NY-1 - Complete Raw Mutation Data

Full TSV data with all sample columns and abundance information
← Back to Dashboard

Complete Mutations Data

This table shows the complete data from the mutations.tsv file exactly as it appears in the source. Scroll horizontally to see all columns.

Unnamed: 0 Unnamed: 1 Unnamed: 2 Unnamed: 3 SRR21450156 Unnamed: 5 SRR21450161 Unnamed: 7 SRR21450163 Unnamed: 9 SRR21450166 Unnamed: 11 SRR21450169 Unnamed: 13 SRR21450193 Unnamed: 15 SRR21450195 Unnamed: 17 SRR21450197 Unnamed: 19 SRR21450202 Unnamed: 21 SRR21450214 Unnamed: 23 SRR21450218 Unnamed: 25 SRR21450220 Unnamed: 27 SRR21450242 Unnamed: 29 SRR21450244 Unnamed: 31 SRR21450246 Unnamed: 33 SRR21450155 Unnamed: 35 SRR21450157 Unnamed: 37 SRR21450159 Unnamed: 39 SRR21450160 Unnamed: 41 SRR21450162 Unnamed: 43 SRR21450164 Unnamed: 45 SRR21450167 Unnamed: 47 SRR21450168 Unnamed: 49 SRR21450175 Unnamed: 51 SRR21450194 Unnamed: 53 SRR21450199 Unnamed: 55 SRR21450201 Unnamed: 57 SRR21450203 Unnamed: 59 SRR21450213 Unnamed: 61 SRR21450215 Unnamed: 63 SRR21450217 Unnamed: 65 SRR21450219 Unnamed: 67 SRR21450241 Unnamed: 69 SRR21450243 Unnamed: 71 Unnamed: 72 Unnamed: 73 Unnamed: 74 Unnamed: 75 Unnamed: 76 Key Unnamed: 78
('2021-12-16', '70470') ('2021-12-09', '70470') ('2021-12-09', '140324') ('2021-10-08', '70470') ('2021-10-01', '70470') ('2021-12-02', '70470') ('2021-12-02', '140324') ('2021-11-18', '70470') ('2021-11-11', '70470') ('2021-10-22', '70470') ('2021-10-15', '70470') ('2022-01-20', '70470') ('2022-02-01', '70470') ('2022-02-01', '140324') ('2022-01-25', '70470') ('2022-01-25', '437357') ('2021-12-16', '14873') ('2022-01-25', '14873') ('2021-12-09', '437357') ('2021-12-09', '14873') ('2021-12-02', '437357') ('2021-10-08', '14873') ('2021-10-01', '437357') ('2022-01-20', '14873') ('2021-12-02', '14873') ('2021-11-18', '14873') ('2021-11-11', '437357') ('2021-11-11', '14873') ('2021-10-22', '437357') ('2021-10-22', '14873') ('2021-10-15', '437357') ('2021-10-15', '14873') ('2022-02-01', '437357') ('2022-02-01', '14873') Cryptic Sewershed
Linked/Ubiquitous Position Flagged Sequences Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Total samples Positives Sum Negatives Sum Total Sum Non-Cryptic Sewershed
57 A57G 290 0.045 1308 0.146 624 0.061 1015 0.228 1061 0.266 141 0.025 85 0.016 439 0.072 1423 0.057 754 0.33 1626 0.267 203 0.018 681 0.046 107 0.05 225 0.022 2 0.001 2 0.001 17 1.649 0.002 1.651
78 T78A 536 0.145 561 0.19 1577 0.074 75 0.04 312 0.118 5 0.567 0 0.567
100 C100A 534 0.144 565 0.19 1887 0.09 77 0.041 320 0.12 2 0.001 6 0.586 0 0.586
linked 178 A178G 14 0.002 15 0.002 17 0.002 602 0.146 1462 0.36 16 0.003 90 0.016 2832 0.121 127 0.05 446 0.126 16 0.002 29 0.002 3 0.002 14 0.001 12 0.003 9 0.001 12 0.002 14 0.002 18 0.002 21 0.002 31 0.007 32 0.002 32 0.002 18 0.002 14 0.001 82 0.002 13 0.006 21 0.006 24 0.01 24 0.008 2 0.002 12 0.002 32 0.835 0.062 0.897
344 C344T|(ORF1ab_polyprotein:C79T(L27F))|(ORF1a_polyprotein:C79T(L27F)) 307 0.023 887 0.048 4088 0.487 108 0.012 3581 0.092 80 0.016 2068 0.181 7 0.859 0 0.859
