8 0.000 1 0.001 1 0.000 4 0.000 15481 0.585 1 0.000 2 0.002 1 0.000 1 0.000 28 0.589 0.008 0.597
12671 G12671T|(ORF1ab_polyprotein:G12406T(A4136S))|(ORF1a_polyprotein:G12406T(A4136S)) 1 0.002 1 0.000 1 0.001 1 0.001 3 0.001 3 0.001 5 0.001 3 0.000 5 0.000 2 0.002 1 0.002 12 0.001 11 0.001 1 0.002 2 0.001 1 0.000 1 0.000 206 1.000 1 0.006 19 1.0109999999999997 0.008 1.0189999999999997
12854 C12854T|(ORF1ab_polyprotein:C12589T(P4197S))|(ORF1a_polyprotein:C12589T(P4197S)) 1 0.001 1 0.000 2 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 416 0.998 12 0.998 0.0 0.998
12924 C12924T|(ORF1ab_polyprotein:C12659T(P4220L))|(ORF1a_polyprotein:C12659T(P4220L)) 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 4 0.000 1 0.000 1 0.019 300 1.000 12 1.0 0.019 1.019
13138 C13138T|(ORF1ab_polyprotein:C12873T(I4291I))|(ORF1a_polyprotein:C12873T(I4291I)) 4 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 4 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.000 5 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 2 0.000 3 0.000 4 0.000 3 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 4 0.000 1 0.000 3 0.000 2 0.000 26501 0.165 10 0.000 13 0.000 1 0.000 4663 0.041 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 164 0.988 2 0.000 3 0.000 1 0.000 1912 0.212 6497 0.567 44 1.9729999999999999 0.0 1.9729999999999999
13285 A13285G|(ORF1ab_polyprotein:A13020G(K4340K))|(ORF1a_polyprotein:A13020G(K4340K)) 4 0.000 3 0.000 8 0.000 2 0.000 2 0.000 4 0.000 2 0.000 10 0.000 5 0.000 1 0.000 3 0.000 5 0.000 2 0.000 16 0.002 30 0.002 76 0.002 2 0.000 6 0.000 28 0.001 46 0.001 1 0.000 2 0.000 4 0.000 8 0.000 7 0.000 15 0.000 11 0.000 92 0.001 81 0.001 7 0.000 2 0.000 5 0.000 2 0.000 65 0.002 53 0.002 8 0.000 6 0.000 1 0.000 1 0.000 17 0.001 7 0.000 19 0.001 2 0.000 5 0.000 33934 0.182 8 0.000 32 0.000 17 0.000 37 0.000 6107 0.047 1 0.000 1 0.000 20 0.002 1 0.000 3 0.000 1 0.000 17 0.001 59 0.001 2 0.000 6 0.000 6 0.000 10 0.000 37 0.002 4 0.000 5 0.000 5 0.000 3 0.000 2366 0.231 12076 0.542 3 0.000 70 1.0059999999999998 0.009000000000000001 1.0149999999999997
13295 G13295A|(ORF1ab_polyprotein:G13030A(D4344N))|(ORF1a_polyprotein:G13030A(D4344N)) 7 0.000 9 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 3 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 5 0.000 2 0.000 1 0.000 3 0.000 3 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 4 0.000 7 0.000 10 0.000 2 0.000 1 0.000 3 0.000 4 0.000 7 0.000 1 0.000 2 0.000 13 0.001 4 0.000 2 0.000 29575 0.170 3 0.000 9 0.000 9 0.000 3 0.000 4881 0.040 4 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 2 0.000 4 0.000 4 0.000 3 0.000 3 0.000 2055 0.217 11260 0.550 1 0.000 53 0.9770000000000001 0.001 0.9780000000000001
13335 C13335T|(ORF1ab_polyprotein:C13070T(A4357V))|(ORF1a_polyprotein:C13070T(A4357V)) 2 0.000 2 0.000 9 0.000 3 0.000 2 0.000 2 0.000 6 0.000 2 0.000 3 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 3 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 4 0.000 1 0.000 5 0.000 4 0.000 4 0.000 6 0.000 1 0.000 24 0.000 2 0.000 3 0.000 8 0.000 2 0.000 4 0.000 5 0.000 2 0.000 3 0.000 9 0.000 3 0.000 5 0.001 1 0.000 1 0.000 5 0.000 1 0.000 22 0.000 3 0.000 16 0.000 10 0.000 3 0.000 10 0.000 1 0.000 3 0.001 1 0.000 2 0.000 1 0.000 4 0.000 3 0.000 4 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 4 0.000 4 0.000 3 0.000 1 0.000 11640 0.588 1 0.000 1 0.000 1 0.000 65 0.588 0.002 0.59
13359 T13359A|(ORF1ab_polyprotein:T13094A(L4365H))|(ORF1a_polyprotein:T13094A(L4365H)) 5 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.000 12 0.000 9 0.000 11 0.000 5 0.000 21 0.004 31 0.005 107 0.005 35 0.003 42 0.003 1 0.000 4 0.000 1 0.000 5 0.000 3 0.000 65 0.001 47 0.001 13 0.000 8 0.000 12 0.000 1 0.000 69 0.004 77 0.005 3 0.000 1 0.000 11 0.001 2 0.000 14 0.002 5 0.000 3 0.000 6 0.000 5 0.000 21 0.001 56 0.001 4 0.000 1 0.000 31 0.007 1 0.000 17 0.002 49 0.002 1 0.000 7 0.000 4 0.000 6 0.000 38 0.004 1 1.000 2 0.000 9 0.002 3 0.000 1 0.000 2 0.000 54 1.0109999999999997 0.021 1.0319999999999996
13526 A13526-13526del|(ORF1ab_polyprotein:ACTGAT13258-13263CTGTdel(TD4420-4421Ldel;fs)) 4 0.000 1 1.000 2 1.0 0.0 1.0
13528 G13528C|(ORF1ab_polyprotein:G13264C(V4422L)) 3 0.000 3 0.000 1 0.004 1 0.000 18 0.000 10 0.000 2 0.000 2 0.000 2 0.000 4 0.000 5 0.000 7 0.000 10 0.000 1 0.000 11 0.000 13 0.000 13 0.000 1 1.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 22 1.0 0.0 1.0
13531 G13531T|(ORF1ab_polyprotein:G13267T(V4423L)) 4 0.000 4 0.001 1 0.000 7 0.000 9 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.000 3 0.000 3 0.000 3 0.000 6 0.000 4 0.000 3 0.000 1 1.000 1 0.000 6 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 20 1.0 0.0 1.0
13608 C13608T|(ORF1ab_polyprotein:C13344T(F4448F)) 2 0.000 2 0.000 3 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.015 1 0.000 1 0.000 13113 0.999 1 0.000 1 0.000 11 1.0 0.015 1.015
13924 T13924A|(ORF1ab_polyprotein:T13660A(W4554R)) 1 0.000 2 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.000 1 0.000 2 0.000 3 0.001 3 0.001 4 0.002 1 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 3 0.001 1 0.002 5 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.000 5 0.000 10 0.001 6 0.000 2 0.000 2 0.000 6 0.000 2 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 3 0.000 5 0.000 13 0.000 1 0.000 8 0.001 3 0.000 8 0.001 7 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.001 3 0.750 1 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.000 3 0.000 1 0.000 57 0.753 0.003 0.756
13960 G13960A|(ORF1ab_polyprotein:G13696A(V4566I)) 2 0.000 5 0.001 1 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 956 0.189 2 0.000 1 0.000 2 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 5 0.000 8 0.000 3 0.000 3 0.000 2 0.000 1 0.000 4 0.000 4 0.000 1 0.001 2 0.000 2 0.001 5 0.000 1 0.000 6 0.000 1 0.000 1 0.000 7 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.000 1 0.000 3 0.000 3 0.000 2 0.000 6 0.003 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 1.000 45 1.003 0.004 1.007
13985 TA13985-13986del|(ORF1ab_polyprotein:13721-13722del(4574fs)) 1 1.000 1 1.0 0 1.0
14120 C14120T|(ORF1ab_polyprotein:C13856T(P4619L)) 2 0.000 81 0.032 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 4 0.000 5 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.000 2 0.000 2 0.000 3 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3952 0.998 1 0.000 26 0.998 0.001 0.999
14912 A14912G|(ORF1ab_polyprotein:A14648G(N4883S)) 1 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.001 1 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.002 1 0.002 1 0.000 2230 0.618 1 0.001 479 0.559 19 1.18 0.006 1.186
14937 C14937A|(ORF1ab_polyprotein:C14673A(D4891E)) 1 0.000 3 0.001 1 0.000 3 0.002 1 0.002 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.001 1 0.000 1 0.001 1 0.001 1 0.001 4 0.000 1 0.001 3 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1185 0.154 3 0.000 2 0.003 2 0.002 2 0.003 2 0.002 1 0.000 1 0.000 1 0.000 111 0.153 3308 0.626 1 0.000 651 0.558 2 0.000 34 1.491 0.016000000000000004 1.5070000000000001
15928 C15928T|(ORF1ab_polyprotein:C15664T(P5222S)) 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 2 0.000 1356 0.050 3032 0.048 355 0.015 2 0.000 10233 0.252 1220 0.037 2 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.000 3 0.000 1 0.000 630 0.073 1629 0.125 1072 0.169 1 0.001 1 0.000 38 0.7690000000000001 0.002 0.7710000000000001
15935 C15935T|(ORF1ab_polyprotein:C15671T(P5224L)) 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 4 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 5 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 5 0.000 2 0.000 2 0.000 2 0.000 3 0.000 1382 0.050 3120 0.048 385 0.016 6 0.000 10756 0.254 1281 0.038 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 4 0.000 1 0.000 1 0.000 665 0.076 1728 0.129 1 0.000 1130 0.174 1 0.001 39 0.7850000000000001 0.001 0.7860000000000001
15940 C15940T|(ORF1ab_polyprotein:C15676T(P5226S)) 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1352 0.052 163 0.003 385 0.018 10766 0.266 1277 0.041 3 0.001 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 651 0.080 1727 0.136 1116 0.182 26 0.7780000000000001 0.001 0.7790000000000001
15952 RATG13 C15952T|(ORF1ab_polyprotein:C15688T(L5230L)) 3 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 4 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 3665 0.061 1 0.000 1 0.000 3 0.000 1750 0.057 1 0.000 25430 0.466 2 0.000 2 0.000 765 0.098 1 0.000 1 0.000 640 0.107 123 0.236 29 1.0250000000000001 0.0 1.0250000000000001
15961 G15961A|(ORF1ab_polyprotein:G15697A(G5233S)) 9 0.000 2 0.000 2 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 3 0.000 5 0.000 1 0.000 5 0.000 1 0.000 4 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 3 0.000 5 0.000 5 0.000 5 0.000 2 0.000 7 0.000 2 0.000 7 0.000 19 0.000 4 0.000 1 0.000 2 0.001 6 0.000 1 0.000 4 0.000 1 0.000 1289 0.055 3178 0.057 1 0.000 1 0.000 5 0.000 6567 0.175 1435 0.050 1 0.000 2 0.000 2 0.001 2 0.003 1 0.000 1 0.001 3 0.000 7 0.000 1 0.000 3 0.000 6 0.000 5 0.000 13 0.000 2 0.000 1 0.000 646 0.087 1596 0.138 1 0.000 982 0.175 1 0.000 1 0.000 61 0.7370000000000001 0.006 0.7430000000000001
16003 ATG16003-16005del|(ORF1ab_polyprotein:15739-15741del(M5247del)) 980 0.038 2386 0.040 254 0.012 8461 0.221 1102 0.035 550 0.069 1344 0.110 795 0.137 8 0.662 0 0.662
16025 TAGC16025-16028del|(ORF1ab_polyprotein:15761-15764del(5254fs)) 1038 0.043 2501 0.044 247 0.013 7760 0.220 1009 0.034 497 0.067 1276 0.113 811 0.147 8 0.681 0 0.681
16057 C16057A|(ORF1ab_polyprotein:C15793A(P5265T)) 12 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 3 0.000 4 0.000 3 0.000 9 0.000 3 0.000 8 0.000 2 0.000 10 0.000 6 0.000 16 0.001 1 0.001 6 0.001 6 0.000 3 0.000 11 0.001 7 0.001 1 0.000 2 0.000 2 0.000 2 0.000 17 0.001 8 0.000 10 0.000 3 0.000 19 0.000 15 0.000 28 0.000 28 0.000 9 0.001 5 0.000 16 0.001 4 0.001 10 0.000 7 0.001 13 0.000 5 0.000 1612 0.063 3524 0.060 368 0.018 3 0.000 17 0.000 10389 0.269 1469 0.048 7 0.001 2 0.000 3 0.000 1 0.000 3 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 5 0.001 18 0.001 2 0.000 18 0.000 17 0.000 16 0.000 24 0.001 13 0.001 3 0.001 5 0.002 702 0.090 1682 0.138 7 0.000 1043 0.178 6 0.000 3 0.000 1 0.000 11 0.000 7 0.000 3 0.000 7 0.000 5 0.000 8 0.000 3 0.000 79 0.869 0.008 0.877
