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| SRR31921325(641070) | SRR31921342(1356758) | SRR31921348(74314) | SRR31921355(1914437) | SRR31921356(383062) | SRR31921358(1616456) | SRR31923106(182525) | SRR31923160(675972) | SRR31923168(1117384) | SRR31923170(1474042) | SRR31923681(195492) | SRR31923682(353906) | SRR31923728(70140) | SRR31923732(34030) | SRR31923741(395756) | |||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ('2022-02-15', '1127737') | ('2022-02-13', '1134897') | ('2022-01-30', '1134897') | ('2022-02-16', '4480') | ('2022-02-09', '4480') | ('2022-01-31', '4480') | ('2022-02-27', '1134897') | ('2022-02-13', '1127737') | ('2022-02-08', '1134897') | ('2022-02-08', '1127737') | ('2022-02-21', '1134897') | ('2022-02-21', '1127737') | ('2022-02-06', '1134897') | ('2022-02-06', '1127737') | ('2022-02-01', '1127737') | |||||||||||||||||||||||
| Sequences | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Total samples | Positives Sum | Negatives Sum | Total Sum | |||
| 34 | A34T | 1 | 1.000 | 1 | 1.0 | 0 | 1.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| linked | 63 | T63A | 2 | 0.000 | 5 | 0.001 | 12 | 0.000 | 3 | 0.000 | 4 | 0.0 | 0.001 | 0.001 | |||||||||||||||||||||||
| 100 | C100A | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 9626 | 0.228 | 1 | 0.000 | 343 | 0.027 | 7 | 0.000 | 3 | 0.000 | 1 | 0.001 | 1 | 0.000 | 9 | 0.255 | 0.001 | 0.256 | ||||||||||||||
| 111 | T111C | 12 | 0.004 | 9614 | 0.228 | 1 | 0.000 | 343 | 0.027 | 2 | 0.000 | 5 | 0.255 | 0.004 | 0.259 | ||||||||||||||||||||||
| 316 | TTTGCCTGT316-324del|(ORF1ab_polyprotein:AGTTTGCCTGTT49-60AGTdel(SLPV17-20Sdel))|(ORF1a_polyprotein:AGTTTGCCTGTT49-60AGTdel(SLPV17-20Sdel)) | 65497 | 0.758 | 1293 | 0.240 | 2 | 0.998 | 0 | 0.998 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 344 | C344T|(ORF1ab_polyprotein:C79T(L27F))|(ORF1a_polyprotein:C79T(L27F)) | 10 | 0.000 | 10 | 0.000 | 33302 | 0.242 | 9 | 0.000 | 18 | 0.000 | 6 | 0.000 | 6 | 0.242 | 0.0 | 0.242 | ||||||||||||||||||||
| 376 | G376A|(ORF1ab_polyprotein:G111A(E37E))|(ORF1a_polyprotein:G111A(E37E)) | 50989 | 0.996 | 1032 | 0.617 | 2 | 1.613 | 0 | 1.613 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 378 | RATG13 | T378C|(ORF1ab_polyprotein:T113C(V38A))|(ORF1a_polyprotein:T113C(V38A)) | 2 | 0.000 | 2 | 0.000 | 51043 | 0.997 | 1033 | 0.618 | 6 | 0.001 | 4 | 0.000 | 3 | 0.000 | 2 | 0.010 | 4 | 0.003 | 9 | 1.616 | 0.013000000000000001 | 1.629 | |||||||||||||
| 444 | T444-444del|(ORF1ab_polyprotein:179-179del(60fs))|(ORF1a_polyprotein:179-179del(60fs)) | 5 | 0.000 | 7 | 0.000 | 1 | 0.002 | 2198 | 0.040 | 9 | 0.004 | 1208 | 0.150 | 11 | 0.000 | 12 | 0.000 | 1 | 0.002 | 3 | 0.004 | 4 | 0.002 | 11 | 0.194 | 0.01 | 0.20400000000000001 | ||||||||||
| 510 | GTCATGTTATGGTT510-523del|(ORF1ab_polyprotein:245-258del(82fs))|(ORF1a_polyprotein:245-258del(82fs)) | 2190 | 0.683 | 184 | 0.024 | 2 | 0.7070000000000001 | 0 | 0.7070000000000001 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 569 | G569A|(ORF1ab_polyprotein:G304A(E102K))|(ORF1a_polyprotein:G304A(E102K)) | 2 | 0.000 | 1093 | 0.326 | 426 | 0.288 | 1 | 0.000 | 1 | 0.002 | 5 | 0.614 | 0.002 | 0.616 | ||||||||||||||||||||||
| 589 | C589T|(ORF1ab_polyprotein:C324T(V108V))|(ORF1a_polyprotein:C324T(V108V)) | 2 | 0.000 | 2 | 0.000 | 2028 | 0.285 | 1 | 0.001 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 7 | 0.286 | 0.0 | 0.286 | ||||||||||||||||||
| 632 | C632T|(ORF1ab_polyprotein:C367T(L123F))|(ORF1a_polyprotein:C367T(L123F)) | 3637 | 0.967 | 102 | 0.009 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 4 | 0.976 | 0.0 | 0.976 | ||||||||||||||||||||||||
| 721 | T721C|(ORF1ab_polyprotein:T456C(D152D))|(ORF1a_polyprotein:T456C(D152D)) | 20 | 0.000 | 55 | 0.550 | 7 | 0.001 | 28 | 0.001 | 19 | 0.000 | 4 | 0.004 | 1 | 0.000 | 7 | 0.551 | 0.005 | 0.556 | ||||||||||||||||||
| 936 | C936T|(ORF1ab_polyprotein:C671T(T224I))|(ORF1a_polyprotein:C671T(T224I)) | 479 | 0.516 | 1 | 0.000 | 2 | 0.516 | 0.0 | 0.516 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 1027 | 1027-insertT|(ORF1ab_polyprotein:762insertT(254fs))|(ORF1a_polyprotein:762insertT(254fs)) | 116 | 0.583 | 1 | 0.583 | 0 | 0.583 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 1425 | A1425G|(ORF1ab_polyprotein:A1160G(Y387C))|(ORF1a_polyprotein:A1160G(Y387C)) | 1 | 0.000 | 3 | 0.000 | 717 | 0.509 | 1 | 0.000 | 2 | 0.000 | 1 | 0.002 | 6 | 0.509 | 0.002 | 0.511 | ||||||||||||||||||||
| 1653 | T1653A|(ORF1ab_polyprotein:T1388A(I463N))|(ORF1a_polyprotein:T1388A(I463N)) | 1776 | 0.993 | 1 | 0.006 | 2 | 0.000 | 1 | 0.000 | 4 | 0.993 | 0.006 | 0.999 | ||||||||||||||||||||||||
