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| SRR22242147(4843) | SRR22242174(980099) | SRR22242191(43872) | SRR22242235(2803) | SRR22242353(50438) | SRR22242357(37103) | SRR22242364(639396) | SRR28572009(1201833) | SRR28636426(1306299) | SRR28636428(1449134) | SRR28746130(745034) | SRR28746161(733437) | SRR28816092(1233541) | SRR28816148(1348812) | SRR28877687(1242428) | SRR28877696(1198922) | ||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ('2022-04-12/2022-04-13', '300000') | ('2022-04-06/2022-04-07', '8000') | ('2022-04-05/2022-04-06', '150000') | ('2022-03-29/2022-03-30', '300000') | ('2022-04-05/2022-04-06', '1950000') | ('2022-04-05/2022-04-06', '300000') | ('2022-04-05/2022-04-06', '250000') | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequences | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Count | Abundance | Total samples | Positives Sum | Negatives Sum | Total Sum | |||
| 328 | A328T|(ORF1ab_polyprotein:A63T(L21F))|(ORF1a_polyprotein:A63T(L21F)) | 3 | 0.188 | 1 | 0.000 | 3 | 0.000 | 2 | 0.000 | 4 | 0.188 | 0 | 0.188 | ||||||||||||||||||||||||||
| 410 | G410T|(ORF1ab_polyprotein:G145T(G49C))|(ORF1a_polyprotein:G145T(G49C)) | 23422 | 0.196 | 6 | 0.000 | 6 | 0.000 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 2 | 0.000 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 2 | 0.000 | 9 | 0.196 | 0.0 | 0.196 | ||||||||||||||||
| 549 | T549C|(ORF1ab_polyprotein:T284C(I95T))|(ORF1a_polyprotein:T284C(I95T)) | 39304 | 0.333 | 4 | 0.000 | 2 | 0.333 | 0.0 | 0.333 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 570 | A570T|(ORF1ab_polyprotein:A305T(E102V))|(ORF1a_polyprotein:A305T(E102V)) | 37262 | 0.339 | 1 | 0.007 | 10 | 0.001 | 3 | 0.339 | 0.008 | 0.34700000000000003 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 1027 | T1027-1027del|(ORF1ab_polyprotein:762-762del(254fs))|(ORF1a_polyprotein:762-762del(254fs)) | 65 | 0.122 | 4 | 0.000 | 3 | 0.000 | 3 | 0.122 | 0 | 0.122 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 1820 | G1820A|(ORF1ab_polyprotein:G1555A(G519S))|(ORF1a_polyprotein:G1555A(G519S)) | 8253 | 0.494 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 2 | 0.000 | 2 | 0.000 | 1 | 0.000 | 6 | 0.494 | 0.0 | 0.494 | ||||||||||||||||||||||
| 2799 | T2799C|(ORF1ab_polyprotein:T2534C(L845P))|(ORF1a_polyprotein:T2534C(L845P)) | 1 | 0.500 | 2 | 0.000 | 2 | 0.5 | 0 | 0.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 2832 | A2832G|(ORF1ab_polyprotein:A2567G(K856R))|(ORF1a_polyprotein:A2567G(K856R)) | 2 | 1.000 | 2 | 0.000 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 4 | 1.0 | 0 | 1.0 | ||||||||||||||||||||||||||
