WI-1 - Complete Raw Mutation Data

Full TSV data with all sample columns and abundance information
← Back to Dashboard

Complete Mutations Data

This table shows the complete data from the mutations.tsv file exactly as it appears in the source. Scroll horizontally to see all columns.

Unnamed: 0 Unnamed: 1 Unnamed: 2 Unnamed: 3 SRR21019591 Unnamed: 5 SRR21019600 Unnamed: 7 SRR21019602 Unnamed: 9 SRR21019605 Unnamed: 11 SRR21019610 Unnamed: 13 SRR21019616 Unnamed: 15 SRR21019617 Unnamed: 17 SRR21019637 Unnamed: 19 SRR21019639 Unnamed: 21 SRR21019640 Unnamed: 23 SRR21019641 Unnamed: 25 SRR21019642 Unnamed: 27 SRR21019646 Unnamed: 29 SRR21019663 Unnamed: 31 SRR21019670 Unnamed: 33 SRR21019672 Unnamed: 35 SRR21019673 Unnamed: 37 SRR21019674 Unnamed: 39 SRR21019675 Unnamed: 41 SRR21019678 Unnamed: 43 SRR21907281 Unnamed: 45 SRR21907287 Unnamed: 47 SRR21907304 Unnamed: 49 SRR21907309 Unnamed: 51 SRR21907324 Unnamed: 53 SRR21907326 Unnamed: 55 SRR21907352 Unnamed: 57 SRR21907353 Unnamed: 59 SRR21907411 Unnamed: 61 SRR21907425 Unnamed: 63 SRR21907449 Unnamed: 65 SRR21907466 Unnamed: 67 SRR21907504 Unnamed: 69 SRR21907542 Unnamed: 71 SRR21907547 Unnamed: 73 SRR21907551 Unnamed: 75 SRR21907565 Unnamed: 77 SRR21907566 Unnamed: 79 SRR21907568 Unnamed: 81 SRR21907581 Unnamed: 83 SRR23121146 Unnamed: 85 SRR23121152 Unnamed: 87 SRR23121154 Unnamed: 89 SRR23121155 Unnamed: 91 SRR23121157 Unnamed: 93 SRR23121158 Unnamed: 95 SRR23121159 Unnamed: 97 SRR23121160 Unnamed: 99 SRR23121161 Unnamed: 101 SRR23121167 Unnamed: 103 SRR23121168 Unnamed: 105 SRR23121169 Unnamed: 107 SRR23121173 Unnamed: 109 SRR23121174 Unnamed: 111 SRR23275611 Unnamed: 113 SRR23275613 Unnamed: 115 SRR23275661 Unnamed: 117 SRR23275775 Unnamed: 119 SRR23275822 Unnamed: 121 SRR23275836 Unnamed: 123 SRR23934913 Unnamed: 125 SRR23934915 Unnamed: 127 SRR23934916 Unnamed: 129 SRR23934926 Unnamed: 131 SRR23934928 Unnamed: 133 SRR23934930 Unnamed: 135 SRR23934931 Unnamed: 137 SRR23934933 Unnamed: 139 SRR23934936 Unnamed: 141 SRR24958420 Unnamed: 143 SRR25548120 Unnamed: 145 SRR25756403 Unnamed: 147 SRR21907284 Unnamed: 149 SRR21907285 Unnamed: 151 SRR21907286 Unnamed: 153 SRR21907291 Unnamed: 155 SRR21907293 Unnamed: 157 SRR21907300 Unnamed: 159 SRR21907305 Unnamed: 161 SRR21907307 Unnamed: 163 SRR21907323 Unnamed: 165 SRR21907339 Unnamed: 167 SRR21907350 Unnamed: 169 SRR21907351 Unnamed: 171 SRR21907360 Unnamed: 173 SRR21907361 Unnamed: 175 SRR21907362 Unnamed: 177 SRR21907370 Unnamed: 179 SRR21907381 Unnamed: 181 SRR21907383 Unnamed: 183 SRR21907402 Unnamed: 185 SRR21907403 Unnamed: 187 SRR21907404 Unnamed: 189 SRR21907406 Unnamed: 191 SRR21907407 Unnamed: 193 SRR21907408 Unnamed: 195 SRR21907409 Unnamed: 197 SRR21907412 Unnamed: 199 SRR21907424 Unnamed: 201 SRR21907435 Unnamed: 203 SRR21907437 Unnamed: 205 SRR21907438 Unnamed: 207 SRR21907444 Unnamed: 209 SRR21907446 Unnamed: 211 SRR21907448 Unnamed: 213 SRR21907455 Unnamed: 215 SRR21907457 Unnamed: 217 SRR21907459 Unnamed: 219 SRR21907468 Unnamed: 221 SRR21907469 Unnamed: 223 SRR21907473 Unnamed: 225 SRR21907475 Unnamed: 227 SRR21907484 Unnamed: 229 SRR21907488 Unnamed: 231 SRR21907489 Unnamed: 233 SRR21907500 Unnamed: 235 SRR21907502 Unnamed: 237 SRR21907503 Unnamed: 239 SRR21907506 Unnamed: 241 SRR21907507 Unnamed: 243 SRR21907511 Unnamed: 245 SRR21907541 Unnamed: 247 SRR21907552 Unnamed: 249 SRR21907553 Unnamed: 251 SRR21907567 Unnamed: 253 SRR21907575 Unnamed: 255 SRR21907576 Unnamed: 257 SRR21907577 Unnamed: 259 SRR21907578 Unnamed: 261 SRR21907579 Unnamed: 263 SRR23275610 Unnamed: 265 SRR23275660 Unnamed: 267 SRR23275674 Unnamed: 269 SRR23275681 Unnamed: 271 SRR23275685 Unnamed: 273 SRR23275702 Unnamed: 275 SRR23275715 Unnamed: 277 SRR23275760 Unnamed: 279 SRR23275763 Unnamed: 281 SRR23275769 Unnamed: 283 SRR23275776 Unnamed: 285 SRR23275788 Unnamed: 287 SRR23275794 Unnamed: 289 SRR23275815 Unnamed: 291 SRR23275816 Unnamed: 293 SRR23275820 Unnamed: 295 SRR23275830 Unnamed: 297 SRR23275837 Unnamed: 299 SRR23275856 Unnamed: 301 SRR23934932 Unnamed: 303 SRR24958416 Unnamed: 305 SRR25548121 Unnamed: 307 SRR25756411 Unnamed: 309 Unnamed: 310 Unnamed: 311 Unnamed: 312 Unnamed: 313 Unnamed: 314 Key Unnamed: 316
('2022-04-28', '<') ('2022-04-21', '<') ('2022-04-21', '<') ('2022-06-20', '<') ('2022-06-13', '<') ('2022-06-09', '<') ('2022-05-23', '<') ('2022-05-12', '<') ('2022-05-05', '<') ('2022-05-05', '<') ('2022-04-29', '<') ('2022-04-29', '<') ('2022-04-28', '<') ('2022-07-14', '<') ('2022-07-03', '>') ('2022-06-27', '<') ('2022-04-19', '>') ('2022-04-18', '<') ('2022-04-14', '<') ('2022-04-07', '<') ('2022-04-19', '>') ('2022-04-07', '<') ('2022-08-29', '<') ('2022-08-29', '>') ('2022-07-18', '<') ('2022-07-18', '<') ('2022-06-13', '<') ('2022-06-13', '<') ('2022-07-18', '>') ('2022-06-09', '<') ('2022-04-28', '<') ('2022-09-29', '<') ('2022-05-09', '<') ('2022-07-25', '<') ('2022-07-22', '>') ('2022-07-24', '>') ('2022-07-04', '<') ('2022-06-20', '<') ('2022-06-20', '<') ('2022-04-14', '<') ('2022-08-29', '<') ('2022-07-25', '<') ('2022-12-15', '<') ('2022-12-11', '<') ('2022-12-01', '<') ('2022-11-17', '<') ('2022-11-10', '<') ('2022-10-27', '<') ('2022-10-20', '<') ('2022-10-06', '<') ('2022-09-12', '<') ('2022-09-29', '<') ('2022-09-05', '<') ('2022-07-18', '<') ('2022-11-10', '>') ('2022-09-12', '>') ('2022-10-06', '>') ('2022-10-19', '>') ('2022-11-17', '>') ('2022-10-11', '>') ('2022-08-29', '>') ('2022-07-24', '>') ('2022-07-22', '>') ('2022-11-10', '>') ('2022-11-17', '>') ('2022-10-19', '>') ('2022-10-11', '>') ('2022-09-12', '>') ('2022-10-06', '>') ('2023-05-30', '>') ('2023-07-25', '>') ('2023-08-01', '<') ('2022-04-07', '<') ('2022-04-07', '<') ('2022-04-07', '<') ('2022-09-22', '<') ('2022-09-22', '<') ('2022-09-12', '<') ('2022-08-29', '<') ('2022-08-27', '<') ('2022-07-18', '<') ('2022-06-18', '<') ('2022-06-20', '<') ('2022-06-13', '<') ('2022-06-13', '<') ('2022-06-09', '<') ('2022-06-09', '<') ('2022-03-28', '<') ('2022-09-13', '<') ('2022-09-12', '<') ('2022-08-16', '<') ('2022-07-26', '<') ('2022-07-26', '<') ('2022-07-26', '<') ('2022-07-25', '<') ('2022-08-16', '<') ('2022-07-18', '<') ('2022-07-25', '<') ('2022-07-14', '<') ('2022-05-17', '<') ('2022-05-07', '<') ('2022-05-05', '<') ('2022-04-19', '<') ('2022-04-28', '<') ('2022-04-28', '<') ('2022-04-18', '<') ('2022-04-14', '<') ('2022-04-14', '<') ('2022-09-29', '<') ('2022-09-27', '<') ('2022-09-27', '<') ('2022-08-30', '<') ('2022-08-16', '<') ('2022-08-29', '<') ('2022-07-04', '<') ('2022-06-29', '<') ('2022-06-27', '<') ('2022-05-07', '<') ('2022-05-03', '<') ('2022-05-05', '<') ('2022-05-03', '<') ('2022-07-25', '<') ('2022-07-18', '<') ('2022-07-19', '<') ('2022-06-20', '<') ('2022-06-14', '<') ('2022-06-16', '<') ('2022-06-16', '<') ('2022-04-18', '<') ('2022-04-14', '<') ('2022-11-10', '<') ('2022-12-15', '<') ('2022-12-01', '<') ('2022-11-10', '<') ('2022-10-27', '<') ('2022-10-06', '<') ('2022-12-12', '<') ('2022-09-05', '<') ('2022-10-24', '<') ('2022-10-18', '<') ('2022-10-19', '<') ('2022-10-06', '<') ('2022-10-06', '<') ('2022-11-17', '<') ('2022-11-17', '<') ('2022-11-17', '<') ('2022-10-11', '<') ('2022-10-11', '<') ('2022-11-10', '<') ('2022-09-29', '>') ('2023-05-30', '<') ('2023-07-25', '<') ('2023-08-01', '<') Cryptic Sewershed
Linked/Ubiquitous Position Flagged Sequences Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Count Abundance Total samples Positives Sum Negatives Sum Total Sum Non-Cryptic Sewershed
329 C329A|(ORF1ab_polyprotein:C64A(Q22K))|(ORF1a_polyprotein:C64A(Q22K)) 396 0.346 4095 0.344 63 0.009 505 0.04 259 0.025 148 0.011 495 0.105 6 0.024 180 0.383 834 0.253 2591 0.407 381 0.049 137 0.015 312 0.044 43 0.024 249 0.07 41 0.034 465 0.155 43 0.024 465 0.155 635 0.4 2000 0.061 80 0.006 1231 0.149 505 0.04 57 0.003 259 0.025 381 0.049 435 0.034 1459 0.176 484 0.03 39 0.003 20 0.002 49 0.008 16 0.004 63 0.009 41 0.034 630 0.398 484 0.03 113 0.022 29 0.009 400 0.044 1201 0.066 1041 0.109 159 0.034 2969 0.252 402 0.055 675 0.037 434 0.034 1059 0.063 80 0.006 89 0.01 229 0.013 63 0.007 1123 0.062 99 0.008 47 0.005 2000 0.061 20 0.002 39 0.003 89 0.01 99 0.008 1123 0.062 47 0.005 229 0.013 63 0.007 25 0.001 5 0.002 18 0.001 45 0.002 33 0.002 24 0.001 36 0.002 70 0.014 37 0.001 14 0.001 16 0.001 113 0.007 55 0.004 33 0.005 30 0.009 8 0.001 15 0.001 6 0.002 34 0.002 35 0.002 1 0.003 10 0.002 10 0.001 296 0.024 28 0.001 91 4.986 0.091 5.077
335 C335T|(ORF1ab_polyprotein:C70T(R24C))|(ORF1a_polyprotein:C70T(R24C)) 961 0.839 8918 0.748 276 0.958 351 0.049 419 0.033 872 0.085 2269 0.164 4371 0.929 245 0.988 331 0.704 2807 0.852 4719 0.742 1075 0.139 19 0.001 555 0.061 1926 0.274 31 0.018 573 0.161 56 0.046 1698 0.566 31 0.018 1698 0.566 449 0.283 747 0.023 37 0.002 358 0.027 1453 0.175 419 0.033 291 0.017 872 0.085 1075 0.139 1792 0.141 4570 0.553 470 0.029 33 0.002 514 0.039 325 0.053 212 0.053 351 0.049 56 0.046 444 0.28 468 0.029 167 0.033 13 0.004 2572 0.283 2955 0.162 1813 0.19 907 0.194 2271 0.193 2026 0.279 1150 0.064 1791 0.141 2999 0.178 358 0.027 227 0.026 863 0.05 60 0.007 1895 0.104 661 0.051 484 0.051 747 0.023 514 0.039 33 0.002 227 0.026 661 0.051 1895 0.104 484 0.051 863 0.05 60 0.007 1944 0.037 28 0.001 4 0.001 15 0.001 706 0.083 15 0.002 9 0.002 331 0.024 42 0.001 4 0.001 19 0.001 126 0.025 9 0.001 79 0.004 39 0.001 33 0.002 13 0.001 16 0.001 21 0.001 16 0.001 9 0.002 20 0.001 11 0.002 32 0.01 24 0.001 9 0.001 15 0.001 4 0.001 9 0.001 179 0.009 21 0.001 8 0.002 21 0.001 97 0.005 9 0.001 12 0.001 11 0.001 9 0.002 9 0.001 12 0.002 7 0.001 6 0.001 18 0.002 20 0.002 7 0.001 72 0.006 115 13.427 0.212 13.639
linked 344 C344T|(ORF1ab_polyprotein:C79T(L27F))|(ORF1a_polyprotein:C79T(L27F)) 362 0.316 4402 0.369 63 0.009 442 0.035 261 0.025 165 0.012 496 0.105 6 0.024 204 0.434 729 0.221 2877 0.452 216 0.028 138 0.015 312 0.044 64 0.036 287 0.081 45 0.037 554 0.185 64 0.036 554 0.185 626 0.394 1966 0.06 78 0.006 973 0.117 442 0.035 68 0.004 261 0.025 216 0.028 427 0.034 1464 0.177 419 0.026 29 0.002 17 0.001 53 0.009 18 0.004 63 0.009 45 0.037 621 0.392 419 0.026 112 0.022 27 0.009 383 0.042 1209 0.066 1043 0.109 193 0.041 2988 0.254 411 0.057 1292 0.071 426 0.034 1053 0.062 78 0.006 93 0.011 332 0.019 76 0.009 1112 0.061 106 0.008 46 0.005 1966 0.06 17 0.001 29 0.002 93 0.011 106 0.008 1112 0.061 46 0.005 332 0.019 76 0.009 1 0.001 10 0.001 9 0.002 42 0.003 125 0.039 136 0.009 8 0.001 72 0.015 16 0.001 30 0.009 11 0.001 17 0.001 5 0.001 31 0.01 9 0.001 6 0.001 7 0.001 16 0.002 299 0.024 85 5.097 0.123 5.22
linked 378 RATG13 T378C|(ORF1ab_polyprotein:T113C(V38A))|(ORF1a_polyprotein:T113C(V38A)) 773 0.675 7336 0.616 266 0.924 234 0.033 408 0.032 867 0.084 2029 0.146 3006 0.639 242 0.976 278 0.59 2364 0.718 3789 0.596 962 0.124 43 0.002 536 0.058 1156 0.165 33 0.019 538 0.151 22 0.018 1747 0.582 33 0.019 1747 0.582 596 0.375 549 0.017 62 0.003 355 0.027 1121 0.135 408 0.032 346 0.021 867 0.084 962 0.124 976 0.077 3035 0.367 547 0.033 73 0.005 213 0.016 333 0.054 74 0.018 234 0.033 22 0.018 594 0.375 542 0.033 228 0.045 17 0.006 1192 0.131 2895 0.158 1329 0.14 854 0.182 2595 0.22 2058 0.284 933 0.052 977 0.077 2237 0.132 355 0.027 140 0.016 896 0.052 49 0.006 1264 0.067 97 0.007 502 0.053 549 0.017 213 0.016 73 0.005 140 0.016 97 0.007 1264 0.067 502 0.053 896 0.052 49 0.006 161 0.003 2053 0.039 40 0.002 3 0.004 11 0.004 35 0.003 58 0.002 25 0.003 42 0.005 31 0.008 375 0.027 146 0.004 41 0.002 25 0.002 14 0.002 149 0.03 32 0.004 16 0.003 22 0.004 52 0.005 54 0.003 74 0.002 37 0.002 26 0.002 32 0.002 29 0.002 50 0.003 9 0.002 6 0.002 16 0.002 36 0.003 33 0.002 32 0.002 27 0.004 12 0.005 3 0.003 24 0.007 35 0.002 52 0.003 29 0.003 31 0.003 22 0.003 40 0.003 27 0.002 11 0.004 11 0.004 21 0.002 62 0.004 10 0.002 4 0.001 50 0.003 47 0.002 43 0.003 8 0.002 12 0.003 28 0.002 50 0.002 1 0.003 10 0.003 31 0.004 33 0.002 34 0.003 49 0.003 8 0.003 19 0.003 8 0.001 14 0.002 87 0.015 2 0.01 42 0.003 12 0.001 16 0.003 8 0.001 12 0.002 51 0.005 8 0.003 37 0.004 11 0.002 131 0.01 31 0.002 29 0.003 63 0.002 151 11.534 0.306 11.84
linked 394 T394C|(ORF1ab_polyprotein:T129C(R43R))|(ORF1a_polyprotein:T129C(R43R)) 272 0.219 2221 0.185 81 0.276 183 0.025 216 0.016 17 0.002 673 0.047 9 0.002 199 0.713 982 0.273 993 0.155 618 0.079 255 0.013 300 0.031 535 0.075 3 0.002 364 0.092 3 0.002 1538 0.504 3 0.002 1538 0.504 182 0.112 48 0.001 45 0.002 17 0.001 326 0.038 216 0.016 34 0.002 17 0.002 618 0.079 810 0.063 2616 0.309 39 0.002 22 0.001 188 0.014 10 0.002 5 0.001 183 0.025 3 0.002 188 0.114 75 0.004 155 0.03 22 0.002 1297 0.067 727 0.072 486 0.101 1908 0.109 2372 0.186 792 0.042 839 0.065 2027 0.117 31 0.002 16 0.002 29 0.002 20 0.002 73 0.003 27 0.002 22 0.002 48 0.001 188 0.014 22 0.001 16 0.002 27 0.002 73 0.003 22 0.002 29 0.002 20 0.002 429 0.009 103 0.002 19 0.001 1 0.003 3 0.004 4 0.001 13 0.001 26 0.001 17 0.002 15 0.002 7 0.001 16 0.001 58 0.001 5 0.002 29 0.002 12 0.002 5 0.001 18 0.002 7 0.001 12 0.002 38 0.004 33 0.002 57 0.002 29 0.002 17 0.001 41 0.003 29 0.002 29 0.002 34 0.012 10 0.001 15 0.001 18 0.001 19 0.001 19 0.003 3 0.001 4 0.003 11 0.003 30 0.001 16 0.002 21 0.002 19 0.002 35 0.002 19 0.002 15 0.002 24 0.002 7 0.002 32 0.002 29 0.001 32 0.002 7 0.002 36 0.002 160 0.008 1 0.003 7 0.002 21 0.003 19 0.001 22 0.002 26 0.002 17 0.002 8 0.001 3 0.01 50 0.003 17 0.002 8 0.001 8 0.002 36 0.003 10 0.003 32 0.004 14 0.003 29 0.002 283 0.018 23 0.002 32 0.001 140 4.854 0.177 5.031
434 G434A|(ORF1ab_polyprotein:G169A(E57K))|(ORF1a_polyprotein:G169A(E57K)) 331 0.183 2507 0.221 81 0.274 172 0.033 222 0.025 92 0.014 559 0.041 381 0.065 197 0.553 22 0.024 1088 0.233 1246 0.183 618 0.115 287 0.046 519 0.122 365 0.136 4 0.006 1463 0.502 1463 0.502 222 0.15 8 0.001 454 0.069 222 0.025 92 0.014 618 0.115 794 0.116 3066 0.443 168 0.028 54 0.014 35 0.015 172 0.033 4 0.006 228 0.15 190 0.069 1449 0.087 868 0.116 527 0.166 1924 0.129 2307 0.199 871 0.064 828 0.118 1993 0.224 10 0.002 8 0.001 51 0.002 9 0.001 168 0.028 51 0.002 9 0.001 8 0.001 525 0.019 41 0.005 8 0.001 2 0.001 1 0.005 36 0.004 1 0.005 46 0.003 4 0.001 11 0.002 9 0.001 61 5.686 0.028 5.71399999999999