| 1655 | G1655C|(ORF1ab_polyprotein:G1390C(V464L))|(ORF1a_polyprotein:G1390C(V464L)) | 1780 | 0.539 | 1 | 0.000 | 2 | 0.005 | 7 | 0.008 | 4 | 0.539 | 0.013000000000000001 | 0.552 | ||||||||||||||||||||||||
| 1820 | G1820A|(ORF1ab_polyprotein:G1555A(G519S))|(ORF1a_polyprotein:G1555A(G519S)) | 1 | 0.001 | 21 | 0.214 | 2 | 0.215 | 0 | 0.215 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 1883 | G1883A|(ORF1ab_polyprotein:G1618A(A540T))|(ORF1a_polyprotein:G1618A(A540T)) | 29 | 0.296 | 1 | 0.004 | 2 | 0.296 | 0.004 | 0.3 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 1927 | T1927A|(ORF1ab_polyprotein:T1662A(T554T))|(ORF1a_polyprotein:T1662A(T554T)) | 21 | 0.001 | 6 | 0.001 | 26078 | 0.508 | 2 | 0.001 | 1 | 0.000 | 30 | 0.001 | 23 | 0.001 | 7 | 0.509 | 0.004 | 0.513 | ||||||||||||||||||
| 2329 | G2329-2329del|(ORF1ab_polyprotein:2064-2064del(688fs))|(ORF1a_polyprotein:2064-2064del(688fs)) | 533 | 0.251 | 1 | 0.251 | 0 | 0.251 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 2390 | T2390C|(ORF1ab_polyprotein:T2125C(F709L))|(ORF1a_polyprotein:T2125C(F709L)) | 1792 | 0.669 | 533 | 0.251 | 1 | 0.003 | 3 | 0.92 | 0.003 | 0.923 | ||||||||||||||||||||||||||
| 2467 | A2467G|(ORF1ab_polyprotein:A2202G(K734K))|(ORF1a_polyprotein:A2202G(K734K)) | 1 | 0.000 | 50375 | 0.977 | 20 | 0.050 | 1 | 0.000 | 3 | 0.000 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 7 | 1.027 | 0.0 | 1.027 | ||||||||||||||||||
| 2731 | RATG13 | G2731A|(ORF1ab_polyprotein:G2466A(K822K))|(ORF1a_polyprotein:G2466A(K822K)) | 4 | 0.000 | 19322 | 0.344 | 4 | 0.000 | 5 | 0.000 | 4 | 0.344 | 0.0 | 0.344 | |||||||||||||||||||||||
| ubiq | 3037 | RATG13,Delta | C3037T|(ORF1ab_polyprotein:C2772T(F924F))|(ORF1a_polyprotein:C2772T(F924F)) | 1458 | 0.997 | 12452 | 0.998 | 889 | 0.999 | 16558 | 0.997 | 1315 | 0.997 | 8242 | 0.997 | 9681 | 0.998 | 29136 | 0.998 | 2 | 1.000 | 1103 | 0.934 | 717 | 0.945 | 816 | 0.999 | 3196 | 0.995 | 13 | 2.991 | 9.863 | 12.854 | ||||
| 3086 | T3086C|(ORF1ab_polyprotein:T2821C(F941L))|(ORF1a_polyprotein:T2821C(F941L)) | 1 | 0.000 | 1308 | 0.074 | 89 | 0.384 | 4 | 0.000 | 1 | 0.000 | 2 | 0.000 | 7 | 0.005 | 11 | 0.009 | 8 | 0.458 | 0.013999999999999999 | 0.47200000000000003 | ||||||||||||||||
| 3140 | RATG13 | C3140T|(ORF1ab_polyprotein:C2875T(P959S))|(ORF1a_polyprotein:C2875T(P959S)) | 1140 | 1.000 | 239 | 0.934 | 2 | 1.9340000000000002 | 0 | 1.9340000000000002 | |||||||||||||||||||||||||||
| 3849 | G3849T|(ORF1ab_polyprotein:G3584T(S1195I))|(ORF1a_polyprotein:G3584T(S1195I)) | 644 | 0.998 | 391 | 0.380 | 1 | 0.001 | 3 | 1.379 | 0 | 1.379 | ||||||||||||||||||||||||||
| 3898 | T3898C|(ORF1ab_polyprotein:T3633C(V1211V))|(ORF1a_polyprotein:T3633C(V1211V)) | 1 | 0.000 | 1898 | 0.719 | 2 | 0.719 | 0.0 | 0.719 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 4230 | C4230T|(ORF1ab_polyprotein:C3965T(T1322I))|(ORF1a_polyprotein:C3965T(T1322I)) | 3437 | 0.998 | 1 | 0.002 | 2 | 1.0 | 0 | 1.0 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 4320 | C4320T|(ORF1ab_polyprotein:C4055T(A1352V))|(ORF1a_polyprotein:C4055T(A1352V)) | 1 | 0.000 | 2508 | 0.425 | 2 | 0.425 | 0.0 | 0.425 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 4486 | G4486T|(ORF1ab_polyprotein:G4221T(K1407N))|(ORF1a_polyprotein:G4221T(K1407N)) | 428 | 0.998 | 2 | 0.000 | 1 | 0.001 | 3 | 0.998 | 0.001 | 0.999 | ||||||||||||||||||||||||||
| ubiq | 5386 | T5386G|(ORF1ab_polyprotein:T5121G(A1707A))|(ORF1a_polyprotein:T5121G(A1707A)) | 2539 | 0.933 | 3947 | 0.998 | 506 | 0.998 | 4229 | 0.997 | 759 | 0.811 | 2743 | 0.998 | 1006 | 0.977 | 1406 | 0.999 | 8 | 2.9930000000000003 | 4.718 | 7.711 | |||||||||||||||
| 5462 | A5462T|(ORF1ab_polyprotein:A5197T(S1733C))|(ORF1a_polyprotein:A5197T(S1733C)) | 1609 | 0.549 | 1 | 0.000 | 2 | 0.549 | 0 | 0.549 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 5628 | C5628T|(ORF1ab_polyprotein:C5363T(T1788M))|(ORF1a_polyprotein:C5363T(T1788M)) | 4326 | 0.794 | 1 | 0.794 | 0 | 0.794 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 5730 | RATG13 | C5730T|(ORF1ab_polyprotein:C5465T(T1822I))|(ORF1a_polyprotein:C5465T(T1822I)) | 59 | 0.454 | 1 | 0.454 | 0 | 0.454 | |||||||||||||||||||||||||||||
| 5962 | TT5962-5963del|(ORF1ab_polyprotein:5697-5698del(1899fs))|(ORF1a_polyprotein:5697-5698del(1899fs)) | 14703 | 0.826 | 249 | 0.044 | 2 | 0.87 | 0 | 0.87 | ||||||||||||||||||||||||||||
| linked | 5968 | G5968A|(ORF1ab_polyprotein:G5703A(K1901K))|(ORF1a_polyprotein:G5703A(K1901K)) | 1 | 0.000 | 252 | 0.044 | 3 | 0.003 | 3 | 0.044 | 0.003 | 0.047 | |||||||||||||||||||||||||