378 RATG13 T378C|(ORF1ab_polyprotein:GTC112-114GCT(V38A))|(ORF1a_polyprotein:GTC112-114GCT(V38A)) 101 0.008 894 0.049 3772 0.452 107 0.012 2698 0.069 1800 0.158 6 0.748 0 0.748
linked 379 RATG13 C379T|(ORF1ab_polyprotein:C114T(V38V))|(ORF1a_polyprotein:C114T(V38V)) 986 0.105 2436 0.184 1306 0.096 5348 0.291 3125 0.374 669 0.07 334 0.039 1132 0.129 5608 0.144 1913 0.381 7386 0.649 207 0.017 1988 0.093 214 0.093 338 0.022 3047 0.157 10 0.002 8 0.001 20 0.002 19 2.687 0.162 2.849
379 RATG13 C379T|(ORF1ab_polyprotein:GTC112-114GCT(V38A))|(ORF1a_polyprotein:GTC112-114GCT(V38A)) 101 0.008 894 0.049 3772 0.452 107 0.012 2698 0.069 1800 0.158 6 0.748 0 0.748
1243 T1243C|(ORF1ab_polyprotein:T978C(C326C))|(ORF1a_polyprotein:T978C(C326C)) 1134 0.525 265 0.082 98 0.008 81 0.022 657 0.113 5 0.75 0 0.75
1616 C1616A|(ORF1ab_polyprotein:C1351A(L451I))|(ORF1a_polyprotein:C1351A(L451I)) 22 0.005 2228 0.935 374 0.156 135 0.053 536 0.147 2 0.001 5 0.003 7 1.296 0.004 1.3
1632 A1632G|(ORF1ab_polyprotein:A1367G(K456R))|(ORF1a_polyprotein:A1367G(K456R)) 417 0.162 595 0.149 650 0.159 582 0.244 213 0.047 178 0.059 188 0.081 2096 0.185 587 0.228 2352 0.646 80 0.019 1156 0.16 73 0.116 91 0.015 5 0.001 15 2.27 0.001 2.271
2081 G2081A|(ORF1ab_polyprotein:G1816A(V606I))|(ORF1a_polyprotein:G1816A(V606I)) 584 0.173 900 0.174 205 0.043 672 0.295 433 0.233 187 0.066 252 0.08 697 0.209 1825 0.136 562 0.379 714 0.453 146 0.037 142 0.019 101 0.095 2 0.001 3 0.003 16 2.392 0.004 2.396
2151 A2151G|(ORF1ab_polyprotein:A1886G(D629G))|(ORF1a_polyprotein:A1886G(D629G)) 555 0.167 834 0.167 305 0.066 2146 0.997 904 0.489 174 0.062 227 0.074 699 0.216 1717 0.131 620 0.42 1129 0.72 132 0.034 857 0.118 96 0.092 498 0.092 7 0.002 3 0.006 3 0.003 2 0.002 19 3.845 0.013 3.858
2467 A2467T|(ORF1ab_polyprotein:A2202T(K734N))|(ORF1a_polyprotein:A2202T(K734N)) 43 0.156 88 0.249 50 0.143 43 0.198 127 0.284 19 0.052 5 0.02 10 0.066 37 0.134 150 0.455 123 0.661 3 0.002 12 2.418 0.002 2.42
ubiq 3037 RATG13,Delta C3037T|(ORF1ab_polyprotein:C2772T(F924F))|(ORF1a_polyprotein:C2772T(F924F)) 1073 0.987 1235 0.955 1408 0.989 1677 0.99 2404 0.988 1589 0.993 1177 0.991 789 0.995 2931 0.987 1980 0.989 3457 0.989 596 0.982 1010 0.975 269 0.989 792 0.977 277 0.989 1384 0.992 136 0.986 1588 0.991 1736 0.991 2220 0.988 61 1 7646 0.986 1419 0.992 3505 0.981 1777 0.982 1157 0.99 6435 0.985 6191 0.988 1920 0.99 9404 0.99 1854 0.988 101 1 521 0.992 34 14.776 18.801 33.577
3828 C3828T|(ORF1ab_polyprotein:C3563T(S1188L))|(ORF1a_polyprotein:C3563T(S1188L)) 638 0.157 2105 0.281 967 0.162 1777 0.616 157 0.263 260 0.064 231 0.053 401 0.108 2931 0.184 10 0.022 16 0.2 208 0.032 1124 0.129 476 0.224 523 0.063 7 0.003 6 0.001 21 0.004 13 0.002 10 0.002 16 0.002 25 0.002 15 0.002 10 0.001 55 0.002 11 0.002 26 2.558 0.023 2.581
4454 G4454A|(ORF1ab_polyprotein:G4189A(A1397T))|(ORF1a_polyprotein:G4189A(A1397T)) 2 0.002 5 0.003 2 0.001 572 0.99 102 0.128 2 0.002 3 0.005 3 0.002 15 0.059 3 0.002 4 0.002 4 0.002 3 0.002 2 0.004 6 0.002 6 0.002 2 0.001 6 0.001 2 0.004 19 1.194 0.02 1.214
linked 4475 C4475A|(ORF1ab_polyprotein:C4210A(R1404S))|(ORF1a_polyprotein:C4210A(R1404S)) 4 0.002 11 0.006 572 0.99 116 0.146 4 0.004 2 0.002 5 0.008 4 0.002 15 0.059 9 0.004 3 0.002 2 0.004 11 0.006 5 0.009 2 0.002 2 0.002 8 0.005 7 0.003 5 0.003 3 0.006 8 0.002 10 0.003 3 0.002 3 0.002 18 0.004 3 0.006 2 0.005 5 0.011 3 0.002 29 1.235 0.067 1.302