485 T485A|(ORF1ab_polyprotein:T220A(S74T))|(ORF1a_polyprotein:T220A(S74T)) 137 0.076 221 0.019 51 0.01 320 0.037 302 0.045 92 0.007 163 0.027 112 0.115 299 0.066 510 0.073 104 0.019 11 0.001 17 0.003 183 0.04 20 0.007 6 0.002 6 0.002 396 0.324 1177 0.057 21 0.001 40 0.007 448 0.069 320 0.037 85 0.008 302 0.045 104 0.019 244 0.036 641 0.092 48 0.005 12 0.001 18 0.005 3 0.001 51 0.01 385 0.319 46 0.005 192 0.071 61 0.038 448 0.063 1518 0.097 531 0.077 213 0.07 4249 0.351 348 0.052 545 0.043 245 0.037 1828 0.217 42 0.007 129 0.022 174 0.016 220 0.044 1725 0.117 196 0.026 71 0.01 1177 0.057 12 0.001 129 0.022 196 0.026 1725 0.117 71 0.01 174 0.016 220 0.044 1 0.003 7 0.003 14 0.002 46 0.006 73 0.025 8 0.001 6 0.002 6 0.001 16 0.002 10 0.001 10 0.001 14 0.001 6 0.001 17 0.002 4 0.001 2 0.001 13 0.002 5 0.001 9 0.003 14 0.001 26 0.004 11 0.002 83 3.241 0.066 3.307
510 GTCATGTT510-517del|(ORF1ab_polyprotein:245-252del(82fs))|(ORF1a_polyprotein:245-252del(82fs)) 907 0.506 3707 0.32 163 0.032 539 0.062 415 0.062 131 0.01 1308 0.22 64 0.193 633 0.647 1739 0.383 3006 0.427 362 0.067 81 0.014 220 0.049 69 0.107 483 0.173 28 0.043 459 0.155 69 0.107 459 0.155 449 0.368 1202 0.058 97 0.016 1591 0.244 539 0.062 117 0.01 415 0.062 362 0.067 322 0.048 1849 0.265 182 0.021 23 0.002 71 0.019 163 0.032 28 0.043 432 0.359 184 0.021 193 0.071 62 0.039 405 0.057 1475 0.094 466 0.067 214 0.07 4495 0.371 444 0.066 740 0.058 323 0.048 1813 0.215 101 0.017 117 0.02 167 0.015 212 0.042 1694 0.115 184 0.024 60 0.009 1202 0.058 23 0.002 117 0.02 184 0.024 1694 0.115 60 0.009 167 0.015 212 0.042 34 0.004 84 0.028 40 0.027 258 0.033 67 7.112 0.092 7.204
519 T519-519del|(ORF1ab_polyprotein:254-254del(85fs))|(ORF1a_polyprotein:254-254del(85fs)) 893 0.498 3713 0.32 164 0.032 540 0.062 416 0.062 131 0.01 1309 0.22 65 0.196 635 0.649 1756 0.386 3006 0.427 362 0.067 81 0.014 220 0.049 69 0.105 486 0.171 28 0.042 461 0.155 69 0.105 461 0.155 449 0.368 1205 0.058 97 0.016 1593 0.244 540 0.062 117 0.01 416 0.062 362 0.067 322 0.048 1849 0.265 182 0.021 23 0.002 71 0.019 164 0.032 28 0.042 431 0.358 184 0.021 193 0.071 63 0.039 404 0.056 1480 0.094 522 0.075 215 0.071 4507 0.371 444 0.066 741 0.058 323 0.048 1820 0.216 101 0.017 118 0.02 167 0.015 213 0.043 1708 0.116 184 0.024 61 0.009 1205 0.058 23 0.002 118 0.02 184 0.024 1708 0.116 61 0.009 167 0.015 213 0.043 35 0.005 84 0.028 40 0.027 66 7.116 0.06 7.17599999999999
539 C539T|(ORF1ab_polyprotein:C274T(L92F))|(ORF1a_polyprotein:C274T(L92F)) 866 0.485 3147 0.273 165 0.032 541 0.063 417 0.062 144 0.011 1310 0.221 66 0.199 613 0.627 1754 0.387 2705 0.386 301 0.056 82 0.014 219 0.049 64 0.11 492 0.197 53 0.09 432 0.175 64 0.11 432 0.175 465 0.383 1519 0.074 97 0.016 1595 0.245 541 0.063 120 0.011 417 0.062 301 0.056 322 0.048 1859 0.268 182 0.021 24 0.003 70 0.019 165 0.032 53 0.09 451 0.377 183 0.021 194 0.072 61 0.038 440 0.062 1488 0.096 525 0.077 215 0.071 4514 0.373 448 0.067 570 0.045 323 0.048 1655 0.198 101 0.017 122 0.021 166 0.015 215 0.043 1703 0.116 186 0.025 58 0.009 1519 0.074 24 0.003 122 0.021 186 0.025 1703 0.116 58 0.009 166 0.015 215 0.043 10 0.002 36 0.005 85 0.029 33 0.026 67 7.21 0.062 7.272
linked 561 G561A|(ORF1ab_polyprotein:G296A(R99H))|(ORF1a_polyprotein:G296A(R99H)) 181 0.056 386 0.012 33 0.008 186 0.019 87 0.015 68 0.006 175 0.032 4 0.013 80 0.048 285 0.036 490 0.019 69 0.022 36 0.017 114 0.042 2 0.003 53 0.009 53 0.009 415 0.106 1230 0.083 33 0.007 260 0.029 186 0.019 32 0.005 87 0.015 69 0.022 319 0.077 218 0.023 75 0.022 15 0.007 33 0.008 2 0.003 402 0.103 74 0.022 191 0.047 62 0.038 440 0.128 1484 0.142 521 0.104 196 0.09 2241 0.211 233 0.072 518 0.058 318 0.077 1621 0.173 35 0.007 119 0.023 166 0.019 128 0.024 879 0.077 190 0.025 56 0.009 1230 0.083 119 0.023 190 0.025 879 0.077 56 0.009 166 0.019 128 0.024 1 0.008 7 0.002 38 0.007 10 0.004 4 0.001 20 0.002 2 0.002 2 0.001 4 0.002 4 0.001 2 0.001 2 0.001 1 0.002 3 0.001 4 0.002 73 2.501 0.037 2.538
573 C573T|(ORF1ab_polyprotein:C308T(T103I))|(ORF1a_polyprotein:C308T(T103I)) 138 0.044 165 0.005 38 0.016 8 0.002 1208 0.127 1582 0.267 201 0.017 751 0.139 84 0.27 291 0.178 329 0.042 1578 0.06 266 0.096 252 0.124 1098 0.283 595 0.041 15 0.001 8 0.002 1410 0.158 1208 0.127 342 0.051 1582 0.267 149 0.036 130 0.014 273 0.08 6 0.001 8 0.002 1092 0.282 273 0.08 197 0.049 19 0.012 313 0.091 1479 0.142 1917 0.386 154 0.071 1870 0.176 1381 0.425 962 0.108 149 0.036 166 0.018 7 0.001 107 0.021 619 0.072 512 0.045 10 0.001 628 0.105 595 0.041 6 0.001 107 0.021 10 0.001 512 0.045 628 0.105 619 0.072 26 0.002 6 0.001 5 0.003 8 0.002 31 0.011 4 0.002 12 0.001 6 0.001 3 0.001 2 0.001 11 0.002 13 0.004 6 0.001 11 0.001 278 0.064 6 0.002 7 0.001 10 0.003 7 0.003 5 0.002 73 4.859 0.106 4.965
632 C632T|(ORF1ab_polyprotein:C367T(L123F))|(ORF1a_polyprotein:C367T(L123F)) 2015 0.639 25464 0.828 2285 0.969 100 0.023 5470 0.569 3537 0.591 3971 0.322 2954 0.548 224 0.72 891 0.548 5558 0.715 22121 0.846 746 0.238 412 0.047 284 0.095 192 0.089 229 0.421 1492 0.529 23 0.027 4247 0.688 229 0.421 4247 0.688 2306 0.584 547 0.036 297 0.025 3795 0.421 5470 0.569 336 0.049 3537 0.591 746 0.238 771 0.186 5002 0.516 533 0.152 35 0.006 255 0.042 71 0.032 100 0.023 23 0.027 2302 0.577 534 0.147 65 0.016 79 0.048 171 0.049 1113 0.103 1776 0.352 199 0.09 4381 0.321 1357 0.304 1130 0.123 771 0.185 1400 0.147 570 0.106 615 0.069 4891 0.309 953 0.123 666 0.107 547 0.036 255 0.042 35 0.006 570 0.106 953 0.123 4891 0.309 666 0.107 615 0.069 7 0.002 3 0.002 561 0.2 3 0.001 4 0.001 2 0.002 61 0.035 309 0.043 3 0.001 3 0.001 741 0.072 75 18.034 0.358 18.392
733 T733A|(ORF1ab_polyprotein:T468A(D156E))|(ORF1a_polyprotein:T468A(D156E)) 727 0.861 7206 0.926 471 0.899 1008 0.113 667 0.555 86 0.956 158 0.601 1458 0.83 3987 0.901 128 0.075 52 0.08 2 0.002 4 0.001 128 0.075 2 0.002 36 0.012 200 0.086 5 0.001 5 0.001 2 0.001 2 0.001 1 0.002 1 0.004 4 0.001 3 0.001 13 0.001 26 6.977 0.011 6.988
764 A764G|(ORF1ab_polyprotein:A499G(S167G))|(ORF1a_polyprotein:A499G(S167G)) 52 0.456 283 0.509 4 0.001 117 0.038 33 0.023 16 0.002 415 0.777 3 0.75 63 0.6 150 0.505 170 0.515 20 0.013 16 0.012 4 0.003 4 0.003 2 0.002 63 0.006 11 0.001 6 0.001 117 0.038 7 0.001 33 0.023 20 0.013 192 0.086 28 0.006 11 0.002 19 0.011 38 0.043 4 0.001 1 0.002 2 0.002 21 0.006 14 0.01 33 0.012 185 0.024 123 0.058 52 0.032 78 0.022 83 0.012 6 0.001 30 0.007 8 0.001 8 0.002 5 0.001 63 0.006 11 0.002 28 0.006 30 0.007 5 0.001 8 0.001 8 0.002 4 0.001 7 0.001 23 0.001 7 0.002 4 0.002 3 0.001 7 0.002 5 0.001 13 0.001 9 0.002 9 0.001 55 0.03 5 0.001 5 0.001 5 0.001 9 0.002 2 0.001 8 0.001 1 0.002 9 0.001 11 0.002 3 0.002 3 0.001 8 0.001 5 0.002 2 0.004 3 0.001 3 0.001 10 0.001 80 4.658 0.07 4.728
2258 G2258A|(ORF1ab_polyprotein:G1993A(V665I))|(ORF1a_polyprotein:G1993A(V665I)) 2974 0.916 22694 0.975 4312 0.939 938 0.111 6601 0.264 3743 0.185 24878 0.157 9667 0.899 911 0.983 1931 0.982 7708 0.979 22147 0.985 981 0.062 836 0.046 1537 0.401 4711 0.751 4711 0.751 557 0.455 8621 0.11 2098 0.279 6601 0.264 3743 0.185 981 0.062 869 0.067 9362 0.597 3755 0.112 19 0.001 1199 0.088 452 0.112 938 0.111 1 0.001 531 0.45 3935 0.113 36 0.003 369 0.061 1505 0.061 7708 0.204 3168 0.23 1703 0.148 14060 0.295 6801 0.354 6093 0.139 855 0.066 38 0.001 6833 0.143 4621 0.172 8621 0.11 19 0.001 6833 0.143 4621 0.172 38 0.001 6507 0.086 2 0.001 35 0.003 73 0.005 16 0.001 11 0.001 14 0.002 22 0.002 5 0.001 81 0.001 31 0.001 26 0.001 9 0.001 2 0.001 11 0.001 27 0.001 3199 0.078 68 15.783 0.101 15.884
2445 C2445T|(ORF1ab_polyprotein:C2180T(T727I))|(ORF1a_polyprotein:C2180T(T727I)) 291 0.272 5334 0.526 1256 0.562 778 0.085 960 0.096 1685 0.045 5284 0.648 312 0.562 288 0.484 1933 0.47 5352 0.587 529 0.104 379 0.123 249 0.095 326 0.43 6 0.001 220 0.053 778 0.085 960 0.096 529 0.104 94 0.01 85 0.014 869 0.072 32 0.002 388 0.137 325 0.429 868 0.072 14 0.003 214 0.028 1934 0.159 929 0.104 1371 0.226 5219 0.373 1983 0.207 94 0.01 8 0.009 6 0.001 28 0.005 20 0.002 2531 0.119 91 0.01 32 0.002 28 0.005 2531 0.119 91 0.01 20 0.002 4 0.001 5 0.001 28 0.002 11 0.001 11 0.001 2 0.001 1 0.002 3 0.001 6 0.001 363 0.073 23 0.001 6 0.001 51 0.002 59 7.559 0.087 7.646
2706 C2706T|(ORF1ab_polyprotein:C2441T(T814I))|(ORF1a_polyprotein:C2441T(T814I)) 767 0.635 2506 0.377 238 0.394 75 0.024 648 0.099 9 0.002 1443 0.087 1030 0.159 159 0.828 173 0.66 1219 0.498 4163 0.544 19 0.002 336 0.147 236 0.457 641 0.188 236 0.457 286 0.21 648 0.099 9 0.002 827 0.103 2667 0.643 11 0.002 23 0.002 7 0.001 236 0.106 40 0.081 75 0.024 1 0.002 9 0.002 6 0.002 2 0.001 135 0.035 107 0.024 291 0.128 199 0.026 826 0.103 25 0.009 8 0.002 716 0.09 729 0.089 7 0.001 23 0.002 25 0.009 729 0.089 716 0.09 8 0.002 11 0.001 55 0.002 1 0.001 8 0.001 4 0.003 25 0.001 14 0.004 3 0.001 4 0.002 6 0.001 17 0.002 5 0.001 5 0.002 8 0.001 7 0.002 2 0.001 14 0.002 22 0.007 3 0.001 6 0.001 3 0.001 5 0.001 1 0.008 11 0.003 26 0.003 12 0.001 10 0.001 70 0.018 75 7.54 0.07 7.61
2824 T2824C|(ORF1ab_polyprotein:T2559C(L853L))|(ORF1a_polyprotein:T2559C(L853L)) 453 0.388 753 0.131 79 0.13 3 0.001 662 0.105 18 0.003 422 0.025 37 0.007 143 0.812 91 0.404 354 0.168 1713 0.237 4 0.002 241 0.543 4 0.001 241 0.543 4 0.001 17 0.001 7 0.001 32 0.032 662 0.105 12 0.002 18 0.003 11 0.002 9 0.002 204 0.119 1 0.002 3 0.001 1 0.002 8 0.002 2 0.001 19 0.002 9 0.002 222 0.031 11 0.002 4 0.002 3 0.001 9 0.001 8 0.002 740 0.097 169 0.022 5 0.001 17 0.001 9 0.002 3 0.001 169 0.022 740 0.097 5 0.001 9 0.001 8 0.002 2 0.003 4 0.002 2 0.001 3 0.001 8 0.002 34 0.03 4 0.001 12 0.002 11 0.001 1 0.001 1 0.003 3 0.001 13 0.002 2 0.002 31 0.002 2 0.001 6 0.001 7 0.001 4 0.001 6 0.002 3 0.001 2 0.001 19 0.003 5 0.002 1 0.001 6 0.001 7 0.001 4 0.002 6 0.001 8 0.001 5 0.001 17 0.002 2 0.005 11 0.001 84 4.066 0.083 4.149
2825 A2825G|(ORF1ab_polyprotein:A2560G(N854D))|(ORF1a_polyprotein:A2560G(N854D)) 265 0.227 1881 0.327 102 0.168 163 0.064 1134 0.18 1074 0.064 1888 0.365 33 0.188 9 0.04 852 0.403 1959 0.271 8 0.002 11 0.001 4 0.002 773 0.231 1915 0.576 1915 0.576 6 0.012 24 0.001 1134 0.18 8 0.001 8 0.002 2311 0.632 6 0.001 11 0.001 7 0.001 4 0.002 1 0.002 163 0.064 6 0.012 6 0.001 6 0.004 390 0.123 5740 0.617 809 0.193 4 0.002 34 0.005 48 0.003 280 0.109 1028 0.135 24 0.001 7 0.001 11 0.001 280 0.109 1028 0.135 67 0.008 3 0.002 2 0.003 3 0.001 3 0.001 6 0.001 9 0.001 8 0.001 4 0.001 4 0.001 6 0.001 4 0.002 3 0.004 1 0.003 11 0.002 5 0.001 5 0.001 4 0.003 5 0.001 12 0.002 8 0.002 6 0.001 3 0.001 3 0.001 1 0.002 7 0.001 7 0.001 10 0.001 2 0.005 74 6.043 0.047 6.09
ubiq 3037 RATG13,Delta C3037T|(ORF1ab_polyprotein:C2772T(F924F))|(ORF1a_polyprotein:C2772T(F924F)) 221 0.995 1499 0.994 516 0.992 3365 0.995 7271 0.989 5284 0.945 19561 0.976 77 0.975 8 1 73 1 1466 0.994 2388 0.99 4440 0.993 7678 0.99 5687 0.991 2614 0.99 1111 0.861 1924 0.855 821 0.872 2279 0.962 1111 0.861 2279 0.962 319 0.991 6456 0.989 6163 0.99 5453 0.989 3018 0.997 7271 0.989 7819 0.989 5284 0.945 4440 0.993 8473 0.991 5062 0.992 5395 0.974 12792 0.991 5704 0.991 3579 0.986 998 0.991 3365 0.995 821 0.872 317 0.991 5602 0.974 3998 0.991 2284 0.99 6264 0.968 10920 0.991 3146 0.993 2402 0.99 15174 0.985 11463 0.988 30651 0.989 8469 0.991 2354 0.991 5427 0.988 5103 0.991 5115 0.993 6523 0.994 6631 0.985 7903 0.992 3253 0.992 6456 0.989 5704 0.991 12792 0.991 5103 0.991 7903 0.992 6631 0.985 3253 0.992 5115 0.993 6523 0.994 23545 0.988 29612 0.993 6793 0.991 3008 0.966 2835 0.957 4342 0.989 4200 0.992 5053 0.984 10629 0.99 6328 0.991 7333 0.991 23351 0.989 1827 0.99 5430 0.994 3665 0.993 8364 0.99 2641 0.994 1885 0.995 5903 0.992 4169 0.994 6044 0.989 7333 0.985 13332 0.991 4747 0.994 9332 0.977 4225 0.992 5501 0.989 3127 0.993 2436 0.955 1099 0.996 3524 0.991 8961 0.989 10130 0.991 9551 0.993 3999 0.991 519 0.852 1353 0.859 1913 0.856 10706 0.992 7055 0.993 12480 0.993 7136 0.993 885 0.993 6451 0.99 8324 0.993 2115 0.988 1830 0.99 3960 0.99 6416 0.991 2033 0.974 2095 0.991 8694 0.992 6303 0.987 7391 0.99 3300 0.988 3474 0.993 7997 0.992 4026 0.994 184 0.885 1585 0.859 5124 0.989 14774 0.99 5845 0.993 4208 0.988 3997 0.988 9415 0.983 4114 0.99 6228 0.993 2216 0.99 472 0.99 8637 0.992 1068 0.994 23645 0.992 10453 0.993 6926 0.991 15775 0.993 7692 0.989 2650 0.989 1284 0.991 13319 0.991 4738 0.986 4974 0.993 23290 0.995 152 70.494 78.508 149.002
3967 T3967C|(ORF1ab_polyprotein:T3702C(A1234A))|(ORF1a_polyprotein:T3702C(A1234A)) 474 0.977 3749 0.996 176 0.088 229 0.14 25 0.012 107 0.217 3115 0.987 161 0.982 225 0.966 1719 0.978 3372 0.993 72 0.034 10 0.003 72 0.037 201 0.13 73 0.116 87 0.083 87 0.083 2 0.006 783 0.117 8 0.002 11 0.004 480 0.153 229 0.14 171 0.058 25 0.012 72 0.034 9 0.002 1502 0.53 11 0.004 7 0.002 3 0.001 4 0.004 233 0.228 176 0.088 1 0.003 11 0.004 11 0.007 18 0.019 372 0.155 927 0.291 702 0.293 91 0.071 63 0.015 1466 0.236 252 0.045 9 0.002 253 0.146 11 0.004 94 0.04 288 0.041 18 0.003 745 0.076 284 0.088 72 0.036 783 0.117 3 0.001 7 0.002 94 0.04 284 0.088 745 0.076 72 0.036 288 0.041 18 0.003 19 0.002 28 0.002 17 0.003 6 0.004 13 0.001 12 0.003 5 0.002 6 0.003 9 0.004 5 0.002 47 0.002 7 0.003 8 0.004 14 0.003 2 0.002 3 0.002 7 0.004 7 0.002 8 0.003 11 0.003 9 0.003 9 0.002 4 0.001 7 0.003 3 0.001 18 0.023 1 0.002 7 0.001 4 0.001 6 0.002 2 0.001 6 0.002 11 0.002 11 0.002 6 0.003 4 0.002 35 0.004 11 0.003 1 0.001 4 0.002 10 0.002 13 0.002 5 0.002 8 0.003 7 0.002 8 0.002 6 0.002 6 0.004 13 0.002 7 0.003 1 0.008 3 0.003 13 0.002 6 0.002 2 0.001 7 0.001 5 0.002 6 0.003 26 0.002 31 0.005 20 0.004 8 0.002 9 0.003 3 0.001 2 0.002 4 0.002 10 0.002 10 0.003 3 0.002 20 0.002 134 11.193 0.184 11.3769999999999