| 5980 | TTA5980-5982del|(ORF1ab_polyprotein:TCTTAT5713-5718TCTdel(SY1905-1906Sdel))|(ORF1a_polyprotein:TCTTAT5713-5718TCTdel(SY1905-1906Sdel)) | 14750 | 0.829 | 1 | 0.829 | 0 | 0.829 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 6011 | C6011T|(ORF1ab_polyprotein:C5746T(P1916S))|(ORF1a_polyprotein:C5746T(P1916S)) | 1 | 0.000 | 251 | 0.277 | 2 | 0.277 | 0 | 0.277 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 6036 | GCTTCGATAATTTTAAGTTTGTAT6036-6059del|(ORF1ab_polyprotein:AGCTTCGATAATTTTAAGTTTGTATGT5770-5796AGTdel(SFDNFKFVC1924-1932Sdel))|(ORF1a_polyprotein:AGCTTCGATAATTTTAAGTTTGTATGT5770-5796AGTdel(SFDNFKFVC1924-1932Sdel)) | 14768 | 0.991 | 1 | 0.991 | 0 | 0.991 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 6039 | TCGATAATTTTAAGTTTG6039-6056del|(ORF1ab_polyprotein:TTCGATAATTTTAAGTTTGTA5773-5793TTAdel(FDNFKFV1925-1931Ldel))|(ORF1a_polyprotein:TTCGATAATTTTAAGTTTGTA5773-5793TTAdel(FDNFKFV1925-1931Ldel)) | 1 | 0.000 | 219 | 0.240 | 2 | 0.24 | 0 | 0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||
| linked | 6059 | TGT6059-6061del|(ORF1ab_polyprotein:5794-5796del(C1932del))|(ORF1a_polyprotein:5794-5796del(C1932del)) | 1 | 0.000 | 219 | 0.102 | 2 | 0.102 | 0 | 0.102 | |||||||||||||||||||||||||||
| 6070 | C6070T|(ORF1ab_polyprotein:C5805T(I1935I))|(ORF1a_polyprotein:C5805T(I1935I)) | 6239 | 0.332 | 1 | 0.332 | 0 | 0.332 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 6081 | A6081T|(ORF1ab_polyprotein:A5816T(D1939V))|(ORF1a_polyprotein:A5816T(D1939V)) | 6239 | 0.332 | 1 | 0.001 | 2 | 0.333 | 0 | 0.333 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 6317 | C6317T|(ORF1ab_polyprotein:C6052T(P2018S))|(ORF1a_polyprotein:C6052T(P2018S)) | 179 | 0.678 | 542 | 0.125 | 2 | 0.803 | 0 | 0.803 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 6536 | G6536A|(ORF1ab_polyprotein:G6271A(G2091S))|(ORF1a_polyprotein:G6271A(G2091S)) | 212 | 0.589 | 1 | 0.589 | 0 | 0.589 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 6571 | TTCTAGTCT6571-6579del|(ORF1ab_polyprotein:AATTCTAGTCTT6304-6315AATdel(NSSL2102-2105Ndel))|(ORF1a_polyprotein:AATTCTAGTCTT6304-6315AATdel(NSSL2102-2105Ndel)) | 521 | 0.224 | 1 | 0.224 | 0 | 0.224 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 7348 | T7348G|(ORF1ab_polyprotein:T7083G(N2361K))|(ORF1a_polyprotein:T7083G(N2361K)) | 578 | 0.667 | 1 | 0.667 | 0 | 0.667 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 7851 | C7851T|(ORF1ab_polyprotein:C7586T(A2529V))|(ORF1a_polyprotein:C7586T(A2529V)) | 2 | 0.000 | 7938 | 0.700 | 2 | 0.7 | 0 | 0.7 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 8040 | A8040C|(ORF1ab_polyprotein:A7775C(D2592A))|(ORF1a_polyprotein:A7775C(D2592A)) | 5212 | 0.583 | 1 | 0.583 | 0 | 0.583 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 9042 | C9042T|(ORF1ab_polyprotein:C8777T(S2926F))|(ORF1a_polyprotein:C8777T(S2926F)) | 6624 | 0.999 | 510 | 0.396 | 1 | 0.000 | 3 | 1.395 | 0.0 | 1.395 | ||||||||||||||||||||||||||
| 9542 | TGTTTAACACCAGTTTACTCATTCTTACCTGG9542-9573del|(ORF1ab_polyprotein:9277-9308del(3093fs))|(ORF1a_polyprotein:9277-9308del(3093fs)) | 519 | 0.320 | 1 | 0.32 | 0 | 0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 9634 | A9634G|(ORF1ab_polyprotein:A9369G(L3123L))|(ORF1a_polyprotein:A9369G(L3123L)) | 2 | 0.004 | 4369 | 0.571 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 1 | 0.001 | 5 | 0.571 | 0.005 | 0.576 | ||||||||||||||||||||||
| 9756 | G9756A|(ORF1ab_polyprotein:G9491A(R3164H))|(ORF1a_polyprotein:G9491A(R3164H)) | 936 | 0.233 | 262 | 0.297 | 1 | 0.001 | 3 | 0.53 | 0.001 | 0.531 | ||||||||||||||||||||||||||
| ubiq | 10029 | C10029T|(ORF1ab_polyprotein:C9764T(T3255I))|(ORF1a_polyprotein:C9764T(T3255I)) | 1665 | 0.996 | 5987 | 0.998 | 1774 | 0.997 | 422 | 0.995 | 3240 | 0.998 | 262 | 0.996 | 400 | 0.998 | 4828 | 0.997 | 5388 | 0.997 | 665 | 0.988 | 872 | 0.986 | 57 | 1.000 | 160 | 0.994 | 13 | 2.9899999999999998 | 9.950000000000001 | 12.940000000000001 | |||||
| 10954 | C10954T|(ORF1ab_polyprotein:C10689T(C3563C))|(ORF1a_polyprotein:C10689T(C3563C)) | 1922 | 0.998 | 316 | 0.143 | 118 | 0.027 | 3 | 1.168 | 0 | 1.168 | ||||||||||||||||||||||||||
| 11081 | RATG13 | T11081G|(ORF1ab_polyprotein:T10816G(L3606V))|(ORF1a_polyprotein:T10816G(L3606V)) | 1 | 0.000 | 30753 | 0.791 | 424 | 0.177 | 270 | 0.039 | 1 | 0.000 | 17 | 0.007 | 27 | 0.009 | 7 | 1.0070000000000001 | 0.016 | 1.0230000000000001 | |||||||||||||||||
| 11117 | A11117G|(ORF1ab_polyprotein:A10852G(I3618V))|(ORF1a_polyprotein:A10852G(I3618V)) | 1 | 0.000 | 28601 | 0.783 | 428 | 0.198 | 267 | 0.042 | 4 | 1.0230000000000001 | 0.0 | 1.0230000000000001 | ||||||||||||||||||||||||
| 11134 | T11134-11134del|(ORF1ab_polyprotein:10869-10869del(3623fs))|(ORF1a_polyprotein:10869-10869del(3623fs)) | 15995 | 0.430 | 2 | 0.000 | 1 | 0.000 | 3 | 0.000 | 4 | 0.43 | 0.0 | 0.43 | ||||||||||||||||||||||||