| ubiq | 3037 | RATG13,Delta | C3037T|(ORF1ab_polyprotein:C2772T(F924F))|(ORF1a_polyprotein:C2772T(F924F)) | 269 | 0.996 | 274 | 1.000 | 6417 | 0.995 | 2331 | 0.994 | 1021 | 0.997 | 1101 | 0.996 | 1735 | 0.998 | 1561 | 0.997 | 8 | 0.996 | 1.0 | 1.996 | ||||||||||||||||
| 3261 | C3261T|(ORF1ab_polyprotein:C2996T(T999I))|(ORF1a_polyprotein:C2996T(T999I)) | 321 | 0.985 | 1 | 0.985 | 0 | 0.985 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3576 | 3576-insertT|(ORF1ab_polyprotein:3311insertT(1104fs))|(ORF1a_polyprotein:3311insertT(1104fs)) | 692 | 0.931 | 1 | 0.931 | 0 | 0.931 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 4092 | T4092C|(ORF1ab_polyprotein:T3827C(I1276T))|(ORF1a_polyprotein:T3827C(I1276T)) | 2 | 0.182 | 3 | 0.000 | 1 | 0.000 | 3 | 0.182 | 0 | 0.182 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 4233 | A4233G|(ORF1ab_polyprotein:A3968G(D1323G))|(ORF1a_polyprotein:A3968G(D1323G)) | 1 | 0.250 | 2 | 0.000 | 3 | 0.000 | 3 | 0.25 | 0 | 0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 4266 | T4266A|(ORF1ab_polyprotein:T4001A(L1334*))|(ORF1a_polyprotein:T4001A(L1334*)) | 1 | 0.167 | 1 | 0.000 | 4 | 0.000 | 2 | 0.000 | 1 | 0.000 | 3 | 0.000 | 6 | 0.167 | 0 | 0.167 | ||||||||||||||||||||||
| 5339 | C5339A|(ORF1ab_polyprotein:C5074A(P1692T))|(ORF1a_polyprotein:C5074A(P1692T)) | 1 | 0.200 | 1 | 0.2 | 0 | 0.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 5548 | C5548G|(ORF1ab_polyprotein:C5283G(T1761T))|(ORF1a_polyprotein:C5283G(T1761T)) | 1 | 0.250 | 2 | 0.000 | 5 | 0.000 | 5 | 0.001 | 2 | 0.000 | 4 | 0.001 | 6 | 0.25 | 0 | 0.25 | ||||||||||||||||||||||
| 5556 | G5556T|(ORF1ab_polyprotein:G5291T(G1764V))|(ORF1a_polyprotein:G5291T(G1764V)) | 1 | 0.333 | 3 | 0.000 | 2 | 0.333 | 0 | 0.333 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 5561 | G5561T|(ORF1ab_polyprotein:G5296T(E1766*))|(ORF1a_polyprotein:G5296T(E1766*)) | 1 | 0.333 | 5 | 0.001 | 7 | 0.001 | 1 | 0.000 | 4 | 0.333 | 0 | 0.333 | ||||||||||||||||||||||||||
| linked | 5580 | G5580T|(ORF1ab_polyprotein:G5315T(G1772V))|(ORF1a_polyprotein:G5315T(G1772V)) | 1 | 0.001 | 2 | 0.000 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 5 | 0.001 | 0 | 0.001 | |||||||||||||||||||||||
| linked | 5597 | C5597A|(ORF1ab_polyprotein:C5332A(Q1778K))|(ORF1a_polyprotein:C5332A(Q1778K)) | 2 | 0.002 | 5 | 0.001 | 22 | 0.002 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 4 | 0.001 | 6 | 0.002 | 0 | 0.002 | |||||||||||||||||||||
| 6014 | A6014C|(ORF1ab_polyprotein:A5749C(N1917H))|(ORF1a_polyprotein:A5749C(N1917H)) | 1 | 0.167 | 2 | 0.000 | 7 | 0.000 | 5 | 0.000 | 3 | 0.000 | 6 | 0.000 | 7 | 0.000 | 9 | 0.000 | 8 | 0.167 | 0 | 0.167 | ||||||||||||||||||