4181 G4181A|(ORF1ab_polyprotein:G3916A(A1306T))|(ORF1a_polyprotein:G3916A(A1306T)) 847 0.704 4308 0.673 371 0.631 169 0.095 621 0.143 47 0.014 1102 0.406 4904 0.971 353 0.994 576 0.911 3026 0.712 4058 0.65 30 0.013 80 0.025 292 0.144 98 0.063 268 0.968 580 0.415 580 0.415 120 0.118 2199 0.227 192 0.052 843 0.353 621 0.143 179 0.044 47 0.014 30 0.013 5 0.001 176 0.045 989 0.166 6 0.002 78 0.041 169 0.095 268 0.968 119 0.117 990 0.166 126 0.054 1336 0.289 1600 0.236 606 0.191 804 0.294 2378 0.421 1937 0.247 7 0.001 5 0.001 8 0.002 192 0.052 71 0.023 447 0.079 1286 0.134 11 0.002 1352 0.195 7 0.002 2199 0.227 6 0.002 71 0.023 1352 0.195 11 0.002 7 0.002 447 0.079 1286 0.134 2 0.001 1 0.001 3 0.001 6 0.003 6 0.001 3 0.003 52 0.002 4 0.001 8 0.002 5 0.002 4 0.001 8 0.005 1 0.001 9 0.006 27 0.007 45 0.014 2 0.001 6 0.001 7 0.002 6 0.002 8 0.004 4 0.001 4 0.001 5 0.001 6 0.002 2 0.001 5 0.003 3 0.002 5 0.001 10 0.001 10 0.001 4 0.002 5 0.001 3 0.001 10 0.001 96 14.399 0.08 14.479
4369 T4369A|(ORF1ab_polyprotein:T4104A(L1368L))|(ORF1a_polyprotein:T4104A(L1368L)) 95 0.444 974 0.587 120 0.446 217 0.188 395 0.244 319 0.889 12 0.194 57 0.41 279 0.364 440 0.403 7 0.007 81 0.035 2 0.009 8 0.002 13 0.01 51 0.042 217 0.188 7 0.007 2 0.001 1 0.005 2 0.001 393 0.235 4 0.002 82 0.089 115 0.254 483 0.085 14 0.011 61 0.05 8 0.002 61 0.05 2 0.001 1 0.001 3 0.002 1 0.001 8 0.002 2 0.003 1 0.001 1 0.001 14 0.003 4 0.002 1 0.002 41 5.254 0.019 5.273
4864 A4864G|(ORF1ab_polyprotein:A4599G(K1533K))|(ORF1a_polyprotein:A4599G(K1533K)) 160 0.473 1953 0.625 97 0.713 69 0.075 100 0.072 168 0.564 537 0.532 55 0.948 152 0.559 707 0.557 1273 0.499 34 0.062 129 0.084 2 0.002 7 0.019 7 0.019 331 0.089 7 0.002 2 0.002 55 0.066 69 0.075 3 0.002 100 0.072 34 0.062 5 0.002 9 0.004 209 0.101 17 0.007 76 0.031 8 0.013 79 0.128 1 0.001 209 0.101 227 0.33 34 0.072 431 0.288 195 0.066 117 0.081 95 0.192 1101 0.455 133 0.061 129 0.038 5 0.002 24 0.01 2 0.002 3 0.002 7 0.003 2 0.002 446 0.198 2 0.002 1 0.002 331 0.089 76 0.031 17 0.007 3 0.002 2 0.002 446 0.198 1 0.002 7 0.003 2 0.002 7 0.002 611 0.049 5 0.002 4 0.004 8 0.002 1 0.001 2 0.004 5 0.003 9 0.001 3 0.002 11 0.003 2 0.002 3 0.004 2 0.002 2 0.001 3 0.002 7 0.003 5 0.001 2 0.001 3 0.002 1 0.003 1 0.001 6 0.003 5 0.004 1 0.003 5 0.003 3 0.004 1 0.001 16 0.003 3 0.002 2 0.005 3 0.002 6 0.004 5 0.002 1 0.002 3 0.002 6 0.004 4 0.002 4 0.004 4 0.004 3 0.002 1 0.004 2 0.007 4 0.002 6 0.005 5 0.005 4 0.005 3 0.001 4 0.002 2 0.002 3 0.002 10 0.003 11 0.003 3 0.001 2 0.002 1 0.002 4 0.002 3 0.002 1 0.001 1 0.004 5 0.002 7 0.001 2 0.002 13 0.002 124 8.756 0.16 8.916
4865 A4865T|(ORF1ab_polyprotein:A4600T(S1534C))|(ORF1a_polyprotein:A4600T(S1534C)) 160 0.473 1943 0.622 97 0.713 68 0.073 99 0.072 170 0.57 536 0.531 55 0.948 152 0.559 707 0.557 1275 0.5 34 0.062 126 0.082 7 0.019 7 0.019 321 0.087 53 0.064 68 0.073 99 0.072 34 0.062 7 0.003 203 0.098 13 0.006 74 0.03 77 0.125 1 0.001 203 0.098 226 0.329 33 0.069 429 0.287 189 0.064 119 0.082 94 0.19 1107 0.458 128 0.059 122 0.036 1 0.001 439 0.195 321 0.087 74 0.03 13 0.006 439 0.195 1 0.001 585 0.047 1 0.001 1 0.002 5 0.002 1 0.001 48 8.655 0.006 8.661
4868 G4868A|(ORF1ab_polyprotein:G4603A(V1535I))|(ORF1a_polyprotein:G4603A(V1535I)) 158 0.467 1948 0.624 97 0.713 2 0.002 69 0.075 101 0.073 170 0.57 526 0.521 55 0.948 152 0.559 707 0.557 1277 0.501 35 0.064 128 0.084 2 0.016 7 0.019 2 0.016 7 0.019 320 0.086 57 0.069 69 0.075 101 0.073 35 0.064 13 0.006 208 0.101 14 0.006 75 0.03 16 0.026 76 0.123 2 0.002 208 0.101 225 0.328 33 0.069 432 0.289 189 0.064 118 0.081 94 0.19 1110 0.459 131 0.06 126 0.037 446 0.198 320 0.086 75 0.03 14 0.006 446 0.198 595 0.048 1 0.001 6 0.001 1 0.001 2 0.004 1 0.001 1 0.001 2 0.001 1 0.001 56 0.052 2 0.001 2 0.001 2 0.001 3 0.002 4 0.002 8 0.009 2 0.001 1 0.003 1 0.001 9 0.005 11 0.007 29 0.013 4 0.008 4 0.002 3 0.002 6 0.002 3 0.002 3 0.002 2 0.002 74 8.733 0.129 8.862
5602 T5602A|(ORF1ab_polyprotein:T5337A(F1779L))|(ORF1a_polyprotein:T5337A(F1779L)) 116 0.309 923 0.176 104 0.24 132 0.105 72 0.03 353 0.182 1582 0.283 72 0.031 80 0.045 72 0.124 45 0.215 60 0.081 60 0.081 193 0.561 166 0.022 50 0.046 132 0.105 72 0.031 285 0.046 1778 0.621 270 0.086 45 0.215 190 0.56 270 0.085 248 0.147 254 0.097 880 0.167 260 0.159 116 0.084 1297 0.305 652 0.124 274 0.065 285 0.046 143 0.072 92 0.026 166 0.022 143 0.072 92 0.026 1 0.001 21 0.012 2 0.002 1 0.001 1 0.002 5 0.003 29 0.027 6 0.001 46 5.692 0.049 5.741
5648 RATG13 A5648C|(ORF1ab_polyprotein:A5383C(K1795Q))|(ORF1a_polyprotein:A5383C(K1795Q)) 110 1 1071 0.997 51 0.136 149 0.436 516 0.994 28 0.583 48 0.738 617 0.997 873 0.998 108 0.249 26 0.058 71 0.157 44 0.898 61 0.968 61 0.968 34 0.276 268 0.163 89 0.109 86 0.081 14 0.049 51 0.136 108 0.249 113 0.074 458 0.556 23 0.03 49 0.056 19 0.085 44 0.898 33 0.28 27 0.033 93 0.182 25 0.074 162 0.136 35 0.073 45 0.162 876 0.502 640 0.222 154 0.183 112 0.072 202 0.343 88 0.083 66 0.108 87 0.075 268 0.163 49 0.056 87 0.075 66 0.108 1 0.002 1 0.002 1 0.003 1 0.001 1 0.003 52 15.871 0.009 15.88
6063 ATA6063-6065del|(ORF1ab_polyprotein:GATAAT5797-5802GATdel(DN1933-1934Ddel))|(ORF1a_polyprotein:GATAAT5797-5802GATdel(DN1933-1934Ddel)) 174 0.27 2678 0.23 315 0.245 560 0.202 461 0.282 56 0.165 411 0.211 3151 0.338 32 0.051 21 0.064 875 0.744 817 0.393 817 0.393 216 0.23 603 0.569 560 0.202 32 0.051 248 0.18 248 0.171 216 0.23 20 5.221 0 5.221
linked 6080 G6080A|(ORF1ab_polyprotein:G5815A(D1939N))|(ORF1a_polyprotein:G5815A(D1939N)) 1950 0.89 24223 0.881 2218 0.873 101 0.137 5627 0.938 3569 0.733 3511 0.84 3056 0.768 222 0.801 918 0.86 5091 0.813 20437 0.865 753 0.571 247 0.196 285 0.383 195 0.337 1525 0.816 29 0.319 4300 0.905 4300 0.905 2477 0.944 549 0.332 298 0.084 3 0.003 3824 0.864 5627 0.938 335 0.203 3569 0.733 753 0.571 823 0.273 1043 0.163 327 0.187 31 0.022 260 0.235 70 0.104 101 0.137 29 0.319 2477 0.945 327 0.187 67 0.117 84 0.237 187 0.117 1141 0.341 1607 0.728 214 0.432 4426 0.68 1326 0.368 1139 0.507 823 0.273 1416 0.615 3 0.003 530 0.392 569 0.199 4909 0.814 935 0.461 655 0.495 549 0.332 260 0.235 31 0.022 530 0.392 935 0.461 4909 0.814 655 0.495 569 0.199 4 0.001 3 0.001 1 0.003 1 0.001 561 0.474 1 0.001 2 0.002 4 0.002 1 0.001 1 0.004 65 0.184 2 0.001 1 0.003 2 0.001 303 0.294 1 0.001 1 0.002 1 0.001 789 0.253 1 0.001 84 30.806 1.22899999999999 32.035
linked 6120 C6120T|(ORF1ab_polyprotein:C5855T(S1952L))|(ORF1a_polyprotein:C5855T(S1952L)) 1978 0.903 25897 0.941 2385 0.939 100 0.135 5617 0.936 3592 0.738 3759 0.899 3076 0.773 222 0.801 942 0.882 5609 0.895 22422 0.949 757 0.574 242 0.193 289 0.388 199 0.344 236 0.479 1462 0.781 33 0.363 4307 0.906 236 0.479 4307 0.906 2483 0.946 555 0.336 297 0.083 3839 0.867 5617 0.936 331 0.2 3592 0.738 757 0.574 827 0.274 5108 0.796 578 0.33 33 0.023 263 0.238 70 0.104 100 0.135 33 0.363 2482 0.946 578 0.33 69 0.119 18 0.051 189 0.118 1141 0.341 1588 0.72 217 0.438 4177 0.641 1228 0.341 1153 0.513 827 0.274 1417 0.616 1 0.001 535 0.395 570 0.199 2 0.002 4921 0.816 937 0.462 650 0.491 555 0.336 263 0.238 33 0.023 535 0.395 937 0.462 4921 0.816 650 0.491 570 0.199 2 0.002 1 0.003 1 0.001 1 0.001 1 0.003 1 0.002 557 0.471 1 0.001 1 0.002 2 0.002 3 0.001 1 0.001 1 0.001 66 0.186 3 0.002 2 0.001 5 0.011 1 0.003 306 0.297 1 0.001 1 0.001 2 0.002 3 0.002 16 0.023 3 0.002 1 0.002 3 0.001 1 0.001 3 0.002 1 0.004 785 0.251 4 0.002 98 32.923 1.283 34.206
linked 6135 T6135C|(ORF1ab_polyprotein:T5870C(V1957A))|(ORF1a_polyprotein:T5870C(V1957A)) 2048 0.935 25913 0.941 2373 0.934 103 0.139 4830 0.805 3597 0.739 3684 0.881 3071 0.772 227 0.819 897 0.84 5583 0.891 22391 0.948 760 0.577 244 0.194 286 0.384 200 0.345 234 0.475 1573 0.841 33 0.363 4327 0.91 234 0.475 4327 0.91 2484 0.947 553 0.334 310 0.087 14 0.015 3834 0.865 4830 0.805 333 0.201 3597 0.739 760 0.577 823 0.273 5119 0.798 570 0.326 30 0.021 265 0.24 71 0.105 1 0.007 103 0.139 33 0.363 2483 0.947 570 0.326 69 0.119 19 0.054 192 0.12 1151 0.344 1612 0.73 215 0.433 4493 0.69 1235 0.343 1152 0.512 823 0.273 1419 0.617 14 0.015 532 0.393 576 0.201 4 0.004 4935 0.818 935 0.461 654 0.494 553 0.334 265 0.24 30 0.021 532 0.393 935 0.461 4935 0.818 654 0.494 576 0.201 4 0.004 13 0.005 20 0.004 6 0.003 2 0.006 1 0.004 1 0.001 5 0.008 1 0.001 3 0.005 3 0.002 15 0.006 4 0.016 8 0.01 4 0.005 1 0.002 560 0.473 2 0.003 2 0.004 3 0.007 7 0.004 5 0.005 4 0.004 34 0.026 7 0.003 8 0.009 6 0.006 1 0.009 2 0.002 2 0.002 2 0.002 1 0.001 1 0.001 2 0.008 65 0.184 2 0.002 10 0.006 2 0.001 6 0.013 1 0.001 9 0.016 1 0.003 13 0.009 4 0.008 297 0.288 2 0.002 1 0.001 1 0.004 2 0.003 2 0.003 6 0.01 1 0.003 2 0.002 3 0.003 9 0.005 1 0.001 13 0.008 4 0.002 3 0.003 1 0.059 5 0.006 7 0.005 2 0.006 3 0.002 1 0.002 1 0.004 794 0.254 6 0.002 3 0.004 7 0.003 138 32.832 1.563 34.395
6227 A6227G|(ORF1ab_polyprotein:A5962G(K1988E))|(ORF1a_polyprotein:A5962G(K1988E)) 287 0.375 1283 0.278 299 0.297 69 0.098 791 0.528 398 0.234 106 0.202 476 0.303 51 0.359 185 0.347 813 0.301 1218 0.313 205 0.267 4 0.005 62 0.131 25 0.106 147 0.317 25 0.106 238 0.638 518 0.215 52 0.022 31 0.035 206 0.25 791 0.528 398 0.234 205 0.267 93 0.064 364 0.195 174 0.144 35 0.022 21 0.018 26 0.049 69 0.098 238 0.638 173 0.143 92 0.168 15 0.044 342 0.268 701 0.373 397 0.362 118 0.292 1480 0.485 327 0.2 93 0.064 660 0.227 31 0.035 77 0.106 196 0.112 1133 0.497 196 0.102 24 0.04 518 0.215 21 0.018 35 0.022 77 0.106 196 0.102 1133 0.497 24 0.04 196 0.112 5 0.002 18 0.004 1 0.004 2 0.002 2 0.002 1 0.002 64 0.092 2 0.002 3 0.002 6 0.003 4 0.005 1 0.004 3 0.002 2 0.003 1 0.002 2 0.002 1 0.003 2 0.002 3 0.002 1 0.001 2 0.002 2 0.003 2 0.001 1 0.001 1 0.001 2 0.001 2 0.002 1 0.001 1 0.002 2 0.002 1 0.002 90 12.62 0.153 12.773
6234 TTG6234-6236del|(ORF1ab_polyprotein:ATTGTT5968-5973ATTdel(IV1990-1991Idel))|(ORF1a_polyprotein:ATTGTT5968-5973ATTdel(IV1990-1991Idel)) 181 0.237 1285 0.279 372 0.37 119 0.079 197 0.116 30 0.057 380 0.242 51 0.359 139 0.261 694 0.257 1024 0.263 55 0.072 98 0.212 84 0.438 185 0.417 185 0.417 200 0.536 49 0.021 31 0.035 101 0.122 119 0.079 197 0.116 55 0.072 94 0.065 3 0.002 32 0.02 20 0.017 27 0.051 19 0.224 84 0.438 200 0.536 3 0.002 73 0.134 15 0.044 168 0.131 662 0.353 321 0.292 115 0.285 1240 0.407 142 0.087 94 0.065 655 0.226 31 0.035 78 0.107 195 0.111 902 0.396 184 0.096 24 0.04 20 0.017 32 0.02 78 0.107 184 0.096 902 0.396 24 0.04 195 0.111 32 0.046 56 10.008 0.046 10.054
6290 T6290G|(ORF1ab_polyprotein:T6025G(C2009G))|(ORF1a_polyprotein:T6025G(C2009G)) 309 0.385 893 0.188 240 0.227 94 0.133 728 0.463 454 0.256 137 0.245 510 0.32 34 0.228 182 0.335 670 0.238 995 0.247 180 0.229 84 0.113 43 0.081 199 0.413 199 0.413 255 0.646 560 0.22 52 0.022 32 0.036 122 0.144 728 0.463 454 0.256 180 0.229 96 0.065 660 0.351 214 0.173 32 0.02 19 0.224 94 0.133 1 0.004 244 0.637 223 0.175 92 0.167 13 0.038 348 0.27 728 0.376 412 0.365 121 0.296 2653 0.481 330 0.199 98 0.066 671 0.226 33 0.037 82 0.109 202 0.114 2145 0.529 200 0.103 27 0.043 560 0.22 32 0.02 82 0.109 200 0.103 2145 0.529 27 0.043 202 0.114 4 0.002 1 0.008 2 0.003 54 0.075 2 0.002 3 0.011 39 0.041 1 0.001 1 0.002 1 0.001 1 0.01 2 0.002 3 0.002 1 0.004 71 12.871 0.162 13.033
6299 T6299A|(ORF1ab_polyprotein:T6034A(C2012S))|(ORF1a_polyprotein:T6034A(C2012S)) 596 0.743 2850 0.602 792 0.751 81 0.114 826 0.525 757 0.427 193 0.345 633 0.398 84 0.564 367 0.675 1964 0.697 2820 0.7 270 0.343 82 0.111 26 0.098 195 0.362 88 0.378 304 0.596 26 0.098 304 0.596 252 0.638 564 0.222 51 0.021 30 0.034 240 0.282 826 0.525 757 0.427 270 0.343 96 0.065 664 0.353 210 0.17 32 0.02 22 0.019 30 0.053 19 0.224 81 0.114 88 0.378 238 0.621 220 0.172 92 0.167 13 0.038 353 0.273 723 0.373 404 0.358 119 0.291 2674 0.485 327 0.197 98 0.066 674 0.227 31 0.035 82 0.109 201 0.113 2143 0.529 198 0.102 28 0.045 564 0.222 22 0.019 32 0.02 82 0.109 198 0.102 2143 0.529 28 0.045 201 0.113 90 0.126 1 0.001 1 0.006 1 0.001 1 0.002 3 0.011 1 0.002 37 0.039 4 0.007 1 0.002 73 18.371 0.197 18.5679999999999
6617 G6617T|(ORF1ab_polyprotein:G6352T(G2118C))|(ORF1a_polyprotein:G6352T(G2118C)) 18 0.101 489 0.368 17 0.63 29 0.039 3 0.003 23 0.072 28 0.014 30 0.625 72 0.396 262 0.338 506 0.43 15 0.023 15 0.02 5 0.002 3 0.002 16 0.021 29 0.039 3 0.003 15 0.023 183 0.162 3 0.001 2 0.001 1 0.007 181 0.16 3 0.002 3 0.002 3 0.002 5 0.002 2 0.001 3 0.001 3 0.002 11 0.001 2 0.002 23 0.034 3 0.002 2 0.004 1 0.003 1 0.001 2 0.001 3 0.002 1 0.006 2 0.002 7 0.003 2 0.001 1 0.001 3 0.006 1 0.002 2 0.002 3 0.001 3 0.001 50 3.493 0.074 3.56699999999999
6860 G6860A|(ORF1ab_polyprotein:G6595A(A2199T))|(ORF1a_polyprotein:G6595A(A2199T)) 539 0.942 2067 0.937 513 0.964 24 0.011 310 0.181 5 0.002 492 0.346 2241 0.941 259 0.981 2241 0.971 1260 0.951 338 0.152 64 0.034 180 0.101 169 0.138 224 0.351 631 0.447 631 0.447 61 0.231 5 0.001 4 0.002 310 0.181 150 0.03 5 0.002 338 0.152 945 0.426 153 0.034 141 0.035 111 0.055 24 0.011 224 0.351 61 0.232 78 0.032 77 0.062 207 0.052 1066 0.262 431 0.156 67 0.039 242 0.054 1762 0.205 106 0.019 1606 0.222 5 0.001 154 0.059 82 0.011 1276 0.122 8 0.001 151 0.049 141 0.035 153 0.034 154 0.059 8 0.001 1276 0.122 151 0.049 82 0.011 929 0.067 26 0.003 3 0.004 4 0.003 108 0.031 4 0.001 70 0.031 6 0.001 30 0.024 4 0.001 2 0.004 9 0.002 7 0.001 3 0.002 1 0.002 2 0.001 9 0.002 3 0.001 12 0.002 3 0.026 55 0.017 1 0.002 4 0.001 78 12.3669999999999 0.159 12.526
9204 A9204G|(ORF1ab_polyprotein:A8939G(D2980G))|(ORF1a_polyprotein:A8939G(D2980G)) 397 0.988 1934 0.973 114 1 34 0.026 358 0.168 158 0.08 411 0.576 935 0.994 157 0.994 217 0.995 959 0.992 1114 0.993 217 0.179 2 0.001 22 0.017 104 0.197 22 0.168 307 0.333 72 0.416 120 0.583 22 0.168 120 0.583 390 0.722 488 0.115 6 0.002 79 0.032 358 0.283 358 0.168 204 0.107 158 0.08 217 0.179 1700 0.69 291 0.196 23 0.007 2 0.001 2 0.002 51 0.046 34 0.026 72 0.416 389 0.722 291 0.196 1 0.002 55 0.078 456 0.184 1199 0.289 336 0.385 116 0.214 522 0.535 253 0.247 509 0.106 1245 0.422 79 0.032 246 0.169 337 0.118 3 0.003 525 0.153 2 0.001 2 0.003 488 0.115 2 0.001 23 0.007 246 0.169 2 0.001 525 0.153 2 0.003 337 0.118 3 0.003 3 0.001 6 0.001 6 0.002 1 0.004 2 0.002 6 0.002 6 0.003 2 0.004 4 0.002 37 0.005 2 0.002 3 0.001 5 0.001 2 0.002 17 0.022 2 0.001 1 0.001 2 0.001 4 0.002 4 0.001 2 0.001 2 0.001 11 0.005 3 0.002 6 0.002 4 0.002 3 0.002 46 0.078 4 0.001 2 0.002 4 0.003 5 0.002 6 0.002 2 0.002 3 0.002 2 0.001 4 0.003 2 0.001 8 0.004 3 0.001 1 0.002 2 0.002 2 0.001 5 0.002 1 0.001 2 0.02 2 0.001 2 0.002 12 0.003 6 0.003 5 0.003 2 0.003 4 0.001 1 0.001 1 0.003 2 0.001 1 0.001 2 0.005 119 0.094 1 0.001 3 0.002 5 0.001 129 18.929 0.326 19.255