| 11522 | 11522-insertT|(ORF1ab_polyprotein:11257insertT(3753fs))|(ORF1a_polyprotein:11257insertT(3753fs)) | 1710 | 0.475 | 7 | 0.002 | 2 | 0.475 | 0.002 | 0.477 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 11813 | 11813-insertA|(ORF1ab_polyprotein:11548insertA(3850fs))|(ORF1a_polyprotein:11548insertA(3850fs)) | 271 | 0.200 | 159 | 0.019 | 2 | 0.219 | 0 | 0.219 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 12093 | C12093T|(ORF1ab_polyprotein:C11828T(A3943V))|(ORF1a_polyprotein:C11828T(A3943V)) | 1187 | 0.375 | 1 | 0.000 | 2 | 0.375 | 0 | 0.375 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 12484 | C12484T|(ORF1ab_polyprotein:C12219T(V4073V))|(ORF1a_polyprotein:C12219T(V4073V)) | 4880 | 0.370 | 1 | 0.000 | 84 | 0.007 | 1 | 0.000 | 2 | 0.001 | 5 | 0.377 | 0.001 | 0.378 | ||||||||||||||||||||||
| 12742 | A12742G|(ORF1ab_polyprotein:A12477G(T4159T))|(ORF1a_polyprotein:A12477G(T4159T)) | 7091 | 0.203 | 2 | 0.000 | 2 | 0.203 | 0.0 | 0.203 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 12758 | G12758T|(ORF1ab_polyprotein:G12493T(D4165Y))|(ORF1a_polyprotein:G12493T(D4165Y)) | 7 | 0.001 | 12 | 0.000 | 229 | 0.325 | 12 | 0.001 | 10 | 0.000 | 13 | 0.000 | 2 | 0.002 | 7 | 0.325 | 0.004 | 0.329 | ||||||||||||||||||
| 12761 | G12761T|(ORF1ab_polyprotein:G12496T(D4166Y))|(ORF1a_polyprotein:G12496T(D4166Y)) | 2 | 0.000 | 14733 | 0.421 | 2 | 0.000 | 5 | 0.000 | 10 | 0.000 | 1 | 0.001 | 6 | 0.421 | 0.001 | 0.422 | ||||||||||||||||||||
| 13043 | G13043T|(ORF1ab_polyprotein:G12778T(V4260L))|(ORF1a_polyprotein:G12778T(V4260L)) | 6626 | 0.249 | 1 | 0.249 | 0 | 0.249 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 13730 | CTA13730-13732del|(ORF1ab_polyprotein:GCTAAA13465-13470GAAdel(AK4489-4490Edel)) | 151 | 0.514 | 621 | 0.189 | 2 | 0.7030000000000001 | 0 | 0.7030000000000001 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 14116 | A14116G|(ORF1ab_polyprotein:A13852G(T4618A)) | 661 | 0.615 | 1 | 0.615 | 0 | 0.615 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 14179 | T14179C|(ORF1ab_polyprotein:T13915C(L4639L)) | 1272 | 0.284 | 1 | 0.000 | 554 | 0.073 | 1 | 0.001 | 4 | 0.357 | 0.001 | 0.358 | ||||||||||||||||||||||||
| 14322 | C14322T|(ORF1ab_polyprotein:C14058T(Y4686Y)) | 2234 | 0.538 | 497 | 0.078 | 2 | 0.616 | 0 | 0.616 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 14658 | T14658-14658del|(ORF1ab_polyprotein:14394-14394del(4798fs)) | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 420 | 0.343 | 3 | 0.343 | 0.0 | 0.343 | ||||||||||||||||||||||||||
| 14955 | A14955G|(ORF1ab_polyprotein:A14691G(P4897P)) | 1 | 0.001 | 275 | 1.000 | 172 | 0.218 | 3 | 1.218 | 0.001 | 1.2189999999999999 | ||||||||||||||||||||||||||
| 15002 | A15002G|(ORF1ab_polyprotein:A14738G(Y4913C)) | 586 | 0.229 | 2 | 0.004 | 4 | 0.005 | 3 | 0.229 | 0.009000000000000001 | 0.23800000000000002 | ||||||||||||||||||||||||||
| 15158 | A15158-15158del|(ORF1ab_polyprotein:14894-14894del(4965fs)) | 165 | 0.391 | 1 | 0.391 | 0 | 0.391 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 15368 | C15368T|(ORF1ab_polyprotein:C15104T(T5035I)) | 5791 | 0.503 | 168 | 0.019 | 2 | 0.522 | 0 | 0.522 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 15401 | G15401T|(ORF1ab_polyprotein:G15137T(R5046I)) | 1 | 0.000 | 5 | 0.001 | 2 | 0.000 | 455 | 0.421 | 4 | 0.001 | 1 | 0.000 | 2 | 0.000 | 7 | 0.422 | 0.001 | 0.423 | ||||||||||||||||||
| 15411 | T15411C|(ORF1ab_polyprotein:T15147C(N5049N)) | 1 | 0.000 | 5779 | 0.502 | 2 | 0.502 | 0.0 | 0.502 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 15461 | A15461C|(ORF1ab_polyprotein:A15197C(Y5066S)) | 5845 | 0.505 | 282 | 0.034 | 1 | 0.000 | 2 | 0.000 | 4 | 0.539 | 0.0 | 0.539 | ||||||||||||||||||||||||
| 15612 | A15612C|(ORF1ab_polyprotein:A15348C(Q5116H)) | 8971 | 1.000 | 216 | 0.015 | 2 | 1.015 | 0 | 1.015 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 15839 | G15839-15839del|(ORF1ab_polyprotein:15575-15575del(5192fs)) | 1 | 0.000 | 4829 | 0.998 | 216 | 0.017 | 3 | 1.015 | 0.0 | 1.015 | ||||||||||||||||||||||||||
| 15851 | ACCTTACTA15851-15859del|(ORF1ab_polyprotein:GACCTTACTAAA15586-15597GAAdel(DLTK5196-5199Edel)) | 4765 | 0.999 | 211 | 0.016 | 2 | 1.015 | 0 | 1.015 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 15909 | TGA15909-15911del|(ORF1ab_polyprotein:GGTGAT15643-15648GGTdel(GD5215-5216Gdel)) | 5420 | 0.792 | 273 | 0.014 | 2 | 0.806 | 0 | 0.806 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 15930 | T15930C|(ORF1ab_polyprotein:T15666C(P5222P)) | 1 | 0.000 | 1 | 0.002 | 5467 | 0.799 | 2 | 0.000 | 276 | 0.014 | 4 | 0.000 | 2 | 0.003 | 1 | 0.000 | 8 | 0.8130000000000001 | 0.005 | 0.8180000000000001 | ||||||||||||||||