5792 G5792A|(ORF1ab_polyprotein:G5527A(E1843K))|(ORF1a_polyprotein:G5527A(E1843K)) 448 0.187 770 0.173 348 0.057 2884 0.764 503 0.405 209 0.074 206 0.074 304 0.13 1883 0.159 185 0.294 285 0.746 10 0.002 922 0.131 243 0.039 2 0.001 5 0.001 6 0.002 8 0.002 11 0.002 2 0.014 4 0.011 13 0.001 9 0.002 7 0.001 26 0.001 3 0.006 3 0.005 4 0.001 28 3.235 0.05 3.285
6001 T6001A|(ORF1ab_polyprotein:T5736A(I1912I))|(ORF1a_polyprotein:T5736A(I1912I)) 174 0.144 134 0.073 143 0.12 130 0.103 87 0.442 79 0.053 67 0.058 128 0.108 353 0.11 121 0.355 142 0.689 457 0.193 97 0.217 2 0.001 5 0.003 4 0.002 4 0.001 3 0.002 8 0.002 2 0.004 7 0.001 21 2.665 0.016 2.681
8083 G8083A|(ORF1ab_polyprotein:G7818A(M2606I))|(ORF1a_polyprotein:G7818A(M2606I)) 1267 0.237 864 0.103 815 0.106 1667 0.12 261 0.337 187 0.033 356 0.086 725 0.108 3922 0.164 113 0.401 121 0.823 1262 0.144 342 0.035 2 0.003 14 2.697 0.003 2.7
8950 C8950T|(ORF1ab_polyprotein:C8685T(I2895I))|(ORF1a_polyprotein:C8685T(I2895I)) 711 0.2 821 0.122 639 0.086 1020 0.282 595 0.526 256 0.043 262 0.07 489 0.101 2764 0.165 360 0.355 952 0.864 985 0.118 43 0.038 5 0.003 4 0.002 4 0.003 6 0.006 17 2.97 0.014 2.984
8976 A8976G|(ORF1ab_polyprotein:A8711G(E2904G))|(ORF1a_polyprotein:A8711G(E2904G)) 714 0.201 818 0.121 637 0.086 1019 0.282 465 0.37 256 0.043 260 0.07 437 0.09 2752 0.164 385 0.333 987 0.808 983 0.118 42 0.037 12 0.007 27 0.009 10 0.007 19 0.012 9 0.008 18 2.723 0.043 2.766
9146 A9146T|(ORF1ab_polyprotein:A8881T(I2961F))|(ORF1a_polyprotein:A8881T(I2961F)) 87 0.106 330 0.205 82 0.063 1014 0.534 627 0.551 191 0.104 8 0.008 105 0.097 315 0.083 415 0.376 1052 0.854 2 0.001 378 0.156 45 0.14 4 0.002 2 0.001 3 0.003 2 0.001 3 0.001 10 0.008 7 0.002 5 0.002 3 0.003 9 0.002 7 0.002 5 0.004 3 0.002 5 0.005 6 0.005 29 3.28 0.041 3.321
9721 T9721C|(ORF1ab_polyprotein:T9456C(H3152H))|(ORF1a_polyprotein:T9456C(H3152H)) 396 0.19 835 0.207 339 0.119 2150 0.237 820 0.34 232 0.058 40 0.016 210 0.084 1398 0.114 1253 0.376 5431 0.787 1408 0.221 101 0.126 7 0.001 3 0.001 15 2.875 0.002 2.877
10319 C10319T|(ORF1ab_polyprotein:C10054T(L3352F))|(ORF1a_polyprotein:C10054T(L3352F)) 239 0.136 860 0.299 254 0.104 3402 0.723 1499 0.595 183 0.061 51 0.028 182 0.106 1378 0.158 790 0.344 5177 0.907 4 0.001 694 0.15 9 0.003 4 0.002 9 0.001 8 0.001 9 0.001 6 0.002 3 0.002 13 0.001 5 0.001 10 0.003 5 0.003 24 3.615 0.017 3.632
11001 C11001T|(ORF1ab_polyprotein:C10736T(T3579I))|(ORF1a_polyprotein:C10736T(T3579I)) 81 0.031 338 0.062 91 0.024 2029 0.252 125 0.147 109 0.022 34 0.01 49 0.015 456 0.036 2 0.007 17 0.215 281 0.043 16 0.013 91 0.018 14 0.895 0 0.895
11197 T11197C|(ORF1ab_polyprotein:T10932C(L3644L))|(ORF1a_polyprotein:T10932C(L3644L)) 454 0.215 384 0.083 252 0.08 1450 0.258 218 0.262 205 0.053 234 0.079 277 0.094 2367 0.222 111 0.288 65 0.812 762 0.143 99 0.105 5 0.001 6 0.001 2 0.003 3 0.001 17 2.694 0.006 2.7