| 6015 | A6015T|(ORF1ab_polyprotein:A5750T(N1917I))|(ORF1a_polyprotein:A5750T(N1917I)) | 1 | 0.167 | 4 | 0.000 | 3 | 0.000 | 1 | 0.000 | 4 | 0.000 | 5 | 0.167 | 0 | 0.167 | ||||||||||||||||||||||||
| 6038 | T6038G|(ORF1ab_polyprotein:T5773G(F1925V))|(ORF1a_polyprotein:T5773G(F1925V)) | 1 | 0.200 | 9 | 0.000 | 9 | 0.001 | 14 | 0.001 | 4 | 0.000 | 6 | 0.000 | 23 | 0.000 | 43 | 0.001 | 8 | 0.2 | 0 | 0.2 | ||||||||||||||||||
| 6045 | A6045C|(ORF1ab_polyprotein:A5780C(N1927T))|(ORF1a_polyprotein:A5780C(N1927T)) | 1 | 0.200 | 4 | 0.000 | 7 | 0.000 | 9 | 0.001 | 1 | 0.000 | 2 | 0.000 | 11 | 0.000 | 16 | 0.000 | 8 | 0.2 | 0 | 0.2 | ||||||||||||||||||
| 6048 | T6048G|(ORF1ab_polyprotein:T5783G(F1928C))|(ORF1a_polyprotein:T5783G(F1928C)) | 1 | 0.200 | 14 | 0.000 | 4 | 0.000 | 6 | 0.000 | 4 | 0.000 | 3 | 0.000 | 19 | 0.000 | 24 | 0.000 | 8 | 0.2 | 0 | 0.2 | ||||||||||||||||||
| 6085 | T6085C|(ORF1ab_polyprotein:T5820C(D1940D))|(ORF1a_polyprotein:T5820C(D1940D)) | 2 | 0.500 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 3 | 0.000 | 1 | 0.000 | 6 | 0.5 | 0 | 0.5 | ||||||||||||||||||||||
| 6140 | T6140G|(ORF1ab_polyprotein:T5875G(F1959V))|(ORF1a_polyprotein:T5875G(F1959V)) | 1 | 0.200 | 4 | 0.000 | 8 | 0.000 | 15 | 0.000 | 4 | 0.2 | 0 | 0.2 | ||||||||||||||||||||||||||
| 6180 | A6180C|(ORF1ab_polyprotein:A5915C(Y1972S))|(ORF1a_polyprotein:A5915C(Y1972S)) | 1 | 0.200 | 1 | 0.2 | 0 | 0.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 8816 | T8816G|(ORF1ab_polyprotein:T8551G(C2851G))|(ORF1a_polyprotein:T8551G(C2851G)) | 1 | 0.167 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 3 | 0.167 | 0 | 0.167 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 8900 | G8900T|(ORF1ab_polyprotein:G8635T(G2879C))|(ORF1a_polyprotein:G8635T(G2879C)) | 1 | 0.143 | 2 | 0.000 | 2 | 0.000 | 3 | 0.001 | 5 | 0.002 | 1 | 0.000 | 6 | 0.143 | 0 | 0.143 | ||||||||||||||||||||||
| 8986 | C8986T|(ORF1ab_polyprotein:C8721T(D2907D))|(ORF1a_polyprotein:C8721T(D2907D)) | 1 | 1.000 | 1 | 1.0 | 0 | 1.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 9534 | C9534T|(ORF1ab_polyprotein:C9269T(T3090I))|(ORF1a_polyprotein:C9269T(T3090I)) | 372 | 0.374 | 7166 | 0.999 | 6050 | 0.998 | 9830 | 0.999 | 11498 | 0.992 | 690 | 0.999 | 18307 | 0.998 | 7 | 0.374 | 0 | 0.374 | ||||||||||||||||||||
| ubiq | 10029 | C10029T|(ORF1ab_polyprotein:C9764T(T3255I))|(ORF1a_polyprotein:C9764T(T3255I)) | 5 | 1.000 | 208 | 0.990 | 2559 | 0.997 | 1927 | 0.998 | 1567 | 0.996 | 2773 | 0.997 | 364 | 0.997 | 255 | 0.996 | 3335 | 0.999 | 9 | 0.99 | 1.0 | 1.99 | |||||||||||||||