| 16087 | T16087C|(ORF1ab_polyprotein:T15823C(L5275L)) | 1 | 0.000 | 7501 | 0.998 | 10 | 0.001 | 1 | 0.000 | 1 | 0.001 | 5 | 0.001 | 6 | 0.999 | 0.002 | 1.001 | ||||||||||||||||||||
| 16198 | T16198-16198del|(ORF1ab_polyprotein:15934-15934del(5312fs)) | 5045 | 0.433 | 1 | 0.000 | 2 | 0.433 | 0.0 | 0.433 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 16201 | TA16201-16202del|(ORF1ab_polyprotein:15937-15938del(5313fs)) | 3689 | 0.317 | 1 | 0.317 | 0 | 0.317 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 16203 | T16203A|(ORF1ab_polyprotein:T15939A(Y5313*)) | 5080 | 0.436 | 1 | 0.000 | 2 | 0.436 | 0 | 0.436 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 16204 | G16204A|(ORF1ab_polyprotein:G15940A(E5314K)) | 1 | 0.002 | 5083 | 0.436 | 1 | 0.000 | 1 | 0.001 | 4 | 0.436 | 0.003 | 0.439 | ||||||||||||||||||||||||
| 16403 | A16403G|(ORF1ab_polyprotein:A16139G(D5380G)) | 618 | 0.997 | 428 | 0.354 | 2 | 1.351 | 0 | 1.351 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 16413 | T16413G|(ORF1ab_polyprotein:T16149G(D5383E)) | 1 | 0.000 | 615 | 0.992 | 282 | 0.328 | 3 | 1.32 | 0.0 | 1.32 | ||||||||||||||||||||||||||
| 17004 | C17004T|(ORF1ab_polyprotein:C16740T(L5580L)) | 1689 | 0.247 | 5 | 0.000 | 2 | 0.247 | 0.0 | 0.247 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 17406 | A17406G|(ORF1ab_polyprotein:A17142G(R5714R)) | 1 | 0.000 | 2804 | 0.999 | 431 | 0.183 | 287 | 0.024 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 1 | 0.001 | 7 | 1.206 | 0.001 | 1.2069999999999999 | ||||||||||||||||||
| 17499 | T17499C|(ORF1ab_polyprotein:T17235C(Y5745Y)) | 3 | 0.000 | 7 | 0.000 | 1 | 0.001 | 119306 | 0.863 | 331 | 0.121 | 599 | 0.075 | 2 | 0.000 | 2 | 0.000 | 12 | 0.000 | 9 | 1.059 | 0.001 | 1.0599999999999998 | ||||||||||||||
| 18194 | G18194T|(ORF1ab_polyprotein:G17930T(R5977I)) | 1164 | 0.230 | 1 | 0.23 | 0 | 0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 18855 | T18855C|(ORF1ab_polyprotein:T18591C(C6197C)) | 2 | 0.001 | 1433 | 0.994 | 2077 | 0.455 | 357 | 0.039 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 6 | 1.488 | 0.001 | 1.4889999999999999 | ||||||||||||||||||||
| 19263 | C19263T|(ORF1ab_polyprotein:C18999T(N6333N)) | 1 | 0.001 | 278 | 0.339 | 2 | 0.34 | 0 | 0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 19401 | T19401A|(ORF1ab_polyprotein:T19137A(S6379S)) | 3159 | 0.441 | 131 | 0.092 | 1 | 0.001 | 3 | 0.533 | 0.001 | 0.534 | ||||||||||||||||||||||||||
| 19722 | A19722C|(ORF1ab_polyprotein:A19458C(K6486N)) | 950 | 0.487 | 1 | 0.001 | 2 | 0.487 | 0.001 | 0.488 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 19763 | C19763T|(ORF1ab_polyprotein:C19499T(T6500I)) | 544 | 0.374 | 114 | 0.036 | 2 | 0.41 | 0 | 0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 19839 | T19839C|(ORF1ab_polyprotein:T19575C(N6525N)) | 553 | 0.998 | 26 | 0.054 | 1 | 0.001 | 3 | 1.053 | 0 | 1.053 | ||||||||||||||||||||||||||
| 19984 | 19984-insertT|(ORF1ab_polyprotein:19720insertT(6574fs)) | 1 | 0.000 | 6 | 0.000 | 10772 | 0.419 | 170 | 0.039 | 58 | 0.029 | 1 | 0.000 | 2 | 0.002 | 7 | 0.45799999999999996 | 0.031 | 0.489 | ||||||||||||||||||
| 20407 | T20407G|(ORF1ab_polyprotein:T20143G(F6715V)) | 987 | 1.000 | 134 | 0.071 | 78 | 0.030 | 3 | 1.101 | 0 | 1.101 | ||||||||||||||||||||||||||
| 21141 | A21141G|(ORF1ab_polyprotein:A20877G(L6959L)) | 3241 | 0.692 | 1 | 0.692 | 0 | 0.692 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 21306 | RATG13 | C21306T|(ORF1ab_polyprotein:C21042T(R7014R)) | 2 | 0.000 | 1 | 0.000 | 2320 | 0.457 | 1225 | 0.155 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 6 | 0.612 | 0.0 | 0.612 | |||||||||||||||||||
| 21468 | G21468T|(ORF1ab_polyprotein:G21204T(M7068I)) | 446 | 0.682 | 2 | 0.001 | 2 | 0.683 | 0 | 0.683 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 21711 | RATG13 | C21711T|(surface_glycoprotein:C149T(S50L)) | 3852 | 0.991 | 308 | 0.562 | 240 | 0.023 | 3 | 1.576 | 0 | 1.576 | |||||||||||||||||||||||||
| linked | 21765 | TACATG21765-21770del|(surface_glycoprotein:ATACATGTC202-210ATCdel(IHV68-70Idel)) | 562 | 0.991 | 3948 | 0.999 | 284 | 0.518 | 10345 | 0.973 | 560 | 0.991 | 4 | 1.000 | 1579 | 0.994 | 7 | 2.49 | 3.976 | 6.466 | |||||||||||||||||
| 21789 | RATG13 | C21789T|(surface_glycoprotein:C227T(T76I)) | 3950 | 0.999 | 30 | 0.059 | 216 | 0.025 | 3 | 1.083 | 0 | 1.083 | |||||||||||||||||||||||||
| 22012 | A22012T|(surface_glycoprotein:A450T(K150N)) | 274 | 0.539 | 116 | 0.462 | 108 | 0.015 | 1 | 0.001 | 4 | 1.016 | 0.001 | 1.017 | ||||||||||||||||||||||||