16076 A16076G|(ORF1ab_polyprotein:A15812G(D5271G)) 3 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 5 0.000 1 0.000 3 0.000 3 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 6 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 5 0.000 1 0.000 5 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.001 3 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3674 0.063 1 0.000 3 0.000 2 0.000 1804 0.060 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 26267 0.464 2 0.000 11 0.000 3 0.000 770 0.098 1 0.000 636 0.109 18810 0.305 1 0.000 8918 0.245 1 0.000 3044 0.063 55 1.407 0.001 1.408
16085 A16085C|(ORF1ab_polyprotein:A15821C(H5274P)) 3 0.000 2 0.000 5 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.000 2 0.000 5 0.000 2 0.000 4 0.000 1 0.001 2 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 7 0.000 2 0.000 3 0.000 4 0.000 8 0.000 5 0.000 1 0.000 4 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 783 0.031 2797 0.048 3 0.000 1 0.000 5 0.000 8689 0.238 1060 0.035 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 2 0.000 4 0.000 7 0.000 7 0.000 10 0.000 1 0.000 592 0.075 1560 0.129 1 0.000 519 0.089 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 61 0.645 0.0 0.645
16089 GTA16089-16091del|(ORF1ab_polyprotein:TTGTAC15823-15828TTCdel(LY5275-5276Fdel)) 1 0.000 1316 0.052 2709 0.047 276 0.013 8470 0.233 1018 0.034 576 0.073 1508 0.125 1046 0.180 9 0.7570000000000001 0.0 0.7570000000000001
16225 A16225G|(ORF1ab_polyprotein:A15961G(T5321A)) 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 4 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 4 0.000 1 0.000 2 0.000 4 0.000 1 0.000 7 0.000 1 0.000 3 0.000 19922 0.450 1 0.000 1 0.000 7427 0.298 1 0.000 3 0.000 1 0.000 31 0.748 0.0 0.748
16317 T16317C|(ORF1ab_polyprotein:T16053C(C5351C)) 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.001 551 0.160 2 0.000 1350 0.148 1 0.000 2 0.000 7703 0.346 716 1.000 2 0.000 26 0.074 2 0.000 2 0.000 1 0.000 30779 0.419 1 0.000 2 0.000 10298 0.260 15892 0.286 2 0.000 24 2.6940000000000004 0.0 2.6940000000000004
16852 G16852C|(ORF1ab_polyprotein:G16588C(G5530R)) 1 0.001 1 0.000 6 0.000 1 0.000 4 0.000 13 0.000 5 0.001 1 0.000 4 0.001 1 0.001 1 0.000 1 0.000 3 0.000 4 0.000 9 0.000 2 0.000 13 0.000 13 0.000 18 0.000 4 0.000 7 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.000 1 0.000 2 0.000 8 0.000 1 0.000 8 0.000 4 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 8 0.000 6 0.000 5 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.001 2 0.000 1 0.000 2 0.000 10830 0.566 2 0.000 1 0.000 2477 0.509 1 0.000 4729 0.201 1 0.000 51 1.2769999999999997 0.002 1.2789999999999997
16970 A16970G|(ORF1ab_polyprotein:A16706G(H5569R)) 3 0.000 5 0.000 4 0.000 5 0.000 8 0.000 2 0.000 3 0.000 4 0.000 13 0.000 9 0.000 3 0.000 8 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.001 1 0.000 118 0.025 2489 0.151 3 0.000 3 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 2 0.001 6 0.000 33700 0.448 41319 0.594 88 0.388 502 0.258 129 0.092 1 0.000 1 0.000 6854 0.557 1528 0.568 1 0.000 3052 0.216 39 3.272 0.027000000000000003 3.299
16985 C16985T|(ORF1ab_polyprotein:C16721T(T5574I)) 1 0.000 1 0.000 7 0.000 1 0.000 3 0.000 2 0.004 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 2 0.000 1 0.000 5 0.000 2 0.000 3 0.003 1 0.000 3 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 3 0.000 6 0.000 368 0.586 26 0.586 0.003 0.589
17043 T17043C|(ORF1ab_polyprotein:T16779C(Y5593Y)) 1 0.000 2 0.004 2 0.000 4 0.000 2 0.000 7 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.000 6 0.000 2 0.000 3 0.000 5 0.000 6 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.001 2 0.000 2808 0.152 1 0.000 3 0.000 1 0.000 4 0.000 8 0.000 1 0.000 1 0.000 7 0.000 23906 0.324 4 0.000 2 0.000 48 0.205 339 0.140 170 0.101 1 0.000 1 0.000 1 0.000 39 0.922 0.005 0.927
17550 C17550A|(ORF1ab_polyprotein:C17286A(L5762L)) 10 0.000 2 0.000 2 0.000 6 0.000 8 0.001 1 0.000 4 0.000 10 0.000 1 0.000 2 0.000 8 0.000 2 0.000 8 0.000 10 0.000 2 0.001 7 0.000 15 0.001 6 0.000 8 0.000 5 0.000 9 0.000 1 0.000 5 0.000 6 0.000 5 0.000 6 0.000 16 0.000 22 0.000 12 0.000 10 0.000 13 0.000 6 0.000 3 0.000 8 0.000 1 0.000 8 0.000 8 0.000 8 0.000 11 0.000 1 0.000 3 0.001 7 0.000 9 0.000 9 0.000 6 0.000 5 0.000 4 0.000 9 0.000 2 0.000 5 0.000 15 0.000 10 0.000 14 0.000 6 0.000 1 0.000 8 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.000 3 0.000 7 0.000 2 0.002 5 0.000 23 0.000 17 0.000 181451 0.633 13 0.000 1 0.000 2 0.000 8 0.000 3 0.000 25 0.001 2 0.000 1 0.000 3 0.000 3 0.000 77 0.634 0.005 0.639
17850 RATG13 C17850T|(ORF1ab_polyprotein:C17586T(G5862G)) 2 0.001 3 0.002 1 0.000 3 0.000 1 0.000 107 0.014 1 0.000 456 0.019 3 0.000 405 0.508 47 0.132 1 0.050 12 0.709 0.014 0.723
18030 A18030T|(ORF1ab_polyprotein:A17766T(A5922A)) 2 0.000 3 0.000 2 0.000 1 0.000 3 0.000 9 0.001 1 0.000 4 0.000 4 0.000 4 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 6 0.000 9 0.000 12 0.000 6 0.000 10 0.000 1 0.002 1 0.000 1 0.000 2 0.000 5 0.000 3 0.000 11 0.000 2 0.000 4 0.000 2 0.000 2 0.000 7 0.000 13 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 3 0.000 6 0.000 2 0.000 37 0.385 1 0.001 1 0.000 2 0.000 6 0.000 4 0.000 1 0.000 2751 0.478 46 0.864 0.002 0.866
18196 A18196C|(ORF1ab_polyprotein:A17932C(R5978R)) 3 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 3 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 9 0.001 2 0.000 1 0.000 3 0.000 2 0.000 8 0.000 3 0.000 2 0.000 6 0.000 2 0.000 6 0.000 3 0.000 3 0.000 2 0.000 5 0.000 1 0.000 8 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 3 0.000 3 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 3 0.000 3 0.000 2 0.000 2 0.000 31 1.000 44 1.0 0.0 1.0
18426 T18426C|(ORF1ab_polyprotein:T18162C(N6054N)) 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 7 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 4 0.000 2 0.000 2 0.000 3 0.000 1 0.000 8 0.000 2 0.000 3 0.000 1 0.000 1845 0.103 7 0.000 3 0.000 3 0.000 3 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 2 0.000 4 0.000 3209 0.352 1 0.000 674 0.150 144 0.465 38 1.07 0.0 1.07
18471 T18471C|(ORF1ab_polyprotein:T18207C(D6069D)) 2 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 7 0.000 3 0.000 5 0.000 1 0.000 7 0.001 1 0.000 2 0.000 3 0.000 4 0.000 1 0.000 4 0.000 2 0.000 4445 0.056 38940 0.812 3 0.000 5 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 4 0.000 1 0.000 1028 0.156 44 1.024 0.001 1.025
18483 RATG13 C18483T|(ORF1ab_polyprotein:C18219T(H6073H)) 1 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 3 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 3 0.000 4 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 1642 0.093 1 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 3 0.000 2998 0.333 2 0.000 652 0.147 42 0.483 32 1.056 0.0 1.056
18976 C18976G|(ORF1ab_polyprotein:C18712G(Q6238E)) 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 9 0.001 4 0.001 1 0.000 3 0.001 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 1.000 1 0.000 1 0.002 3 0.000 9 0.001 5 0.001 3 0.000 2 0.000 1 0.001 3 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.002 1 0.001 33 1.0079999999999998 0.002 1.0099999999999998
18999 A18999G|(ORF1ab_polyprotein:A18735G(A6245A)) 1 0.000 1 0.000 5 0.000 1 0.000 1 0.002 1 0.000 1 0.000 4 0.000 1 0.000 2 0.000 6 0.001 2 0.000 508 0.105 151 0.026 4 0.000 1 0.000 16 0.033 2 0.000 1253 0.122 1 0.000 2 0.000 8 0.000 1 0.000 15885 0.453 1 0.000 3 0.000 793 0.163 2 0.000 121 0.072 1 0.001 298 0.993 31 1.9680000000000002 0.001 1.969
19007 C19007T|(ORF1ab_polyprotein:C18743T(A6248V)) 1 0.000 4 0.001 2 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 3 0.000 4 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 7 0.000 1 0.000 3 0.000 2 0.000 36015 0.999 1 0.000 2 0.000 23 0.999 0.001 1.0
19305 T19305C|(ORF1ab_polyprotein:T19041C(N6347N)) 89 0.389 2 0.006 1 0.004 237 0.992 1 0.004 1 0.003 1 0.000 1 0.000 8 0.999 0.004 1.003
19377 T19377C|(ORF1ab_polyprotein:T19113C(Y6371Y)) 1 0.004 6961 0.845 2 0.000 1 0.000 4 0.001 1 0.000 3 0.001 7 0.846 0.001 0.847
19590 RATG13 T19590C|(ORF1ab_polyprotein:T19326C(Y6442Y)) 1 0.001 1 0.002 1 0.001 1 0.000 57 0.035 1153 0.284 1 0.003 5 0.000 3 0.000 1 0.000 5 0.000 3 0.000 16274 0.669 1 0.000 14 0.991 0.001 0.992
19866 T19866C|(ORF1ab_polyprotein:T19602C(N6534N)) 1 0.006 1 0.001 1 0.000 1 0.002 1 0.000 1 0.000 1 0.001 153 0.850 8 0.85 0.008 0.858
19970 C19970T|(ORF1ab_polyprotein:C19706T(A6569V)) 2 0.009 4 0.002 1 0.002 2 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.001 275 0.996 1 0.000 1 0.000 5 0.000 2 0.001 1 0.000 2 0.000 3 0.001 1 0.000 17 0.999 0.009999999999999998 1.009
20399 A20399G|(ORF1ab_polyprotein:A20135G(E6712G)) 2 0.000 1 0.000 3 0.001 2099 0.436 30 0.162 1 0.005 6 0.598 0.006 0.604
20402 C20402T|(ORF1ab_polyprotein:C20138T(S6713L)) 1 0.000 3 1.000 2 1.0 0 1.0
20407 RATG13 T20407C|(ORF1ab_polyprotein:T20143C(F6715L)) 1 0.002 1 0.000 1 0.000 2 0.000 2060 0.405 4 1.000 51 0.486 7 1.891 0.0 1.891
20550 T20550C|(ORF1ab_polyprotein:T20286C(D6762D)) 2 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 3 0.000 1 0.000 5 0.000 1 0.000 3 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.001 1 0.000 7907 0.225 1 0.000 5 0.081 2 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 64 0.012 3 0.000 10 1.000 4247 0.170 3 0.000 1 0.000 1 0.000 145 0.622 44 2.11 0.001 2.1109999999999998
20659 T20659G|(ORF1ab_polyprotein:T20395G(S6799A)) 3 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 3 0.001 2 0.000 1 0.000 2 0.000 7779 0.220 6 0.054 2 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.000 1 0.000 2 0.000 56 0.011 6 1.000 4135 0.162 1 0.000 1 0.000 164 0.624 32 2.071 0.002 2.073
20756 G20756A|(ORF1ab_polyprotein:G20492A(S6831N)) 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 5111 0.446 5111 0.718 34 1.164 0.001 1.1649999999999998
21077 C21077T|(ORF1ab_polyprotein:C20813T(T6938I)) 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 3 0.000 4 0.001 1 0.000 2 0.000 6 0.000 3 0.000 2 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3862 0.999 2 0.000 1 0.000 35 1.0 0.001 1.001
21617 ACA21617-21619del|(surface_glycoprotein:55-57del(T19del)) 10902 0.667 3 1.000 22 0.180 3 1.847 0 1.847