| 10125 | C10125T|(ORF1ab_polyprotein:C9860T(T3287I))|(ORF1a_polyprotein:C9860T(T3287I)) | 142 | 0.612 | 1 | 0.612 | 0 | 0.612 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 10198 | C10198T|(ORF1ab_polyprotein:C9933T(D3311D))|(ORF1a_polyprotein:C9933T(D3311D)) | 21 | 1.000 | 2550 | 0.995 | 1916 | 0.996 | 1560 | 0.998 | 2740 | 0.999 | 360 | 0.997 | 253 | 0.988 | 3308 | 0.998 | 8 | 1.0 | 0 | 1.0 | ||||||||||||||||||
| ubiq | 10447 | RATG13 | G10447A|(ORF1ab_polyprotein:G10182A(R3394R))|(ORF1a_polyprotein:G10182A(R3394R)) | 2 | 0.667 | 736 | 0.999 | 712 | 0.986 | 162 | 0.994 | 328 | 0.997 | 10227 | 0.998 | 5485 | 0.998 | 6680 | 0.999 | 7968 | 0.999 | 5703 | 0.999 | 10 | 0.999 | 3.644 | 4.643 | ||||||||||||
| ubiq | 10449 | C10449A|(ORF1ab_polyprotein:C10184A(P3395H))|(ORF1a_polyprotein:C10184A(P3395H)) | 3 | 1.000 | 735 | 0.995 | 711 | 0.975 | 161 | 0.988 | 328 | 0.994 | 1 | 0.000 | 2600 | 0.389 | 7971 | 0.999 | 5699 | 0.998 | 9 | 0.995 | 3.957 | 4.952 | |||||||||||||||
| 10961 | G10961T|(ORF1ab_polyprotein:G10696T(V3566F))|(ORF1a_polyprotein:G10696T(V3566F)) | 1 | 1.000 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 3 | 1.0 | 0 | 1.0 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 10970 | C10970A|(ORF1ab_polyprotein:C10705A(Q3569K))|(ORF1a_polyprotein:C10705A(Q3569K)) | 1 | 1.000 | 6 | 0.001 | 13 | 0.001 | 10 | 0.001 | 8 | 0.001 | 5 | 1.0 | 0 | 1.0 | ||||||||||||||||||||||||
| 10979 | G10979T|(ORF1ab_polyprotein:G10714T(V3572L))|(ORF1a_polyprotein:G10714T(V3572L)) | 1 | 1.000 | 5 | 0.001 | 8 | 0.000 | 7 | 0.000 | 7 | 0.000 | 5 | 1.0 | 0 | 1.0 | ||||||||||||||||||||||||
| linked | 11043 | T11043A|(ORF1ab_polyprotein:T10778A(V3593D))|(ORF1a_polyprotein:T10778A(V3593D)) | 1 | 0.077 | 1 | 0.077 | 0 | 0.077 | |||||||||||||||||||||||||||||||
| 11283 | GTTTGTCTG11283-11291del|(ORF1ab_polyprotein:AGTTTGTCTGGT11017-11028AGTdel(SLSG3673-3676Sdel))|(ORF1a_polyprotein:AGTTTGTCTGGT11017-11028AGTdel(SLSG3673-3676Sdel)) | 4 | 0.190 | 1 | 0.000 | 3 | 0.001 | 3 | 0.000 | 2 | 0.000 | 5 | 0.19 | 0 | 0.19 | ||||||||||||||||||||||||
| 11332 | A11332G|(ORF1ab_polyprotein:A11067G(V3689V))|(ORF1a_polyprotein:A11067G(V3689V)) | 58 | 0.580 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 3 | 0.58 | 0 | 0.58 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 11935 | A11935T|(ORF1ab_polyprotein:A11670T(Q3890H))|(ORF1a_polyprotein:A11670T(Q3890H)) | 1 | 0.200 | 3 | 0.000 | 8 | 0.000 | 4 | 0.000 | 3 | 0.000 | 2 | 0.000 | 4 | 0.000 | 7 | 0.2 | 0 | 0.2 | ||||||||||||||||||||
| 12290 | A12290G|(ORF1ab_polyprotein:A12025G(M4009V))|(ORF1a_polyprotein:A12025G(M4009V)) | 3182 | 0.559 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 4 | 0.559 | 0 | 0.559 | ||||||||||||||||||||||||||