9530 T9530G|(ORF1ab_polyprotein:T9265G(F3089V))|(ORF1a_polyprotein:T9265G(F3089V)) 105 0.533 160 0.111 133 0.072 225 0.282 61 0.355 227 0.301 293 0.326 55 0.037 46 0.139 1211 0.263 214 0.097 55 0.037 325 0.119 349 0.137 210 0.197 133 0.072 45 0.142 351 0.137 127 0.057 383 0.26 87 0.096 323 0.119 1211 0.263 1 0.002 3 0.012 4 0.002 1 0.002 2 0.002 2 0.001 29 4.152 0.021 4.173
9707 A9707C|(ORF1ab_polyprotein:A9442C(I3148L))|(ORF1a_polyprotein:A9442C(I3148L)) 125 0.856 1083 0.813 195 0.947 9 0.006 470 0.167 163 0.234 339 0.971 73 0.986 54 0.73 502 0.793 442 0.868 94 0.065 86 0.028 45 0.041 124 0.07 109 0.21 208 0.147 255 0.44 77 0.16 109 0.21 77 0.16 204 0.48 138 0.038 93 0.059 470 0.167 94 0.065 617 0.246 237 0.074 32 0.01 150 0.096 38 0.045 9 0.006 255 0.44 200 0.468 245 0.074 13 0.018 324 0.129 405 0.123 388 0.366 1880 0.607 523 0.133 587 0.126 1480 0.367 141 0.039 182 0.085 381 0.08 4 0.003 32 0.01 182 0.085 381 0.08 4 0.003 1 0.002 1 0.003 3 0.004 75 0.049 1 0.001 39 0.05 2 0.002 1 0.001 1 0.002 2 0.003 2 0.001 62 13.424 0.118 13.542
9711 C9711T|(ORF1ab_polyprotein:C9446T(S3149F))|(ORF1a_polyprotein:C9446T(S3149F)) 123 0.848 1089 0.819 186 0.903 12 0.008 471 0.169 158 0.063 163 0.235 306 0.877 72 0.973 49 0.671 499 0.791 445 0.874 99 0.069 86 0.028 46 0.043 130 0.074 112 0.215 171 0.12 267 0.454 79 0.164 112 0.215 79 0.164 205 0.483 8 0.002 7 0.001 145 0.04 98 0.062 471 0.169 158 0.063 99 0.069 5 0.001 621 0.247 246 0.077 33 0.01 5 0.002 151 0.098 38 0.045 12 0.008 267 0.454 201 0.475 255 0.078 2 0.001 14 0.019 327 0.13 431 0.131 379 0.359 1 0.001 1880 0.608 537 0.143 588 0.127 1477 0.368 147 0.04 183 0.086 15 0.002 381 0.081 8 0.002 5 0.002 33 0.01 183 0.086 381 0.081 15 0.002 15 0.001 1 0.001 8 0.002 3 0.001 4 0.003 4 0.005 4 0.001 20 0.001 3 0.003 11 0.003 75 0.049 4 0.002 2 0.001 5 0.001 7 0.002 32 0.012 5 0.001 6 0.002 1 0.001 6 0.018 3 0.001 7 0.003 43 0.056 3 0.002 7 0.001 6 0.002 3 0.002 5 0.001 8 0.001 1 0.001 1 0.001 5 0.002 3 0.002 3 0.001 5 0.001 1 0.001 7 0.002 1 0.001 4 0.001 3 0.001 3 0.001 10 0.003 2 0.001 2 0.001 9 0.003 7 0.001 1 0.001 3 0.005 4 0.002 7 0.003 8 0.001 112 13.441 0.214 13.655
10039 C10039T|(ORF1ab_polyprotein:C9774T(T3258T))|(ORF1a_polyprotein:C9774T(T3258T)) 238 0.642 1345 0.708 120 0.078 244 0.12 128 0.059 101 0.056 627 0.5 31 0.564 205 0.858 715 0.591 903 0.708 160 0.112 67 0.102 14 0.036 112 0.087 112 0.087 32 0.234 239 0.147 244 0.12 32 0.009 128 0.059 160 0.112 127 0.025 534 0.184 61 0.031 37 0.022 36 0.11 120 0.078 14 0.036 32 0.235 61 0.031 41 0.05 19 0.028 195 0.094 487 0.164 164 0.132 68 0.086 577 0.23 214 0.089 222 0.066 126 0.025 279 0.075 33 0.022 45 0.015 7 0.002 237 0.068 35 0.01 53 0.027 33 0.022 35 0.01 237 0.068 53 0.027 45 0.015 7 0.002 2 0.002 1 0.001 2 0.001 3 0.001 2 0.001 1 0.001 2 0.003 1 0.002 6 0.001 3 0.001 2 0.001 65 8.068 0.015 8.083
11081 RATG13 T11081G|(ORF1ab_polyprotein:T10816G(L3606V))|(ORF1a_polyprotein:T10816G(L3606V)) 838 0.993 8372 0.991 166 0.982 356 0.083 2613 0.441 2822 0.319 712 0.568 7390 0.995 142 0.993 360 0.997 2331 0.995 5417 0.983 307 0.077 42 0.019 1012 0.484 49 0.104 1010 0.362 1010 0.362 431 0.563 2456 0.133 166 0.021 2195 0.28 2613 0.441 765 0.103 2822 0.319 307 0.077 4828 0.687 2114 0.246 163 0.021 342 0.128 356 0.083 49 0.104 431 0.563 2108 0.246 31 0.023 4333 0.438 7309 0.358 3404 0.331 729 0.221 5070 0.437 271 0.026 1996 0.15 4936 0.401 167 0.021 1486 0.258 168 0.021 2456 0.133 163 0.021 168 0.021 1486 0.258 1565 0.121 2 0.002 149 0.093 4487 0.252 9 0.002 55 18.002 0.349 18.351
11294 T11294A|(ORF1ab_polyprotein:T11029A(F3677I))|(ORF1a_polyprotein:T11029A(F3677I)) 26 0.321 589 0.367 77 0.288 613 0.431 156 0.061 708 0.788 5 0.062 147 0.271 343 0.33 158 0.127 65 0.078 187 0.537 58 0.073 14 0.019 183 0.598 187 0.537 183 0.598 90 0.269 46 0.016 61 0.087 613 0.431 156 0.061 105 0.029 985 0.616 14 0.019 94 0.281 40 0.109 223 0.138 374 0.098 503 0.332 90 0.084 1594 0.371 655 0.209 108 0.029 47 0.016 16 0.017 81 0.032 443 0.204 142 0.1 16 0.017 142 0.1 443 0.204 81 0.032 40 0.057 3 0.002 1 0.002 379 0.095 47 9.387 0.156 9.543
13647 C13647T|(ORF1ab_polyprotein:C13383T(Y4461Y)) 117 1 1317 0.984 94 1 12 0.029 240 0.348 72 0.09 44 0.289 920 0.995 15 1 72 1 414 0.983 670 0.996 88 0.13 7 0.016 47 0.162 22 0.095 32 0.119 37 0.446 13 0.088 22 0.095 13 0.088 101 0.627 129 0.058 124 0.2 240 0.348 52 0.046 72 0.09 88 0.13 60 0.034 617 0.59 55 0.047 33 0.042 52 0.12 38 0.097 12 0.029 37 0.446 101 0.627 102 0.282 16 0.06 153 0.223 1019 0.447 93 0.143 24 0.093 537 0.549 142 0.217 110 0.15 60 0.034 732 0.354 1 0.002 15 0.029 20 0.015 133 0.077 129 0.058 33 0.042 55 0.047 15 0.029 133 0.077 20 0.015 2 0.001 1 0.008 1 0.001 3 0.003 13 0.032 1 0.002 1 0.002 2 0.002 2 0.003 1 0.002 3 0.02 1 0.002 1 0.001 1 0.003 1 0.002 3 0.002 1 0.002 2 0.001 76 16.428 0.088 16.516
13729 GCTA13729-13732del|(ORF1ab_polyprotein:13465-13468del(4489fs)) 1783 0.641 3833 0.597 2177 0.743 187 0.248 327 0.254 561 0.322 231 0.41 1350 0.356 283 0.726 1231 0.742 6559 0.736 3147 0.622 305 0.327 2 0.006 65 0.243 615 0.475 295 0.56 396 0.313 65 0.243 396 0.313 283 0.548 917 0.336 76 0.113 276 0.154 327 0.254 15 0.013 561 0.322 305 0.327 153 0.078 1015 0.303 87 0.091 30 0.029 26 0.026 6 0.012 187 0.248 295 0.56 283 0.55 87 0.091 51 0.121 10 0.033 270 0.32 1287 0.37 284 0.24 67 0.192 1250 0.475 216 0.186 452 0.376 153 0.078 1061 0.338 76 0.113 58 0.084 24 0.015 91 0.039 1209 0.355 149 0.076 917 0.336 26 0.026 30 0.029 58 0.084 149 0.076 1209 0.355 24 0.015 91 0.039 28 0.065 4 0.002 65 17.303 0.067 17.37
linked 13827 TGCTTTAAGGCATT13827-13840del|(ORF1ab_polyprotein:13563-13576del(4521fs)) 328 0.484 1587 0.506 89 0.171 115 0.162 163 0.176 16 0.11 533 0.253 13 0.26 164 0.5 904 0.505 1348 0.469 135 0.368 8 0.118 30 0.113 119 0.283 8 0.118 119 0.283 219 0.503 241 0.149 54 0.098 47 0.114 101 0.064 115 0.162 15 0.021 163 0.176 135 0.368 838 0.389 24 0.048 13 0.03 57 0.09 89 0.171 1 0.011 211 0.494 23 0.044 49 0.238 142 0.273 558 0.299 114 0.127 15 0.059 649 0.242 230 0.243 241 0.14 47 0.111 44 0.044 461 0.09 241 0.149 57 0.09 13 0.03 461 0.09 44 0.044 14 0.061 16 0.219 52 10.08 0.28 10.36
13827 TGCTTTAAGGCATTTT13827-13842del|(ORF1ab_polyprotein:13563-13578del(4521fs)) 111 0.164 310 0.099 96 0.185 254 0.358 220 0.237 17 0.116 500 0.238 6 0.12 60 0.183 343 0.192 595 0.207 39 0.106 34 0.224 52 0.195 33 0.367 105 0.25 105 0.25 65 0.149 412 0.254 729 0.465 254 0.358 220 0.237 39 0.106 82 0.131 531 0.247 16 0.032 10 0.023 31 0.049 21 0.083 96 0.185 33 0.367 64 0.15 16 0.03 134 0.257 810 0.434 151 0.168 34 0.134 833 0.31 313 0.234 247 0.261 83 0.129 1161 0.675 37 0.094 148 0.092 891 0.173 148 0.153 412 0.254 31 0.049 10 0.023 37 0.094 148 0.153 891 0.173 148 0.092 1 0.001 54 10.309 0.001 10.3099999999999
13928 ATG13928-13930del|(ORF1ab_polyprotein:TATGAT13663-13668TATdel(YD4555-4556Ydel)) 266 0.292 1056 0.189 8 0.04 63 0.06 169 0.068 135 0.057 33 0.039 415 0.166 13 0.191 122 0.236 591 0.236 901 0.198 101 0.087 11 0.034 41 0.044 7 0.037 138 0.124 11 0.034 138 0.124 179 0.302 169 0.068 14 0.005 135 0.057 101 0.087 15 0.007 12 0.005 2 0.006 63 0.06 7 0.037 179 0.302 15 0.007 74 0.049 59 0.031 209 0.045 361 0.114 230 0.057 45 0.014 40 0.007 12 0.005 40 0.007 45 0.014 17 0.039 42 3.542 0.039 3.581
13929 TG13929-13930del|(ORF1ab_polyprotein:13665-13666del(4555fs)) 311 0.342 1799 0.321 25 0.124 123 0.118 276 0.11 518 0.218 82 0.097 1035 0.414 27 0.397 116 0.224 946 0.378 1725 0.378 92 0.079 32 0.036 252 0.272 61 0.323 497 0.446 497 0.446 152 0.256 727 0.098 52 0.015 106 0.069 923 0.441 276 0.11 39 0.015 518 0.218 92 0.079 145 0.041 1202 0.357 136 0.064 10 0.004 82 0.044 17 0.017 9 0.026 123 0.118 61 0.323 152 0.256 136 0.064 45 0.068 13 0.022 203 0.136 1338 0.288 284 0.147 63 0.185 1033 0.222 294 0.133 97 0.031 145 0.041 1129 0.281 106 0.069 35 0.021 91 0.026 536 0.091 146 0.05 727 0.098 82 0.044 10 0.004 35 0.021 146 0.05 536 0.091 91 0.026 41 0.052 62 9.483 0.052 9.535
14169 TATAT14169-14173del|(ORF1ab_polyprotein:13905-13909del(4635fs)) 321 0.381 1434 0.375 229 0.407 15 0.029 127 0.097 312 0.208 117 0.268 533 0.348 7 0.058 154 0.394 788 0.398 1148 0.376 147 0.22 55 0.234 75 0.213 111 0.324 207 0.215 3 0.039 261 0.361 111 0.324 261 0.361 28 0.037 186 0.085 6 0.011 341 0.364 127 0.097 312 0.208 147 0.22 603 0.319 55 0.057 44 0.035 12 0.062 15 0.029 3 0.039 28 0.037 55 0.057 3 0.009 1 0.001 90 0.042 268 0.184 6 0.011 33 0.015 186 0.085 1 0.001 44 0.035 33 0.015 46 7.685 0 7.685
14176 ACCTT14176-14180del|(ORF1ab_polyprotein:13912-13916del(4638fs)) 401 0.476 1062 0.278 186 0.33 78 0.151 272 0.208 217 0.144 72 0.165 246 0.161 78 0.65 154 0.394 729 0.368 1204 0.394 158 0.236 54 0.227 86 0.244 21 0.061 326 0.338 35 0.048 21 0.061 35 0.048 566 0.745 577 0.262 101 0.044 2 0.004 227 0.242 272 0.208 59 0.07 217 0.144 158 0.236 502 0.266 55 0.057 50 0.04 25 0.025 65 0.163 78 0.151 564 0.745 54 0.056 60 0.174 39 0.203 130 0.262 611 0.269 332 0.373 76 0.318 505 0.234 606 0.428 297 0.204 112 0.066 2 0.004 111 0.151 103 0.125 523 0.23 90 0.119 577 0.262 25 0.025 50 0.04 111 0.151 523 0.23 90 0.119 103 0.125 51 0.141 60 12.552 0.141 12.693
14201 A14201T|(ORF1ab_polyprotein:A13937T(E4646V)) 746 0.886 2673 0.7 473 0.84 106 0.205 612 0.468 745 0.495 217 0.497 825 0.539 104 0.867 334 0.854 1666 0.841 2619 0.858 327 0.488 110 0.462 160 0.455 131 0.382 530 0.55 52 0.684 306 0.424 131 0.382 306 0.424 637 0.838 765 0.348 110 0.048 8 0.014 582 0.615 612 0.468 60 0.071 745 0.495 327 0.488 3 0.002 1104 0.585 111 0.116 93 0.074 27 0.027 65 0.164 12 0.062 106 0.205 52 0.684 634 0.838 110 0.115 60 0.174 39 0.203 130 0.262 618 0.272 334 0.376 134 0.561 749 0.348 595 0.42 566 0.389 3 0.002 114 0.067 8 0.014 181 0.246 104 0.126 556 0.244 91 0.121 765 0.348 27 0.027 93 0.074 181 0.246 556 0.244 91 0.121 104 0.126 2 0.001 1 0.004 1 0.001 1 0.003 22 0.023 3 0.007 1 0.002 51 0.141 7 0.007 2 0.004 3 0.002 25 0.026 9 0.021 1 0.005 1 0.002 3 0.001 1 0.002 1 0.003 82 23.57 0.254 23.824
14219 A14219T|(ORF1ab_polyprotein:A13955T(D4652V)) 209 0.237 595 0.155 86 0.152 94 0.18 540 0.399 353 0.225 61 0.135 246 0.152 24 0.195 76 0.19 390 0.191 576 0.187 123 0.183 118 0.457 152 0.264 22 0.056 332 0.296 33 0.046 22 0.056 33 0.046 686 0.813 814 0.339 108 0.046 3 0.005 500 0.515 540 0.399 61 0.071 353 0.225 123 0.183 905 0.452 51 0.052 51 0.04 25 0.025 66 0.158 94 0.18 727 0.816 53 0.051 64 0.178 39 0.201 133 0.258 641 0.265 364 0.37 82 0.318 1324 0.326 1149 0.435 597 0.392 109 0.062 3 0.005 195 0.244 105 0.127 1491 0.386 96 0.114 814 0.339 25 0.025 51 0.04 195 0.244 1491 0.386 96 0.114 105 0.127 1 0.003 1 0.002 6 0.001 53 0.142 3 0.004 1 0.002 1 0.001 1 0.001 1 0.002 1 0.001 1 0.003 1 0.003 71 13.128 0.164999999999999 13.293
14229 G14229T|(ORF1ab_polyprotein:G13965T(K4655N)) 176 0.199 418 0.109 47 0.083 41 0.079 43 0.032 83 0.053 13 0.029 346 0.214 15 0.037 242 0.118 409 0.133 55 0.081 267 0.46 22 0.026 245 0.287 18 0.019 43 0.032 83 0.053 55 0.081 1119 0.556 41 0.079 265 0.293 2 0.002 66 0.183 93 0.181 380 0.157 248 0.251 118 0.457 1427 0.348 1183 0.44 96 0.054 1 0.002 172 0.214 1449 0.372 95 0.116 172 0.214 1449 0.372 95 0.116 9 0.007 1 0.001 1 0.001 1 0.002 1 0.006 1 0.001 1 0.002 1 0.003 6 0.007 47 6.539 0.023 6.56199999999999
14232 T14232G|(ORF1ab_polyprotein:T13968G(P4656P)) 171 0.203 513 0.148 150 0.264 15 0.041 52 0.13 207 0.158 33 0.287 113 0.303 498 0.258 825 0.287 11 0.02 46 0.183 15 0.02 30 0.732 60 0.172 46 0.183 60 0.172 4 0.005 11 0.02 5 0.003 44 0.042 15 0.041 30 0.732 1 0.001 1 0.003 2 0.002 8 0.002 2 0.001 2 0.003 2 0.001 7 0.002 44 0.042 2 0.003 7 0.002 2 0.001 2 0.001 1 0.008 1 0.004 1 0.001 1 0.002 1 0.008 1 0.001 1 0.002 1 0.002 2 0.004 1 0.002 2 0.002 1 0.017 5 0.001 49 4.468 0.054 4.522
14320 T14320C|(ORF1ab_polyprotein:T14056C(Y4686H)) 841 0.735 3088 0.594 404 0.72 46 0.059 113 0.065 474 0.257 179 0.305 1052 0.475 94 0.577 477 0.705 2009 0.684 3518 0.759 340 0.389 3 0.003 66 0.239 167 0.392 57 0.16 378 0.328 56 0.403 362 0.441 57 0.16 362 0.441 341 0.348 133 0.041 29 0.034 106 0.071 113 0.065 2 0.002 474 0.257 340 0.389 8 0.005 1120 0.505 168 0.124 42 0.025 11 0.033 46 0.059 56 0.403 341 0.348 168 0.124 64 0.121 16 0.059 139 0.17 474 0.152 256 0.236 106 0.273 777 0.284 681 0.412 35 0.021 8 0.005 92 0.037 29 0.034 145 0.169 2 0.002 75 0.051 797 0.296 3 0.003 133 0.041 42 0.025 145 0.169 3 0.003 797 0.296 2 0.002 75 0.051 3 0.002 1 0.004 6 0.004 1 0.002 1 0.002 10 0.002 2 0.004 2 0.002 1 0.001 1 0.002 1 0.002 1 0.001 1 0.002 1 0.001 1 0.001 6 0.005 2 0.002 2 0.004 2 0.002 1 0.001 1 0.003 13 0.039 1 0.002 2 0.002 5 0.006 4 0.001 1 0.001 2 0.008 4 0.005 1 0.003 1 0.001 1 0.002 1 0.002 3 0.002 1 0.003 2 0.001 1 0.001 3 0.001 1 0.001 1 0.008 1 0.003 7 0.003 1 0.001 106 14.638 0.143 14.781
14322 C14322A|(ORF1ab_polyprotein:C14058A(Y4686*)) 157 0.137 626 0.12 65 0.116 142 0.181 739 0.422 463 0.251 128 0.218 300 0.135 50 0.307 123 0.182 465 0.158 462 0.1 72 0.082 59 0.214 6 0.014 59 0.166 310 0.269 17 0.122 28 0.034 59 0.166 28 0.034 482 0.491 1095 0.341 147 0.052 79 0.093 738 0.495 739 0.422 104 0.085 463 0.251 72 0.082 129 0.084 55 0.025 208 0.153 51 0.031 78 0.062 66 0.122 9 0.027 142 0.181 17 0.122 482 0.491 208 0.153 36 0.133 117 0.143 633 0.203 150 0.138 55 0.142 234 0.086 131 0.079 610 0.358 129 0.084 436 0.175 79 0.093 27 0.032 104 0.103 195 0.072 91 0.107 1095 0.341 78 0.062 51 0.031 27 0.032 195 0.072 91 0.107 104 0.103 1 0.001 50 0.122 1 0.001 2 0.003 6 0.004 3 0.002 1 0.002 1 0.001 1 0.002 1 0.001 1 0.002 1 0.001 1 0.004 2 0.005 77 9.887 0.151 10.038