linked 21618 C21618T|(surface_glycoprotein:C56T(T19I)) 192 1.000 128 0.992 311 1.000 165 1.000 34 1.000 39 1.000 83 1.000 85 0.988 162 1.000 3465 0.999 1627 0.999 4832 1.000 1661 0.985 2149 1.000 43 1.000 83 0.988 198 1.000 53 1.000 117 0.951 35 1.000 135 1.000 65 1.000 114 1.000 207 1.000 283 1.000 120 1.000 369 1.000 58 1.000 93 1.000 30 1.000 3598 1.000 3310 0.998 5051 0.999 2033 0.998 621 0.998 395 0.995 159 1.000 31 1.000 34 1.000 48 1.000 90 1.000 85 1.000 226 1.000 46 1.000 106 0.991 228 1.000 99 1.000 116 1.000 41 1.000 26 1.000 2143 0.999 4024 0.999 2129 0.990 97 1.000 33 1.000 49 1.000 14 1.000 6 1.000 25 1.000 51 1.000 93 0.989 49 1.000 178 0.994 5423 0.999 5442 0.327 1574 0.994 4 1.000 38 1.000 29 1.000 99 0.811 291 0.990 12 1.000 16 1.000 4 1.000 1 1.000 11 1.000 76 19.112000000000002 35.939 55.051
linked 21622 RATG13 C21622T|(surface_glycoprotein:C60T(T20T)) 192 1.000 129 1.000 254 0.809 92 0.535 34 1.000 39 1.000 83 1.000 68 0.756 162 1.000 3463 0.999 1628 1.000 4831 0.999 1683 0.998 2143 0.997 43 1.000 84 1.000 198 1.000 35 0.614 116 0.943 35 1.000 135 1.000 65 1.000 111 0.974 202 0.976 280 0.989 120 1.000 368 0.997 58 1.000 60 0.625 30 1.000 3596 0.999 3310 0.998 5047 0.999 2035 0.999 620 0.997 158 0.994 31 1.000 34 1.000 26 0.542 90 1.000 84 0.988 226 1.000 46 1.000 107 1.000 208 0.900 99 1.000 102 0.879 41 1.000 26 1.000 2143 0.999 4027 1.000 2146 0.998 97 1.000 33 1.000 49 1.000 14 1.000 6 1.000 25 1.000 51 1.000 93 0.989 32 0.653 179 1.000 5424 0.999 5440 0.332 1582 0.999 4 1.000 38 1.000 29 1.000 99 0.811 293 0.997 12 1.000 16 1.000 4 1.000 1 1.000 11 1.000 75 18.917 33.254999999999995 52.172
linked 21624 G21624C|(surface_glycoprotein:G62C(R21T)) 192 1.000 129 1.000 254 0.814 92 0.548 34 1.000 39 1.000 83 1.000 70 0.778 162 1.000 3465 0.999 927 0.569 4833 1.000 1679 0.995 2143 0.997 43 1.000 84 1.000 198 1.000 35 0.614 117 0.951 35 1.000 134 0.993 65 1.000 110 0.965 202 0.981 280 0.989 120 1.000 369 1.000 58 1.000 60 0.632 30 1.000 3594 0.999 3313 0.999 5050 0.999 2035 0.999 621 0.998 159 1.000 31 1.000 34 1.000 26 0.565 90 1.000 85 1.000 226 1.000 46 1.000 107 1.000 208 0.904 99 1.000 102 0.879 41 1.000 26 1.000 2145 1.000 4025 0.999 2148 0.999 96 0.990 33 1.000 48 0.980 14 1.000 5 0.833 25 1.000 51 1.000 94 1.000 32 0.653 178 0.994 5427 1.000 5435 0.332 1579 0.997 4 1.000 38 1.000 29 1.000 99 0.811 294 1.000 12 1.000 16 1.000 4 1.000 1 1.000 11 1.000 75 18.923000000000002 33.147 52.07
linked 21627 C21627A|(surface_glycoprotein:C65A(T22N)) 1 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 16 1.000 4 1.000 1 1.000 1 0.091 8 2.091 1.0 3.091
21633 T21633C|(surface_glycoprotein:T71C(L24S)) 5866 0.390 2 1.000 19 0.161 3 1.5510000000000002 0 1.5510000000000002
linked 21633 TACCCCCTG21633-21641del|(surface_glycoprotein:TTACCCCCTGCA70-81TCAdel(LPPA24-27Sdel)) 191 1.000 129 1.000 302 1.000 157 1.000 34 1.000 39 1.000 82 0.988 86 1.000 160 1.000 3463 0.999 1625 1.000 4824 0.998 1678 0.995 2114 0.986 43 1.000 84 1.000 198 1.000 53 1.000 123 1.000 35 1.000 135 1.000 65 1.000 114 1.000 206 1.000 282 1.000 118 0.983 369 1.000 58 1.000 90 1.000 30 1.000 3588 0.997 3305 0.997 5046 0.999 2033 0.999 622 1.000 372 1.000 158 0.994 31 1.000 34 1.000 39 1.000 89 0.989 85 1.000 224 0.991 46 1.000 106 1.000 202 0.910 99 1.000 115 1.000 41 1.000 26 1.000 2138 0.998 4016 0.998 2137 0.994 97 1.000 33 1.000 49 1.000 14 1.000 6 1.000 25 1.000 51 1.000 94 1.000 44 1.000 176 0.989 5419 0.999 5438 0.362 1562 0.990 4 1.000 38 1.000 29 1.000 98 0.831 293 1.000 12 1.000 16 1.000 4 1.000 1 1.000 11 1.000 76 19.092 35.93299999999999 55.02499999999999
21635 C21635A|(surface_glycoprotein:C73A(P25T)) 9602 0.638 2 1.000 19 0.161 3 1.799 0 1.799
21651 A21651C|(surface_glycoprotein:A89C(N30T)) 1 0.005 1 0.015 1 0.000 2 0.000 4 0.002 1 0.003 5 0.001 1 0.000 3 0.000 2642 0.181 4 1.000 1 0.001 25 0.161 13 1.3459999999999999 0.021 1.3669999999999998
21653 T21653C|(surface_glycoprotein:T91C(S31P)) 1 0.000 15 0.051 9 1.000 1 1.000 6 0.250 5 2.25 0 2.25
21673 T21673C|(surface_glycoprotein:T111C(Y37Y)) 1 0.000 2 0.002 1 0.002 1 0.000 1 0.000 1 0.002 1 0.000 3847 0.317 5 1.000 20 0.035 10 1.3519999999999999 0.002 1.3539999999999999
21701 G21701A|(surface_glycoprotein:G139A(V47I)) 1 0.001 1 0.000 1 0.002 1 0.000 2 0.000 814 0.117 6 1.000 15 0.022 8 1.139 0.001 1.14
21721 C21721G|(surface_glycoprotein:C159G(D53E)) 1 0.000 2 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.003 2 0.001 1 0.001 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.001 2 0.004 2 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 1 1.000 1 0.001 26 1.0029999999999997 0.009000000000000001 1.0119999999999996
21727 RATG13 C21727T|(surface_glycoprotein:C165T(F55F)) 2 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.001 1 0.000 3 0.011 885 0.119 6 1.000 8 1.119 0.011 1.13
21760 T21760A|(surface_glycoprotein:T198A(H66Q)) 1 0.001 6 0.001 2 0.000 2 0.001 1 0.001 3 0.001 1 0.001 2 0.001 2 0.001 1 0.002 1 0.001 1 0.001 2 0.001 1 0.001 3 0.001 1 0.000 6 0.001 10 0.001 1 0.000 1 0.001 1 0.001 2 0.009 1 0.001 4 0.001 1 0.001 1 0.002 1 0.000 5 0.001 11 0.001 1 0.000 3 0.001 1 0.001 7 0.001 739 0.105 3 1.000 7 0.007 1 0.000 1 0.002 38 1.1199999999999994 0.021000000000000005 1.1409999999999993
21762 CTATACATGTCT21762-21773del|(surface_glycoprotein:GCTATACATGTCTCT199-213GCTdel(AIHVS67-71Adel)) 591 0.103 2 1.000 2 1.103 0 1.103
21766 A21766-21766del|(surface_glycoprotein:ATACATGTCTCT202-213ATCACTdel(IHVS68-71ITdel)) 1 0.001 2 0.000 6 0.002 1 0.001 4 0.001 5 0.002 4 0.002 1 0.002 1 0.000 1 0.000 6 0.002 1 0.000 8 0.002 5 0.003 1 0.001 2 0.003 1 0.001 2 0.001 3 0.000 3 0.002 7 0.002 4 0.002 1 0.001 1 0.000 2 0.001 12 0.002 4 0.002 1 1.000 2 0.001 1 0.001 1 0.005 1 0.003 32 1.0169999999999997 0.022000000000000002 1.0389999999999997
21769 TGTCT21769-21773del|(surface_glycoprotein:ATACATGTCTCT202-213ATCACTdel(IHVS68-71ITdel)) 1 0.001 2 0.000 6 0.002 1 0.001 4 0.001 5 0.002 4 0.002 1 0.002 1 0.000 1 0.000 6 0.002 1 0.000 8 0.002 5 0.003 1 0.001 2 0.003 1 0.001 2 0.001 3 0.000 3 0.002 7 0.002 4 0.002 1 0.001 1 0.000 2 0.001 12 0.002 4 0.002 1 1.000 2 0.001 1 0.001 1 0.005 1 0.003 32 1.0169999999999997 0.022000000000000002 1.0389999999999997
21780 C21780T|(surface_glycoprotein:C218T(T73I)) 2 0.001 2 0.001 1 0.000 2 0.000 5 1.000 5 1.0 0.001 1.001
21786 G21786A|(surface_glycoprotein:G224A(G75D)) 1 0.000 1 0.001 2 0.000 1 0.002 2 0.000 1 0.000 5 1.000 7 1.002 0.001 1.003
21805 C21805T|(surface_glycoprotein:C243T(N81N)) 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 1.000 9 1.0 0.0 1.0
21850 G21850T|(surface_glycoprotein:G288T(E96D)) 1 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.001 1 0.001 2 0.002 6 0.002 1 0.001 1 0.000 1 0.000 3 0.000 2 0.001 1 0.000 1 0.001 2 0.005 1 0.001 5 0.001 1 0.001 4 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.001 6 0.001 1 0.000 5 1.000 2 0.006 2 0.002 27 1.0099999999999998 0.012 1.0219999999999998
21941 G21941A|(surface_glycoprotein:G379A(V127I)) 1 0.001 1 0.000 2 0.000 1 0.001 1 0.001 139 0.246 9 0.001 248 0.013 2388 0.445 1 0.001 10 0.7050000000000001 0.003 0.7080000000000001
21990 TTTATTACCACAAAAACAACAAAAGTT21990-22016del|(surface_glycoprotein:GTTTATTACCACAAAAACAACAAAAGTTGG427-456GGGdel(VYYHKNNKSW143-152Gdel)) 158 0.345 290 0.369 825 0.151 397 0.078 4 0.943 0 0.943
22030 G22030T|(surface_glycoprotein:G468T(E156D)) 1 0.002 53 0.102 410 0.432 850 0.214 453 0.123 5 0.8709999999999999 0 0.8709999999999999
22049 G22049A|(surface_glycoprotein:GCG487-489AAG(A163K)) 75 0.137 1749 0.371 749 0.195 3 0.7030000000000001 0 0.7030000000000001
22050 C22050A|(surface_glycoprotein:GCG487-489AAG(A163K)) 75 0.139 1749 0.371 749 0.195 3 0.7050000000000001 0 0.7050000000000001
22103 G22103C|(surface_glycoprotein:GGA541-543CAA(G181Q)) 107 0.003 8941 0.634 2 0.637 0 0.637
22104 G22104A|(surface_glycoprotein:GGA541-543CAA(G181Q)) 107 0.003 8941 0.628 2 0.631 0 0.631
22107 A22107G|(surface_glycoprotein:A545G(K182R)) 1 0.000 1 0.000 6 0.000 2 0.000 3 0.001 1 0.000 2 0.000 7 0.000 5 0.000 7 0.000 3 0.000 4051 0.255 1100 0.995 13 1.25 0.001 1.251
22108 A22108C|(surface_glycoprotein:A546C(K182N)) 16 0.001 9 0.001 6 0.001 8 0.001 17 0.001 9 0.001 10 0.001 16 0.001 3 0.001 3 0.001 1 0.000 1 0.007 11 0.001 1 0.005 10 0.001 16 0.001 10 0.001 44 0.001 116 0.003 47 0.002 830 0.995 18 0.001 4 0.000 1480 0.087 2007 0.316 25 1.4119999999999997 0.014000000000000005 1.4259999999999997
22132 G22132T|(surface_glycoprotein:G570T(R190S)) 1 0.024 8 0.000 4 0.000 5 0.000 3 0.000 7 0.000 1 0.020 3 0.000 5 0.000 6 0.000 2 0.000 4 0.001 3 0.000 6 0.000 3 0.000 11 0.000 15 0.000 12 0.000 12 0.000 6 0.000 5136 0.175 1221 1.000 4418 0.586 1509 0.999 24 2.76 0.025 2.7849999999999997
22181 C22181A|(surface_glycoprotein:C619A(H207N)) 32 0.001 14 0.000 4 0.000 12 0.001 15 0.001 1 0.013 1 0.011 10 0.000 12 0.000 37 0.001 4 0.000 6 0.001 7 0.001 1 0.016 12 0.000 8 0.000 18 0.000 11 0.001 53 0.001 394 0.004 39 0.001 590 0.014 13610 0.838 2052 0.484 24 1.3579999999999999 0.004 1.3619999999999999
22187 C22187A|(surface_glycoprotein:C625A(P209T)) 11 0.000 1 0.000 4 0.000 9 0.001 10 0.000 1 0.012 7 0.000 7 0.000 10 0.000 3 0.000 6 0.000 5 0.000 7 0.000 5 0.000 9 0.000 5 0.000 15 0.000 338 0.002 18 0.000 527 0.010 8903 0.793 1164 0.369 22 1.174 0.0 1.174
22193 A22193G|(surface_glycoprotein:A631G(N211D)) 297 0.002 514 0.009 7382 0.792 904 0.355 4 1.158 0 1.158
22199 GTG22199-22201del|(surface_glycoprotein:637-639del(V213del)) 228 0.002 447 0.008 4170 0.603 3 0.613 0 0.613
22202 C22202A|(surface_glycoprotein:C640A(R214S)) 11 0.000 7 0.000 1 0.000 5 0.000 9 0.000 6 0.000 2 0.000 15 0.000 3 0.000 7 0.000 4 0.000 7 0.000 7 0.000 7 0.000 7 0.000 23 0.000 254 0.002 15 0.000 470 0.008 4159 0.619 20 0.629 0.0 0.629
22206 A22206G|(surface_glycoprotein:A644G(D215G)) 5 0.000 3 0.000 2 0.000 4 0.000 5 0.000 2 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 6 0.000 15 0.000 272 0.002 7 0.000 468 0.008 4355 0.643 515 0.265 18 0.918 0.0 0.918
22504 A22504T|(surface_glycoprotein:A942T(Q314H)) 1 1.000 2 0.001 1 0.000 3 1.0 0.001 1.001
22505 A22505G|(surface_glycoprotein:A943G(T315A)) 1 1.000 1 1.0 0 1.0
22530 C22530T|(surface_glycoprotein:C968T(T323I)) 24 1.000 1 1.0 0 1.0
22533 A22533C|(surface_glycoprotein:A971C(E324A)) 116 0.859 466 0.507 2 1.366 0 1.366
22564 C22564A|(surface_glycoprotein:C1002A(N334K)) 105 0.840 1 0.001 2 0.841 0 0.841
22578 G22578A|(surface_glycoprotein:G1016A(G339D)) 128 0.977 1 0.977 0 0.977
22580 G22580A|(surface_glycoprotein:G1018A(E340K)) 19 0.143 502 0.448 2 0.591 0 0.591
22599 G22599A|(surface_glycoprotein:AGA1036-1038AAT(R346N)) 118 0.959 1 0.959 0 0.959