| 13795 | C13795T|(ORF1ab_polyprotein:C13531T(L4511F)) | 1138 | 0.693 | 1 | 0.000 | 2 | 0.693 | 0 | 0.693 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 14408 | Delta | C14408T|(ORF1ab_polyprotein:C14144T(P4715L)) | 108 | 1.000 | 33031 | 0.999 | 12822 | 0.999 | 9975 | 1.000 | 1 | 1.000 | 76485 | 0.999 | 6 | 1.0 | 0 | 1.0 | |||||||||||||||||||||
| 15240 | C15240T|(ORF1ab_polyprotein:C14976T(N4992N)) | 25 | 1.000 | 1 | 1.0 | 0 | 1.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 17236 | A17236G|(ORF1ab_polyprotein:A16972G(I5658V)) | 2 | 0.667 | 1 | 0.037 | 2 | 0.000 | 1 | 0.000 | 4 | 0.667 | 0.037 | 0.7040000000000001 | ||||||||||||||||||||||||||
| 17497 | T17497C|(ORF1ab_polyprotein:T17233C(Y5745H)) | 5665 | 0.316 | 1 | 0.000 | 3 | 0.000 | 7 | 0.000 | 1 | 0.000 | 4 | 0.000 | 2 | 0.000 | 7 | 0.316 | 0.0 | 0.316 | ||||||||||||||||||||
| 17641 | G17641A|(ORF1ab_polyprotein:G17377A(A5793T)) | 10142 | 0.610 | 2 | 0.000 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 5 | 0.000 | 5 | 0.61 | 0.0 | 0.61 | ||||||||||||||||||||||||
| ubiq | 18163 | A18163G|(ORF1ab_polyprotein:A17899G(I5967V)) | 1 | 1.000 | 46 | 1.000 | 1 | 1.000 | 2 | 0.667 | 4 | 1.000 | 3549 | 0.999 | 8973 | 0.999 | 4111 | 0.999 | 2622 | 1.000 | 968 | 0.998 | 18288 | 0.999 | 284 | 1.000 | 5359 | 1.000 | 1860 | 0.999 | 14 | 1.0 | 3.667 | 4.667 | |||||
| 18486 | RATG13 | C18486T|(ORF1ab_polyprotein:C18222T(L6074L)) | 698 | 0.508 | 3 | 0.000 | 1 | 0.000 | 3 | 0.508 | 0 | 0.508 | |||||||||||||||||||||||||||
| 19220 | C19220T|(ORF1ab_polyprotein:C18956T(A6319V)) | 4170 | 0.990 | 1 | 0.99 | 0 | 0.99 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 19395 | T19395C|(ORF1ab_polyprotein:T19131C(C6377C)) | 62 | 0.350 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 4 | 0.35 | 0 | 0.35 | ||||||||||||||||||||||||||
| 19645 | G19645T|(ORF1ab_polyprotein:G19381T(V6461F)) | 34 | 0.340 | 27 | 0.001 | 24 | 0.001 | 2 | 0.000 | 13 | 0.000 | 11 | 0.000 | 10 | 0.000 | 10 | 0.000 | 8 | 0.34 | 0 | 0.34 | ||||||||||||||||||
| 20387 | A20387G|(ORF1ab_polyprotein:AAA20122-20124AGT(K6708S)) | 1 | 0.250 | 1 | 0.25 | 0 | 0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 20388 | A20388T|(ORF1ab_polyprotein:AAA20122-20124AGT(K6708S)) | 1 | 0.250 | 1 | 0.25 | 0 | 0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| linked | 20457 | C20457A|(ORF1ab_polyprotein:C20193A(F6731L)) | 1 | 0.006 | 1 | 0.000 | 2 | 0.000 | 3 | 0.006 | 0 | 0.006 | |||||||||||||||||||||||||||
| 20844 | C20844A|(ORF1ab_polyprotein:C20580A(P6860P)) | 1 | 0.250 | 2 | 0.000 | 4 | 0.000 | 3 | 0.000 | 2 | 0.000 | 6 | 0.000 | 1 | 0.000 | 3 | 0.000 | 10 | 0.000 | 9 | 0.25 | 0 | 0.25 | ||||||||||||||||