13216 T13216C|(ORF1ab_polyprotein:T12951C(D4317D))|(ORF1a_polyprotein:T12951C(D4317D)) 678 0.201 1032 0.162 834 0.142 1955 0.216 1766 0.602 486 0.078 267 0.075 443 0.117 3083 0.162 1016 0.426 6293 0.932 807 0.118 2 0.003 317 0.057 29 0.002 19 0.005 11 0.005 17 0.002 6 0.002 19 3.291 0.016 3.307
13827 TGCTTTAAGGCATTTTG13827-13843del|(ORF1ab_polyprotein:13563-13579del(4521fs)) 160 0.031 54 0.006 3549 0.257 865 0.351 98 0.016 669 0.028 209 0.073 7 0.762 0 0.762
14126 G14126A|(ORF1ab_polyprotein:G13862A(S4621N)) 156 0.056 347 0.081 143 0.03 143 0.015 547 0.237 136 0.031 61 0.023 175 0.059 738 0.061 176 0.223 522 0.634 384 0.072 47 0.056 160 0.037 14 1.615 0 1.615
linkedubiq 14408 Delta C14408T|(ORF1ab_polyprotein:C14144T(P4715L)) 2949 0.997 4884 0.98 4797 0.997 10355 0.959 2350 0.956 3612 0.985 2685 0.985 2841 0.998 11391 0.983 1777 0.992 2897 0.977 4600 0.999 5297 0.998 891 0.998 3751 0.998 1913 0.999 4278 0.99 2224 1 3571 0.966 4469 0.998 4020 0.979 130 1 2608 0.993 7376 0.999 7946 0.987 3943 0.844 2583 0.998 15550 0.998 3086 0.992 1586 0.937 4945 0.993 2102 0.992 649 0.998 3532 0.997 34 14.802 18.66 33.462
14805 C14805T|(ORF1ab_polyprotein:C14541T(Y4847Y)) 181 0.171 344 0.183 118 0.07 159 0.168 767 0.419 107 0.067 80 0.075 133 0.101 671 0.144 251 0.219 922 0.822 366 0.157 50 0.132 225 0.141 2 0.002 2 0.001 4 0.002 2 0.001 3 0.001 19 2.869 0.007 2.876
16076 A16076G|(ORF1ab_polyprotein:A15812G(D5271G)) 443 0.164 813 0.206 877 0.188 1499 0.191 1204 0.243 442 0.096 51 0.022 368 0.1 1391 0.151 1052 0.293 4859 0.689 689 0.116 124 0.032 5 0.002 14 2.491 0.002 2.493
16970 A16970G|(ORF1ab_polyprotein:A16706G(H5569R)) 899 0.232 1478 0.233 1138 0.112 155 0.267 220 0.041 161 0.042 334 0.11 5990 0.253 162 0.265 155 0.572 1229 0.157 83 0.066 466 0.09 3 0.005 14 2.44 0.005 2.445
17958 C17958T|(ORF1ab_polyprotein:C17694T(C5898C)) 501 0.138 233 0.126 33 0.036 156 0.182 6 0.002 2 0.001 6 0.482 0.003 0.485
18146 A18146C|(ORF1ab_polyprotein:A17882C(E5961A)) 256 0.077 4 0.001 154 0.032 276 0.115 3 0.001 82 0.033 294 0.101 935 0.179 6 0.001 3 0.002 4 0.001 2 0.001 3 0.001 5 0.001 21 0.002 8 0.001 5 0.002 17 0.54 0.011 0.551
18424 A18424G|(ORF1ab_polyprotein:A18160G(N6054D)) 716 0.235 586 0.147 875 0.246 4011 0.382 534 0.521 197 0.064 66 0.034 315 0.125 1809 0.184 311 0.439 501 0.865 1459 0.257 193 0.051 2 0.001 3 0.001 12 0.003 2 0.001 17 3.55 0.006 3.556
18735 A18735G|(ORF1ab_polyprotein:A18471G(G6157G)) 440 0.204 431 0.151 894 0.281 2 0.001 780 0.286 43 0.019 69 0.046 141 0.092 1468 0.222 456 0.155 1657 0.364 4 0.001 491 0.147 119 0.132 610 0.151 2 0.003 4 0.002 4 0.001 7 0.001 5 0.002 16 0.001 11 0.002 8 0.003 37 0.003 3 0.002 6 0.002 26 2.252 0.022 2.274
20033 G20033A|(ORF1ab_polyprotein:G19769A(R6590H)) 17 0.037 26 0.037 10 0.013 273 0.691 158 0.408 10 0.02 20 0.051 49 0.042 84 0.095 204 0.547 3 0.004 10 0.039 3 0.004 2 0.001 2 0.001 15 1.984 0.006 1.99
20302 G20302A|(ORF1ab_polyprotein:G20038A(E6680K)) 362 0.082 3238 0.3 42 0.243 70 0.015 503 0.044 33 0.297 27 0.375 209 0.037 5 0.001 7 0.002 13 0.001 11 1.394 0.003 1.397
20407 T20407G|(ORF1ab_polyprotein:T20143G(F6715V)) 693 0.177 1093 0.167 1443 0.171 6611 0.51 79 0.457 229 0.035 495 0.082 589 0.102 3051 0.174 46 0.414 53 0.746 1554 0.166 129 0.055 325 0.038 2 0.004 2 0.01 16 3.294 0.014 3.308