linked 14408 CTACAAGTT14408-14416del|(ORF1ab_polyprotein:CCTACAAGTTTT14143-14154CTTdel(PTSF4715-4718Ldel)) 1865 0.905 6062 0.797 1103 0.862 336 0.374 4309 0.803 2476 0.67 842 0.732 2387 0.68 229 0.935 856 0.79 4999 0.841 7804 0.846 489 0.432 270 0.54 562 0.585 118 0.327 612 0.667 73 0.335 238 0.81 118 0.327 238 0.81 1532 0.886 1932 0.583 328 0.164 235 0.273 1852 0.729 4309 0.803 209 0.153 2476 0.67 489 0.432 144 0.155 3734 0.803 855 0.475 70 0.051 97 0.102 13 0.039 336 0.374 73 0.335 1532 0.887 854 0.476 127 0.18 256 0.541 316 0.327 1687 0.557 1185 0.755 30 0.092 3099 0.685 1815 0.711 942 0.57 144 0.155 3115 0.652 235 0.273 301 0.368 72 0.068 2016 0.587 1932 0.583 97 0.102 70 0.051 301 0.368 2016 0.587 72 0.068 163 0.352 173 0.143 12 0.062 537 0.385 65 30.738 0.942 31.68
linked 14419 GG14419-14420del|(ORF1ab_polyprotein:14155-14156del(4719fs)) 1867 0.906 6077 0.799 1108 0.866 339 0.377 4329 0.807 2491 0.674 850 0.738 2389 0.681 228 0.931 860 0.793 5016 0.844 7824 0.848 493 0.436 271 0.542 566 0.589 117 0.324 615 0.67 73 0.335 239 0.813 117 0.324 239 0.813 1537 0.889 1988 0.6 328 0.164 236 0.274 1864 0.733 4329 0.807 210 0.154 2491 0.674 493 0.436 145 0.156 3749 0.806 866 0.481 70 0.051 95 0.1 13 0.039 339 0.377 73 0.335 1537 0.89 864 0.482 128 0.182 262 0.554 320 0.331 1692 0.558 1185 0.755 30 0.092 3117 0.689 1822 0.714 948 0.574 145 0.156 3124 0.654 236 0.274 302 0.369 72 0.068 2023 0.589 1988 0.6 95 0.1 70 0.051 302 0.369 2023 0.589 72 0.068 166 0.359 173 0.143 12 0.062 537 0.385 65 30.894 0.949 31.843
14479 C14479T|(ORF1ab_polyprotein:C14215T(H4739Y)) 716 0.326 973 0.124 213 0.16 30 0.033 812 0.145 389 0.103 248 0.208 848 0.232 2 0.008 186 0.165 996 0.157 1201 0.127 157 0.137 275 0.521 203 0.149 111 0.112 257 0.126 3 0.001 20 0.008 812 0.145 389 0.103 157 0.137 3844 0.791 2 0.001 1 0.003 30 0.033 252 0.126 1 0.001 48 0.1 716 0.233 292 0.183 2364 0.317 1212 0.392 2 0.001 11 0.002 114 0.132 1153 0.217 1 0.001 114 0.132 1153 0.217 1 0.001 1 0.012 2 0.004 1 0.001 1 0.001 1 0.001 2 0.002 1 0.002 1 0.002 1 0.004 2 0.002 1 0.002 2 0.004 2 0.002 1 0.005 3 0.002 56 6.11 0.046 6.156
14539 A14539-14539del|(ORF1ab_polyprotein:AGTTTT14275-14280GT(SF4759-4760fs)) 391 0.216 416 0.069 109 0.083 314 0.062 160 0.162 457 0.173 91 0.113 481 0.092 702 0.092 84 0.102 112 0.249 118 0.102 224 0.133 14 0.008 314 0.062 84 0.102 1433 0.34 224 0.137 117 0.247 49 0.148 706 0.353 449 0.357 315 0.077 958 0.424 163 0.265 163 0.265 26 4.433 0 4.433
14540 GTTT14540-14543del|(ORF1ab_polyprotein:14276-14279del(4759fs)) 858 0.501 3316 0.566 733 0.577 181 0.376 2095 0.432 1520 0.468 343 0.361 810 0.32 87 0.451 339 0.44 2753 0.566 4014 0.542 233 0.287 146 0.333 424 0.501 120 0.418 196 0.306 154 0.798 120 0.418 154 0.798 894 0.565 1282 0.625 275 0.24 131 0.279 1005 0.568 2095 0.432 172 0.213 1520 0.468 233 0.287 2267 0.551 635 0.487 45 0.102 181 0.376 892 0.564 635 0.487 4 0.008 195 0.364 510 0.256 409 0.329 1383 0.343 284 0.128 299 0.243 909 0.246 131 0.279 161 0.267 1473 0.536 1282 0.625 45 0.102 161 0.267 1473 0.536 207 0.199 51 20.232 0.199 20.431
14541 TTT14541-14543del|(ORF1ab_polyprotein:AGTTTT14275-14280GT(SF4759-4760fs)) 391 0.228 416 0.071 109 0.086 314 0.065 160 0.168 457 0.18 91 0.118 481 0.099 702 0.095 84 0.103 112 0.256 118 0.139 224 0.142 14 0.008 314 0.065 84 0.103 1433 0.348 224 0.142 117 0.247 49 0.149 706 0.354 449 0.361 315 0.078 958 0.432 163 0.27 163 0.27 26 4.577 0 4.577
15515 GTGTTT15515-15520del|(ORF1ab_polyprotein:AGTGTTTTT15250-15258ATTdel(SVF5084-5086Idel)) 63 0.026 218 0.016 17 0.016 23 0.024 98 0.018 75 0.007 61 0.033 18 0.014 38 0.025 8 0.017 264 0.143 276 0.037 47 0.012 61 0.033 258 0.083 947 0.16 8 0.017 263 0.144 122 0.116 19 0.024 144 0.08 1124 0.266 646 0.287 57 0.058 1354 0.257 482 0.101 257 0.083 238 0.043 201 0.11 132 0.059 436 0.287 1223 0.319 29 0.022 276 0.037 201 0.11 1223 0.319 29 0.022 132 0.059 436 0.287 39 3.771 0 3.771
16095 ACAATA16095-16100del|(ORF1ab_polyprotein:TTACAATAC15829-15837TTCdel(LQY5277-5279Fdel)) 1052 0.288 4143 0.221 964 0.34 269 0.06 170 0.03 1223 0.197 1093 0.177 136 0.487 500 0.277 2810 0.267 4172 0.25 197 0.073 89 0.311 318 0.093 63 0.094 89 0.311 95 0.063 97 0.038 269 0.06 170 0.03 197 0.073 63 0.094 94 0.062 924 0.087 55 0.041 571 0.042 392 0.09 477 0.074 628 0.046 628 0.046 50 0.081 31 4.322 0.081 4.403
20268 A20268G|(ORF1ab_polyprotein:A20004G(L6668L)) 428 0.301 4786 0.557 81 0.026 432 0.058 230 0.037 336 0.038 2620 0.501 227 0.398 334 0.458 1616 0.353 2057 0.416 421 0.064 24 0.002 320 0.068 372 0.112 403 0.28 100 0.059 100 0.059 430 0.421 1931 0.058 221 0.028 432 0.058 294 0.026 230 0.037 421 0.064 16 0.001 3953 0.399 868 0.101 74 0.007 2 0.002 107 0.056 81 0.026 403 0.28 430 0.421 868 0.101 13 0.002 70 0.023 2216 0.233 6866 0.432 768 0.143 371 0.13 1349 0.233 1566 0.194 441 0.035 16 0.001 1701 0.132 506 0.095 653 0.059 891 0.075 528 0.044 215 0.044 1931 0.058 74 0.007 506 0.095 528 0.044 891 0.075 215 0.044 653 0.059 30 0.001 32 0.009 2 0.001 5 0.002 70 0.03 21 0.002 13 0.001 7 0.002 3 0.001 14 0.001 15 0.004 3 0.002 10 0.001 22 0.004 2 0.006 26 0.002 18 0.001 3 0.001 76 8.131 0.0699999999999999 8.201
20393 RATG13 T20393C|(ORF1ab_polyprotein:T20129C(F6710S)) 763 0.368 3432 0.422 789 0.885 225 0.03 442 0.051 2062 0.213 2853 0.595 398 0.695 388 0.543 3145 0.585 2514 0.428 410 0.067 391 0.028 593 0.146 2 0.001 1099 0.257 832 0.368 2 0.001 211 0.16 50 0.002 316 0.022 34 0.003 575 0.085 225 0.03 386 0.03 442 0.051 410 0.067 22 0.001 1520 0.149 586 0.067 16 0.001 190 0.018 832 0.368 203 0.157 609 0.069 155 0.026 2157 0.249 1015 0.073 1959 0.354 198 0.072 4478 0.423 302 0.024 22 0.001 1290 0.154 35 0.004 328 0.061 19 0.002 1542 0.081 1592 0.119 50 0.002 190 0.018 16 0.001 328 0.061 1592 0.119 1542 0.081 19 0.002 11 0.001 7 0.002 8 0.001 11 0.001 15 0.001 10 0.001 74 0.002 4 0.001 26 0.002 6 0.002 129 0.054 8 0.001 7 0.001 12 0.001 15 0.001 8 0.001 9 0.001 26 0.002 10 0.002 4 0.002 5 0.003 11 0.001 17 0.001 16 0.001 5 0.001 25 0.002 12 0.001 5 0.001 9 0.001 17 0.002 15 0.002 9 0.002 9 0.001 10 0.001 6 0.002 7 0.002 18 0.001 1 0.002 2 0.002 9 0.001 15 0.001 44 0.007 11 0.002 23 0.002 8 0.002 24 0.001 13 0.001 16 0.002 5 0.001 7 0.002 7 0.001 10 0.002 10 0.002 109 8.891 0.135 9.026
20407 RATG13 T20407C|(ORF1ab_polyprotein:T20143C(F6715L)) 1596 0.77 7206 0.886 789 0.885 62 0.017 583 0.078 443 0.051 2425 0.251 4772 0.995 572 0.998 644 0.902 4755 0.884 5092 0.867 682 0.111 390 0.027 217 0.039 593 0.146 1430 0.353 1586 0.735 275 0.109 275 0.109 382 0.29 1499 0.051 342 0.023 338 0.034 579 0.086 583 0.078 388 0.03 443 0.051 682 0.111 54 0.004 3413 0.335 1069 0.123 20 0.002 191 0.018 3 0.003 220 0.054 62 0.017 1586 0.735 374 0.289 1089 0.123 158 0.027 83 0.025 3608 0.416 5269 0.377 2164 0.391 353 0.129 5371 0.507 1944 0.118 329 0.026 53 0.003 2743 0.327 336 0.034 751 0.14 195 0.017 30 0.003 2498 0.131 2145 0.161 279 0.044 1499 0.051 191 0.018 20 0.002 751 0.14 2145 0.161 2498 0.131 279 0.044 195 0.017 30 0.003 29 0.002 59 0.002 15 0.001 9 0.003 18 0.003 15 0.002 29 0.002 15 0.002 12 0.004 17 0.001 115 0.002 6 0.002 8 0.001 7 0.002 130 0.055 7 0.001 25 0.005 4 0.002 25 0.002 15 0.002 31 0.003 19 0.002 12 0.001 6 0.001 20 0.001 5 0.002 4 0.002 15 0.002 46 0.003 26 0.002 40 0.004 19 0.003 7 0.004 9 0.003 15 0.002 25 0.002 37 0.002 9 0.002 3 0.001 24 0.003 11 0.002 6 0.001 5 0.001 15 0.002 25 0.002 12 0.001 12 0.003 100 0.02 13 0.002 9 0.001 7 0.002 9 0.002 15 0.001 25 0.002 4 0.008 2 0.002 13 0.002 31 0.002 7 0.001 15 0.002 9 0.002 23 0.002 10 0.003 562 0.024 6 0.002 81 0.004 33 0.002 30 0.003 8 0.003 15 0.002 13 0.002 10 0.002 35 0.003 24 0.005 33 0.002 142 15.118 0.256 15.374
linked 21168 G21168A|(ORF1ab_polyprotein:G20904A(K6968K)) 115 0.131 951 0.103 133 0.899 30 0.013 31 0.006 34 0.008 5 0.003 586 0.193 33 0.046 83 0.117 363 0.083 732 0.1 30 0.007 74 0.036 10 0.061 10 0.061 59 0.061 42 0.009 31 0.006 34 0.008 133 0.014 105 0.021 17 0.007 6 0.005 30 0.013 60 0.061 110 0.022 217 0.043 236 0.025 289 0.059 75 0.017 578 0.061 793 0.099 316 0.042 177 0.056 215 0.018 5 0.001 215 0.018 5 0.001 39 2.534 0 2.534
21255 G21255C|(ORF1ab_polyprotein:G20991C(A6997A)) 4411 0.854 28329 0.906 125 0.862 31 0.003 1317 0.084 35 0.003 554 0.184 14283 0.996 681 0.997 1256 0.85 11352 0.808 32103 0.88 1571 0.17 806 0.044 892 0.094 1306 0.412 1867 0.473 1867 0.473 394 0.245 7024 0.056 576 0.043 4466 0.497 1317 0.084 1230 0.064 35 0.003 1571 0.17 4135 0.144 4377 0.249 862 0.031 2218 0.081 18 0.002 6 0.001 31 0.003 394 0.245 4366 0.249 9109 0.43 16337 0.391 4702 0.198 1537 0.161 5727 0.238 2178 0.073 310 0.02 575 0.624 576 0.043 586 0.028 1152 0.135 221 0.005 7024 0.056 2218 0.081 862 0.031 586 0.028 221 0.005 1152 0.135 18030 0.183 11 0.001 519 0.091 1058 0.083 693 0.031 58 14.125 0.206 14.331
21603 A21603T|(surface_glycoprotein:A41T(Q14L)) 181 0.905 888 0.999 170 0.414 28 0.124 297 0.983 48 0.98 110 0.991 423 0.998 655 0.994 53 0.168 28 0.119 92 0.128 76 0.697 76 0.613 76 0.613 53 0.398 59 0.052 52 0.059 199 0.198 170 0.414 2 0.002 53 0.168 108 0.085 525 0.626 196 0.261 28 0.027 125 0.104 50 0.394 199 0.263 21 0.108 426 0.413 218 0.118 257 0.265 1250 0.477 578 0.577 110 0.087 51 0.057 25 0.026 849 0.391 140 0.072 125 0.104 28 0.027 25 0.026 140 0.072 849 0.391 1 0.001 1 0.001 1 0.001 1 0.001 1 0.001 1 0.004 1 0.003 1 0.001 1 0.001 1 0.003 1 0.001 56 15.9889999999999 0.017 16.006
21618 C21618A|(surface_glycoprotein:C56A(T19K)) 143 0.23 804 0.228 123 0.299 29 0.024 302 0.143 48 0.495 91 0.364 372 0.334 510 0.235 54 0.096 92 0.096 78 0.456 29 0.065 29 0.065 53 0.349 60 0.053 51 0.058 201 0.175 123 0.299 54 0.096 104 0.082 346 0.197 196 0.242 30 0.029 125 0.082 50 0.342 196 0.239 21 0.108 431 0.385 220 0.119 256 0.262 1313 0.476 611 0.585 106 0.083 51 0.057 25 0.026 892 0.394 138 0.071 125 0.082 30 0.029 25 0.026 138 0.071 892 0.394 166 0.191 1289 0.14 1 0.001 1 0.001 1 0.004 1 0.001 1 0.001 1 0.001 51 8.872 0.009 8.881
21633 T21633C|(surface_glycoprotein:T71C(L24S)) 72 0.115 350 0.098 136 0.33 19 0.016 28 0.112 155 0.139 267 0.123 21 0.037 28 0.118 47 0.273 81 0.185 81 0.185 6 0.039 80 0.07 136 0.33 21 0.037 106 0.084 518 0.295 6 0.041 1 0.001 138 0.075 188 0.068 621 0.595 2 0.002 106 0.084 210 0.093 2 0.003 210 0.093 2 0.003 1 0.001 2 0.001 31 3.645 0.001 3.646
21704 T21704A|(surface_glycoprotein:T142A(L48I)) 175 0.252 548 0.146 129 0.199 68 0.105 133 0.309 54 0.04 632 0.268 25 0.091 336 0.267 710 0.304 185 0.307 5 0.006 111 0.581 74 0.165 74 0.165 27 0.173 198 0.169 133 0.309 2 0.002 185 0.307 105 0.079 1447 0.782 2 0.002 68 0.105 27 0.174 1 0.001 21 0.058 299 0.179 133 0.045 159 0.116 95 0.042 326 0.197 105 0.079 1 0.001 102 0.061 2 0.002 186 0.055 138 0.054 2 0.002 102 0.061 138 0.054 186 0.055 2 0.002 71 0.008 1 0.001 2 0.003 2 0.002 2 0.004 1 0.004 2 0.008 1 0.001 1 0.003 1 0.001 6 0.002 1 0.002 2 0.001 5 0.003 57 6.379 0.035 6.414
21759 A21759G|(surface_glycoprotein:A197G(H66R)) 125 0.213 648 0.212 200 0.305 68 0.364 40 0.034 1139 0.516 7 0.035 543 0.548 848 0.475 261 0.823 5 0.053 81 0.704 188 0.542 188 0.542 27 0.6 164 0.582 261 0.823 997 0.838 68 0.364 25 0.595 94 0.132 123 0.237 982 0.754 89 0.1 4 0.003 149 0.062 1 0.001 1 0.001 89 0.1 1 0.001 149 0.062 4 0.003 2 0.002 27 0.017 1 0.006 5 0.006 1 0.008 1 0.005 1 0.004 2 0.01 1 0.006 1 0.018 1 0.006 1 0.017 1 0.005 1 0.003 1 0.001 1 0.005 2 0.004 2 0.001 2 0.003 1 0.002 3 0.006 1 0.003 1 0.009 1 0.001 2 0.002 1 0.001 58 10.643 0.132 10.775
linked 21765 TACATG21765-21770del|(surface_glycoprotein:ATACATGTC202-210ATCdel(IHV68-70Idel)) 508 0.988 2901 0.993 645 0.995 103 0.824 3 0.079 526 0.896 1094 0.956 2061 0.992 59 0.983 177 0.994 869 0.992 1694 0.993 265 0.911 59 1 41 0.82 248 0.929 78 0.772 333 0.988 333 0.988 27 0.794 548 0.945 58 0.753 96 1 188 0.922 3 0.079 55 0.948 526 0.896 265 0.911 88 0.936 963 0.908 164 0.994 104 0.99 428 0.995 23 1 10 0.417 103 0.824 27 0.794 166 0.988 96 0.49 159 0.914 574 0.863 1066 0.933 408 0.949 364 0.919 850 0.991 1087 0.99 99 0.99 87 0.926 1165 0.993 96 1 780 0.97 87 0.989 1121 0.989 2157 0.941 547 0.863 504 0.99 548 0.945 428 0.995 104 0.99 780 0.97 547 0.863 2157 0.941 504 0.99 87 0.989 1121 0.989 27 0.844 1 1 18 1 46 0.639 25 1 44 0.898 49 0.907 34 0.093 16 0.696 69 0.67 22 0.256 1 0.037 17 0.321 77 0.987 45 1 104 0.981 77 0.939 136 0.951 57 0.851 131 0.845 105 0.955 66 0.892 60 1 14 0.875 1 0.056 130 0.992 38 1 163 1 19 0.95 116 1 230 0.991 107 0.884 32 0.97 23 0.92 63 0.984 80 0.976 82 0.863 25 0.806 12 0.632 98 0.681 18 0.316 300 0.99 614 0.929 378 0.952 794 0.958 190 0.979 418 0.998 246 0.984 52 0.981 499 0.984 27 0.871 1698 0.993 435 0.984 418 0.995 965 0.993 408 0.883 197 0.995 362 0.981 449 0.989 105 1 795 0.99 70 0.093 127 58.559 52.18 110.739
21973 T21973A|(surface_glycoprotein:T411A(N137K)) 347 0.593 2741 0.576 258 0.652 92 0.03 694 0.143 370 0.082 244 0.127 2312 0.991 108 0.824 273 0.886 1437 0.653 1972 0.584 154 0.061 382 0.079 65 0.04 578 0.194 578 0.194 237 0.213 1365 0.059 368 0.04 716 0.202 694 0.143 370 0.082 154 0.061 118 0.013 447 0.074 91 0.008 224 0.031 92 0.03 233 0.212 457 0.074 94 0.026 70 0.026 2898 0.382 1729 0.103 2324 0.229 139 0.029 3739 0.209 2018 0.114 434 0.057 373 0.04 453 0.024 1392 0.188 225 0.029 3140 0.124 1365 0.059 224 0.031 91 0.008 453 0.024 3140 0.124 1392 0.188 225 0.029 90 0.009 107 0.05 16 0.006 2 0.002 2 0.001 3 0.001 278 0.043 59 9.994 0.112 10.106
21973 T21973G|(surface_glycoprotein:T411G(N137K)) 153 0.262 796 0.167 52 0.131 172 0.035 5 0.001 21 0.011 10 0.004 30 0.097 570 0.259 1015 0.301 161 0.063 97 0.027 357 0.22 1351 0.454 1351 0.454 327 0.294 60 0.017 172 0.035 5 0.001 161 0.063 204 0.021 4091 0.443 325 0.296 7 0.001 180 0.05 97 0.013 308 0.018 182 0.018 1164 0.065 2822 0.159 206 0.021 9 0.001 48 0.002 48 0.002 9 0.001 1 0.001 4 0.005 5 0.002 2 0.001 4 0.001 1 0.003 4 0.001 3 0.001 43 4.007 0.015 4.02199999999999