22600 A22600T|(surface_glycoprotein:AGA1036-1038AAT(R346N)) 118 0.959 1 0.959 0 0.959
22615 T22615C|(surface_glycoprotein:T1053C(Y351Y)) 105 0.802 370 0.376 2 1.178 0 1.178
22616 G22616A|(surface_glycoprotein:GCT1054-1056AAT(A352N)) 105 0.808 370 0.379 2 1.187 0 1.187
22617 C22617A|(surface_glycoprotein:GCT1054-1056AAT(A352N)) 105 0.808 370 0.379 2 1.187 0 1.187
22624 C22624A|(surface_glycoprotein:C1062A(N354K)) 1 0.020 137 0.965 440 0.440 3 1.405 0 1.405
22628 A22628C|(surface_glycoprotein:A1066C(K356Q)) 136 0.965 453 0.438 2 1.403 0 1.403
linked 22674 C22674A|(surface_glycoprotein:C1112A(S371Y)) 1 0.125 151 0.981 577 0.492 3 1.4729999999999999 0.125 1.5979999999999999
22694 A22694G|(surface_glycoprotein:A1132G(K378E)) 1 0.200 147 0.980 555 0.464 3 1.444 0 1.444
22705 A22705T|(surface_glycoprotein:A1143T(G381G)) 1 0.028 120 0.992 2 1.02 0 1.02
22713 C22713T|(surface_glycoprotein:C1151T(P384L)) 117 0.992 637 0.469 2 1.4609999999999999 0 1.4609999999999999
22771 A22771C|(surface_glycoprotein:A1209C(R403S)) 48 1.000 529 0.588 2 1.588 0 1.588
22776 A22776G|(surface_glycoprotein:A1214G(D405G)) 46 1.000 491 0.586 2 1.5859999999999999 0 1.5859999999999999
22812 A22812C|(surface_glycoprotein:A1250C(K417T)) 1388 0.557 298 1.000 2 1.557 0 1.557
22880 A22880G|(surface_glycoprotein:A1318G(N440D)) 116 0.744 1 0.744 0 0.744
22880 A22880G|(surface_glycoprotein:AAT1318-1320GCT(N440A)) 694 0.385 191 1.000 2 1.385 0 1.385
22881 A22881C|(surface_glycoprotein:AAT1318-1320GCT(N440A)) 694 0.388 191 1.000 2 1.388 0 1.388
22884 T22884G|(surface_glycoprotein:T1322G(L441R)) 116 0.730 695 0.411 191 1.000 3 2.141 0 2.141
linked 22893 A22893G|(surface_glycoprotein:A1331G(K444R)) 116 0.725 740 0.999 80 1.000 56 1.000 41 1.000 5 3.724 1.0 4.724
22896 RATG13 T22896A|(surface_glycoprotein:T1334A(V445D)) 237 0.320 56 1.000 2 1.32 0 1.32
22898 G22898A|(surface_glycoprotein:GGT1336-1338AAT(G446N)) 112 0.757 1 0.757 0 0.757
22898 G22898A|(surface_glycoprotein:GGT1336-1338ATT(G446I)) 238 0.321 56 1.000 2 1.321 0 1.321
22899 G22899A|(surface_glycoprotein:GGT1336-1338AAT(G446N)) 112 0.747 1 0.747 0 0.747
22899 G22899T|(surface_glycoprotein:GGT1336-1338ATT(G446I)) 238 0.316 56 1.000 2 1.316 0 1.316
linked 22906 T22906-22906del|(surface_glycoprotein:AATTATAAT1342-1350AATATGAGdel(NYN448-450NMdel;fs)) 127 0.173 18 0.321 2 0.494 0 0.494
22910 22910-insertG|(surface_glycoprotein:AATTATAAT1342-1350AATATGAGdel(NYN448-450NMdel;fs)) 127 0.226 18 1.000 2 1.226 0 1.226
22910 A22910G|(surface_glycoprotein:AAT1348-1350GAG(N450E)) 89 0.724 1 0.724 0 0.724
22910 A22910G|(surface_glycoprotein:AATTATAAT1342-1350AATATGAGdel(NYN448-450NMdel;fs)) 127 0.226 18 1.000 2 1.226 0 1.226
22912 T22912G|(surface_glycoprotein:AAT1348-1350GAG(N450E)) 89 0.712 1 0.712 0 0.712
22912 T22912G|(surface_glycoprotein:AATTATAAT1342-1350AATATGAGdel(NYN448-450NMdel;fs)) 127 0.202 18 1.000 2 1.202 0 1.202
22917 T22917A|(surface_glycoprotein:T1355A(L452Q)) 83 0.709 126 0.284 18 1.000 3 1.9929999999999999 0 1.9929999999999999
22925 T22925A|(surface_glycoprotein:TTG1363-1365AAG(L455K)) 96 0.189 11 1.000 2 1.189 0 1.189
22926 T22926A|(surface_glycoprotein:TTG1363-1365AAG(L455K)) 96 0.211 11 1.000 2 1.211 0 1.211
22926 T22926G|(surface_glycoprotein:TTG1363-1365AGG(L455R)) 60 0.625 1 0.625 0 0.625
22929 T22929A|(surface_glycoprotein:TTT1366-1368TAC(F456Y)) 60 0.619 98 0.182 11 1.000 3 1.801 0 1.801
22930 T22930C|(surface_glycoprotein:TTT1366-1368TAC(F456Y)) 60 0.594 98 0.178 11 1.000 3 1.7719999999999998 0 1.7719999999999998
22931 A22931C|(surface_glycoprotein:A1369C(R457R)) 60 0.594 1 0.008 97 0.174 11 1.000 4 1.7759999999999998 0 1.7759999999999998
22985 G22985A|(surface_glycoprotein:G1423A(A475T)) 2 0.043 31 0.333 1 1.000 3 1.333 0 1.333
linked 22992 G22992A|(surface_glycoprotein:G1430A(S477N)) 37 1.000 15 1.000 20 1.000 2 1.000 17 1.000 12 1.000 2 1.000 45 1.000 16 1.000 119 1.000 177 0.584 735 1.000 147 0.993 116 1.000 5 1.000 10 1.000 185 1.000 133 1.000 30 1.000 12 1.000 5 1.000 13 1.000 11 1.000 14 1.000 54 1.000 75 1.000 43 1.000 241 1.000 425 0.998 50 1.000 246 0.996 219 1.000 83 1.000 172 0.994 17 0.944 9 1.000 8 1.000 33 1.000 23 1.000 21 1.000 78 1.000 41 1.000 46 1.000 2 1.000 2 1.000 90 1.000 10 1.000 134 1.000 414 1.000 452 0.998 268 1.000 31 1.000 301 1.000 156 1.000 6 1.000 2 1.000 5 1.000 14 1.000 9 1.000 23 1.000 29 1.000 49 1.000 462 1.000 30 1.000 178 0.983 4 1.000 14 1.000 9 1.000 22 1.000 7 1.000 8 1.000 112 1.000 371 0.997 40 1.000 74 20.978 32.934 53.912
22992 G22992C|(surface_glycoprotein:G1430C(S477T)) 1 1.000 1 0.003 2 1.003 0 1.003
linked 22995 RATG13,Delta C22995A|(surface_glycoprotein:C1433A(T478K)) 37 1.000 15 1.000 20 1.000 2 1.000 17 1.000 12 1.000 2 1.000 45 1.000 16 1.000 119 1.000 302 0.997 735 1.000 146 0.986 115 0.991 5 1.000 10 1.000 185 1.000 133 1.000 30 1.000 12 1.000 5 1.000 13 1.000 11 1.000 14 1.000 54 1.000 74 0.987 43 1.000 241 1.000 425 0.998 50 1.000 247 1.000 219 1.000 83 1.000 169 0.977 18 1.000 9 1.000 8 1.000 33 1.000 23 1.000 21 1.000 78 1.000 41 1.000 46 1.000 2 1.000 2 1.000 61 0.678 10 1.000 134 1.000 414 1.000 453 1.000 268 1.000 31 1.000 301 1.000 155 0.994 6 1.000 2 1.000 5 1.000 14 1.000 9 1.000 29 1.000 49 1.000 460 0.996 30 1.000 175 0.967 4 1.000 14 1.000 9 1.000 22 1.000 7 1.000 8 1.000 111 0.991 372 1.000 40 1.000 73 20.641000000000002 31.962 52.603
23003 A23003G|(surface_glycoprotein:A1441G(N481D)) 1 1.000 1 1.0 0 1.0
linked 23005 T23005A|(surface_glycoprotein:T1443A(N481K)) 37 1.000 15 1.000 20 1.000 2 1.000 15 1.000 9 1.000 2 1.000 41 1.000 5 0.312 124 0.992 382 0.997 763 0.993 152 1.000 122 0.992 5 1.000 9 1.000 177 1.000 123 1.000 30 1.000 12 1.000 4 1.000 13 1.000 10 1.000 11 1.000 47 0.904 70 1.000 41 1.000 219 0.982 401 0.973 48 1.000 259 0.996 226 0.996 88 1.000 182 0.995 17 1.000 8 1.000 8 1.000 32 1.000 21 1.000 20 0.952 77 1.000 38 0.974 41 1.000 2 1.000 2 1.000 57 0.934 9 1.000 126 0.977 383 0.995 155 0.346 284 0.996 35 1.000 317 1.000 165 1.000 5 1.000 2 1.000 5 1.000 13 1.000 8 1.000 19 0.826 50 1.000 500 0.992 31 1.000 193 0.995 4 1.000 11 1.000 9 1.000 21 1.000 7 1.000 8 1.000 96 0.990 329 0.994 85 0.988 37 1.000 74 20.232999999999997 32.025 52.257999999999996
23006 G23006C|(surface_glycoprotein:G1444C(G482R)) 1 0.016 1 0.002 1 1.000 3 1.018 0 1.018
linked 23008 TGT23008-23010del|(surface_glycoprotein:GGTGTT1444-1449GGTdel(GV482-483Gdel)) 33 1.000 13 1.000 14 1.000 1 1.000 13 1.000 8 1.000 31 1.000 1 0.125 125 1.000 381 0.995 763 0.993 150 0.987 123 1.000 2 1.000 8 1.000 134 1.000 84 1.000 26 1.000 9 1.000 2 1.000 10 1.000 7 1.000 7 1.000 32 0.865 55 1.000 33 1.000 176 0.983 296 0.997 35 1.000 258 0.992 226 0.996 88 1.000 181 0.989 15 1.000 8 1.000 4 1.000 20 1.000 16 1.000 14 1.000 56 1.000 32 1.000 29 1.000 1 1.000 2 1.000 46 0.920 3 1.000 92 0.989 291 0.993 111 0.298 285 1.000 35 1.000 317 1.000 165 1.000 4 1.000 2 1.000 4 1.000 11 1.000 8 1.000 12 0.750 50 1.000 502 0.996 31 1.000 192 0.995 3 1.000 9 1.000 6 1.000 17 1.000 5 1.000 5 1.000 60 0.984 170 1.000 71 1.000 26 1.000 73 20.191000000000003 30.836 51.027
23009 G23009T|(surface_glycoprotein:GTT1447-1449TAT(V483Y)) 1 0.020 1 1.000 2 1.02 0 1.02
23010 T23010A|(surface_glycoprotein:GTT1447-1449TAT(V483Y)) 1 0.020 1 1.000 2 1.02 0 1.02
linked 23012 RATG13 G23012A|(surface_glycoprotein:G1450A(E484K)) 33 1.000 13 1.000 14 1.000 1 1.000 13 1.000 8 1.000 31 1.000 1 0.200 125 1.000 381 0.995 763 0.993 152 1.000 123 1.000 2 1.000 8 1.000 134 1.000 84 1.000 26 1.000 9 1.000 2 1.000 10 1.000 7 1.000 7 1.000 32 0.889 55 1.000 33 1.000 176 0.983 294 0.990 35 1.000 258 0.992 226 0.996 88 1.000 182 0.995 15 1.000 8 1.000 4 1.000 20 1.000 16 1.000 14 1.000 56 1.000 32 1.000 28 0.966 1 1.000 2 1.000 46 0.920 3 1.000 92 1.000 292 0.997 111 0.302 284 0.996 35 1.000 317 1.000 165 1.000 4 1.000 2 1.000 4 1.000 11 1.000 8 1.000 16 1.000 50 1.000 503 0.998 31 1.000 190 0.984 3 1.000 9 1.000 6 1.000 17 1.000 5 1.000 5 1.000 61 1.000 169 0.994 71 1.000 26 1.000 73 20.161 31.179 51.34
23012 RATG13 G23012A|(surface_glycoprotein:GAA1450-1452ACA(E484T)) 1 1.000 1 1.0 0 1.0
23013 A23013C|(surface_glycoprotein:GAA1450-1452ACA(E484T)) 1 1.000 1 1.0 0 1.0
23018 RATG13 T23018C|(surface_glycoprotein:T1456C(F486L)) 4 0.080 1 1.000 2 1.08 0 1.08
linked 23018 RATG13 T23018C|(surface_glycoprotein:TTT1456-1458CCT(F486P)) 34 1.000 14 1.000 15 1.000 1 1.000 16 1.000 9 1.000 38 1.000 5 1.000 152 1.000 486 1.000 979 1.000 175 1.000 152 0.993 4 1.000 9 1.000 155 1.000 99 1.000 44 0.936 9 1.000 2 1.000 10 1.000 7 1.000 7 1.000 38 1.000 56 0.982 41 1.000 199 0.995 330 0.997 39 1.000 344 0.997 285 1.000 109 1.000 225 0.996 17 1.000 9 1.000 4 1.000 22 1.000 16 1.000 16 1.000 62 1.000 34 1.000 29 1.000 1 1.000 2 1.000 45 0.900 3 1.000 99 1.000 310 0.997 335 0.994 369 1.000 38 1.000 397 1.000 212 1.000 4 1.000 2 1.000 3 0.750 11 1.000 8 1.000 16 1.000 19 1.000 72 0.986 615 1.000 38 1.000 226 0.991 5 1.000 11 1.000 7 1.000 20 1.000 6 1.000 5 1.000 61 1.000 170 1.000 71 1.000 26 1.000 74 20.868 32.742999999999995 53.61099999999999
linked 23019 T23019C|(surface_glycoprotein:TTT1456-1458CCT(F486P)) 34 1.000 14 1.000 15 1.000 1 1.000 16 1.000 9 1.000 38 1.000 5 1.000 152 1.000 486 1.000 979 1.000 175 1.000 152 0.993 4 1.000 9 1.000 155 1.000 99 1.000 44 0.936 9 1.000 2 1.000 10 1.000 7 1.000 7 1.000 38 1.000 56 0.982 41 1.000 199 0.995 330 0.997 39 1.000 344 0.997 285 1.000 109 1.000 225 0.996 17 1.000 9 1.000 4 1.000 22 1.000 16 1.000 16 1.000 62 1.000 34 1.000 29 1.000 1 1.000 2 1.000 45 0.900 3 1.000 99 1.000 310 0.997 335 0.994 369 1.000 38 1.000 397 1.000 212 1.000 4 1.000 2 1.000 3 0.750 11 1.000 8 1.000 16 1.000 19 1.000 72 0.986 615 1.000 38 1.000 226 0.991 5 1.000 11 1.000 7 1.000 20 1.000 6 1.000 5 1.000 61 1.000 170 1.000 71 1.000 26 1.000 74 20.868 32.742999999999995 53.61099999999999
23021 A23021G|(surface_glycoprotein:A1459G(N487D)) 1 0.003 168 0.988 18 0.692 3 1.68 0 1.68
23021 A23021G|(surface_glycoprotein:AAT1459-1461GGT(N487G)) 4 0.078 1 1.000 2 1.078 0 1.078
23022 A23022G|(surface_glycoprotein:AAT1459-1461GGT(N487G)) 4 0.078 1 1.000 2 1.078 0 1.078
23027 T23027C|(surface_glycoprotein:T1465C(Y489H)) 36 0.424 7 1.000 2 1.424 0 1.424
23031 RATG13 T23031A|(surface_glycoprotein:T1469A(F490Y)) 48 0.490 10 1.000 2 1.49 0 1.49
23039 C23039A|(surface_glycoprotein:CAA1477-1479ACA(Q493T)) 13 1.000 1 1.0 0 1.0