21304 C21304T|(ORF1ab_polyprotein:C21040T(R7014C)) 208 0.084 165 0.041 433 0.083 593 0.255 736 0.497 73 0.017 87 0.026 234 0.063 771 0.065 340 0.24 1406 0.725 288 0.048 60 0.033 29 0.005 29 0.004 4 0.001 3 0.001 3 0.002 3 0.001 19 2.182 0.009 2.191
21614 C21614T|(surface_glycoprotein:C52T(L18F)) 77 0.018 723 0.315 22 0.158 37 0.009 21 0.006 21 0.006 34 0.003 46 0.529 6 0.462 83 0.012 4 0.001 11 1.506 0.013 1.519
21615 T21615C|(surface_glycoprotein:T53C(L18P)) 339 0.135 454 0.106 479 0.092 828 0.361 21 0.151 118 0.027 46 0.014 185 0.051 779 0.07 13 0.149 5 0.385 463 0.074 211 0.135 167 0.03 2 0.005 15 1.78 0.005 1.785
21618 C21618A|(surface_glycoprotein:C56A(T19K)) 718 0.313 22 0.158 21 0.006 34 0.003 45 0.517 6 0.462 3 0.001 7 1.459 0.001 1.46
21635 C21635T|(surface_glycoprotein:C73T(P25S)) 240 0.093 137 0.031 287 0.053 104 0.024 10 0.003 96 0.026 162 0.014 492 0.076 219 0.136 178 0.031 10 0.487 0 0.487
21657 RATG13 T21657C|(surface_glycoprotein:T95C(F32S)) 363 0.14 481 0.109 531 0.098 1590 0.679 30 0.229 124 0.028 46 0.014 214 0.058 877 0.077 58 0.69 11 0.846 6 0.001 502 0.078 225 0.14 176 0.03 8 0.002 16 3.217 0.002 3.219
21758 CATGCTATA21758-21766del|(surface_glycoprotein:196-204del(HAI66-68del)) 621 0.978 97 0.606 24 0.023 35 0.01 101 0.416 302 0.61 6 2.643 0 2.643
21761 G21761A|(surface_glycoprotein:G199A(A67T)) 268 0.238 242 0.168 429 0.204 55 0.344 55 0.047 25 0.028 166 0.157 586 0.161 129 0.531 176 0.356 234 0.098 142 0.327 140 0.07 5 0.003 3 0.002 2 0.001 16 2.729 0.006 2.735
linked 21765 TACATG21765-21770del|(surface_glycoprotein:ATACATGTC202-210ATCdel(IHV68-70Idel)) 291 0.258 239 0.166 489 0.233 54 0.338 57 0.049 25 0.028 164 0.155 585 0.161 127 0.523 176 0.356 1809 0.947 2205 0.924 428 0.986 1860 0.93 623 0.923 179 0.095 668 0.981 31 0.016 3885 0.913 196 0.834 1665 0.981 21 6.054 4.743 10.797
22009 C22009T|(surface_glycoprotein:C447T(N149N)) 2 0.003 2 0.002 16 0.13 70 0.405 4 0.002 100 0.45 123 0.403 2 0.001 2 0.001 4 0.003 10 1.395 0.005 1.4
22012 A22012T|(surface_glycoprotein:A450T(K150N)) 16 0.025 23 0.018 9 0.007 16 0.13 168 0.971 9 0.006 11 0.013 13 0.016 8 0.004 221 0.995 301 0.987 13 0.011 5 0.004 3 0.002 8 0.002 15 3.187 0.004 3.191
22104 G22104A|(surface_glycoprotein:G542A(G181E)) 14 0.019 20 0.014 10 0.007 16 0.13 24 0.828 8 0.005 11 0.012 37 0.041 39 0.016 12 1 24 0.96 2 0.001 16 0.012 25 0.017 5 0.001 26 0.015 2 0.002 17 3.062 0.018 3.08
22200 T22200A|(surface_glycoprotein:T638A(V213E)) 2 0.003 6 0.005 5 0.004 16 0.143 24 0.828 3 0.002 10 0.012 4 0.005 12 1 21 0.808 5 0.004 2 0.001 12 2.814 0.001 2.815
22254 T22254C|(surface_glycoprotein:T692C(I231T)) 3 0.002 23 0.793 12 1 19 0.792 4 2.587 0 2.587
22343 G22343A|(surface_glycoprotein:G781A(G261S)) 3 0.016 1103 0.631 2 0.023 3 0.014 742 0.358 2010 0.684 5 0.002 7 1.726 0.002 1.728
22673 T22673A|(surface_glycoprotein:TCC1111-1113AAC(S371N)) 774 0.336 975 0.267 332 0.115 1613 0.532 137 0.55 204 0.083 152 0.085 413 0.189 670 0.109 79 0.345 77 0.885 234 0.073 896 0.242 52 0.087 178 0.07 15 3.968 0 3.968
22674 C22674A|(surface_glycoprotein:TCC1111-1113AAC(S371N)) 774 0.336 975 0.267 332 0.115 1613 0.532 137 0.55 204 0.083 152 0.085 413 0.189 670 0.109 79 0.345 77 0.885 234 0.073 896 0.242 52 0.087 178 0.07 15 3.968 0 3.968