linked 21995 T21995C|(surface_glycoprotein:T433C(Y145H)) 155 0.259 586 0.121 50 0.122 35 0.011 163 0.034 24 0.012 49 0.022 25 0.079 474 0.215 866 0.254 200 0.078 104 0.028 2 0.002 256 0.146 2 0.001 1055 0.348 2 0.002 1055 0.348 331 0.294 36 0.002 63 0.018 163 0.034 12 0.001 200 0.078 205 0.021 3974 0.447 19 0.002 14 0.002 35 0.011 2 0.001 328 0.294 183 0.051 101 0.013 4425 0.268 187 0.019 191 0.041 757 0.049 2642 0.145 10 0.001 205 0.021 58 0.003 8 0.001 14 0.002 1283 0.054 377 0.052 36 0.002 14 0.002 19 0.002 58 0.003 1283 0.054 377 0.052 8 0.001 14 0.002 1646 0.181 4532 0.099 2 0.002 6 0.007 4 0.003 5 0.001 12 0.002 6 0.001 2 0.002 14 0.001 62 0.001 3 0.002 16 0.003 7 0.002 3 0.001 4 0.001 4 0.001 9 0.001 15 0.002 22 0.002 22 0.003 16 0.002 10 0.001 11 0.001 16 0.002 3 0.002 139 0.024 106 0.017 8 0.001 3 0.001 5 0.001 5 0.002 433 0.082 6 0.002 9 0.001 34 0.002 4 0.002 159 0.021 118 0.018 83 0.024 55 0.016 7 0.002 14 0.001 2 0.001 15 0.002 2 0.005 9 0.001 18 0.002 16 0.001 7 0.001 222 0.018 9 0.001 1 0.004 18 0.001 16 0.001 10 0.003 3 0.001 4 0.001 19 0.002 16 0.001 113 4.405 0.309 4.714
22012 A22012C|(surface_glycoprotein:A450C(K150N)) 559 0.941 4407 0.982 402 0.976 130 0.045 852 0.179 471 0.107 266 0.14 2214 0.996 131 0.992 311 0.981 2101 0.989 3253 0.972 352 0.139 95 0.026 263 0.062 485 0.304 217 0.144 2022 0.62 2022 0.62 576 0.515 1450 0.063 362 0.04 756 0.23 852 0.179 471 0.107 352 0.139 202 0.021 4047 0.521 443 0.076 90 0.009 221 0.032 130 0.045 217 0.144 567 0.513 443 0.075 270 0.078 68 0.026 3150 0.427 2757 0.174 2469 0.253 142 0.031 3935 0.256 4715 0.262 194 0.027 202 0.021 439 0.06 365 0.041 434 0.024 1396 0.193 381 0.054 2172 0.092 177 0.009 1450 0.063 221 0.032 90 0.009 434 0.024 177 0.009 2172 0.092 1396 0.193 381 0.054 1625 0.178 4493 0.099 1 0.001 86 0.009 105 0.051 80 0.03 3 0.002 285 0.046 68 15.705 0.138999999999999 15.844
22079 C22079A|(surface_glycoprotein:CAG517-519AAA(Q173K)) 204 0.531 1332 0.571 267 0.673 90 0.041 360 0.099 433 0.139 74 0.063 702 0.665 41 1 89 0.578 315 0.315 672 0.413 183 0.276 334 0.175 334 0.175 149 0.186 1346 0.068 24 0.013 360 0.099 433 0.139 8 0.001 34 0.009 66 0.011 89 0.025 90 0.041 183 0.276 149 0.186 34 0.009 745 0.199 670 0.1 607 0.199 140 0.073 582 0.134 1209 0.145 431 0.059 77 0.012 673 0.111 227 0.073 1346 0.068 89 0.025 66 0.011 77 0.012 673 0.111 227 0.073 64 0.045 281 0.066 46 8.182 0.111 8.293
22081 G22081A|(surface_glycoprotein:CAG517-519AAA(Q173K)) 204 0.531 1332 0.572 267 0.673 90 0.041 360 0.099 433 0.139 74 0.064 702 0.665 41 1 89 0.582 315 0.315 672 0.413 183 0.276 334 0.175 334 0.175 149 0.186 1346 0.068 24 0.013 360 0.099 433 0.139 8 0.001 34 0.009 66 0.011 89 0.025 90 0.041 183 0.276 149 0.186 34 0.009 745 0.199 670 0.1 607 0.199 140 0.073 582 0.134 1209 0.149 431 0.059 77 0.012 673 0.111 227 0.073 1346 0.068 89 0.025 66 0.011 77 0.012 673 0.111 227 0.073 64 0.045 281 0.066 46 8.192 0.111 8.303
22083 C22083G|(surface_glycoprotein:C521G(P174R)) 198 0.516 1332 0.572 266 0.67 89 0.04 360 0.099 433 0.139 74 0.064 703 0.666 41 1 90 0.588 315 0.315 668 0.41 183 0.276 335 0.176 335 0.176 167 0.208 1344 0.068 24 0.013 360 0.099 433 0.139 10 0.002 34 0.009 66 0.011 87 0.024 89 0.04 183 0.276 167 0.208 34 0.009 752 0.201 670 0.101 602 0.198 141 0.074 580 0.134 1208 0.149 432 0.059 78 0.012 668 0.11 230 0.073 1344 0.068 87 0.024 66 0.011 78 0.012 668 0.11 230 0.073 64 0.045 278 0.065 46 8.222 0.11 8.33199999999999
22202 C22202A|(surface_glycoprotein:C640A(R214S)) 87 0.798 227 0.735 2 0.001 202 0.081 28 0.031 2 1 33 1 266 0.93 368 0.951 18 0.014 32 0.027 76 0.127 43 0.148 154 0.269 154 0.269 45 0.117 12 0.001 130 0.081 202 0.081 18 0.014 24 0.005 991 0.414 2 0.001 1 0.001 2 0.001 43 0.148 46 0.118 2 0.001 14 0.007 7 0.007 99 0.053 47 0.027 703 0.157 665 0.171 10 0.002 24 0.005 21 0.004 6 0.001 3 0.001 522 0.096 86 0.017 50 0.02 12 0.001 21 0.004 86 0.017 522 0.096 50 0.02 6 0.001 3 0.001 2 0.003 1 0.002 2 0.002 3 0.002 1 0.001 3 0.001 2 0.001 56 8.072 0.012 8.084
22206 A22206G|(surface_glycoprotein:A644G(D215G)) 86 0.789 227 0.735 198 0.079 49 0.055 2 1 33 1 268 0.937 372 0.961 21 0.016 7 0.002 34 0.029 36 0.026 74 0.126 44 0.156 148 0.265 148 0.265 42 0.109 12 0.001 6 0.001 5 0.001 128 0.079 198 0.079 21 0.016 25 0.005 996 0.416 8 0.004 6 0.001 3 0.004 44 0.156 43 0.111 8 0.004 16 0.008 10 0.01 129 0.069 9 0.002 48 0.028 4 0.002 719 0.161 760 0.196 15 0.003 25 0.005 4 0.001 5 0.001 34 0.007 7 0.002 4 0.001 523 0.096 93 0.018 58 0.023 12 0.001 6 0.001 34 0.007 93 0.018 523 0.096 58 0.023 7 0.002 4 0.001 20 0.001 9 0.002 1 0.001 1 0.001 9 0.002 4 0.004 2 0.001 11 0.002 22 0.001 3 0.001 6 0.004 6 0.005 5 0.001 6 0.001 3 0.001 5 0.001 5 0.001 5 0.002 5 0.001 7 0.002 3 0.001 3 0.002 10 0.002 2 0.003 2 0.002 2 0.001 7 0.003 3 0.002 7 0.003 4 0.001 2 0.002 6 0.003 6 0.002 3 0.003 12 0.003 8 0.002 2 0.001 8 0.001 7 0.001 6 0.003 21 0.003 8 0.001 4 0.002 3 0.002 7 0.003 3 0.001 4 0.002 3 0.001 8 0.002 11 0.002 107 8.213 0.092 8.305
linked 22276 T22276C|(surface_glycoprotein:T714C(F238F)) 21 0.204 63 0.228 12 1 14 0.008 20 0.008 2 0.001 14 0.054 9 0.026 3 0.002 4 0.004 17 0.013 2 0.003 28 0.003 5 0.001 7 0.002 20 0.008 3 0.001 2 0.001 3 0.002 9 0.002 3 0.001 8 0.002 4 0.002 14 0.008 2 0.001 2 0.002 91 0.049 2 0.001 5 0.002 6 0.002 9 0.002 9 0.002 6 0.002 7 0.002 12 0.003 6 0.001 6 0.001 5 0.002 28 0.003 8 0.002 12 0.003 6 0.001 6 0.001 5 0.002 26 0.003 18 0.001 2 0.003 1 0.001 11 0.002 3 0.002 9 0.002 338 0.022 5 0.001 2 0.002 7 0.002 3 0.001 4 0.001 8 0.002 5 0.002 8 0.002 1 0.001 1 0.002 6 0.002 9 0.002 7 0.003 10 0.005 3 0.002 2 0.008 4 0.001 7 0.002 11 0.002 3 0.002 5 0.001 13 0.019 11 0.014 4 0.002 2 0.001 5 0.003 5 0.002 3 0.001 2 0.001 2 0.005 96 0.024 4 0.001 3 0.002 7 0.001 29 0.026 8 0.001 3 0.002 8 0.011 6 0.002 79 0.045 4 0.002 9 0.002 20 0.002 3 0.001 6 0.001 97 1.672 0.249 1.92099999999999
linked 22278 A22278G|(surface_glycoprotein:A716G(Q239R)) 20 0.194 62 0.225 12 1 12 0.007 9 0.004 3 0.002 2 0.002 14 0.054 12 0.034 3 0.002 2 0.002 3 0.002 10 0.001 5 0.001 4 0.003 9 0.004 3 0.002 3 0.002 4 0.002 12 0.007 1 0.004 1 0.003 100 0.054 8 0.002 48 0.029 26 0.008 10 0.003 4 0.001 5 0.001 6 0.001 7 0.001 3 0.001 10 0.001 7 0.001 6 0.001 3 0.001 5 0.001 10 0.001 16 0.001 2 0.003 4 0.005 1 0.002 5 0.001 4 0.001 13 0.003 4 0.001 8 0.002 4 0.001 6 0.009 4 0.001 6 0.001 5 0.002 3 0.002 1 0.004 1 0.002 2 0.001 6 0.001 8 0.003 1 0.001 2 0.003 2 0.001 2 0.001 5 0.002 4 0.001 2 0.001 1 0.001 6 0.002 4 0.002 7 0.001 2 0.002 26 0.013 8 0.002 6 0.001 2 0.001 5 0.002 4 0.002 10 0.001 3 0.001 78 1.665 0.086 1.751
22304 T22304C|(surface_glycoprotein:T742C(Y248H)) 24 1 66 0.868 15 1 12 0.019 9 0.9 4 0.002 28 0.005 3 0.002 2 0.002 12 0.019 1 0.003 1 0.002 3 0.003 12 0.022 89 0.068 1 0.001 51 0.063 559 0.173 251 0.138 1 0.001 20 0.01 7 0.001 3 0.001 57 0.036 28 0.005 20 0.01 3 0.001 7 0.001 57 0.036 9 0.001 1 0.003 1 0.001 4 0.005 4 0.005 24 0.001 1 0.002 2 0.002 2 0.001 23 0.011 4 0.001 2 0.001 5 0.001 3 0.003 3 0.002 1 0.003 2 0.001 2 0.003 3 0.001 2 0.008 3 0.002 1 0.001 5 0.002 1 0.001 2 0.001 3 0.002 3 0.001 4 0.003 57 4.393 0.068 4.46099999999999
linked 22313 C22313A|(surface_glycoprotein:C751A(P251T)) 23 0.253 65 0.065 15 1 2 0.002 15 0.03 10 0.018 12 0.001 8 0.009 13 0.008 8 0.009 2 0.002 36 0.002 1 0.002 95 0.034 36 0.002 3 0.001 5 0.001 29 0.021 6 0.001 4 0.005 10 0.005 6 0.002 1 0.01 5 0.005 24 1.437 0.051 1.488
22341 C22341T|(surface_glycoprotein:C779T(A260V)) 91 1 679 0.678 15 1 26 0.005 39 0.008 7 0.001 4 0.003 70 0.579 353 0.702 406 0.748 214 0.06 17 0.002 66 0.022 184 0.126 241 0.167 241 0.167 26 0.026 12 0.001 18 0.003 39 0.008 7 0.001 214 0.06 2249 0.381 19 0.004 9 0.001 47 0.011 8 0.003 26 0.005 26 0.026 18 0.004 15 0.005 3 0.001 13 0.005 15 0.001 245 0.062 77 0.018 238 0.032 10 0.001 24 0.002 21 0.001 13 0.001 14 0.002 48 0.004 30 0.003 8 0.002 13 0.001 38 0.006 9 0.001 48 0.004 13 0.001 38 0.006 30 0.003 8 0.002 17 0.001 4 0.001 4 0.002 3 0.002 3 0.001 13 0.001 37 0.001 13 0.001 5 0.001 14 0.004 10 0.001 23 0.005 15 0.002 23 0.002 7 0.001 4 0.001 11 0.001 22 0.002 6 0.001 18 0.002 14 0.002 6 0.001 5 0.001 2 0.001 12 0.001 6 0.001 7 0.002 13 0.001 4 0.001 5 0.002 7 0.001 20 0.005 11 0.002 14 0.001 11 0.001 1 0.001 11 0.001 6 0.001 37 0.002 8 0.002 19 0.001 30 0.002 5 0.001 2 0.001 10 0.003 9 0.001 4 0.001 18 0.001 8 0.001 102 5.968 0.073 6.041
22566 T22566C|(surface_glycoprotein:T1004C(L335S)) 16 0.941 192 0.814 16 0.593 62 0.925 45 0.425 5 0.625 22 0.537 48 0.585 2 0.4 62 0.925 2 0.4 2 0.004 60 0.188 42 0.043 43 0.045 1 0.012 6 0.03 4 0.007 1 0.002 97 0.075 4 0.007 97 0.075 1 0.002 217 0.157 2 0.003 1 0.003 1 0.003 1 0.002 28 7.82 0.008 7.828
linked 22600 A22600C|(surface_glycoprotein:A1038C(R346S)) 14 0.021 207 0.066 26 0.963 62 0.03 3 0.005 40 0.042 4 0.009 36 0.031 69 0.031 4 0.004 2 0.003 47 0.054 4 0.004 4 0.004 2 0.001 62 0.03 4 0.004 289 0.049 3 0.001 3 0.001 1 0.002 3 0.001 5 0.002 7 0.001 64 0.021 46 0.008 7 0.002 7 0.002 94 0.037 1 0.001 7 0.002 94 0.037 1 0.001 5 0.002 5 0.006 5 0.002 6 0.001 3 0.002 1 0.001 25 0.002 5 0.003 1 0.005 1 0.002 2 0.001 2 0.002 1 0.012 5 0.002 4 0.003 2 0.002 3 0.001 2 0.005 51 1.472 0.052 1.524
22661 G22661T|(surface_glycoprotein:G1099T(V367F)) 355 0.53 1820 0.576 146 0.081 845 0.4 207 0.155 275 0.437 918 0.953 54 0.982 377 0.811 687 0.577 1576 0.698 86 0.087 84 0.107 285 0.316 164 0.342 382 0.637 693 0.186 383 0.189 845 0.4 153 0.055 207 0.155 86 0.087 76 0.015 589 0.098 4 0.002 157 0.18 113 0.053 146 0.081 164 0.342 372 0.631 3 0.001 1 0.001 9 0.013 1383 0.519 3830 0.54 633 0.204 127 0.104 3700 0.487 2332 0.504 76 0.015 5011 0.75 693 0.186 17 0.004 299 0.171 4 0.002 1102 0.364 8 0.009 17 0.004 1102 0.364 8 0.009 299 0.171 4 0.002 3 0.003 6 0.001 3 0.002 2 0.001 1 0.002 1 0.001 3 0.002 2 0.001 1 0.001 1 0.012 62 14.587 0.026 14.613
22679 TCATTTT22679-22685del|(surface_glycoprotein:1117-1123del(373fs)) 205 0.292 699 0.22 728 0.34 207 0.151 67 0.136 419 0.335 685 0.301 38 0.038 186 0.183 167 0.324 306 0.26 306 0.26 257 0.4 249 0.119 728 0.34 207 0.151 38 0.038 1739 0.273 158 0.169 167 0.324 247 0.402 4 0.001 2229 0.309 29 0.009 96 0.078 3393 0.307 801 0.167 2782 0.411 1105 0.3 1105 0.3 30 6.938 0 6.938
22685 T22685C|(surface_glycoprotein:T1123C(S375P)) 210 0.299 1084 0.341 143 0.078 113 0.053 283 0.431 866 0.836 50 0.877 247 0.5 399 0.319 677 0.298 46 0.046 117 0.13 128 0.124 137 0.213 717 0.184 136 0.065 113 0.053 46 0.046 117 0.055 143 0.078 128 0.208 19 0.007 1217 0.169 600 0.19 29 0.024 278 0.025 1624 0.338 2082 0.308 704 0.184 6 0.002 327 0.176 6 0.002 327 0.176 5 0.001 3 0.002 5 0.001 36 6.836 0.003 6.839
22689 CTTTT22689-22693del|(surface_glycoprotein:1127-1131del(376fs)) 207 0.295 699 0.22 735 0.343 207 0.151 67 0.136 422 0.338 690 0.304 38 0.038 171 0.166 162 0.298 311 0.258 311 0.258 257 0.4 248 0.119 735 0.343 207 0.151 38 0.038 1744 0.273 160 0.171 162 0.298 248 0.404 4 0.001 2257 0.313 29 0.009 96 0.078 3408 0.308 807 0.168 2801 0.414 1110 0.302 1110 0.302 30 6.897 0 6.897
22690 TTT22690-22692del|(surface_glycoprotein:ACTTTT1126-1131ACTdel(TF376-377Tdel)) 409 0.583 1344 0.423 142 0.078 118 0.055 279 0.425 932 0.9 50 0.877 331 0.67 539 0.432 1032 0.454 46 0.046 117 0.13 197 0.189 495 0.408 495 0.408 140 0.218 710 0.182 137 0.066 118 0.055 161 0.055 46 0.046 113 0.053 142 0.078 130 0.212 1233 0.456 1622 0.225 610 0.193 30 0.024 276 0.025 1642 0.342 2070 0.306 697 0.182 6 0.002 326 0.176 6 0.002 326 0.176 6 0.002 37 9.152 0.002 9.154
22713 C22713T|(surface_glycoprotein:C1151T(P384L)) 683 0.99 2860 0.968 143 0.077 860 0.399 209 0.148 285 0.438 930 0.973 51 0.911 400 0.81 1178 0.97 2002 0.912 477 0.462 119 0.13 140 0.302 415 0.421 199 0.344 874 0.693 140 0.302 874 0.693 398 0.604 9 0.001 71 0.012 716 0.182 388 0.185 860 0.399 209 0.148 477 0.462 5099 0.832 4 0.002 3 0.001 165 0.172 117 0.054 143 0.077 199 0.344 380 0.603 9 0.004 1203 0.471 3884 0.534 570 0.178 127 0.102 3645 0.332 2418 0.496 8 0.001 5 0.001 4880 0.736 704 0.181 5 0.001 329 0.171 1001 0.261 1 0.001 9 0.001 3 0.001 5 0.001 1001 0.261 1 0.001 329 0.171 6 0.003 7 0.001 4 0.001 2 0.002 2 0.002 5 0.001 1 0.001 3 0.003 1 0.001 2 0.003 8 0.001 1 0.001 3 0.001 4 0.001 6 0.003 8 0.001 2 0.001 3 0.001 7 0.002 1 0.002 2 0.001 3 0.001 3 0.002 6 0.001 1 0.001 81 18.927 0.038 18.965
22785 G22785A|(surface_glycoprotein:G1223A(R408K)) 493 0.5 1682 0.388 84 0.273 19 0.009 802 0.271 203 0.099 82 0.08 965 0.398 64 0.985 203 0.321 1099 0.524 1505 0.507 128 0.067 118 0.108 259 0.214 159 0.146 934 0.626 934 0.626 311 0.342 450 0.2 802 0.271 203 0.099 128 0.067 1770 0.274 41 0.012 141 0.104 114 0.051 19 0.009 159 0.146 311 0.342 21 0.024 1267 0.382 2184 0.278 375 0.115 197 0.141 2085 0.298 763 0.155 3094 0.4 897 0.256 41 0.012 897 0.256 891 0.085 7 0.003 43 10.461 0.003 10.464
22812 A22812C|(surface_glycoprotein:A1250C(K417T)) 360 0.357 1396 0.321 317 0.988 55 0.026 176 0.059 218 0.207 1640 0.652 16 0.246 194 0.302 1026 0.475 782 0.263 148 0.077 72 0.06 261 0.208 275 0.231 194 0.129 194 0.129 170 0.18 467 0.047 65 0.014 95 0.042 176 0.059 148 0.077 411 0.063 75 0.029 42 0.012 53 0.037 11 0.005 55 0.026 275 0.231 160 0.172 76 0.029 27 0.023 22 0.025 393 0.118 139 0.018 73 0.022 146 0.104 1564 0.181 637 0.113 139 0.017 474 0.061 65 0.013 53 0.013 112 0.04 300 0.102 966 0.173 113 0.022 114 0.09 467 0.047 42 0.012 53 0.013 113 0.022 966 0.173 114 0.09 112 0.04 300 0.102 938 0.087 1 0.002 2 0.002 1 0.002 2 0.001 62 7.474 0.007 7.481
linked 22882 T22882G|(surface_glycoprotein:T1320G(N440K)) 532 0.994 3558 0.983 307 0.959 1375 0.972 1439 0.991 1485 0.992 556 0.878 1983 0.995 77 1 329 0.88 1649 0.956 2191 0.935 1456 0.966 2548 0.991 1001 0.992 748 0.995 428 0.995 611 0.861 772 0.988 650 0.994 428 0.995 650 0.994 261 0.57 5193 0.91 4152 0.994 2145 0.994 1224 0.989 1439 0.991 2077 0.992 1485 0.992 1456 0.966 3171 0.993 1961 0.853 1548 0.969 3186 0.99 1994 0.992 1008 0.992 446 0.963 1375 0.972 772 0.988 248 0.568 1555 0.969 1110 0.988 661 0.988 2166 0.906 3954 0.992 1495 0.991 1064 0.901 4622 0.9 3467 0.775 3104 0.99 3167 0.992 1760 0.824 2149 0.993 2773 0.985 2271 0.988 3826 0.968 4925 0.868 4796 0.995 1372 0.954 5193 0.91 1994 0.992 3186 0.99 2773 0.985 4796 0.995 4925 0.868 1372 0.954 2271 0.988 3826 0.968 9382 0.984 14744 0.989 4089 0.814 272 0.978 511 0.748 964 0.984 1782 0.992 3105 0.994 2278 0.99 1761 0.994 983 0.942 2101 0.992 8778 0.993 1151 0.995 2125 0.989 2513 0.99 1233 0.994 726 0.993 1012 0.636 582 0.991 1329 0.992 3130 0.994 1917 0.991 2682 0.996 2383 0.995 2620 0.995 3106 0.996 2879 0.993 2951 0.992 333 0.979 303 0.927 1457 0.99 2576 0.994 2284 0.993 2412 0.995 1574 0.995 1583 0.995 349 0.991 594 0.952 1153 0.997 3055 0.994 1341 0.999 732 0.927 864 0.997 3019 0.996 1840 0.995 667 0.994 491 0.988 950 0.993 2284 0.987 3371 0.995 1417 0.992 1542 0.992 1625 0.992 2651 0.993 785 0.991 926 0.749 2506 0.971 2479 0.992 57 1 327 0.985 579 0.997 3421 0.984 2195 0.995 2401 0.989 792 0.994 2430 0.964 1586 0.992 1504 0.991 1667 0.92 140 0.993 2711 0.996 2522 0.986 1276 0.967 1684 0.99 1027 0.994 2280 0.987 1427 0.992 573 0.993 1274 0.991 2460 0.984 3271 0.995 2484 0.996 8927 0.991 153 68.388 79.15 147.538