| 22104 | G22104A|(surface_glycoprotein:G542A(G181E)) | 271 | 0.437 | 6 | 0.090 | 86 | 0.056 | 3 | 0.583 | 0 | 0.583 | ||||||||||||||||||||||||||
| 22250 | C22250T|(surface_glycoprotein:C688T(P230S)) | 3 | 0.003 | 481 | 0.388 | 3 | 0.001 | 8 | 0.001 | 4 | 0.004 | 5 | 0.39 | 0.007 | 0.397 | ||||||||||||||||||||||
| 22424 | G22424-22424del|(surface_glycoprotein:862-862del(288fs)) | 3338 | 0.628 | 1 | 0.628 | 0 | 0.628 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 22661 | G22661T|(surface_glycoprotein:G1099T(V367F)) | 79 | 0.206 | 1 | 0.206 | 0 | 0.206 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 22812 | A22812C|(surface_glycoprotein:A1250C(K417T)) | 17 | 0.680 | 147 | 0.159 | 2 | 0.8390000000000001 | 0 | 0.8390000000000001 | ||||||||||||||||||||||||||||
| linked | 22898 | G22898A|(surface_glycoprotein:G1336A(G446S)) | 1715 | 0.999 | 2415 | 0.998 | 1184 | 0.992 | 1627 | 0.390 | 1925 | 0.852 | 19214 | 0.976 | 414 | 0.998 | 537 | 0.989 | 7512 | 0.999 | 832 | 1.000 | 115 | 0.991 | 51 | 0.600 | 161 | 1.000 | 1838 | 0.997 | 2417 | 0.930 | 15 | 2.218 | 11.493 | 13.711 | |
| 22987 | C22987T|(surface_glycoprotein:C1425T(A475A)) | 1 | 0.000 | 1433 | 0.849 | 2 | 0.849 | 0 | 0.849 | ||||||||||||||||||||||||||||
| linked | 22992 | G22992A|(surface_glycoprotein:G1430A(S477N)) | 1665 | 0.999 | 1842 | 0.999 | 991 | 0.999 | 3124 | 0.753 | 1431 | 0.848 | 9951 | 0.994 | 378 | 1.000 | 1 | 0.500 | 7475 | 0.999 | 100 | 0.990 | 28 | 1.000 | 78 | 1.000 | 522 | 1.000 | 1819 | 0.877 | 14 | 2.595 | 10.363 | 12.958 | |||
| linked | 22995 | RATG13,Delta | C22995A|(surface_glycoprotein:C1433A(T478K)) | 1663 | 0.998 | 1839 | 0.997 | 991 | 0.999 | 1613 | 0.389 | 1431 | 0.848 | 9939 | 0.993 | 376 | 0.995 | 2 | 1.000 | 7472 | 0.999 | 101 | 1.000 | 28 | 1.000 | 78 | 1.000 | 521 | 0.998 | 2070 | 0.998 | 14 | 2.23 | 10.983999999999998 | 13.213999999999999 | ||
| linked | 23013 | A23013C|(surface_glycoprotein:A1451C(E484A)) | 1666 | 0.999 | 1840 | 0.998 | 988 | 0.996 | 2628 | 0.634 | 1685 | 0.999 | 9997 | 0.999 | 376 | 0.995 | 1 | 0.500 | 5758 | 0.770 | 101 | 1.000 | 28 | 1.000 | 78 | 1.000 | 522 | 1.000 | 1813 | 0.874 | 14 | 2.632 | 10.132 | 12.764 | |||
| linked | 23040 | A23040G|(surface_glycoprotein:A1478G(Q493R)) | 1667 | 1.000 | 1844 | 1.000 | 992 | 1.000 | 3125 | 0.548 | 1432 | 0.849 | 9933 | 0.993 | 378 | 1.000 | 1 | 0.500 | 7475 | 0.999 | 101 | 1.000 | 28 | 1.000 | 78 | 1.000 | 522 | 1.000 | 1816 | 0.875 | 14 | 2.39 | 10.374 | 12.764000000000001 | |||
| linked | 23048 | G23048A|(surface_glycoprotein:G1486A(G496S)) | 1665 | 0.999 | 1840 | 0.998 | 984 | 0.992 | 1614 | 0.283 | 1426 | 0.845 | 9878 | 0.987 | 377 | 0.997 | 1 | 0.500 | 7461 | 0.998 | 101 | 1.000 | 78 | 1.000 | 517 | 0.990 | 1807 | 0.871 | 13 | 2.1149999999999998 | 9.345 | 11.46 | |||||
| 23054 | RATG13 | C23054T|(surface_glycoprotein:CAA1492-1494TAC(Q498Y)) | 4084 | 0.716 | 254 | 0.151 | 55 | 0.005 | 3 | 0.872 | 0 | 0.872 | |||||||||||||||||||||||||
| linked | 23055 | A23055G|(surface_glycoprotein:A1493G(Q498R)) | 1667 | 1.000 | 1841 | 0.998 | 986 | 0.994 | 1616 | 0.283 | 1429 | 0.847 | 9887 | 0.988 | 377 | 0.997 | 1 | 0.500 | 7476 | 1.000 | 101 | 1.000 | 28 | 1.000 | 78 | 1.000 | 519 | 0.994 | 1804 | 0.869 | 14 | 2.118 | 10.352 | 12.47 | |||
| 23056 | RATG13 | A23056C|(surface_glycoprotein:CAA1492-1494TAC(Q498Y)) | 4084 | 0.716 | 254 | 0.151 | 55 | 0.005 | 3 | 0.872 | 0 | 0.872 | |||||||||||||||||||||||||
| linked | 23063 | A23063T|(surface_glycoprotein:A1501T(N501Y)) | 1665 | 0.999 | 1842 | 0.999 | 987 | 0.999 | 1614 | 0.283 | 1428 | 0.849 | 9894 | 0.993 | 376 | 0.995 | 1 | 0.500 | 7471 | 0.999 | 101 | 1.000 | 28 | 1.000 | 78 | 1.000 | 521 | 1.000 | 1813 | 0.876 | 14 | 2.125 | 10.366999999999999 | 12.491999999999999 | |||
| 23064 | A23064G|(surface_glycoprotein:A1502G(N501S)) | 4080 | 0.716 | 254 | 0.151 | 55 | 0.006 | 3 | 0.873 | 0 | 0.873 | ||||||||||||||||||||||||||
| 23274 | A23274G|(surface_glycoprotein:A1712G(D571G)) | 1 | 0.000 | 7359 | 0.998 | 165 | 0.801 | 67 | 0.017 | 1 | 0.001 | 5 | 1.816 | 0.001 | 1.817 | ||||||||||||||||||||||
| ubiq | 23403 | Delta | A23403G|(surface_glycoprotein:A1841G(D614G)) | 2444 | 0.998 | 6134 | 0.998 | 288 | 0.997 | 2930 | 0.999 | 705 | 0.999 | 7675 | 0.997 | 6069 | 0.999 | 2 | 1.000 | 1545 | 1.000 | 1917 | 0.993 | 19 | 1.000 | 1476 | 0.993 | 3592 | 0.999 | 13 | 2.995 | 9.977 | 12.972000000000001 | ||||
| ubiq | 23604 | C23604A|(surface_glycoprotein:C2042A(P681H)) | 907 | 1.000 | 417 | 1.000 | 233 | 1.000 | 353 | 0.997 | 2003 | 1.000 | 4606 | 0.998 | 461 | 0.814 | 2967 | 0.999 | 21 | 1.000 | 86 | 0.945 | 9 | 1.000 | 364 | 1.000 | 1280 | 0.823 | 13 | 2.995 | 9.581 | 12.576 | |||||