22712 C22712T|(surface_glycoprotein:C1150T(P384S)) 732 0.339 905 0.269 311 0.114 1538 0.539 143 0.574 188 0.083 136 0.085 379 0.188 629 0.109 81 0.354 79 0.919 223 0.075 838 0.246 50 0.089 173 0.074 3 0.004 4 0.01 4 0.024 18 4.057 0.038 4.095
22812 A22812C|(surface_glycoprotein:A1250C(K417T)) 130 0.271 75 0.089 77 0.51 7 0.002 2 0.002 4 0.004 3 0.005 7 0.87 0.013 0.883
22820 G22820A|(surface_glycoprotein:G1258A(D420N)) 2 0.007 125 0.269 69 0.084 68 0.482 2 0.002 5 0.842 0.002 0.844
22879 C22879T|(surface_glycoprotein:C1317T(N439N)) 2 0.004 126 0.92 2 0.924 0 0.924
22882 T22882G|(surface_glycoprotein:T1320G(N440K)) 31 0.193 123 0.898 2 0.005 2 0.003 4 1.091 0.008 1.099
22898 G22898A|(surface_glycoprotein:G1336A(G446S)) 31 0.193 108 0.9 2 0.002 3 1.093 0.002 1.095
linked 22992 G22992A|(surface_glycoprotein:G1430A(S477N)) 333 0.412 240 0.176 138 0.096 138 0.455 105 0.091 51 0.058 188 0.164 377 0.111 957 0.985 1414 0.978 311 1 999 0.975 385 0.946 138 0.127 389 0.892 3 0.001 1655 0.987 2 0.002 141 1 502 1 20 5.501 4.955 10.456
23010 T23010C|(surface_glycoprotein:T1448C(V483A)) 41 0.051 17 0.019 18 0.016 126 0.037 74 0.076 254 0.176 23 0.074 23 0.022 2 0.002 9 0.471 0.002 0.473
23012 GAA23012-23014del|(surface_glycoprotein:1450-1452del(E484del)) 231 0.286 153 0.112 138 0.096 88 0.077 30 0.034 157 0.137 250 0.074 7 0.816 0 0.816
23013 A23013T|(surface_glycoprotein:A1451T(E484V)) 60 0.074 4 0.003 5 0.003 139 0.459 18 0.02 16 0.014 4 0.001 73 0.075 258 0.178 23 0.074 23 0.022 11 0.923 0 0.923
23039 C23039A|(surface_glycoprotein:C1477A(Q493K)) 40 0.049 93 0.068 71 0.05 138 0.455 2 0.007 98 0.086 32 0.036 176 0.154 378 0.111 5 0.007 2 0.002 17 0.006 4 0.001 2 0.002 6 0.008 4 0.004 16 1.023 0.023 1.046
23049 G23049A|(surface_glycoprotein:G1487A(G496D)) 61 0.075 95 0.07 71 0.049 98 0.086 47 0.054 160 0.14 250 0.074 2 0.003 73 0.075 256 0.177 23 0.074 23 0.022 3 0.002 7 0.002 4 0.004 3 0.003 16 0.899 0.011 0.91
linked 23055 A23055G|(surface_glycoprotein:A1493G(Q498R)) 322 0.388 248 0.174 139 0.094 100 0.084 48 0.052 197 0.164 391 0.109 990 0.979 1473 0.97 323 0.997 1012 0.964 399 0.93 146 0.127 400 0.887 4 0.001 1714 0.979 145 0.993 525 0.994 18 4.975 4.911 9.886
23064 A23064C|(surface_glycoprotein:A1502C(N501T)) 301 0.417 162 0.128 145 0.116 145 0.575 3 0.011 101 0.093 50 0.06 201 0.186 396 0.118 14 0.019 77 0.076 266 0.174 25 0.076 24 0.023 5 0.003 20 0.007 5 0.002 9 0.002 5 0.005 5 0.007 10 0.011 3 0.005 22 2.072 0.042 2.114
ubiq 23403 Delta A23403G|(surface_glycoprotein:A1841G(D614G)) 3987 0.981 3408 0.98 8347 0.981 9222 0.98 1461 0.942 3085 0.982 3165 0.977 3554 0.957 15434 0.981 1449 0.934 783 0.905 5398 0.985 6966 0.976 1309 0.975 7070 0.979 1879 0.979 4637 0.981 1900 0.982 4270 0.979 4976 0.982 6015 0.983 473 0.979 4234 0.941 7237 0.982 8701 0.98 7001 0.984 3273 0.98 23787 0.982 1382 0.945 1602 0.915 2356 0.952 1371 0.931 722 0.977 3499 0.971 34 14.515 18.405 32.92
23793 G23793A|(surface_glycoprotein:G2231A(G744D)) 163 0.141 452 0.176 149 0.06 15 0.136 139 0.177 65 0.03 98 0.066 95 0.047 605 0.093 351 0.283 243 0.354 315 0.644 456 0.479 64 0.17 3 0.001 4 0.002 3 0.001 8 0.001 18 2.856 0.005 2.861