linked 23039 C23039G|(surface_glycoprotein:C1477G(Q493E)) 16 0.072 20 0.028 36 0.066 55 1.000 141 0.152 13 1.000 48 0.980 12 1.000 8 2.132 2.066 4.198
23040 A23040C|(surface_glycoprotein:CAA1477-1479ACA(Q493T)) 13 1.000 1 1.0 0 1.0
23048 G23048C|(surface_glycoprotein:G1486C(G496R)) 76 0.618 15 1.000 2 1.6179999999999999 0 1.6179999999999999
23054 RATG13 C23054T|(surface_glycoprotein:CAA1492-1494TAC(Q498Y)) 75 0.630 15 1.000 2 1.63 0 1.63
linked 23055 A23055G|(surface_glycoprotein:A1493G(Q498R)) 31 1.000 5 1.000 13 1.000 2 1.000 13 1.000 6 1.000 35 1.000 4 0.800 276 1.000 852 0.999 1676 0.999 322 1.000 287 1.000 5 1.000 13 1.000 181 1.000 121 1.000 86 1.000 14 1.000 3 1.000 9 1.000 8 1.000 7 1.000 48 1.000 58 1.000 35 1.000 187 1.000 342 1.000 45 1.000 598 1.000 468 1.000 172 1.000 399 1.000 11 1.000 5 1.000 5 1.000 24 0.960 12 1.000 21 1.000 54 1.000 34 1.000 29 1.000 1 1.000 40 0.345 5 1.000 100 1.000 372 0.997 284 1.000 652 1.000 102 1.000 714 0.999 396 0.997 5 1.000 3 1.000 3 1.000 11 1.000 11 1.000 11 1.000 21 1.000 123 1.000 1172 0.999 68 1.000 376 1.000 5 1.000 11 1.000 14 0.933 18 1.000 10 1.000 3 1.000 1 1.000 2 1.000 13 1.000 17 1.000 2 1.000 74 20.274 32.756 53.03
23056 RATG13 A23056C|(surface_glycoprotein:CAA1492-1494TAC(Q498Y)) 75 0.647 15 1.000 2 1.647 0 1.647
23057 C23057T|(surface_glycoprotein:C1495T(P499S)) 76 0.650 15 1.000 2 1.65 0 1.65
23061 C23061G|(surface_glycoprotein:ACT1498-1500AGC(T500S)) 76 0.639 15 1.000 2 1.639 0 1.639
23062 T23062C|(surface_glycoprotein:ACT1498-1500AGC(T500S)) 76 0.639 15 1.000 2 1.639 0 1.639
23066 G23066A|(surface_glycoprotein:G1504A(G502S)) 1 0.001 1 0.001 1 1.000 3 1.001 0 1.001
23073 G23073A|(surface_glycoprotein:G1511A(G504D)) 107 0.738 1 0.001 20 1.000 1 1.000 4 2.739 0 2.739
23075 T23075A|(surface_glycoprotein:TAC1513-1515AGC(Y505S)) 107 0.738 20 1.000 1 1.000 3 2.738 0 2.738
23076 A23076G|(surface_glycoprotein:TAC1513-1515AGC(Y505S)) 107 0.738 20 1.000 1 1.000 3 2.738 0 2.738
23108 G23108C|(surface_glycoprotein:G1546C(E516Q)) 1 0.000 49 1.000 1 0.001 1 0.077 4 1.078 0 1.078
23147 A23147G|(surface_glycoprotein:A1585G(K529E)) 5 0.000 3 0.000 2 0.000 1 0.000 5 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 5 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 4 0.000 2 0.000 5 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.000 4 0.000 1940 0.111 25191 0.336 4 0.000 2700 0.055 4071 0.229 2681 0.102 2 0.000 3 0.000 4 0.000 66 0.985 2 0.001 4215 0.295 1331 0.313 1 0.000 1 0.000 1 0.000 15 0.006 1 0.000 1 0.000 42 2.4330000000000003 0.0 2.4330000000000003
23171 A23171C|(surface_glycoprotein:A1609C(K537Q)) 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 7217 0.274 1 0.000 1 0.000 1 0.000 68 1.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 25 0.008 19 1.282 0.0 1.282
23182 T23182C|(surface_glycoprotein:T1620C(N540N)) 4 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 127 0.086 1 0.002 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 5 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 2 0.000 2 0.000 2 0.000 5 0.000 3 0.000 4 0.000 2 0.000 3 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 2 0.000 2 0.000 6 0.000 11 0.000 2 0.000 3 0.000 3 0.000 1 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 7 0.000 1 0.000 137 1.000 2 0.000 1 0.000 2174 0.103 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 49 1.103 0.001 1.1039999999999999
23225 T23225G|(surface_glycoprotein:T1663G(S555A)) 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 6 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 5 0.000 2 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 10 0.000 5 0.000 2 0.000 1 0.000 4 0.000 6 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1378 0.975 1 0.000 34 0.975 0.0 0.975
23248 C23248T|(surface_glycoprotein:C1686T(F562F)) 4 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 15 0.001 1 0.000 4 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 4 0.000 2 0.000 4 0.000 6 0.000 2 0.000 8 0.000 1 0.000 3 0.000 5 0.000 3 0.000 2 0.000 2436 0.073 34476 0.285 2 0.000 3496 0.035 7728 0.218 3637 0.070 3 0.000 1 0.000 8 0.000 2 0.000 1 0.000 3073 0.440 72 1.000 399 0.988 1 0.001 1 0.000 3 0.000 8 0.001 5880 0.241 2 0.000 1938 0.264 1 0.000 30 0.017 1 0.000 1 0.000 1 0.000 49 3.633 0.0 3.633
23317 T23317C|(surface_glycoprotein:T1755C(L585L)) 10 0.000 5 0.000 8 0.000 7 0.000 4 0.000 3 0.000 5 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.001 6 0.001 4 0.000 8 0.000 3 0.000 6 0.000 9 0.000 4 0.000 7 0.000 4 0.000 6 0.000 8 0.000 3 0.000 25 0.000 12 0.000 12 0.000 9 0.000 2 0.003 1 0.003 9 0.000 10 0.000 8 0.000 2 0.000 1 0.000 8 0.000 7 0.000 14 0.000 2982 0.078 40804 0.293 4 0.000 4 0.000 4025 0.036 8462 0.216 4503 0.075 3 0.001 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 10 0.000 25 0.001 7 0.000 11752 0.644 36 1.000 1338 0.997 3 0.000 4 0.000 6632 0.242 8 0.000 2232 0.272 3 0.000 1 0.000 18 0.008 2 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 69 3.8610000000000007 0.008 3.8690000000000007
23371 T23371C|(surface_glycoprotein:T1809C(N603N)) 12 0.000 1 0.000 9 0.000 5 0.000 3 0.000 3 0.000 871 0.023 1 0.000 2 0.001 1 0.001 1 0.000 5 0.000 3 0.000 14 0.000 1 0.000 6 0.000 8 0.000 5 0.000 3 0.000 5 0.000 3 0.000 15 0.000 13 0.000 10 0.000 8 0.000 1 0.000 3 0.000 20 0.000 21 0.000 4 0.000 3 0.000 2 0.000 1 0.000 5 0.000 2 0.000 10 0.000 7 0.000 1 0.000 17 0.000 10 0.000 7 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 4 0.000 2 0.000 1 0.000 5 0.000 2 0.000 1594 0.995 4 0.000 1 0.000 12 0.000 6 0.000 2 0.002 1 0.000 1 0.000 18 0.001 2 0.000 1 0.000 1 0.000 61 0.997 0.024 1.021
23381 C23381A|(surface_glycoprotein:C1819A(Q607K)) 9 0.000 6 0.000 5 0.000 3 0.000 3 0.000 1 0.000 5 0.000 1 0.001 3 0.000 8 0.000 5 0.000 5 0.000 2 0.000 9 0.000 12 0.000 3 0.000 1 0.000 2 0.000 18 0.000 8 0.000 21 0.000 20 0.000 5 0.000 6 0.000 2 0.001 11 0.000 7 0.000 13 0.000 1 0.000 5 0.000 10 0.000 3 0.000 10 0.000 7 0.000 10222 0.075 6 0.000 3 0.000 27 0.000 3 0.000 4548 0.077 2 0.000 2 0.000 3 0.001 3 0.001 1 0.000 5 0.000 3 0.000 11 0.000 5 0.000 2 0.000 5573 0.274 1551 0.996 4 0.000 2 0.002 3 0.000 2 0.000 2 0.000 11 0.000 5 0.000 1 0.001 2 0.000 1 0.000 21 0.009 1 0.000 2 0.000 65 1.434 0.003 1.4369999999999998
linked 23403 Delta A23403G|(surface_glycoprotein:A1841G(D614G)) 57172 0.997 15688 0.997 68805 0.998 28529 0.997 21529 0.997 4 1.000 23503 0.998 32386 0.997 5716 0.999 2271 0.998 4861 0.998 3044 0.996 1430 0.991 10497 0.996 25517 0.995 1 1.000 24163 0.996 31666 0.996 26986 0.996 31549 0.996 38771 0.996 15984 0.997 18567 0.997 21662 0.997 41648 0.998 45671 0.997 82479 0.997 89745 0.997 66812 0.959 40754 0.995 30 1.000 3553 0.992 24986 0.994 50463 0.996 54747 0.996 12243 0.996 592 0.995 16837 0.996 29159 0.996 43054 0.997 56287 0.997 34503 0.997 126744 0.998 37871 0.997 12236 0.997 102953 0.997 35497 0.996 53259 0.996 4288 0.998 4630 0.998 7480 0.995 2974 0.991 3342 0.995 6473 0.995 8416 0.995 18488 0.996 13783 0.996 67654 0.997 40697 0.997 19398 0.998 19279 0.998 1551 0.992 7329 0.992 1110 0.995 9445 0.994 7508 0.993 8882 0.995 25951 0.996 29293 0.996 1161 0.995 7634 0.997 13416 0.999 166 1.000 8561 0.999 592 0.995 2504 0.998 1415 0.998 12385 0.998 9130 0.999 443 1.000 2281 0.999 4032 0.998 3926 0.999 4708 0.999 12066 0.998 85 25.904999999999998 37.87699999999999 63.78199999999998
23436 A23436G|(surface_glycoprotein:A1874G(H625R)) 3 0.000 7 0.000 8 0.000 4 0.000 2 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.000 4 0.000 2 0.000 3 0.000 4 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 7 0.000 4 0.000 8 0.000 6 0.000 1 0.000 6 0.000 4 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.000 5 0.000 5 0.000 2691 0.080 37787 0.315 4 0.000 3818 0.038 3 0.000 3727 0.072 1 0.000 1 0.000 6 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 1657 0.996 3 0.000 1 0.000 1 0.000 6103 0.244 5 0.000 2072 0.273 50 2.018 0.0 2.018
23480 T23480C|(surface_glycoprotein:T1918C(S640P)) 2 0.000 1 0.000 2 0.000 3 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.001 1 0.001 1 0.000 3 0.000 1 0.000 4 0.000 2 0.000 5 0.000 4 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 2 0.000 9 0.000 4 0.000 4 0.000 2 0.001 3 0.000 3 0.000 1 0.000 2 0.000 6 0.000 6 0.000 1501 0.064 11609 0.139 1790 0.026 2 0.000 4 0.000 1 0.000 3 0.000 2 0.000 1 0.000 7 0.001 1 0.000 3538 0.191 1211 0.215 45 0.6360000000000001 0.001 0.6370000000000001
23586 A23586G|(surface_glycoprotein:A2024G(Q675R)) 1 0.000 1 0.001 5 0.004 4 0.003 1 0.000 1 0.001 1 0.001 1 0.000 2 0.001 3 0.001 2 0.001 1 0.000 128 0.111 602 0.107 2 0.001 1 0.000 2 0.000 1 0.001 2 0.001 4224 0.432 721 0.993 1 0.000 154 0.057 2166 0.710 1 0.001 25 2.4130000000000003 0.008 2.4210000000000003
23588 A23588G|(surface_glycoprotein:A2026G(T676A)) 1 0.001 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.000 154 0.055 2160 0.703 9 0.758 0.002 0.76
23592 AGACTA23592-23597del|(surface_glycoprotein:CAGACTAAT2029-2037CATdel(QTN677-679Hdel)) 115 0.098 541 0.094 266 0.077 3201 0.401 545 1.000 142 0.051 1986 0.674 7 2.395 0 2.395
23607 G23607T|(surface_glycoprotein:G2045T(R682L)) 1 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.001 1 0.000 373 0.297 1450 0.244 1 0.000 1 0.001 2 0.000 5226 0.782 1 1.000 541 0.993 1 0.001 171 0.062 2397 0.723 1 0.001 21 4.103 0.003 4.106
23610 G23610A|(surface_glycoprotein:G2048A(R683Q)) 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.000 2 0.000 2 0.000 3 0.000 1374 0.996 1 0.000 126 0.114 12 1.11 0.001 1.111
23670 A23670T|(surface_glycoprotein:A2108T(N703I)) 1 0.000 2 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.001 1 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.001 305 0.251 1342 0.238 1 0.000 281 0.086 5 0.001 5 0.001 1 0.001 3 0.001 2 1.000 1 1.000 154 0.054 2262 0.700 24 3.3309999999999995 0.005 3.3359999999999994
23676 T23676C|(surface_glycoprotein:T2114C(V705A)) 1 0.000 1 0.001 2 0.000 1 0.001 1 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 308 0.242 1362 0.232 285 0.084 1 0.000 1 0.001 2 1.000 1 1.000 154 0.052 2274 0.691 1 0.001 20 3.302 0.003 3.305
23687 A23687C|(surface_glycoprotein:A2125C(N709H)) 1 0.000 1 0.001 4 0.002 1 0.000 1 0.000 348 0.252 1473 0.229 1 0.000 299 0.081 1 0.000 1 1.000 2 1.000 174 0.054 2409 0.682 1 0.000 15 3.298 0.0 3.298
23757 C23757T|(surface_glycoprotein:C2195T(T732I)) 1 0.001 1 0.000 2 0.001 830 0.141 1 0.000 1 0.001 2109 0.998 7 0.999 0.001 1.0