| 23756 | A23756G|(surface_glycoprotein:A2194G(T732A)) | 6347 | 1.000 | 7 | 0.011 | 455 | 0.084 | 3 | 1.095 | 0 | 1.095 | ||||||||||||||||||||||||||
| 23877 | T23877C|(surface_glycoprotein:T2315C(V772A)) | 165 | 0.212 | 130 | 0.028 | 2 | 0.24 | 0 | 0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 23933 | A23933G|(surface_glycoprotein:A2371G(T791A)) | 5043 | 0.655 | 1 | 0.655 | 0 | 0.655 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 24044 | C24044T|(surface_glycoprotein:C2482T(L828F)) | 7722 | 0.999 | 162 | 0.290 | 2 | 1.289 | 0 | 1.289 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 24197 | G24197A|(surface_glycoprotein:G2635A(A879T)) | 1 | 0.000 | 3778 | 0.996 | 34 | 0.199 | 142 | 0.119 | 4 | 1.314 | 0.0 | 1.314 | ||||||||||||||||||||||||
| 24378 | C24378T|(surface_glycoprotein:C2816T(S939F)) | 586 | 0.995 | 31 | 0.596 | 59 | 0.061 | 3 | 1.6520000000000001 | 0 | 1.6520000000000001 | ||||||||||||||||||||||||||
| 24383 | A24383T|(surface_glycoprotein:A2821T(T941S)) | 589 | 1.000 | 32 | 0.615 | 60 | 0.062 | 3 | 1.677 | 0 | 1.677 | ||||||||||||||||||||||||||
| 25020 | A25020C|(surface_glycoprotein:A3458C(D1153A)) | 3513 | 0.999 | 113 | 0.014 | 2 | 1.013 | 0 | 1.013 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 25160 | C25160A|(surface_glycoprotein:C3598A(L1200I)) | 2 | 0.000 | 12 | 0.000 | 22386 | 0.767 | 288 | 0.935 | 284 | 0.104 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 3 | 0.000 | 8 | 1.806 | 0.0 | 1.806 | ||||||||||||||||
| 25585 | CTCAAAAAGAGATGGCAACTAGCACT25585-25610del|(ORF3a_protein:193-218del(65fs)) | 1252 | 0.248 | 1 | 0.248 | 0 | 0.248 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 25590 | A25590C|(ORF3a_protein:A198C(K66N)) | 2 | 0.000 | 1 | 0.001 | 2030 | 0.396 | 1222 | 0.303 | 765 | 0.017 | 3 | 0.001 | 9 | 0.005 | 1 | 0.001 | 8 | 0.716 | 0.008 | 0.724 | ||||||||||||||||
| 26030 | A26030T|(ORF3a_protein:A638T(Q213L)) | 190 | 0.420 | 116 | 0.134 | 274 | 0.017 | 3 | 0.571 | 0 | 0.571 | ||||||||||||||||||||||||||
| 26262 | G26262A|(envelope_protein:G18A(S6S)) | 1032 | 0.495 | 1 | 0.000 | 8 | 0.000 | 1 | 0.001 | 1 | 0.000 | 5 | 0.495 | 0.001 | 0.496 | ||||||||||||||||||||||
| linked | 26270 | C26270T|(envelope_protein:C26T(T9I)) | 1563 | 0.994 | 4130 | 0.993 | 1760 | 0.835 | 526 | 0.252 | 3044 | 0.454 | 28770 | 0.950 | 90 | 1.000 | 1802 | 0.990 | 416 | 0.998 | 2537 | 0.985 | 570 | 0.934 | 226 | 0.859 | 1367 | 0.997 | 77 | 1.000 | 5402 | 0.986 | 15 | 1.656 | 11.571 | 13.227 | |
| 26277 | GTTAATA26277-26283del|(envelope_protein:33-39del(11fs)) | 509 | 0.244 | 1 | 0.244 | 0 | 0.244 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 26308 | G26308A|(envelope_protein:G64A(A22T)) | 522 | 0.254 | 1096 | 0.163 | 1447 | 0.048 | 1 | 0.000 | 4 | 0.465 | 0.0 | 0.465 | ||||||||||||||||||||||||
| 26314 | G26314A|(envelope_protein:G70A(V24M)) | 517 | 0.252 | 1096 | 0.163 | 1445 | 0.048 | 3 | 0.463 | 0 | 0.463 | ||||||||||||||||||||||||||
| 26335 | C26335A|(envelope_protein:C91A(L31I)) | 1031 | 0.499 | 2450 | 0.371 | 4 | 0.000 | 1 | 0.000 | 4 | 0.87 | 0.0 | 0.87 | ||||||||||||||||||||||||
| 26645 | C26645T|(membrane_glycoprotein:C123T(N41N)) | 449 | 0.201 | 1 | 0.201 | 0 | 0.201 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 26816 | T26816C|(membrane_glycoprotein:T294C(A98A)) | 230 | 0.230 | 1 | 0.23 | 0 | 0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 27285 | T27285G|(ORF6_protein:T84G(N28K)) | 3295 | 0.997 | 97 | 0.074 | 124 | 0.013 | 3 | 1.084 | 0 | 1.084 | ||||||||||||||||||||||||||
| 27459 | G27459A|(ORF7a_protein:G66A(E22E)) | 3886 | 0.665 | 183 | 0.117 | 47 | 0.005 | 3 | 0.787 | 0 | 0.787 | ||||||||||||||||||||||||||
| 27634 | T27634C|(ORF7a_protein:T241C(S81P)) | 885 | 0.377 | 300 | 0.021 | 2 | 0.398 | 0 | 0.398 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 27921 | A27921T|(ORF8_protein:A28T(I10F)) | 1 | 0.001 | 15449 | 0.779 | 1 | 0.000 | 3 | 0.779 | 0.001 | 0.78 | ||||||||||||||||||||||||||
| 27923 | C27923A|(ORF8_protein:C30A(I10I)) | 1 | 0.001 | 1 | 0.333 | 1 | 0.000 | 2 | 0.000 | 4 | 0.333 | 0.001 | 0.334 | ||||||||||||||||||||||||
| 27929 | T27929C|(ORF8_protein:T36C(T12T)) | 550 | 0.266 | 3 | 0.000 | 2 | 0.266 | 0 | 0.266 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 27942 | C27942A|(ORF8_protein:C49A(H17N)) | 1 | 0.001 | 1 | 0.333 | 1 | 0.000 | 8 | 0.000 | 1 | 0.002 | 1 | 0.000 | 6 | 0.333 | 0.003 | 0.336 | ||||||||||||||||||||
| linked | 27962 | G27962T|(ORF8_protein:G69T(Q23H)) | 4 | 0.000 | 2 | 0.000 | 1 | 0.000 | 4 | 0.000 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 6 | 0.0 | 0.0 | 0.0 | |||||||||||||||||||