23904 23904-insertT|(surface_glycoprotein:2342insertT(781fs)) 65 0.013 127 0.018 980 0.435 96 0.023 276 0.018 46 0.011 6 0.507 0.011 0.518
24047 G24047T|(surface_glycoprotein:G2485T(A829S)) 439 0.194 537 0.192 1131 0.213 45 0.02 87 0.596 80 0.034 81 0.023 315 0.124 1939 0.187 12 0.143 32 0.8 11 0.002 567 0.132 4 0.004 336 0.067 3 0.002 19 0.005 6 0.004 9 0.004 11 0.002 11 0.002 3 0.004 17 0.003 13 0.002 13 0.003 7 0.003 34 0.002 11 0.004 28 2.731 0.04 2.771
25003 A25003G|(surface_glycoprotein:A3441G(S1147S)) 79 0.089 110 0.055 37 0.019 211 0.194 696 0.243 82 0.045 45 0.032 572 0.132 1079 0.308 2236 0.481 94 0.04 379 0.133 66 0.025 2 0.001 14 1.796 0.001 1.797
25169 C25169T|(surface_glycoprotein:C3607T(L1203F)) 349 0.088 630 0.172 713 0.095 247 0.252 137 0.032 169 0.041 1904 0.101 71 0.132 170 0.794 193 0.024 4 0.002 13 0.001 6 0.001 6 0.001 10 0.001 9 0.001 2 0.002 9 0.001 9 0.001 8 0.001 20 1.734 0.009 1.743
25254 C25254T|(surface_glycoprotein:C3692T(T1231I)) 337 0.085 295 0.08 691 0.091 3521 0.495 138 0.141 172 0.036 374 0.091 1345 0.071 14 0.026 18 0.085 8 0.001 139 0.074 286 0.028 3 0.001 12 0.002 3 0.003 9 0.001 8 0.001 31 0.001 2 0.002 2 0.003 8 0.001 22 1.304 0.015 1.319
25471 G25471C|(ORF3a_protein:G79C(D27H)) 86 0.055 455 0.155 155 0.069 87 0.041 56 0.028 98 0.047 54 0.028 588 0.062 759 0.217 1244 0.232 4 0.001 2 0.001 12 0.934 0.002 0.936
25487 C25487T|(ORF3a_protein:C95T(T32I)) 85 0.054 456 0.155 156 0.069 5 0.001 85 0.04 58 0.029 98 0.047 54 0.028 588 0.062 841 0.24 1563 0.292 4 0.001 5 0.001 7 0.002 3 0.001 6 0.002 5 0.001 8 0.003 2 0.001 19 1.018 0.011 1.029
25505 A25505T|(ORF3a_protein:A113T(Q38L)) 173 0.059 49 0.022 6 0.001 160 0.076 58 0.029 123 0.059 4 0.002 312 0.033 401 0.114 8 0.001 149 0.036 378 0.073 235 0.061 2 0.001 2 0.001 6 0.003 4 0.001 9 0.002 5 0.001 17 0.001 2 0.001 21 0.566 0.011 0.577
linked 25563 G25563T|(ORF3a_protein:G171T(Q57H)) 172 0.11 627 0.213 307 0.136 2144 0.507 1297 0.625 189 0.094 251 0.121 108 0.057 1502 0.159 1748 0.506 3738 0.709 173 0.041 391 0.075 2 0.003 250 0.065 11 0.008 17 0.005 6 0.003 24 0.011 14 0.004 14 0.006 24 0.007 26 0.005 62 0.017 19 0.005 310 0.018 28 0.009 27 0.011 107 0.009 16 0.008 13 0.006 31 3.421 0.132 3.553
25991 G25991A|(ORF3a_protein:G599A(C200Y)) 205 0.062 770 0.133 471 0.071 1452 0.549 38 0.184 212 0.049 176 0.043 259 0.064 714 0.054 18 0.096 23 0.411 90 0.012 1123 0.115 35 0.021 400 0.048 3 0.003 16 1.912 0.003 1.915
26115 A26115G|(ORF3a_protein:A723G(E241E)) 111 0.049 379 0.091 244 0.069 1261 0.589 37 0.356 140 0.05 158 0.056 135 0.049 521 0.055 27 0.149 25 0.543 100 0.02 926 0.131 256 0.05 2 0.001 15 2.257 0.001 2.258
26454 T26454A|(envelope_protein:T210A(V70V)) 10 0.002 651 0.491 411 0.413 9 0.002 8 0.001 5 0.906 0.003 0.909
26538 G26538A|(membrane_glycoprotein:G16A(G6S)) 200 0.168 2088 0.476 819 0.12 2514 0.414 238 0.066 132 0.041 555 0.219 1401 0.112 3 0.002 1476 0.578 411 0.348 5 0.002 12 2.544 0.002 2.546
26571 C26571T|(membrane_glycoprotein:C49T(L17F)) 86 0.017 1574 0.155 778 0.065 2408 0.355 161 0.018 57 0.007 395 0.051 375 0.012 18 0.014 2 0.002 1045 0.419 390 0.283 2 0.002 2 0.001 14 1.398 0.003 1.401