linked 22895 G22895C|(surface_glycoprotein:GTT1333-1335CCT(V445P)) 262 0.502 1124 0.312 114 0.365 70 0.05 242 0.168 97 0.065 95 0.153 711 0.369 76 0.987 227 0.619 787 0.465 1170 0.501 97 0.064 49 0.049 119 0.165 221 0.313 43 0.097 21 0.01 214 0.174 242 0.168 97 0.065 97 0.064 61 0.027 31 0.019 31 0.01 47 0.046 27 0.058 70 0.05 43 0.1 31 0.019 147 0.131 61 0.091 59 0.025 39 0.01 21 0.01 98 0.068 31 0.01 98 0.068 9374 0.99 14165 0.964 4066 0.816 222 0.097 3080 0.972 2291 0.939 8883 0.994 45 9.237 3.002 12.239
linked 22896 T22896C|(surface_glycoprotein:GTT1333-1335CCT(V445P)) 262 0.506 1124 0.312 114 0.367 70 0.05 242 0.168 97 0.065 95 0.154 711 0.372 76 0.987 227 0.622 787 0.472 1170 0.502 97 0.064 49 0.049 119 0.165 221 0.313 43 0.102 21 0.01 214 0.174 242 0.168 97 0.065 97 0.064 61 0.027 31 0.019 31 0.01 47 0.046 27 0.058 70 0.05 43 0.104 31 0.019 147 0.131 61 0.092 59 0.025 39 0.01 21 0.01 98 0.068 31 0.01 98 0.068 9374 0.99 14165 0.964 4066 0.816 222 0.097 3080 0.972 2291 0.939 8883 0.994 45 9.268 3.002 12.27
linked 22896 T22896C|(surface_glycoprotein:T1334C(V445A)) 254 0.49 2429 0.675 197 0.633 29 0.021 9 0.006 139 0.225 1197 0.626 136 0.373 879 0.527 1149 0.493 186 0.124 104 0.04 50 0.05 31 0.072 172 0.244 243 0.313 394 0.602 31 0.072 394 0.602 166 0.395 408 0.073 17 0.004 164 0.076 151 0.122 66 0.032 9 0.006 186 0.124 11 0.003 1167 0.515 87 0.055 17 0.005 45 0.022 3 0.003 12 0.026 29 0.021 243 0.313 165 0.4 86 0.054 90 0.08 35 0.053 922 0.386 556 0.14 343 0.228 277 0.237 1359 0.346 1848 0.496 231 0.074 11 0.003 464 0.219 164 0.076 82 0.029 334 0.146 295 0.082 620 0.139 131 0.027 110 0.077 408 0.073 45 0.022 17 0.005 82 0.029 131 0.027 620 0.139 110 0.077 334 0.146 295 0.082 886 0.178 1 0.001 18 0.01 12 0.004 4 0.002 6 0.003 11 0.011 11 0.005 63 0.007 5 0.004 10 0.005 30 0.012 2 0.002 2 0.003 2 0.001 2 0.003 4 0.003 8 0.003 7 0.004 10 0.004 11 0.005 14 0.005 9 0.003 5 0.002 8 0.003 1 0.003 2 0.001 6 0.002 3 0.001 23 0.015 5 0.003 17 0.027 5 0.004 11 0.004 3 0.002 3 0.004 2 0.002 3 0.002 4 0.006 3 0.006 112 0.117 5 0.001 4 0.003 5 0.003 7 0.004 6 0.002 3 0.004 2 0.002 11 0.004 10 0.004 1 0.003 3 0.005 5 0.001 104 0.047 14 0.006 2 0.003 21 0.008 7 0.004 2 0.001 13 0.007 20 0.008 11 0.006 8 0.008 12 0.005 11 0.008 7 0.005 9 0.004 132 12.053 0.46 12.513
22901 GGTA22901-22904del|(surface_glycoprotein:GGTAATTAT1339-1347AATdel(GNY447-449Ndel)) 14 0.004 27 0.019 108 0.178 61 0.037 36 0.015 93 0.037 50 0.126 393 0.077 156 0.073 57 0.027 71 0.045 39 0.019 27 0.019 50 0.126 71 0.045 26 0.023 21 0.032 840 0.353 546 0.137 305 0.203 169 0.145 1164 0.297 1085 0.293 206 0.066 110 0.053 156 0.073 73 0.026 317 0.14 256 0.072 253 0.057 111 0.023 64 0.045 393 0.077 39 0.019 73 0.026 111 0.023 253 0.057 64 0.045 317 0.14 256 0.072 846 0.058 41 3.402 0 3.402
22906 TT22906-22907del|(surface_glycoprotein:GGTAATTAT1339-1347AATdel(GNY447-449Ndel)) 14 0.004 27 0.019 108 0.178 61 0.037 36 0.015 93 0.037 50 0.126 393 0.077 156 0.073 57 0.027 71 0.045 39 0.019 27 0.019 50 0.126 71 0.045 26 0.023 21 0.032 840 0.353 546 0.137 305 0.203 169 0.145 1164 0.297 1085 0.293 206 0.066 110 0.053 156 0.073 73 0.026 317 0.14 256 0.072 253 0.057 111 0.023 64 0.045 393 0.077 39 0.019 73 0.026 111 0.023 253 0.057 64 0.045 317 0.14 256 0.072 846 0.058 41 3.402 0 3.402
22907 T22907C|(surface_glycoprotein:T1345C(Y449H)) 515 0.996 3516 0.977 302 0.971 71 0.051 244 0.172 104 0.07 123 0.203 1902 0.995 77 1 334 0.918 1560 0.935 2168 0.931 259 0.172 3 0.001 96 0.098 118 0.166 30 0.07 364 0.517 240 0.31 395 0.604 30 0.07 395 0.604 157 0.396 22 0.01 359 0.291 244 0.172 3 0.001 104 0.07 259 0.172 928 0.412 33 0.021 32 0.01 2 0.001 48 0.049 27 0.058 71 0.051 240 0.31 157 0.396 33 0.021 2 0.002 52 0.022 106 0.091 229 0.058 491 0.132 346 0.166 22 0.01 5 0.001 367 0.082 2 0.001 2 0.001 32 0.01 367 0.082 2 0.001 5 0.001 16 0.001 883 0.177 1 0.001 1 0.001 6 0.003 4 0.001 2 0.001 6 0.002 5 0.003 1 0.002 7 0.002 3 0.001 4 0.001 3 0.01 10 0.006 16 0.026 3 0.002 2 0.003 1 0.001 1 0.002 5 0.002 3 0.002 26 0.017 9 0.006 8 0.003 3 0.009 1 0.002 3 0.001 8 0.003 1 0.001 4 0.002 2 0.001 2 0.001 5 0.002 3 0.002 2 0.001 1 0.002 5 0.002 92 14.11 0.127 14.237
linked 22917 T22917A|(surface_glycoprotein:T1355A(L452Q)) 91 0.176 461 0.128 10 0.032 924 0.661 598 0.422 894 0.602 173 0.285 283 0.148 15 0.041 362 0.217 301 0.129 404 0.269 241 0.095 46 0.047 164 0.231 234 0.543 103 0.146 124 0.16 322 0.492 234 0.543 322 0.492 85 0.215 391 0.077 382 0.092 281 0.131 685 0.556 598 0.422 237 0.114 894 0.602 404 0.269 1452 0.644 107 0.067 81 0.025 136 0.068 160 0.164 184 0.397 924 0.661 124 0.16 85 0.215 107 0.067 27 0.024 22 0.033 851 0.358 564 0.142 313 0.208 174 0.149 1200 0.306 1103 0.297 216 0.069 109 0.052 281 0.131 75 0.027 334 0.147 269 0.076 260 0.058 111 0.023 196 0.138 391 0.077 136 0.068 81 0.025 75 0.027 111 0.023 260 0.058 196 0.138 334 0.147 269 0.076 860 0.059 218 0.319 1 0.001 2 0.001 5 0.002 11 0.011 39 0.019 1188 0.139 468 0.407 764 0.358 983 0.388 804 0.652 444 0.614 89 0.056 85 0.064 70 0.022 554 0.288 16 0.006 152 0.064 177 0.068 444 0.154 9 0.003 11 0.033 176 0.57 756 0.52 95 0.037 412 0.17 406 0.258 66 0.189 419 0.727 2 0.001 9 0.012 1 0.001 186 0.104 192 0.294 204 0.419 207 0.219 251 0.111 472 0.14 80 0.03 118 0.15 510 0.417 982 0.384 729 0.292 53 0.162 2 0.001 3 0.001 2 0.001 2 0.003 3 0.001 116 13.741 8.883 22.624
22920 A22920T|(surface_glycoprotein:A1358T(Y453F)) 14 0.004 2 0.006 28 0.02 3 0.002 115 0.189 16 0.044 73 0.044 78 0.033 97 0.038 52 0.131 386 0.076 158 0.074 2 0.002 60 0.029 3 0.002 74 0.046 41 0.021 11 0.024 28 0.02 52 0.131 73 0.046 26 0.023 21 0.032 959 0.403 559 0.14 310 0.206 173 0.148 1169 0.298 1102 0.297 213 0.068 106 0.051 158 0.074 77 0.028 329 0.145 268 0.075 252 0.056 114 0.024 64 0.045 386 0.076 41 0.021 77 0.028 114 0.024 252 0.056 64 0.045 329 0.145 268 0.075 860 0.059 1 0.004 1 0.001 4 0.001 3 0.001 51 3.624 0.007 3.631
linked 23010 T23010C|(surface_glycoprotein:T1448C(V483A)) 66 0.293 1266 0.484 57 0.509 48 0.044 126 0.23 2 0.003 70 0.251 188 0.351 68 0.958 176 0.846 361 0.408 850 0.487 55 0.088 105 0.069 29 0.044 31 0.078 50 0.227 62 0.408 202 0.111 45 0.014 127 0.113 108 0.103 126 0.23 63 0.049 2 0.003 55 0.088 41 0.019 11 0.007 115 0.087 24 0.011 16 0.016 13 0.038 48 0.044 61 0.404 115 0.087 8 0.003 23 0.015 2074 0.329 512 0.049 889 0.158 171 0.078 1823 0.165 2008 0.152 151 0.064 41 0.019 261 0.219 126 0.112 77 0.008 267 0.199 1056 0.1 662 0.082 27 0.002 331 0.106 202 0.111 16 0.016 24 0.011 77 0.008 27 0.002 662 0.082 331 0.106 267 0.199 1056 0.1 332 0.016 301 0.012 15 0.003 5 0.003 8 0.003 2 0.002 4 0.003 2 0.004 7 0.003 2 0.002 8 0.004 5 0.007 5 0.004 3 0.003 3 0.001 2 0.002 2 0.001 3 0.002 3 0.002 3 0.001 6 0.004 4 0.004 9 0.005 6 0.005 2 0.002 4 0.004 1 0.006 3 0.003 1 0.004 8 0.004 4 0.004 1 0.002 1 0.004 1 0.002 7 0.007 6 0.002 3 0.004 2 0.003 2 0.002 5 0.003 6 0.011 3 0.004 6 0.004 9 0.004 4 0.002 8 0.001 15 0.002 27 0.004 7 0.002 48 0.015 4 0.002 1 0.001 13 0.002 24 0.002 13 0.005 37 0.004 16 0.003 41 0.008 35 0.003 16 0.004 6 0.003 13 0.003 4 0.003 37 0.004 22 0.004 54 0.004 128 9.728 0.225 9.953
23012 G23012C|(surface_glycoprotein:G1450C(E484Q)) 73 0.324 726 0.277 20 0.179 23 0.042 5 0.018 68 0.127 17 0.082 226 0.255 504 0.289 19 0.03 8 0.005 48 0.072 37 0.168 17 0.143 45 0.296 36 0.034 23 0.042 19 0.03 120 0.074 31 0.015 17 0.143 45 0.298 205 0.093 1733 0.131 94 0.079 180 0.022 31 0.015 180 0.022 11 0.068 1 0.001 30 3.305 0.069 3.374
23012 G23012C|(surface_glycoprotein:GAA1450-1452CCA(E484P)) 151 0.671 1844 0.704 89 0.795 46 0.042 126 0.23 116 0.149 70 0.251 458 0.856 71 1 191 0.918 656 0.741 1240 0.71 157 0.252 102 0.067 74 0.111 76 0.19 28 0.322 75 0.341 19 0.16 195 0.961 28 0.322 195 0.961 63 0.414 198 0.109 32 0.01 126 0.112 278 0.266 126 0.23 60 0.046 116 0.149 157 0.252 29 0.013 883 0.542 112 0.085 20 0.01 15 0.015 39 0.113 46 0.042 19 0.16 62 0.411 112 0.085 21 0.014 2029 0.322 463 0.045 880 0.157 172 0.078 2318 0.21 1924 0.146 143 0.061 29 0.013 257 0.215 126 0.112 29 0.003 266 0.198 892 0.085 652 0.081 316 0.101 198 0.109 15 0.015 20 0.01 29 0.003 652 0.081 316 0.101 266 0.198 892 0.085 1 0.001 1 0.002 67 16.261 0.003 16.264
23013 A23013C|(surface_glycoprotein:GAA1450-1452CCA(E484P)) 151 0.671 1844 0.704 89 0.795 46 0.042 126 0.23 116 0.149 70 0.251 458 0.856 71 1 191 0.918 656 0.741 1240 0.71 157 0.252 102 0.067 74 0.111 76 0.19 28 0.322 75 0.341 19 0.16 195 0.961 28 0.322 195 0.961 63 0.414 198 0.109 32 0.01 126 0.112 278 0.266 126 0.23 60 0.046 116 0.149 157 0.252 29 0.013 883 0.542 112 0.085 20 0.01 15 0.015 39 0.113 46 0.042 19 0.16 62 0.411 112 0.085 21 0.014 2029 0.322 463 0.045 880 0.157 172 0.078 2318 0.21 1924 0.146 143 0.061 29 0.013 257 0.215 126 0.112 29 0.003 266 0.198 892 0.085 652 0.081 316 0.101 198 0.109 15 0.015 20 0.01 29 0.003 652 0.081 316 0.101 266 0.198 892 0.085 1 0.001 1 0.002 67 16.261 0.003 16.264
23018 T23018G|(surface_glycoprotein:TTT1456-1458GCT(F486A)) 149 0.662 2235 0.854 98 0.875 49 0.045 148 0.27 17 0.022 75 0.269 296 0.553 68 0.958 201 0.966 709 0.801 1615 0.925 105 0.169 111 0.073 122 0.183 76 0.19 100 0.455 23 0.193 108 0.711 200 0.11 35 0.011 127 0.113 315 0.302 148 0.27 64 0.05 17 0.022 105 0.169 32 0.015 520 0.319 116 0.088 53 0.025 16 0.016 39 0.113 49 0.045 23 0.193 107 0.709 116 0.088 7 0.002 28 0.019 2122 0.337 516 0.05 892 0.159 386 0.175 2347 0.212 4267 0.323 145 0.062 32 0.015 355 0.297 126 0.112 239 0.024 265 0.198 1076 0.102 851 0.106 36 0.003 337 0.108 200 0.11 16 0.016 53 0.025 239 0.024 36 0.003 851 0.106 337 0.108 265 0.198 1076 0.102 279 0.013 239 0.01 7 0.004 5 0.002 5 0.004 2 0.004 2 0.002 2 0.002 2 0.002 10 0.005 3 0.002 2 0.001 5 0.002 3 0.002 3 0.016 11 0.068 3 0.004 2 0.001 1 0.001 2 0.009 4 0.002 7 0.011 2 0.002 3 0.002 1 0.002 2 0.001 10 0.004 17 0.003 21 0.003 38 0.005 10 0.003 18 0.006 5 0.003 2 0.003 34 0.005 39 0.004 7 0.002 28 0.003 20 0.004 25 0.005 72 0.007 15 0.004 13 0.006 16 0.003 3 0.002 6 0.001 110 14.851 0.227 15.078
23019 T23019C|(surface_glycoprotein:TTT1456-1458GCT(F486A)) 149 0.662 2235 0.854 98 0.875 49 0.045 148 0.27 17 0.022 75 0.269 296 0.553 68 0.958 201 0.966 709 0.801 1615 0.925 105 0.169 111 0.073 122 0.183 76 0.19 100 0.455 23 0.193 108 0.711 200 0.11 35 0.011 127 0.113 315 0.302 148 0.27 64 0.05 17 0.022 105 0.169 32 0.015 520 0.319 116 0.088 53 0.025 16 0.016 39 0.113 49 0.045 23 0.193 107 0.709 116 0.088 7 0.002 28 0.019 2122 0.337 516 0.05 892 0.159 386 0.175 2347 0.212 4267 0.323 145 0.062 32 0.015 355 0.297 126 0.112 239 0.024 265 0.198 1076 0.102 851 0.106 36 0.003 337 0.108 200 0.11 16 0.016 53 0.025 239 0.024 36 0.003 851 0.106 337 0.108 265 0.198 1076 0.102 279 0.013 239 0.01 7 0.004 5 0.002 5 0.004 2 0.004 2 0.002 2 0.002 2 0.002 10 0.005 3 0.002 2 0.001 5 0.002 3 0.002 3 0.016 11 0.068 3 0.004 2 0.001 1 0.001 2 0.009 4 0.002 7 0.011 2 0.002 3 0.002 1 0.002 2 0.001 10 0.004 17 0.003 21 0.003 38 0.005 10 0.003 18 0.006 5 0.003 2 0.003 34 0.005 39 0.004 7 0.002 28 0.003 20 0.004 25 0.005 72 0.007 15 0.004 13 0.006 16 0.003 3 0.002 6 0.001 110 14.851 0.227 15.078
23039 C23039A|(surface_glycoprotein:C1477A(Q493K)) 224 0.996 2523 0.964 104 0.929 46 0.042 147 0.268 114 0.146 75 0.269 533 0.996 70 0.986 208 1 901 0.987 1675 0.959 176 0.283 110 0.073 74 0.111 76 0.19 28 0.322 111 0.505 36 0.303 194 0.956 28 0.322 194 0.956 108 0.711 200 0.11 33 0.01 127 0.113 307 0.294 147 0.268 60 0.046 114 0.146 176 0.283 30 0.014 1009 0.619 113 0.086 51 0.024 14 0.014 38 0.11 46 0.042 36 0.303 107 0.709 113 0.086 899 0.143 22 0.002 390 0.069 238 0.108 1340 0.121 3613 0.274 142 0.061 30 0.014 355 0.297 126 0.112 23 0.002 264 0.197 87 0.008 181 0.022 99 0.032 200 0.11 14 0.014 51 0.024 23 0.002 181 0.022 99 0.032 264 0.197 87 0.008 283 0.014 241 0.01 2 0.004 2 0.002 1 0.001 1 0.001 10 0.062 16 0.002 6 0.001 16 0.002 7 0.003 75 18.446 0.078 18.524
23054 C23054A|(surface_glycoprotein:C1492A(Q498K)) 4 0.002 46 0.165 2 0.001 102 0.067 59 0.388 93 0.051 32 0.01 75 0.067 60 0.046 30 0.014 84 0.064 20 0.01 16 0.016 58 0.384 84 0.064 21 0.014 1281 0.203 458 0.044 492 0.088 138 0.063 1479 0.134 1053 0.08 66 0.028 30 0.014 30 0.025 75 0.067 121 0.012 261 0.195 1028 0.098 654 0.081 220 0.07 93 0.051 16 0.016 20 0.01 121 0.012 654 0.081 220 0.07 261 0.195 1028 0.098 1 0.001 40 3.098 0.001 3.099
23054 RATG13 C23054T|(surface_glycoprotein:CAA1492-1494TAC(Q498Y)) 205 0.911 2448 0.935 105 0.938 47 0.043 149 0.272 114 0.146 24 0.086 533 0.996 71 1 201 0.966 831 0.91 1592 0.912 172 0.276 94 0.141 77 0.193 28 0.322 113 0.514 36 0.303 196 0.966 28 0.322 196 0.966 4 0.026 10 0.009 312 0.299 149 0.272 114 0.146 172 0.276 893 0.548 31 0.024 39 0.113 47 0.043 36 0.303 4 0.026 31 0.024 538 0.049 9 0.008 100 0.032 100 0.032 894 0.154 194 0.155 11 0.068 41 14.502 0.223 14.725
23056 RATG13 A23056C|(surface_glycoprotein:CAA1492-1494TAC(Q498Y)) 205 0.911 2448 0.935 105 0.938 47 0.043 149 0.272 114 0.146 24 0.086 533 0.996 71 1 201 0.966 831 0.91 1592 0.912 172 0.276 94 0.141 77 0.193 28 0.322 113 0.514 36 0.303 196 0.966 28 0.322 196 0.966 4 0.026 10 0.009 312 0.299 149 0.272 114 0.146 172 0.276 893 0.548 31 0.024 39 0.113 47 0.043 36 0.303 4 0.026 31 0.024 538 0.049 9 0.008 100 0.032 100 0.032 892 0.154 194 0.155 11 0.068 41 14.502 0.223 14.725