| 21609 | T21609C|(surface_glycoprotein:T47C(V16A)) | 76 | 0.608 | 1 | 0.608 | 0 | 0.608 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 21618 | Delta | C21618G|(surface_glycoprotein:C56G(T19R)) | 76 | 0.623 | 1 | 0.623 | 0 | 0.623 | |||||||||||||||||||||||||||||||
| 21710 | T21710A|(surface_glycoprotein:T148A(S50T)) | 1 | 0.167 | 1 | 0.167 | 0 | 0.167 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 21762 | C21762T|(surface_glycoprotein:C200T(A67V)) | 6 | 1.000 | 1 | 1.0 | 0 | 1.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 21765 | TACATG21765-21770del|(surface_glycoprotein:ATACATGTC202-210ATCdel(IHV68-70Idel)) | 6 | 1.000 | 9 | 1.000 | 387 | 1.000 | 17 | 1.000 | 947 | 0.994 | 474 | 1.000 | 234 | 1.000 | 17 | 1.000 | 8 | 1.0 | 0 | 1.0 | ||||||||||||||||||
| 21836 | T21836A|(surface_glycoprotein:T274A(F92I)) | 1 | 0.200 | 1 | 0.2 | 0 | 0.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 21846 | C21846T|(surface_glycoprotein:C284T(T95I)) | 5 | 1.000 | 1 | 1.0 | 0 | 1.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 22264 | C22264T|(surface_glycoprotein:C702T(N234N)) | 1 | 1.000 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 4 | 1.0 | 0 | 1.0 | ||||||||||||||||||||||||||
| 22369 | T22369G|(surface_glycoprotein:T807G(Y269*)) | 1 | 0.500 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 3 | 0.5 | 0 | 0.5 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 22379 | A22379C|(surface_glycoprotein:A817C(R273R)) | 1 | 0.500 | 1 | 0.000 | 2 | 0.000 | 2 | 0.000 | 4 | 0.000 | 1 | 0.000 | 2 | 0.000 | 2 | 0.000 | 8 | 0.5 | 0 | 0.5 | ||||||||||||||||||
| 22812 | A22812G|(surface_glycoprotein:A1250G(K417R)) | 92 | 0.844 | 1 | 0.844 | 0 | 0.844 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 22910 | A22910G|(surface_glycoprotein:A1348G(N450D)) | 87 | 0.784 | 97 | 1.000 | 741 | 0.999 | 683 | 0.999 | 554 | 0.995 | 2913 | 0.998 | 1181 | 1.000 | 100 | 1.000 | 271 | 1.000 | 9 | 0.784 | 0 | 0.784 | ||||||||||||||||
| 22917 | Delta | T22917G|(surface_glycoprotein:T1355G(L452R)) | 87 | 0.784 | 1 | 0.784 | 0 | 0.784 | |||||||||||||||||||||||||||||||
| 22988 | G22988A|(surface_glycoprotein:G1426A(G476S)) | 30 | 0.270 | 1 | 0.27 | 0 | 0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| linked | 22995 | RATG13,Delta | C22995A|(surface_glycoprotein:C1433A(T478K)) | 88 | 0.793 | 1 | 1.000 | 5 | 1.000 | 97 | 1.000 | 738 | 0.995 | 684 | 1.000 | 557 | 1.000 | 2914 | 0.997 | 1181 | 1.000 | 100 | 1.000 | 271 | 1.000 | 11 | 0.793 | 2.0 | 2.793 | ||||||||||