26729 T26729C|(membrane_glycoprotein:T207C(A69A)) 10 0.001 1074 0.96 2 0.002 2 0.001 6 0.002 5 0.002 12 0.001 3 0.002 8 0.964 0.007 0.971
linked 26767 Delta T26767C|(membrane_glycoprotein:T245C(I82T)) 4358 0.979 6456 0.954 6202 0.958 1101 0.984 652 0.96 6274 0.988 5699 0.98 5795 0.986 20869 0.98 1152 0.95 94 0.959 2 0.002 268 0.417 76 0.17 7215 0.985 7789 0.984 7521 0.989 8484 0.986 7 1 10398 0.975 286 0.345 18964 0.986 11628 0.986 8757 0.985 38231 0.986 3654 0.971 1954 0.974 7864 0.973 1406 0.973 2 0.006 2 0.002 31 11.097 14.276 25.373
26885 C26885T|(membrane_glycoprotein:C363T(N121N)) 10 0.007 1050 0.309 353 0.121 1323 0.36 332 0.243 5 1.04 0 1.04
27162 A27162G|(membrane_glycoprotein:A640G(S214G)) 57 0.013 216 0.031 71 0.009 7 0.002 1296 0.41 13 0.002 19 0.003 43 0.007 104 0.005 750 0.262 2751 0.742 36 0.005 7 0.002 13 1.491 0.002 1.493
27791 CTTTTTAGC27791-27799del|(ORF7b:TGCTTTTTAGCC34-45TGCdel(CFLA12-15Cdel)) 70 0.046 126 0.046 66 0.018 27 0.021 8 0.003 58 0.037 45 0.024 308 0.04 113 0.083 234 0.264 26 0.008 24 0.009 12 0.599 0 0.599
27964 C27964T|(ORF8_protein:C71T(S24L)) 166 0.078 675 0.22 170 0.048 282 0.406 269 0.558 89 0.038 132 0.046 85 0.042 696 0.098 249 0.291 320 0.79 380 0.135 40 0.081 249 0.124 6 0.002 3 0.001 6 0.002 10 0.003 5 0.002 2 0.002 2 0.002 21 2.955 0.014 2.969
28254 A28254-28254del|(ORF8_protein:361-361del(121fs)) 651 0.144 1683 0.2 1422 0.111 4240 0.482 1282 0.4 417 0.051 113 0.018 276 0.048 1577 0.076 1337 0.42 2997 0.633 1766 0.143 72 0.025 916 0.079 9 0.001 30 0.003 16 0.001 22 0.002 52 0.004 36 0.002 29 0.002 14 0.002 187 0.005 15 0.004 3 0.001 8 0.004 26 2.83 0.031 2.861
28472 C28472T|(nucleocapsid_phosphoprotein:C199T(P67S)) 304 0.095 1080 0.218 140 0.023 3488 0.53 291 0.468 232 0.063 196 0.065 177 0.049 1250 0.098 401 0.431 807 0.749 99 0.017 986 0.135 80 0.079 252 0.057 64 0.026 7 0.001 4 0.002 11 0.002 16 0.004 6 0.001 190 0.019 16 0.002 12 0.002 9 0.002 36 0.002 9 0.005 3 0.003 6 0.002 29 3.077 0.073 3.15
28869 C28869T|(nucleocapsid_phosphoprotein:C596T(P199L)) 887 0.125 2451 0.296 1686 0.128 9275 0.404 95 0.556 595 0.071 421 0.067 1454 0.194 4950 0.155 26 0.4 20 0.645 2936 0.199 1649 0.103 13 3.343 0 3.343
28985 G28985T|(nucleocapsid_phosphoprotein:G712T(G238C)) 356 0.115 1249 0.261 236 0.041 1812 0.467 72 0.562 307 0.079 189 0.068 325 0.079 1637 0.114 20 0.4 16 0.533 8 0.002 783 0.113 4 0.004 428 0.092 8 0.002 2 0.001 8 0.002 13 0.002 9 0.002 13 0.001 15 0.002 16 0.002 6 0.001 41 0.002 9 0.003 26 2.93 0.02 2.95
29311 C29311T|(nucleocapsid_phosphoprotein:C1038T(F346F)) 84 0.077 270 0.23 362 0.117 1923 0.271 424 0.384 34 0.031 52 0.063 149 0.137 57 0.015 752 0.448 1904 0.433 376 0.179 63 0.026 2 0.002 2 0.001 3 0.001 3 0.001 5 0.001 5 0.001 11 0.002 6 0.001 6 0.003 22 2.411 0.013 2.424
29406 A29406G|(nucleocapsid_phosphoprotein:A1133G(E378G)) 171 0.139 264 0.21 356 0.115 1911 0.243 35 0.032 50 0.06 149 0.124 55 0.013 372 0.177 63 0.026 2 0.001 3 0.002 2 0.022 13 1.139 0.025 1.164
29758 RATG13 T29758G 9 0.107 10 1 323 0.81 148 1 24 0.233 6 0.128 3 0.042 44 0.221 21 1 6 0.035 36 0.027 5 0.017 12 4.541 0.079 4.62