23868 G23868A|(surface_glycoprotein:G2306A(G769E)) 439 0.532 1 0.000 1 0.004 1 0.000 2 1.000 1 0.000 1426 0.421 90 1.000 1 0.001 9 2.9539999999999997 0.004 2.9579999999999997
23920 A23920T|(surface_glycoprotein:A2358T(K786N)) 1 0.002 1 0.000 1 0.001 1 0.001 1 0.001 535 0.537 392 0.065 1 0.000 12250 0.613 19117 0.999 1535 1.000 11 3.2159999999999997 0.002 3.2179999999999995
23939 C23939A|(surface_glycoprotein:C2377A(P793T)) 1 0.001 3 0.000 2 0.001 1 0.001 1 0.001 1 0.001 13 0.003 2 0.001 2 0.000 4 0.001 1 0.005 422 0.198 1 0.001 550 0.547 897 0.142 2 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 3 0.000 12912 0.591 128 0.266 1 0.003 20463 0.998 1709 0.997 1 0.000 26 3.744 0.007 3.7510000000000003
24062 A24062C|(surface_glycoprotein:A2500C(I834L)) 1 0.001 2 0.000 2 0.001 1 0.000 1 0.000 524 0.552 324 0.051 2 0.000 3 0.001 3 0.000 4208 0.180 4 0.002 1 0.005 12668 0.999 1198 0.998 15 2.787 0.002 2.7889999999999997
24138 C24138G|(surface_glycoprotein:C2576G(T859S)) 3 0.000 2 0.001 7 0.002 1 0.000 2 0.001 3 0.001 1 0.001 1 0.000 7 0.000 9 0.001 4 0.000 1 0.000 6 0.007 1 0.004 5 0.002 3 0.001 3 0.002 138 0.056 275 0.036 1 0.000 1061 0.064 379 0.024 3 0.000 2 0.000 3 0.003 2 0.001 6 0.001 2 0.000 10291 0.408 2 0.001 1 0.001 95 0.028 292 0.153 1 0.000 2 0.000 35 0.7740000000000001 0.019000000000000003 0.7930000000000001
24138 C24138T|(surface_glycoprotein:C2576T(T859I)) 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 3 0.000 4 0.001 4 0.000 1 0.000 6 0.000 405 0.985 1 0.001 3 0.000 1 0.000 1 0.000 20 0.986 0.001 0.987
24212 T24212G|(surface_glycoprotein:T2650G(S884A)) 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 3 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.001 325 0.083 1 0.000 2172 0.082 4 0.000 2 0.003 5204 0.273 1 0.000 498 0.180 17 0.618 0.005 0.623
24231 C24231T|(surface_glycoprotein:C2669T(A890V)) 1 0.000 5 0.001 1 0.001 1 0.000 1 0.000 2 0.001 1 0.000 4 0.001 1 0.000 2 0.001 1 0.000 3 0.000 1 0.000 2 0.001 2 0.000 1 0.000 4 0.000 2 0.000 2 0.000 4 0.000 10 0.000 6 0.001 2 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.002 324 0.081 5 0.000 4 0.001 3 0.000 2267 0.084 5 0.000 3 0.000 4 0.001 1 0.001 3 0.001 1 0.002 2 0.000 6 0.000 7196 0.442 1 0.001 4246 0.471 4 0.001 1 0.000 1265 0.707 522 0.183 6 0.500 50 2.473 0.009000000000000001 2.4819999999999998
linked 24378 C24378T|(surface_glycoprotein:C2816T(S939F)) 5127 0.998 739 0.560 4732 0.706 976 0.656 2805 0.737 5206 0.998 3217 0.829 3722 0.998 710 1.000 2941 0.998 2848 0.997 1876 0.998 4964 0.996 10385 0.997 6405 0.996 4743 0.996 2042 0.572 3347 0.769 1019 0.741 835 0.740 2264 0.898 8674 0.909 6494 0.904 8780 0.861 3944 0.373 20497 0.998 19739 0.908 2158 0.999 17168 0.998 1270 0.998 3234 0.995 4954 0.996 1246 0.997 200 0.995 2814 0.998 408 1.000 1690 0.997 4263 0.997 5606 0.779 4126 0.998 2425 0.995 3709 0.931 9952 0.932 5374 0.951 55 1.000 11301 0.999 23641 0.880 17716 0.768 6966 0.999 2551 0.996 3687 0.995 1463 0.997 1 1.000 609 0.995 1076 0.840 781 0.996 2917 0.903 7480 0.997 4779 0.731 9093 0.998 9520 0.998 2561 0.999 12048 0.994 656 0.997 507 0.509 4969 0.997 2703 0.999 1666 0.997 2482 0.995 2680 0.997 21 1.000 105 1.000 98 1.000 137 0.993 126 0.992 75 20.837000000000003 33.669999999999995 54.507
24395 C24395T|(surface_glycoprotein:C2833T(L945F)) 1 0.001 2 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2148 0.091 2 0.000 2 0.001 1 0.000 2102 0.230 5163 0.449 1 0.000 1036 0.694 14 0.583 17 2.047 0.001 2.048
24650 T24650G|(surface_glycoprotein:T3088G(S1030A)) 1 0.000 1 0.000 1 0.000 22 0.009 491 0.040 314 0.027 34 0.002 1 0.000 1 0.000 7477 0.157 1 0.000 5 1.000 2777 0.928 353 0.959 1950 0.998 1 0.000 16 4.12 0.0 4.12
24664 RATG13 T24664C|(surface_glycoprotein:T3102C(L1034L)) 3 0.001 2 0.002 3 0.000 1 0.001 1 0.000 1 0.001 1 0.000 1 0.000 6 0.000 16 0.007 427 0.036 1 0.000 283 0.026 32 0.002 3 0.001 2 0.000 1 0.000 8 0.000 7592 0.162 1 0.000 1 0.000 1 0.001 4 1.000 1 0.002 2 0.001 3081 0.924 400 0.966 2213 0.998 3 0.001 3 0.001 30 4.125999999999999 0.005 4.1309999999999985
24784 C24784T|(surface_glycoprotein:C3222T(N1074N)) 1 0.000 1 0.001 5 0.001 8 0.000 1 0.000 4 0.000 5 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 3 0.000 906 0.076 1617 0.070 1767 0.197 4 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 3798 0.155 202 0.012 266 0.052 363 0.174 1721 0.932 212 0.951 1258 0.996 27 3.6149999999999998 0.0 3.6149999999999998
24879 A24879-24879del|(surface_glycoprotein:3317-3317del(1106fs)) 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1704 0.981 1 0.000 6 0.981 0.0 0.981
24936 A24936C|(surface_glycoprotein:A3374C(N1125T)) 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 2 0.000 427 0.440 1 0.000 993 0.363 15 0.8029999999999999 0.0 0.8029999999999999
24999 A24999C|(surface_glycoprotein:A3437C(D1146A)) 499 0.068 986 0.061 973 0.186 330 0.164 384 0.402 126 0.041 213 0.171 659 0.355 8 1.448 0 1.448
25020 A25020C|(surface_glycoprotein:A3458C(D1153A)) 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 375 0.061 2447 0.171 858 0.198 340 0.182 377 0.415 95 0.036 167 0.158 1006 0.443 14 1.664 0.0 1.664
25038 A25038G|(surface_glycoprotein:A3476G(H1159R)) 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.000 404 0.432 1 0.000 1 0.000 867 0.387 19 0.819 0.001 0.82
25077 T25077C|(surface_glycoprotein:T3515C(I1172T)) 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 1.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 8 1.0 0.0 1.0
25080 ATGCTTCAGTT25080-25090del|(surface_glycoprotein:3518-3528del(1173fs)) 103 1.000 1 1.0 0 1.0
25083 C25083T|(surface_glycoprotein:C3521T(A1174V)) 1 0.000 2750 0.999 1 0.000 4267 0.090 303 0.006 1 0.000 3795 0.737 636 0.406 8 2.238 0.0 2.238
25088 G25088T|(surface_glycoprotein:G3526T(V1176F)) 2 0.000 5 0.001 2 0.004 6 0.000 3 0.000 6 0.002 1 0.000 1 0.001 2 0.002 2714 0.998 2 0.000 2 0.000 2 0.000 5618 0.091 307 0.005 3 0.000 5 0.000 3994 0.758 616 0.421 1 0.001 2 0.002 2 0.006 22 2.275 0.012 2.287
25106 G25106T|(surface_glycoprotein:G3544T(E1182*)) 1 0.000 3 0.000 4 0.000 13 0.000 2 0.000 3 0.001 1 0.001 140 1.000 1 0.000 4 0.000 3 0.001 7 0.000 13 0.000 12 0.000 11 0.000 2 0.000 3 0.001 1 0.001 1 0.003 19 1.005 0.003 1.0079999999999998
25112 G25112A|(surface_glycoprotein:G3550A(D1184N)) 2 0.000 2 0.001 2356 0.995 132 1.000 1 0.000 4 0.000 6991 0.102 270 0.004 2 0.000 5372 0.853 272 0.403 11 3.357 0.001 3.358
25116 G25116A|(surface_glycoprotein:G3554A(R1185H)) 2 0.000 1 0.000 2 0.000 8 0.000 2 0.000 2322 0.996 124 1.000 1 0.000 2 0.000 7 0.000 7535 0.104 248 0.003 6 0.000 3 0.000 5509 0.870 153 0.477 16 3.4499999999999997 0.0 3.4499999999999997
25126 G25126T|(surface_glycoprotein:G3564T(E1188D)) 2 0.000 1 0.000 3 0.000 10 0.000 3 0.000 2 0.001 132 1.000 5 0.000 7 0.000 9 0.000 12 0.000 11 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.001 15 1.0 0.002 1.002
25132 C25132T|(surface_glycoprotein:C3570T(A1190A)) 3 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 854 0.010 7 0.000 7874 0.959 7 0.969 0.0 0.969
25157 G25157A|(surface_glycoprotein:G3595A(D1199N)) 1 0.000 5 0.000 2 0.000 2383 0.994 126 0.992 1 0.000 1 0.000 3 0.000 9256 0.104 8 0.000 8 0.000 9187 0.998 273 0.595 13 3.683 0.0 3.683
25208 A25208G|(surface_glycoprotein:A3646G(I1216V)) 1 0.000 2056 0.991 122 1.000 1 1.000 1 0.000 9346 0.095 1 0.000 5 0.000 9074 0.992 195 0.704 1 0.011 11 4.792999999999999 0.0 4.792999999999999
25244 GTAATG25244-25249del|(surface_glycoprotein:3682-3687del(VM1228-1229del)) 1688 0.993 94 0.989 1 1.000 685 0.007 7760 0.997 5 3.9859999999999998 0 3.9859999999999998
25245 TAA25245-25247del|(surface_glycoprotein:GTAATG3682-3687GTGdel(VM1228-1229Vdel)) 6116 0.065 2 0.000 98 0.524 3 0.589 0 0.589
25277 A25277T|(surface_glycoprotein:A3715T(S1239C)) 12 0.001 7 0.001 18 0.001 42 0.001 15 0.000 5 0.001 1938 0.992 108 0.991 1 1.000 6 0.001 19 0.001 5 0.001 20 0.000 8868 0.089 59 0.001 23 0.000 11 0.000 9296 0.995 130 0.580 19 4.648 0.005 4.653
25292 C25292T|(surface_glycoprotein:C3730T(L1244F)) 1799 0.162 102 0.010 1 0.000 1 0.000 1 0.000 8874 0.093 3 0.000 6 0.000 9540 0.994 187 0.613 10 1.8719999999999999 0.0 1.8719999999999999
25411 A25411C|(ORF3a_protein:A19C(I7L)) 3 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.001 4 0.000 7 0.000 4 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 7 0.000 9 0.000 11 0.000 18 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.001 5 0.000 8 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 5 0.000 12 0.000 11 0.000 1 0.000 4 0.000 2 0.000 3 0.000 6510 0.109 3 0.000 1 0.000 6676 0.769 2 0.002 3 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 171 0.895 97 0.050 51 1.8250000000000002 0.001 1.826
25456 G25456T|(ORF3a_protein:G64T(D22Y)) 4 0.000 2 0.000 4 0.001 3 0.001 4 0.001 2 0.001 1 0.001 1 0.001 5 0.003 4 0.000 6 0.000 6 0.001 2 0.000 4 0.001 1 0.000 5 0.000 2 0.000 4 0.000 8 0.000 14 0.000 18 0.000 3 0.000 1 0.000 2 0.001 7 0.000 5 0.000 3 0.000 1 0.000 4 0.000 3 0.000 1 0.000 14 0.000 2 0.000 5 0.000 4 0.000 24 0.001 18 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.000 1 0.000 3 0.000 5 0.001 2 0.000 3 0.000 2 0.001 1 0.001 2 0.002 2 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 3590 0.347 1 0.000 6346 0.447 55 0.799 0.007 0.806
25480 C25480T|(ORF3a_protein:C88T(R30C)) 2 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.001 2 0.003 2 0.001 3 0.000 3 0.000 5 0.001 1 0.000 5 0.000 2 0.000 8 0.000 6 0.000 7 0.000 1 0.000 1 0.001 3 0.001 3 0.000 3 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 2 0.000 6 0.000 5 0.000 4 0.000 1 0.000 2 0.000 3 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 11559 0.998 5 0.000 5 0.000 6739 0.451 1 0.000 43 1.45 0.004 1.454
25483 G25483T|(ORF3a_protein:G91T(A31S)) 3 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.001 8 0.000 5 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 3 0.000 15 0.000 7 0.000 16 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.001 1 0.001 6 0.000 7 0.000 1 0.001 2 0.000 2 0.000 2 0.000 2 0.000 6 0.000 6 0.000 14 0.000 10 0.000 12 0.000 1 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.001 2 0.000 1 0.000 4 0.000 5 0.000 2 0.001 2 0.000 7641 0.624 2 0.000 4 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 52 0.625 0.005 0.63