| 23039 | C23039A|(surface_glycoprotein:C1477A(Q493K)) | 106 | 0.891 | 1 | 0.891 | 0 | 0.891 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 23056 | A23056T|(surface_glycoprotein:A1494T(Q498H)) | 94 | 0.879 | 1 | 0.879 | 0 | 0.879 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| ubiq | 23403 | Delta | A23403G|(surface_glycoprotein:A1841G(D614G)) | 7 | 1.000 | 1717 | 0.997 | 7 | 0.583 | 8155 | 0.997 | 31539 | 0.998 | 39711 | 0.998 | 75311 | 0.999 | 21769 | 0.999 | 32664 | 0.999 | 13509 | 0.999 | 28292 | 0.998 | 56722 | 0.998 | 95119 | 0.999 | 13 | 0.997 | 2.58 | 3.577 | ||||||
| 23604 | Delta | C23604G|(surface_glycoprotein:C2042G(P681R)) | 552 | 0.211 | 35004 | 0.999 | 24790 | 0.999 | 31450 | 0.999 | 18775 | 0.999 | 13656 | 0.999 | 13449 | 0.999 | 35427 | 0.999 | 24225 | 0.999 | 9 | 0.211 | 0 | 0.211 | |||||||||||||||
| 23827 | A23827C|(surface_glycoprotein:A2265C(Q755H)) | 459 | 0.304 | 7 | 0.000 | 6 | 0.000 | 3 | 0.000 | 3 | 0.000 | 4 | 0.000 | 2 | 0.000 | 7 | 0.304 | 0 | 0.304 | ||||||||||||||||||||
| 23830 | T23830C|(surface_glycoprotein:T2268C(Y756Y)) | 319 | 0.210 | 1 | 0.000 | 3 | 0.000 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 2 | 0.000 | 2 | 0.000 | 7 | 0.21 | 0 | 0.21 | ||||||||||||||||||||
| 24044 | C24044T|(surface_glycoprotein:C2482T(L828F)) | 177 | 0.851 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 5 | 0.851 | 0 | 0.851 | ||||||||||||||||||||||||
| 24208 | C24208T|(surface_glycoprotein:C2646T(I882I)) | 208 | 0.652 | 1 | 0.000 | 2 | 0.652 | 0 | 0.652 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 24410 | Delta | G24410A|(surface_glycoprotein:G2848A(D950N)) | 53 | 0.358 | 1 | 0.358 | 0 | 0.358 | |||||||||||||||||||||||||||||||
| 25011 | A25011C|(surface_glycoprotein:A3449C(E1150A)) | 1 | 0.333 | 1 | 0.000 | 2 | 0.000 | 6 | 0.000 | 2 | 0.000 | 1 | 0.000 | 6 | 0.333 | 0 | 0.333 | ||||||||||||||||||||||
| ubiq | 25584 | C25584T|(ORF3a_protein:C192T(T64T)) | 2 | 1.000 | 243 | 0.996 | 2 | 1.000 | 356 | 0.994 | 23245 | 0.999 | 38885 | 0.998 | 31100 | 0.998 | 12429 | 0.997 | 17027 | 0.996 | 12124 | 0.999 | 27165 | 0.999 | 11 | 0.996 | 2.9939999999999998 | 3.9899999999999998 | |||||||||||
| ubiq | 26060 | C26060T|(ORF3a_protein:C668T(T223I)) | 290 | 0.970 | 71 | 0.696 | 599 | 0.998 | 5400 | 0.998 | 7795 | 0.999 | 5836 | 0.999 | 2210 | 0.999 | 5875 | 0.546 | 3821 | 0.796 | 9 | 0.97 | 1.694 | 2.6639999999999997 | |||||||||||||||
| 26538 | G26538A|(membrane_glycoprotein:G16A(G6S)) | 142 | 1.000 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 2 | 0.000 | 4 | 1.0 | 0 | 1.0 | ||||||||||||||||||||||||||
| 26767 | Delta | T26767C|(membrane_glycoprotein:T245C(I82T)) | 132 | 0.635 | 2 | 0.000 | 2 | 0.635 | 0 | 0.635 | |||||||||||||||||||||||||||||
| 26885 | C26885T|(membrane_glycoprotein:C363T(N121N)) | 123 | 0.647 | 7 | 0.001 | 2 | 0.647 | 0 | 0.647 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| 26936 | RATG13 | C26936T|(membrane_glycoprotein:C414T(L138L)) | 35 | 0.347 | 1 | 0.347 | 0 | 0.347 | |||||||||||||||||||||||||||||||