| linked | 27964 | C27964A|(ORF8_protein:C71A(S24*)) | 3 | 0.002 | 2 | 0.000 | 1 | 0.001 | 2 | 0.000 | 2 | 0.000 | 2 | 0.001 | 2 | 0.000 | 1 | 0.000 | 2 | 0.000 | 1 | 0.000 | 10 | 0.0 | 0.004 | 0.004 | |||||||||||
| linked | 27971 | T27971A|(ORF8_protein:T78A(T26T)) | 3 | 0.000 | 3 | 0.000 | 2 | 0.000 | 1 | 0.000 | 2 | 0.000 | 4 | 0.000 | 1 | 0.000 | 7 | 0.0 | 0.0 | 0.0 | |||||||||||||||||
| linked | 27974 | A27974C|(ORF8_protein:A81C(Q27H)) | 2 | 0.000 | 3 | 0.000 | 1 | 0.000 | 3 | 0.000 | 1 | 0.000 | 5 | 0.0 | 0.0 | 0.0 | |||||||||||||||||||||
| linked | 28229 | T28229C|(ORF8_protein:T336C(H112H)) | 6 | 0.000 | 7 | 0.000 | 4 | 0.048 | 149 | 0.068 | 1 | 0.000 | 5 | 0.000 | 11 | 0.000 | 1 | 0.000 | 8 | 0.116 | 0.0 | 0.116 | |||||||||||||||
| linked | 28232 | C28232A|(ORF8_protein:C339A(D113E)) | 12 | 0.000 | 51 | 0.001 | 122 | 0.001 | 150 | 0.069 | 4 | 0.001 | 71 | 0.001 | 119 | 0.001 | 1 | 0.000 | 8 | 0.07 | 0.004 | 0.07400000000000001 | |||||||||||||||
| 28254 | A28254-28254del|(ORF8_protein:361-361del(121fs)) | 1 | 0.000 | 4 | 1.000 | 2 | 1.0 | 0 | 1.0 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 28272 | 28272-insertAC | 527 | 0.593 | 577 | 0.054 | 2 | 0.647 | 0 | 0.647 | ||||||||||||||||||||||||||||
| linkedubiq | 28362 | GAGAACGCA28362-28370del|(nucleocapsid_phosphoprotein:GGAGAACGCAGT88-99GGTdel(GERS30-33Gdel)) | 39625 | 0.998 | 88321 | 0.999 | 740 | 0.999 | 162516 | 0.995 | 1616 | 0.900 | 26658 | 0.989 | 11254 | 0.885 | 86262 | 0.999 | 135240 | 0.999 | 10045 | 0.999 | 21113 | 0.999 | 1338 | 0.804 | 2675 | 0.847 | 13 | 2.884 | 9.527999999999999 | 12.411999999999999 | |||||
| 28373 | G28373-28373del|(nucleocapsid_phosphoprotein:100-100del(34fs)) | 2 | 0.000 | 34 | 0.000 | 48 | 0.000 | 357 | 0.198 | 18 | 0.001 | 1 | 0.000 | 10 | 0.001 | 20 | 0.000 | 31 | 0.000 | 16 | 0.001 | 2 | 0.001 | 1 | 0.000 | 12 | 0.199 | 0.003 | 0.202 | ||||||||
| 28877 | A28877T|(nucleocapsid_phosphoprotein:AGT604-606TCT(S202S)) | 37218 | 0.448 | 301 | 0.595 | 35 | 0.009 | 3 | 1.052 | 0 | 1.052 | ||||||||||||||||||||||||||
| 28877 | AG28877-28878del|(nucleocapsid_phosphoprotein:AGTAGGGGAACT604-615TCTdel(SRGT202-205Sdel)) | 37344 | 0.450 | 1 | 0.45 | 0 | 0.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 28878 | G28878C|(nucleocapsid_phosphoprotein:AGT604-606TCT(S202S)) | 37218 | 0.448 | 301 | 0.595 | 35 | 0.009 | 3 | 1.052 | 0 | 1.052 | ||||||||||||||||||||||||||
| 28880 | AGGGGAA28880-28886del|(nucleocapsid_phosphoprotein:AGTAGGGGAACT604-615TCTdel(SRGT202-205Sdel)) | 37344 | 0.450 | 1 | 0.45 | 0 | 0.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| linked | 28881 | G28881A|(nucleocapsid_phosphoprotein:AGG607-609AAA(R203K)) | 2669 | 0.993 | 75762 | 0.632 | 36 | 1.000 | 45463 | 0.548 | 504 | 0.996 | 3789 | 0.997 | 2076 | 0.974 | 32852 | 0.981 | 34279 | 0.997 | 47200 | 0.999 | 7814 | 0.999 | 24251 | 0.999 | 224 | 0.991 | 641 | 0.843 | 14 | 2.541 | 10.408000000000001 | 12.949000000000002 | |||
| linked | 28882 | G28882A|(nucleocapsid_phosphoprotein:AGG607-609AAA(R203K)) | 2669 | 0.993 | 75762 | 0.632 | 36 | 1.000 | 45463 | 0.548 | 504 | 0.996 | 3789 | 0.997 | 2076 | 0.974 | 32852 | 0.981 | 34279 | 0.997 | 47200 | 0.999 | 7814 | 0.999 | 24251 | 0.999 | 224 | 0.991 | 641 | 0.843 | 14 | 2.541 | 10.408000000000001 | 12.949000000000002 | |||
| linked | 28883 | G28883C|(nucleocapsid_phosphoprotein:G610C(G204R)) | 2686 | 0.999 | 75897 | 0.633 | 36 | 1.000 | 45514 | 0.548 | 505 | 0.998 | 3791 | 0.997 | 2094 | 0.983 | 32953 | 0.984 | 34351 | 0.999 | 47232 | 1.000 | 7819 | 0.999 | 24264 | 1.000 | 225 | 0.996 | 642 | 0.845 | 14 | 2.543 | 10.438 | 12.981000000000002 | |||
| 28889 | T28889A|(nucleocapsid_phosphoprotein:T616A(S206T)) | 150 | 0.001 | 37326 | 0.449 | 1 | 0.000 | 5 | 0.002 | 63 | 0.002 | 41 | 0.001 | 75 | 0.002 | 11 | 0.001 | 29 | 0.001 | 1 | 0.001 | 10 | 0.449 | 0.011 | 0.46 | ||||||||||||
| 29088 | A29088-29088del|(nucleocapsid_phosphoprotein:815-815del(272fs)) | 1 | 0.000 | 1162 | 0.253 | 1 | 0.000 | 3 | 0.253 | 0.0 | 0.253 | ||||||||||||||||||||||||||
| 29090 | G29090T|(nucleocapsid_phosphoprotein:G817T(A273S)) | 5 | 0.000 | 9 | 0.000 | 1160 | 0.256 | 3 | 0.000 | 6 | 0.001 | 3 | 0.000 | 2 | 0.000 | 22 | 0.002 | 34 | 0.002 | 9 | 0.256 | 0.005 | 0.261 | ||||||||||||||
| 29581 | T29581C|(ORF10_protein:T24C(A8A)) | 6 | 0.003 | 480 | 0.285 | 50 | 0.007 | 3 | 0.002 | 2 | 0.002 | 3 | 0.004 | 10 | 0.005 | 7 | 0.292 | 0.016 | 0.308 | ||||||||||||||||||
| 29584 | TC29584-29585del|(ORF10_protein:27-28del(9fs)) | 672 | 0.997 | 1 | 0.000 | 2 | 0.997 | 0 | 0.997 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 29758 | RATG13 | T29758G | 283 | 0.996 | 36 | 0.537 | 2 | 1.533 | 0 | 1.533 |