25502 T25502C|(ORF3a_protein:T110C(I37T)) 1 0.000 3 0.001 2 0.000 1 0.001 1 0.000 5 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 3 0.000 3 0.000 4 0.000 5 0.000 8 0.000 1 0.000 4 0.000 4 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 2 0.000 1 0.000 3 0.000 3 0.000 3 0.000 5 0.000 1 0.002 1 0.000 476 1.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 37 1.0 0.003 1.003
25546 C25546A|(ORF3a_protein:C154A(L52I)) 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.001 2 0.002 2 0.002 1 0.001 1 0.000 5 0.000 7 0.001 8 0.001 1 0.000 1 0.000 3 0.000 7 0.000 29 0.001 33 0.001 1 0.000 2 0.001 8 0.002 2 0.001 3 0.000 4 0.000 8 0.001 4 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 4 0.000 1 0.000 2 0.000 4 0.000 20 0.000 20 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.000 1 0.000 2 0.000 7 0.001 2 0.000 1 0.000 2 0.002 1 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.001 14078 0.999 1 0.000 5 0.000 7370 0.451 54 1.4539999999999997 0.007 1.4609999999999996
25555 G25555A|(ORF3a_protein:G163A(V55I)) 1 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 3 0.001 3 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.001 2 0.000 3 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 4 0.000 3 0.000 3 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 3741 0.256 4 0.000 1 0.000 6371 0.419 26 0.675 0.001 0.676
25576 A25576C|(ORF3a_protein:A184C(I62L)) 3 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.002 8 0.000 3 0.000 6 0.001 2 0.000 3 0.000 7 0.000 19 0.000 15 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.001 5 0.000 5 0.000 4 0.000 3 0.000 1 0.000 2 0.001 2 0.000 6 0.000 1 0.000 2 0.000 5 0.000 9 0.000 6 0.000 1 0.001 1 0.000 2 0.000 3 0.001 1 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 13351 0.998 4 0.000 7341 0.450 1 0.000 52 1.4509999999999996 0.003 1.4539999999999995
25644 G25644T|(ORF3a_protein:G252T(L84L)) 5 0.001 1 0.001 1 0.000 1 0.001 5 0.002 1 0.001 2 0.001 1 0.003 6 0.001 6 0.001 1 0.000 1 0.001 3 0.003 1 0.001 6 0.001 2 0.001 4 0.000 7 0.000 15 0.001 9 0.001 1 0.000 2 0.000 2 0.001 3 0.001 2 0.002 6 0.001 13 0.001 1 0.001 4 0.001 2 0.001 15 0.001 1 0.000 1 0.000 10 0.001 10 0.001 12 0.001 1 0.000 1 0.001 1 0.003 1 0.001 3 0.001 2 0.000 4 0.001 1 0.000 1 0.001 2 0.000 7 0.001 1 0.001 1 0.001 15127 0.999 1 0.000 3 0.000 3 0.000 6410 0.388 1 0.000 55 1.3979999999999988 0.021000000000000008 1.4189999999999987
25671 C25671A|(ORF3a_protein:C279A(H93Q)) 4 0.001 2 0.001 2 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.001 3651 0.234 1 0.000 1 0.000 6000 0.357 16 0.592 0.0 0.592
25700 C25700T|(ORF3a_protein:C308T(A103V)) 1 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.000 1 0.000 1 0.000 5944 0.452 3 0.000 2 0.000 6 0.429 2 0.000 4904 0.323 1 0.000 13 1.204 0.0 1.204
25702 C25702T|(ORF3a_protein:CCT310-312TAT(P104Y)) 1143 0.093 6097 0.500 2 0.593 0 0.593
25703 C25703A|(ORF3a_protein:C311A(P104H)) 1 0.002 3 0.001 2 0.001 3 0.001 1 0.002 1 0.000 2 0.000 1 0.000 4 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.003 1 0.000 2 0.000 4 0.000 1 0.000 5947 0.488 4 0.000 2 0.000 6 0.429 1 0.000 1 0.000 4905 0.329 1 0.000 24 1.246 0.005 1.251
25703 C25703A|(ORF3a_protein:CCT310-312TAT(P104Y)) 1143 0.092 6097 0.500 2 0.592 0 0.592
25744 A25744G|(ORF3a_protein:A352G(I118V)) 6 0.016 1 0.000 2 0.001 1 0.000 1 0.001 1 0.001 1 0.004 3 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 145 0.246 28 0.596 14 0.843 0.021 0.864
25904 C25904T|(ORF3a_protein:C512T(S171L)) 1 0.001 1 0.000 1 0.000 1717 0.128 1 0.000 168 0.279 17 0.254 7 0.661 0.0 0.661
25927 A25927T|(ORF3a_protein:A535T(I179F)) 1 0.001 5 0.001 3 0.001 1 0.000 1 0.001 1 0.001 1 0.000 5 0.000 1 0.001 1 0.001 2 0.002 3 0.002 1 0.000 3 0.000 4 0.000 2021 0.145 1 0.000 5 0.000 2 0.000 4 0.111 180 0.262 16 0.229 22 0.752 0.002 0.754
25962 T25962C|(ORF3a_protein:T570C(T190T)) 2 0.000 1 0.000 3 0.001 3 0.001 1 0.001 8 0.005 1 0.001 2 0.000 5 0.000 2077 0.144 6 0.001 3 0.001 4 0.082 244 0.317 21 0.288 15 0.84 0.002 0.842
25979 G25979A|(ORF3a_protein:G587A(G196E)) 1 0.000 1 0.000 7 0.005 1 0.000 2061 0.114 2 0.000 1 0.000 2 0.000 4 0.078 294 0.407 29 0.397 1 0.003 12 1.001 0.003 1.0039999999999998
26094 T26094C|(ORF3a_protein:T702C(N234N)) 1 0.000 1 0.000 1 0.002 1 0.000 2 0.000 18 0.009 2 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 21 0.750 6 0.083 45 1.000 14 1.8419999999999999 0.0 1.8419999999999999
26105 A26105C|(ORF3a_protein:A713C(D238A)) 4 0.000 1 0.000 3 0.001 1 0.001 1 0.000 1 0.000 16 0.001 5 0.001 5 0.001 2 0.001 1 0.001 18 0.009 1 0.001 3 0.001 1 0.001 2 0.000 4 0.000 4 0.001 1 0.010 1 0.003 1 0.002 5 0.000 11 0.000 2 0.000 2 0.000 19 0.731 4 0.065 63 1.000 28 1.8079999999999994 0.021000000000000005 1.8289999999999993
26168 RATG13 T26168C|(ORF3a_protein:T776C(V259A)) 2 0.001 3 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.001 1 0.002 4 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.007 54 0.982 1 0.003 15 0.993 0.003 0.996
26190 A26190G|(ORF3a_protein:A798G(E266E)) 1 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.000 2 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.001 25 0.012 1 0.000 1 0.001 1 0.000 3 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 2 0.000 16 0.800 4 0.053 29 1.000 22 1.8659999999999999 0.002 1.8679999999999999
26216 T26216C|(ORF3a_protein:T824C(L275S)) 1 0.001 1 0.000 4 0.001 1 0.014 1 0.000 1 0.001 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.001 21 0.010 1 0.000 1 0.002 3 0.000 4 0.000 3 0.000 5 0.000 1 0.000 12 0.750 1 0.007 4 0.037 22 1.000 23 1.8069999999999997 0.002 1.8089999999999997
26228 C26228T 2 0.000 1 0.000 1 0.000 9 0.012 1 0.001 1 0.000 233 0.116 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 13 0.765 3 0.026 17 0.944 14 1.8519999999999999 0.0 1.8519999999999999
26256 C26256T|(envelope_protein:C12T(F4F)) 1 0.000 9 0.023 1 0.001 1 0.000 2 0.000 37 0.974 6 0.974 0 0.974
26494 T26494C 3072 0.918 3 0.001 2 0.000 2 0.000 3 0.000 2 0.000 2 0.000 7 0.919 0.0 0.919
26527 C26527T|(membrane_glycoprotein:C5T(A2V)) 75 0.395 3470 0.996 69 0.670 54 0.119 100 0.833 7 0.001 2203 0.831 1 0.000 2844 0.307 1 0.000 1 0.000 11 4.151 0.001 4.152
linked 26577 C26577G|(membrane_glycoprotein:C55G(Q19E)) 3147 0.997 4083 0.992 9705 0.996 7135 0.993 10082 0.995 2343 0.999 3647 0.995 3352 0.993 4487 0.995 31 1.000 16 1.000 1 1.000 22 1.000 1 1.000 17 0.436 1883 0.994 3262 0.994 2685 0.990 1841 0.990 1794 0.990 553 1.000 6271 0.991 2706 0.989 2250 0.991 5088 0.995 7616 0.995 5723 0.994 12985 0.991 5557 0.997 6306 0.997 3066 0.995 79 1.000 26 1.000 55 1.000 2159 0.996 2583 0.984 32 1.000 508 0.988 1195 0.997 1305 0.997 3708 0.997 4275 0.997 4633 0.997 3871 0.995 4202 0.997 7008 0.992 3416 0.992 2174 0.984 4461 0.997 6693 0.997 1262 0.994 1372 0.998 1598 0.993 1973 0.991 736 0.988 2471 0.992 1322 0.989 2624 0.995 342 1.000 5669 0.981 51 1.000 2652 0.998 13 1.000 5 1.000 1139 0.967 769 0.992 121 1.000 1048 0.974 1888 0.948 1155 0.994 12414 0.995 672 0.990 1047 0.973 5734 0.998 2178 0.999 3375 0.999 6233 0.998 8021 0.998 2766 0.998 4381 0.998 80 24.772000000000006 33.824999999999996 58.597
26590 T26590C|(membrane_glycoprotein:T68C(V23A)) 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.001 4 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2337 0.999 2069 0.814 3208 0.343 1 0.000 13 2.156 0.001 2.157
26600 C26600T|(membrane_glycoprotein:C78T(F26F)) 3 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.000 1 0.001 2143 0.999 2 0.000 1 0.001 1811 0.801 2837 0.323 14 2.124 0.002 2.126
26664 A26664G|(membrane_glycoprotein:A142G(I48V)) 1 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 2 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.002 5 0.000 2 0.000 3348 0.821 1 0.000 1 0.000 1 0.000 27 0.821 0.002 0.823
26997 T26997A|(membrane_glycoprotein:T475A(C159S)) 1 0.004 2 0.000 3 0.000 1 0.001 1 0.001 1 0.000 2 0.001 2 0.000 1 1.000 9 1.001 0.002 1.003
27005 C27005T|(membrane_glycoprotein:C483T(I161I)) 19 0.078 22 0.027 381 0.109 2 0.045 58 0.367 2 0.032 379 0.133 74 0.987 8 1.778 0 1.778
27061 A27061G|(membrane_glycoprotein:A539G(K180R)) 1 0.000 26 0.092 18 0.021 1 0.000 361 0.098 1 0.018 76 0.432 2 0.030 1 0.000 2707 0.290 2 0.000 1 0.000 1 0.000 539 0.998 14 1.979 0.0 1.979
27283 A27283G|(ORF6_protein:A82G(N28D)) 3 0.000 2 0.000 6 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.000 13 0.000 7 0.000 3 0.001 4 0.001 1 0.001 4 0.002 4 0.000 1 0.000 3 0.001 4 0.000 1 0.000 3 0.000 8 0.000 5 0.000 3 0.000 3 0.001 1 0.001 4 0.000 1 0.000 532 0.151 3528 0.550 1 0.000 1 0.003 3 0.000 1 0.000 307 0.094 1 0.000 2326 0.222 1 0.000 1 0.000 1 0.000 41 1.02 0.009000000000000001 1.029
27384 T27384C|(ORF6_protein:T183C(D61D)) 1 0.000 1 0.002 1 0.000 1 0.000 576 0.183 3729 0.587 310 0.106 1 0.000 8 0.8759999999999999 0.0 0.8759999999999999
27576 T27576C|(ORF7a_protein:T183C(T61T)) 1 0.000 1 0.003 1 0.003 1 1.000 2 0.003 5 1.0 0.009000000000000001 1.009
27630 C27630T|(ORF7a_protein:C237T(A79A)) 1 0.002 1 0.100 9341 0.647 15397 0.662 1 0.000 1 0.000 6 1.4090000000000003 0.0 1.4090000000000003
27698 TTA27698-27700del|(ORF7a_protein:CTTATT304-309CTTdel(LI102-103Ldel)) 9195 0.633 1 0.633 0 0.633
27741 C27741T|(ORF7a_protein:C348T(L116L)) 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3907 0.999 7 0.999 0.0 0.999
27783 T27783C|(ORF7b:T28C(Y10H)) 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 5 0.000 1 1.000 1 0.000 14 1.0 0.0 1.0
27845 C27845A|(ORF7b:C90A(F30L)) 1 0.004 1 0.000 2 0.000 2 0.000 2 0.000 4 0.000 1 0.000 3 0.000 95 0.979 130 0.212 2 0.000 5 0.000 2 0.000 5 0.000 1 0.000 3 0.000 16 0.000 2 0.000 18 1.191 0.004 1.195
27864 C27864T|(ORF7b:C109T(H37Y)) 1 0.000 117 0.992 1234 0.999 170 0.226 1 0.000 7748 0.314 4 0.000 1 0.000 8705 0.630 13777 0.621 10 3.782 0.0 3.782
27892 A27892G 3 0.000 4 0.000 2 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 133 0.993 1401 0.998 192 0.239 3 0.000 1 0.000 4 0.000 7834 0.307 8 0.000 3 0.000 1 0.001 2 0.000 3 0.001 7711 0.586 1 0.000 12284 0.593 1 0.000 22 3.716999999999999 0.001 3.717999999999999
27906 G27906T|(ORF8_protein:G13T(V5F)) 4 0.000 3 0.000 6 0.000 3 0.000 9 0.000 2 0.000 4 0.001 3 0.000 4 0.000 3 0.000 7 0.001 1 0.010 11 0.000 6 0.000 12 0.000 1 1.000 22 0.000 1 0.001 2 0.000 3 0.000 20 1.001 0.012 1.013
28087 RATG13 C28087T|(ORF8_protein:C194T(A65V)) 1 0.004 5 0.000 4 0.000 3 0.000 5 0.000 4 0.000 18 0.000 3 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 408 0.415 96 0.002 2 0.000 5 0.000 1 0.000 3 0.000 43 1.000 18 1.415 0.006 1.421