| 27080 | T27080C|(membrane_glycoprotein:T558C(R186R)) | 1 | 0.250 | 2 | 0.000 | 2 | 0.000 | 1 | 0.000 | 2 | 0.000 | 2 | 0.000 | 6 | 0.25 | 0 | 0.25 | ||||||||||||||||||||||
| 27354 | A27354G|(ORF6_protein:A153G(Q51Q)) | 131 | 0.289 | 2 | 0.000 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 4 | 0.289 | 0 | 0.289 | ||||||||||||||||||||||||||
| ubiq | 27807 | C27807T|(ORF7b:C52T(L18L)) | 656 | 0.985 | 465 | 0.981 | 21 | 1.000 | 328 | 0.997 | 13850 | 0.999 | 21011 | 0.999 | 40098 | 0.999 | 5482 | 0.999 | 22503 | 0.999 | 41432 | 0.999 | 53516 | 0.999 | 30851 | 0.999 | 36900 | 0.999 | 13 | 0.985 | 2.9779999999999998 | 3.9629999999999996 | |||||||
| 28187 | T28187C|(ORF8_protein:T294C(L98L)) | 17 | 0.200 | 2 | 0.000 | 3 | 0.000 | 4 | 0.000 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 10 | 0.000 | 2 | 0.001 | 1 | 0.000 | 5 | 0.000 | 10 | 0.2 | 0 | 0.2 | ||||||||||||||
| 28248 | GATTTC28248-28253del|(ORF8_protein:355-360del(DF119-120del)) | 62 | 0.179 | 1 | 0.179 | 0 | 0.179 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 28271 | Delta | A28271-28271del | 93 | 0.217 | 3 | 0.000 | 1 | 0.000 | 2 | 0.000 | 4 | 0.217 | 0 | 0.217 | |||||||||||||||||||||||||
| 28382 | RATG13 | T28382C|(nucleocapsid_phosphoprotein:T109C(S37P)) | 46 | 0.125 | 1 | 0.000 | 5 | 0.000 | 3 | 0.000 | 2 | 0.000 | 1 | 0.000 | 8 | 0.000 | 7 | 0.125 | 0 | 0.125 | |||||||||||||||||||
| 28461 | Delta | A28461G|(nucleocapsid_phosphoprotein:A188G(D63G)) | 77 | 0.182 | 3 | 0.000 | 1 | 0.000 | 6 | 0.000 | 4 | 0.000 | 5 | 0.182 | 0 | 0.182 | |||||||||||||||||||||||
| 28541 | G28541T|(nucleocapsid_phosphoprotein:G268T(A90S)) | 11342 | 0.495 | 2 | 0.000 | 1 | 0.000 | 1 | 0.000 | 3 | 0.000 | 2 | 0.000 | 6 | 0.495 | 0.0 | 0.495 | ||||||||||||||||||||||
| 28881 | G28881C|(nucleocapsid_phosphoprotein:G608C(R203T)) | 11896 | 0.403 | 1 | 0.403 | 0 | 0.403 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 28881 | Delta | G28881T|(nucleocapsid_phosphoprotein:G608T(R203M)) | 7872 | 0.267 | 1 | 0.003 | 1 | 0.000 | 3 | 0.267 | 0.003 | 0.27 | |||||||||||||||||||||||||||
| 28916 | G28916T|(nucleocapsid_phosphoprotein:G643T(G215C)) | 5225 | 0.316 | 2 | 0.000 | 5 | 0.000 | 3 | 0.000 | 4 | 0.001 | 8 | 0.000 | 5 | 0.000 | 7 | 0.316 | 0 | 0.316 | ||||||||||||||||||||
| 29402 | Delta | G29402T|(nucleocapsid_phosphoprotein:G1129T(D377Y)) | 484 | 0.436 | 3 | 0.000 | 12 | 0.000 | 32 | 0.000 | 8 | 0.000 | 9 | 0.000 | 2 | 0.000 | 13 | 0.000 | 36 | 0.000 | 9 | 0.436 | 0 | 0.436 | |||||||||||||||
| 29742 | Delta | G29742T | 6 | 0.857 | 1 | 0.857 | 0 | 0.857 |