28090 GTTCTA28090-28095del|(ORF8_protein:GGTTCTAAA196-204GAAdel(GSK66-68Edel)) 10718 0.112 42 0.977 2 0.977 0 0.977
28227 C28227T|(ORF8_protein:C334T(H112Y)) 2 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 3 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 3 0.000 3 0.000 4 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 5 0.000 1 0.000 1 0.000 1474 0.058 6757 0.122 3 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 5 0.000 1 0.000 3 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1055 0.160 5539 0.998 1 0.000 1 0.000 45 1.3379999999999999 0.0 1.3379999999999999
28237 G28237A|(ORF8_protein:G344A(R115H)) 1 0.000 3 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 3 0.000 3 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.000 1 0.000 2 0.000 3 0.000 4 0.000 2 0.000 2 0.000 5 0.000 2 0.000 14 0.000 7 0.000 4 0.000 1 0.001 3 0.000 2 0.000 3 0.000 1 0.000 2 0.000 3 0.000 1347 0.059 6420 0.127 2 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 4 0.000 1 0.000 5 0.000 4 0.000 3 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 3 0.000 946 0.160 6341 0.996 4 0.000 3 0.000 54 1.3419999999999999 0.001 1.3429999999999997
28382 RATG13 T28382C|(nucleocapsid_phosphoprotein:T109C(S37P)) 5 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 3 0.000 2 0.000 4 0.000 4 0.000 6 0.000 3 0.000 1 0.000 3 0.000 4 0.001 2 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 4 0.000 3 0.000 3 0.000 5 0.000 2 0.000 5 0.000 3 0.000 2 0.000 2 0.001 2 0.000 4 0.000 3 0.000 5 0.000 2 0.000 3 0.000 1 0.000 4 0.000 4 0.000 6 0.000 1 0.000 6 0.000 3 0.000 3 0.000 3 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.001 1 0.000 3 0.000 1 0.000 3 0.000 4 0.000 4095 0.189 1 0.000 1 0.000 477 1.000 11397 0.832 3 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 834 0.152 6816 1.000 1 0.000 1 0.000 65 3.173 0.002 3.175
28474 T28474C|(nucleocapsid_phosphoprotein:T201C(P67P)) 2 0.000 4 0.000 4 0.000 3 0.001 1 0.001 1 0.000 2 0.000 4 0.000 1 0.000 3 0.000 2 0.000 1 0.000 783 0.031 205 0.009 7 0.000 4 0.000 3 0.000 2 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 6 0.000 5 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 2 0.000 3 0.000 3700 0.102 4 0.000 3 0.000 5 0.000 16 0.000 1 0.000 2 0.000 3 0.001 3 0.000 1 0.001 1 0.000 2 0.000 2 0.000 4 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 5 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.000 2 0.000 2 0.000 182 0.025 5733 0.999 1 0.000 1 0.000 56 1.127 0.002 1.129
28677 C28677A|(nucleocapsid_phosphoprotein:C404A(T135N)) 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 3 0.000 3 0.000 13 0.000 16 0.000 5 0.000 4 0.001 16 0.000 9 0.001 6 0.001 2 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.000 1 0.000 4 0.000 1 0.000 11 0.000 7 0.000 27 0.000 10 0.000 40 0.000 6 0.001 4 0.000 3 0.000 6 0.001 7 0.001 2 0.000 1 0.000 4 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 2 0.000 6 0.000 4 0.000 3 0.000 4 0.000 3 0.000 14 0.000 7 0.000 12 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.000 5 0.000 2 0.000 18 0.000 16 0.000 37 0.000 18533 0.995 6 0.001 6 0.001 1 0.000 5 0.001 7 0.001 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 4 0.000 3 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 5 0.000 77 0.999 0.005 1.004
28693 T28693A|(nucleocapsid_phosphoprotein:T420A(N140K)) 3 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 8 0.000 2 0.000 12 0.000 8 0.001 6 0.001 1 0.000 1 0.000 5 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 2 0.000 3 0.000 3 0.000 14 0.000 16 0.000 11 0.000 5 0.000 17 0.000 1 0.000 8 0.001 4 0.001 6 0.000 6 0.000 1 0.000 2 0.000 1150 0.033 3 0.000 2 0.000 11 0.000 11 0.000 1 0.000 2 0.000 6 0.000 3 0.000 14 0.001 2 0.000 1 0.001 1 0.001 1 0.000 3 0.000 4 0.000 2 0.000 13 0.000 5 0.000 20 0.000 5 0.000 9671 0.996 12 0.002 1 0.001 5 0.001 11 0.001 2 0.000 1 0.000 152 0.023 1 0.000 2 0.000 3 0.000 2 0.000 6 0.000 69 1.057 0.005 1.0619999999999998
28715 A28715G|(nucleocapsid_phosphoprotein:A442G(T148A)) 1 0.000 2 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 3 0.000 10 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 3 0.000 2 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.000 3 0.000 4 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 6 0.000 4 0.000 12 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 3501 0.135 1 0.000 3 0.000 498 0.017 3 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 2 0.000 5 0.000 5 0.000 6 0.000 4 0.000 9751 0.995 1 0.000 2955 0.995 463 0.055 10 0.001 1 0.000 114 0.022 2 0.001 3 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.000 62 2.221 0.0 2.221
28846 C28846T|(nucleocapsid_phosphoprotein:C573T(R191R)) 3 0.000 4 0.000 1 0.000 5 0.000 1 0.007 5 0.033 5 0.045 5 0.000 1 0.000 7 0.000 1 0.000 3 0.000 2 0.000 3 0.000 24 0.229 3 0.429 16 0.658 0.0 0.658
linked 28881 G28881A|(nucleocapsid_phosphoprotein:AGG607-609AAA(R203K)) 172 1.000 42 1.000 127 1.000 51 1.000 75 1.000 46 1.000 74 1.000 186 0.979 11256 0.998 16854 0.997 5584 0.999 5013 0.992 10270 0.995 17 1.000 42 1.000 138 0.993 136 0.993 391 0.995 52 1.000 63 0.969 32 0.970 81 0.988 153 1.000 163 0.988 174 1.000 190 0.995 89 1.000 39 0.975 25 0.962 29158 0.860 15012 0.881 43400 0.998 4853 0.997 3861 0.995 3765 0.994 4 1.000 36 1.000 6 1.000 40 1.000 19 1.000 4 1.000 97 1.000 34 1.000 102 0.990 1 1.000 60 1.000 80 0.988 200 0.364 174 0.989 7 1.000 190 1.000 37 1.000 183 0.979 13676 0.998 8987 0.996 14742 0.998 4442 0.996 5816 0.995 20 1.000 4 1.000 3 1.000 12 1.000 14 1.000 25 1.000 79 1.000 47 1.000 55 0.982 31830 0.761 17674 0.929 33376 0.998 14493 0.993 6673 0.994 2 1.000 11 0.917 12 0.923 27 1.000 64 0.985 87 1.000 4 1.000 12 0.857 4453 0.997 1593 0.996 4443 0.998 2140 0.999 2490 0.998 677 0.997 739 0.993 4978 0.996 6514 0.820 5422 0.996 2097 0.997 1126 0.997 92 26.442999999999998 43.639 70.082
linked 28882 G28882A|(nucleocapsid_phosphoprotein:AGG607-609AAA(R203K)) 172 1.000 42 1.000 127 1.000 51 1.000 75 1.000 46 1.000 74 1.000 186 0.979 11256 0.998 16854 0.997 5584 0.999 5013 0.992 10270 0.995 17 1.000 42 1.000 138 0.993 136 0.993 391 0.995 52 1.000 63 0.969 32 0.970 81 0.988 153 1.000 163 0.988 174 1.000 190 0.995 89 1.000 39 0.975 25 0.962 29158 0.860 15012 0.881 43400 0.998 4853 0.997 3861 0.995 3765 0.994 4 1.000 36 1.000 6 1.000 40 1.000 19 1.000 4 1.000 97 1.000 34 1.000 102 0.990 1 1.000 60 1.000 80 0.988 200 0.391 174 0.989 7 1.000 190 1.000 37 1.000 183 0.979 13676 0.998 8987 0.996 14742 0.998 4442 0.996 5816 0.995 20 1.000 4 1.000 3 1.000 12 1.000 14 1.000 25 1.000 79 1.000 47 1.000 55 0.982 31830 0.761 17674 0.930 33376 0.998 14493 0.993 6673 0.994 2 1.000 11 0.917 12 0.923 27 1.000 64 0.985 87 1.000 4 1.000 12 0.857 4453 0.997 1593 0.996 4443 0.998 2140 0.999 2490 0.998 677 0.997 739 0.993 4978 0.996 6514 0.820 5422 0.996 2097 0.997 1126 0.997 92 26.471 43.639 70.11
28882 G28882A|(nucleocapsid_phosphoprotein:G609A(R203R)) 1 0.000 2 0.000 3 0.001 3 0.000 1 0.000 3 0.000 308 0.603 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1293 0.068 1 0.000 1 0.000 2 0.143 1 0.000 1 0.001 1 0.000 1410 0.177 18 0.992 0.0 0.992
28883 G28883C|(nucleocapsid_phosphoprotein:GGA610-612CAA(G204Q)) 1 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 4 0.000 7 0.014 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1406 0.074 1460 0.044 1928 0.132 3595 0.535 5 0.077 3057 0.686 2939 0.370 3 0.001 17 1.9330000000000003 0.0 1.9330000000000003
28884 G28884A|(nucleocapsid_phosphoprotein:GGA610-612CAA(G204Q)) 1 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 4 0.000 7 0.013 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1406 0.070 1460 0.042 1928 0.121 3595 0.488 5 0.071 3057 0.667 2939 0.342 3 0.000 17 1.814 0.0 1.814
28899 G28899A|(nucleocapsid_phosphoprotein:G626A(R209K)) 1 0.000 2 0.000 1 0.000 2 1.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 8 1.0 0.0 1.0
28922 G28922A|(nucleocapsid_phosphoprotein:G649A(A217T)) 1 0.000 1 0.000 1 0.000 3 0.001 8 0.014 2 0.000 1 0.000 5 0.000 217 0.023 2667 0.262 3286 0.222 1674 0.237 3 0.035 1 0.000 1 0.000 4128 0.698 2 0.000 1877 0.150 2 0.000 19 1.641 0.001 1.642
29239 G29239A|(nucleocapsid_phosphoprotein:G966A(M322I)) 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.001 2 0.001 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 5 0.000 6 0.000 1 0.000 4 0.000 1 0.000 1 0.000 4 0.000 3 0.000 24 0.001 1 0.000 3 0.000 4 0.000 5 0.000 2 0.000 1 0.000 28757 0.555 1 0.000 2 0.000 2 0.001 3400 0.946 1 0.000 1 0.000 31 1.503 0.0 1.503
29252 T29252G|(nucleocapsid_phosphoprotein:T979G(S327A)) 1 0.000 1 0.001 1 0.000 1 0.001 1 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.001 4 0.000 6 0.000 7 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 20 0.001 1 0.000 1 0.000 3 0.000 9 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.001 1 0.000 4187 0.953 30 0.955 0.001 0.956
29300 G29300A|(nucleocapsid_phosphoprotein:G1027A(D343N)) 2 0.002 1 0.001 1 0.000 2 0.000 5 0.000 4 0.000 1 0.000 1 0.001 1 0.000 1 0.000 1395 0.101 1 0.000 3 0.000 2 0.000 1 0.000 6465 0.253 1 0.002 72 0.067 10276 0.960 1 0.000 20 1.383 0.001 1.384
29409 C29409T|(nucleocapsid_phosphoprotein:C1136T(T379I)) 1 0.000 1 0.000 5 1.000 1 0.000 1 0.000 4 0.000 9926 0.220 12603 0.999 8 2.2190000000000003 0.0 2.2190000000000003
29478 A29478C|(nucleocapsid_phosphoprotein:A1205C(D402A)) 2 0.001 1 0.000 1 0.000 24603 0.550 2 0.000 10 0.001 1 1.000 1590 0.027 8 1.5779999999999998 0.0 1.5779999999999998
29498 C29498A|(nucleocapsid_phosphoprotein:C1225A(Q409K)) 1 0.000 1 0.000 1 0.000 1 0.000 2 0.000 2 0.000 1 0.000 3 0.000 1 0.000 1 0.000 4791 0.275 7179 0.971 7481 0.193 13 1.439 0.0 1.439
29502 C29502T|(nucleocapsid_phosphoprotein:C1229T(S410F)) 1 0.000 7 0.002 1 0.000 1 0.000 4 0.002 4 0.042 38 0.543 13 0.001 3 0.000 5 0.001 9 0.001 11 0.5880000000000001 0.002 0.5900000000000001
29512 T29512G|(nucleocapsid_phosphoprotein:T1239G(S413R)) 7 0.073 45 0.570 8 0.001 2 0.000 1 0.000 5 0.6439999999999999 0 0.6439999999999999
29583 T29583A|(ORF10_protein:T26A(F9Y)) 2 0.001 2 0.001 1 0.100 8 0.096 65 0.560 1 0.006 6 0.756 0.007 0.763
29686 C29686-29686del 4 0.125 87 0.588 2 0.713 0 0.713
29711 G29711A 1 1.000 1 1.0 0 1.0
29758 RATG13 T29758G 778 0.842 4 1.000 4220 0.997 3 0.250 207 0.912 1634 0.996 519 1.000 657 0.995 59 1.000 151 0.904 230 0.966 11 9.862000000000002 0 9.862000000000002