23057 C23057T|(surface_glycoprotein:C1495T(P499S)) 192 0.853 2222 0.849 93 0.83 50 0.045 150 0.274 115 0.148 38 0.136 522 0.976 71 1 154 0.74 771 0.844 1379 0.79 161 0.258 94 0.141 77 0.193 28 0.322 114 0.518 36 0.303 195 0.961 28 0.322 195 0.961 4 0.002 289 0.277 150 0.274 115 0.148 161 0.258 867 0.532 2 0.004 35 0.101 50 0.045 36 0.303 1 0.007 2 0.001 227 0.036 77 0.035 544 0.049 99 0.032 4 0.002 99 0.032 2 0.006 2 0.001 2 0.001 5 0.003 1 0.001 11 0.068 1 0.002 2 0.001 2 0.001 1 0.017 40 0.005 12 0.002 7 0.001 5 0.001 53 13.602 0.11 13.712
linked 23063 A23063T|(surface_glycoprotein:A1501T(N501Y)) 19 0.084 157 0.06 7 0.062 1048 0.953 399 0.728 663 0.851 251 0.9 7 0.034 76 0.083 143 0.082 448 0.718 1491 0.985 571 0.857 319 0.799 59 0.678 105 0.477 83 0.697 7 0.034 59 0.678 7 0.034 147 0.961 1808 0.994 3132 0.994 1105 0.982 726 0.695 399 0.728 1282 0.993 663 0.851 448 0.718 2156 0.996 727 0.446 1286 0.976 2074 0.994 1001 0.995 463 0.996 304 0.881 1048 0.953 83 0.697 145 0.954 1286 0.976 2959 0.994 1484 0.996 6238 0.99 9688 0.936 5581 0.993 2190 0.995 10438 0.945 13105 0.993 2340 0.999 2154 0.996 1184 0.992 1105 0.983 9985 0.995 1337 0.997 10462 0.993 8000 0.992 10960 0.994 3000 0.96 1808 0.994 1001 0.995 2074 0.994 9985 0.995 10960 0.994 8000 0.992 3000 0.96 1337 0.997 10462 0.993 20743 0.996 24479 0.994 4882 0.841 20 1 26 0.133 36 0.973 1791 0.998 2680 0.996 1227 0.994 1216 0.992 550 0.987 1253 0.996 2755 0.995 895 0.994 1305 0.999 2263 0.996 669 0.999 342 0.994 759 0.606 332 0.997 875 0.994 2188 0.995 1108 0.998 1536 0.995 1460 0.995 1553 0.994 2274 0.996 1393 0.996 1378 0.994 185 1 101 1 902 0.996 1773 0.993 1125 0.998 1282 0.997 938 0.997 429 0.984 40 1 150 0.926 816 0.998 1866 0.994 575 0.608 450 0.996 223 0.978 2035 0.996 1079 0.996 441 1 277 1 613 0.994 1047 0.997 2448 0.994 854 0.998 612 0.997 1061 0.996 1831 0.994 559 0.996 619 0.727 1299 0.95 2190 0.995 11 1 57 0.983 2493 0.994 6423 0.994 7468 0.997 7401 0.995 3112 0.996 3209 0.98 1963 0.996 786 0.997 6320 0.994 253 0.996 11062 0.994 2832 0.991 7024 0.786 5158 0.996 4957 0.997 10322 0.995 4142 0.986 2257 0.994 4667 0.995 1410 0.997 10514 0.996 5939 0.994 14063 0.995 151 57.062 78.339 135.401
23064 A23064G|(surface_glycoprotein:A1502G(N501S)) 204 0.907 2438 0.931 104 0.929 48 0.043 148 0.265 113 0.144 24 0.085 534 0.998 71 1 200 0.957 837 0.917 1597 0.915 173 0.277 93 0.138 76 0.19 28 0.318 113 0.511 36 0.29 195 0.961 28 0.318 195 0.961 5 0.025 10 0.009 314 0.301 148 0.265 113 0.144 173 0.277 898 0.55 31 0.023 39 0.113 48 0.043 36 0.29 5 0.026 31 0.023 533 0.028 9 0.008 1 0.005 11 0.067 38 14.18 0.072 14.2519999999999
linked 23075 RATG13 T23075C|(surface_glycoprotein:T1513C(Y505H)) 195 0.855 2319 0.881 100 0.84 1093 0.987 566 0.998 778 0.992 183 0.642 549 0.987 71 1 154 0.733 794 0.857 1336 0.762 578 0.922 1401 0.925 639 0.949 397 0.993 89 1 231 0.991 136 0.993 202 0.995 89 1 202 0.995 76 0.373 2109 0.878 3136 0.979 1008 0.891 1044 0.999 566 0.998 1237 0.947 778 0.992 578 0.922 2138 0.979 1534 0.927 1229 0.924 2022 0.966 985 0.97 467 0.994 338 0.98 1093 0.987 136 0.993 76 0.386 1229 0.924 3030 0.994 1513 0.995 5516 0.846 10020 0.934 5696 0.922 2013 0.876 18412 0.93 16123 0.773 2197 0.933 2136 0.98 854 0.694 1008 0.89 10504 0.989 1082 0.797 15886 0.987 13283 0.964 11066 0.995 3233 0.992 2109 0.878 985 0.97 2022 0.966 10504 0.989 11066 0.995 13283 0.964 3233 0.992 1082 0.797 15886 0.987 21157 0.979 24384 0.981 4972 0.841 20 1 27 0.138 36 0.973 1781 0.993 2675 0.992 1269 0.991 1243 0.99 537 0.952 1256 0.992 2800 0.993 895 0.991 1298 0.994 2259 0.994 675 0.991 342 0.986 751 0.599 355 0.994 888 0.99 2212 0.993 1109 0.993 1536 0.994 1459 0.99 1566 0.989 2282 0.992 1412 0.992 1407 0.992 188 0.995 78 0.765 912 1 1783 0.997 1126 0.999 1281 0.995 942 0.998 440 0.991 40 0.976 162 0.994 814 0.993 1868 0.992 579 0.606 438 0.965 349 0.989 2089 0.994 1088 0.997 439 0.993 273 0.982 617 0.998 1062 0.995 2456 0.994 861 0.997 645 0.997 1076 0.994 1827 0.99 553 0.984 617 0.717 1312 0.948 2186 0.994 11 1 64 0.985 2633 0.994 6452 0.994 7544 0.994 7768 0.994 3207 0.987 3709 0.991 1978 0.996 787 0.991 6553 0.992 462 0.998 20748 0.993 2929 0.987 12427 0.791 5206 0.996 4995 0.995 10395 0.988 4274 0.995 2377 0.993 4774 0.994 1402 0.985 10933 0.985 5989 0.991 14322 0.993 153 66.136 77.919 144.055
23119 T23119A|(surface_glycoprotein:T1557A(H519Q)) 7 0.127 11 0.026 8 0.067 49 0.557 6 0.067 49 0.237 3 0.3 4 0.121 59 0.252 30 0.143 2 0.667 16 0.281 13 0.148 22 0.458 49 0.557 56 0.309 20 0.69 16 0.281 13 0.159 64 0.012 204 0.14 566 0.061 1752 0.159 105 0.268 136 0.017 195 0.032 1 0.001 20 0.69 195 0.032 136 0.017 3 0.001 4 0.001 3 0.001 17 0.003 11 0.001 137 0.016 36 6.877 0.022 6.899
linkedubiq 23403 Delta A23403G|(surface_glycoprotein:A1841G(D614G)) 1937 0.998 14272 0.994 1447 0.994 7833 0.973 6661 0.978 6947 0.975 4976 0.984 5963 0.992 248 0.996 1249 0.994 8730 0.996 13747 0.994 4488 0.994 10360 0.985 5622 0.989 3951 0.984 501 0.986 2008 0.961 1130 0.976 2477 0.987 501 0.986 2477 0.987 764 0.974 20684 0.983 13401 0.989 10051 0.983 10387 0.973 6661 0.978 11766 0.986 6947 0.975 4488 0.994 14130 0.984 7801 0.991 8707 0.95 14971 0.985 8867 0.979 4362 0.99 3841 0.975 7833 0.973 1130 0.976 752 0.969 8781 0.948 4052 0.991 2361 0.995 7393 0.987 17430 0.975 6340 0.979 2198 0.986 8362 0.983 13511 0.985 14456 0.972 14105 0.981 3711 0.97 10089 0.98 8842 0.974 15294 0.98 12547 0.964 16830 0.983 13147 0.983 4456 0.975 20684 0.983 8867 0.979 14971 0.985 8842 0.974 13147 0.983 16830 0.983 4456 0.975 15294 0.98 12547 0.964 24192 0.98 39999 0.988 6179 0.981 809 0.988 671 0.988 1255 0.977 2135 0.975 14968 0.973 4324 0.979 7896 0.985 6315 0.918 9511 0.984 38744 0.98 6488 0.98 10366 0.983 13676 0.979 6053 0.983 3659 0.978 3295 0.982 2347 0.975 2499 0.974 8889 0.988 11533 0.989 22125 0.988 11985 0.983 9550 0.975 17744 0.989 9191 0.985 9562 0.987 4380 0.979 1854 0.993 4815 0.99 4820 0.972 8852 0.993 9035 0.995 4792 0.994 1932 0.968 522 0.96 1559 0.949 9309 0.988 13317 0.982 11524 0.985 4826 0.953 3499 0.988 8705 0.985 9198 0.989 5893 0.985 3623 0.984 7444 0.989 6477 0.991 6950 0.993 1529 0.988 7203 0.987 8506 0.988 13514 0.974 4214 0.977 4072 0.985 12432 0.984 9038 0.979 158 0.981 751 0.98 1081 0.984 14011 0.992 9070 0.99 7519 0.981 2768 0.992 8547 0.963 7724 0.992 5862 0.971 7616 0.974 242 0.98 9691 0.876 10779 0.962 11362 0.99 9473 0.973 4672 0.972 14197 0.965 15321 0.975 3930 0.971 10069 0.988 11635 0.982 18610 0.98 6495 0.987 23254 0.986 153 70.656 79.319 149.975
23427 T23427G|(surface_glycoprotein:T1865G(V622G)) 421 0.237 2545 0.181 333 0.235 84 0.011 298 0.045 556 0.114 2699 0.461 449 0.375 2380 0.293 3960 0.291 354 0.08 615 0.296 97 0.084 727 0.29 727 0.29 160 0.21 601 0.029 12 0.001 769 0.073 298 0.045 24 0.002 354 0.08 3743 0.487 18 0.002 124 0.008 84 0.011 97 0.084 160 0.21 18 0.002 5 0.001 3 0.001 192 0.026 348 0.02 11 0.002 120 0.054 461 0.056 1598 0.122 1044 0.071 12 0.001 33 0.004 22 0.002 601 0.029 124 0.008 33 0.004 22 0.002 4 0.002 5 0.001 33 0.005 14 0.001 14 0.001 4 0.002 4 0.002 13 0.001 7 0.004 2 0.004 6 0.004 7 0.001 8 0.001 1 0.006 1 0.001 10 0.001 44 0.005 8 0.001 12 0.001 48 0.004 19 0.002 10 0.002 37 0.003 29 0.002 5 0.001 23 0.001 71 4.93 0.059 4.989
24044 C24044G|(surface_glycoprotein:C2482G(L828V)) 299 0.623 506 0.104 37 0.023 435 0.232 434 0.212 135 0.147 281 0.315 205 0.227 37 0.023 135 0.147 1572 0.469 1 0.002 281 0.316 248 0.065 1077 0.285 858 0.165 858 0.165 1 0.001 1 0.001 3 0.001 20 3.52 0.003 3.523
24044 C24044T|(surface_glycoprotein:C2482T(L828F)) 140 0.292 4191 0.864 49 0.028 105 0.066 275 0.099 252 0.316 3553 0.953 85 0.885 543 0.98 1375 0.732 1525 0.746 114 0.124 299 0.073 2 0.001 176 0.364 210 0.236 4345 0.252 190 0.051 105 0.066 275 0.099 114 0.124 645 0.193 249 0.068 136 0.31 49 0.028 176 0.364 210 0.236 249 0.068 91 0.118 98 0.031 5 0.002 117 0.096 1410 0.372 792 0.209 190 0.051 850 0.164 126 0.067 4345 0.252 850 0.164 126 0.067 21 0.018 2 0.001 1 0.001 87 0.094 4 0.001 1 0.001 52 0.034 42 0.034 1 0.001 1 0.009 5 0.001 3 0.001 52 10.211 0.196 10.407
24380 T24380A|(surface_glycoprotein:T2818A(S940T)) 347 0.956 2164 0.832 453 0.915 66 0.021 174 0.07 199 0.085 202 0.142 2040 0.84 140 0.993 193 0.873 1539 0.901 1363 0.856 114 0.06 197 0.062 166 0.081 246 0.289 62 0.232 541 0.321 541 0.321 186 0.395 13 0.001 154 0.024 316 0.138 174 0.07 118 0.023 199 0.085 114 0.06 963 0.311 336 0.124 89 0.012 2 0.001 1 0.002 66 0.021 62 0.232 184 0.39 331 0.121 16 0.021 1021 0.246 621 0.243 572 0.143 286 0.056 154 0.033 378 0.056 13 0.001 89 0.012 154 0.033 378 0.056 1 0.002 2 0.002 7 0.001 1 0.001 72 0.051 2 0.002 2 0.002 2 0.001 4 0.001 5 0.001 328 0.093 58 11.76 0.157 11.917
25020 A25020C|(surface_glycoprotein:A3458C(D1153A)) 252 0.996 3555 0.989 113 0.966 80 0.141 454 0.335 439 0.28 269 0.553 1937 0.994 49 1 227 1 972 0.997 2300 0.995 122 0.177 232 0.191 174 0.198 116 0.479 272 0.493 62 0.419 474 0.591 116 0.479 474 0.591 273 0.825 240 0.076 308 0.193 343 0.44 454 0.335 439 0.28 122 0.177 2184 0.894 117 0.114 15 0.009 90 0.095 75 0.143 33 0.113 80 0.141 62 0.419 273 0.827 117 0.114 118 0.092 89 0.113 572 0.273 1139 0.197 1962 0.55 140 0.145 1017 0.345 1324 0.298 221 0.162 307 0.193 177 0.046 173 0.07 31 0.007 461 0.081 5 0.003 90 0.095 15 0.009 177 0.046 461 0.081 31 0.007 5 0.003 173 0.07 2007 0.117 1 0.003 73 0.316 1 0.001 4 0.002 4 0.002 3 0.001 127 0.115 68 21.062 0.44 21.502
linked 25088 G25088T|(surface_glycoprotein:G3526T(V1176F)) 133 0.985 2209 0.994 48 0.485 197 0.912 298 0.909 50 0.926 1607 0.986 49 1 215 0.991 565 0.995 1478 0.989 88 0.854 140 0.848 123 0.724 74 0.831 66 0.943 139 0.885 2 0.003 223 0.368 270 0.763 197 0.912 298 0.909 88 0.854 1721 0.975 16 0.097 84 0.743 48 0.485 66 0.943 142 0.887 1 0.03 125 0.127 80 0.139 135 0.124 864 0.229 1555 0.618 143 0.326 1746 0.353 2176 0.317 234 0.371 134 0.048 7 0.001 59 0.011 472 0.111 2 0.003 16 0.097 134 0.048 472 0.111 59 0.011 7 0.001 1 0.333 1 0.01 1 0.004 1 0.019 1 0.025 2 0.008 1 0.091 1 0.014 40 0.58 1 0.25 1 0.01 1 0.001 256 0.132 2 0.002 6 0.002 2 0.002 3 0.003 6 0.001 6 0.001 4 0.002 2 0.001 70 26.272 1.4909999999999899 27.7629999999999
25116 G25116A|(surface_glycoprotein:G3554A(R1185H)) 132 0.311 2215 0.62 48 0.035 197 0.083 304 0.135 54 0.029 1617 0.76 49 0.544 216 0.681 563 0.472 1486 0.687 88 0.057 143 0.057 119 0.056 70 0.103 61 0.488 140 0.286 244 0.078 264 0.176 197 0.083 304 0.135 88 0.057 1726 0.491 16 0.006 3 0.002 83 0.059 48 0.035 61 0.488 142 0.289 123 0.07 81 0.073 132 0.052 853 0.116 1575 0.346 142 0.129 1583 0.285 2165 0.293 253 0.08 134 0.022 53 0.006 475 0.077 3 0.002 16 0.006 134 0.022 475 0.077 53 0.006 1 0.002 1 0.001 2 0.001 4 0.001 3 0.002 3 0.002 2 0.001 1 0.002 36 0.059 4 0.002 3 0.001 1 0.005 11 0.003 3 0.001 4 0.002 5 0.001 8 0.001 2 0.002 3 0.001 4 0.001 66 8.965 0.091 9.056
25254 C25254T|(surface_glycoprotein:C3692T(T1231I)) 288 1 1321 0.976 315 0.994 119 0.091 475 0.213 91 0.045 297 0.162 501 0.994 41 0.976 99 1 620 0.994 666 0.994 37 0.024 307 0.127 276 0.129 63 0.187 209 0.335 848 0.674 63 0.187 848 0.674 102 0.263 773 0.108 113 0.022 148 0.058 327 0.275 475 0.213 91 0.045 37 0.024 839 0.456 267 0.155 17 0.01 67 0.046 18 0.077 119 0.091 101 0.271 267 0.152 68 0.086 386 0.259 342 0.093 315 0.15 465 0.585 166 0.128 148 0.056 149 0.042 64 0.02 5 0.002 773 0.108 17 0.01 149 0.042 5 0.002 64 0.02 1401 0.512 2 0.002 55 0.064 1 0.001 4 0.002 1 0.002 6 0.002 1 0.002 16 0.029 1 0.001 2 0.002 2 0.002 8 0.003 1 0.002 2 0.001 1 0.002 1 0.001 3 0.001 1 0.002 232 0.047 71 15.157 0.168 15.325
25342 C25342A|(surface_glycoprotein:C3780A(D1260E)) 336 0.866 1313 0.429 98 0.03 70 0.023 211 0.1 266 0.178 168 0.686 451 0.507 969 0.542 248 0.185 175 0.057 86 0.512 70 0.273 588 0.121 530 0.198 70 0.023 3 0.001 211 0.1 248 0.185 1835 0.524 84 0.022 82 0.059 92 0.185 98 0.03 86 0.512 70 0.273 148 0.116 1 0.002 919 0.598 285 0.173 73 0.155 861 0.381 2 0.001 474 0.122 588 0.121 84 0.022 2 0.001 474 0.122 5 0.002 3 0.002 3 0.001 3 0.002 2 0.003 1 0.001 1 0.002 1 0.001 1 0.001 47 8.437 0.013 8.45
25344 C25344T|(surface_glycoprotein:C3782T(S1261F)) 336 0.866 1316 0.429 99 0.029 70 0.023 336 0.158 266 0.177 169 0.69 463 0.519 1014 0.567 250 0.186 180 0.057 87 0.518 72 0.269 592 0.116 531 0.198 70 0.023 336 0.158 250 0.186 2229 0.636 88 0.022 83 0.052 92 0.181 99 0.029 87 0.518 72 0.269 149 0.117 918 0.585 282 0.165 72 0.152 862 0.237 1 0.001 3 0.001 477 0.121 592 0.116 88 0.022 477 0.121 1 0.001 3 0.001 3 0.001 1 0.002 1 0.001 3 0.002 4 0.003 3 0.001 7 0.001 2 0.002 2 0.001 3 0.007 1 0.001 3 0.004 50 8.516 0.026 8.542
25420 RATG13 A25420C|(ORF3a_protein:A28C(I10L)) 156 0.389 2430 0.745 23 0.92 104 0.031 204 0.064 316 0.138 123 0.21 1718 0.981 23 0.958 249 0.984 635 0.67 1366 0.71 71 0.049 386 0.118 165 0.994 10 0.016 10 0.016 43 0.152 600 0.108 279 0.067 175 0.063 204 0.064 217 0.079 316 0.138 71 0.049 36 0.01 4 0.002 87 0.021 201 0.134 97 0.186 104 0.031 165 0.994 43 0.152 4 0.002 78 0.059 16 0.011 931 0.527 914 0.523 75 0.145 996 0.431 759 0.55 12 0.003 279 0.067 21 0.02 41 0.013 478 0.119 22 0.015 600 0.108 87 0.021 478 0.119 41 0.013 22 0.015 21 0.02 3 0.001 3 0.002 1 0.002 142 0.268 5 0.004 9 0.003 1 0.001 4 0.004 1 0.001 62 13.025 0.285 13.31
25689 T25689A|(ORF3a_protein:T297A(A99A)) 170 0.464 1251 0.345 107 0.282 3 0.001 395 0.104 126 0.026 64 0.017 241 0.122 58 0.951 55 0.604 387 0.295 504 0.257 75 0.023 129 0.022 120 0.082 4 0.002 400 0.378 400 0.378 191 0.038 77 0.037 395 0.104 78 0.019 126 0.026 75 0.023 413 0.07 209 0.039 10 0.001 40 0.011 3 0.001 1 0.002 209 0.039 2 0.002 607 0.118 166 0.027 119 0.031 42 0.022 413 0.07 297 0.081 191 0.038 118 0.017 13 0.001 14 0.006 40 0.011 10 0.001 13 0.001 14 0.006 118 0.017 1 0.001 1 0.003 10 0.001 310 0.015 2 0.001 5 0.001 5 0.001 53 0.052 14 0.003 7 0.002 5 0.001 27 0.003 4 0.003 4 0.001 70 0.022 3 0.002 1 0.001 2 0.001 16 0.001 66 5.212 0.114999999999999 5.327
25846 A25846C|(ORF3a_protein:A454C(N152H)) 1093 0.937 5723 0.93 327 0.861 191 0.032 850 0.145 786 0.106 386 0.093 4206 0.994 131 0.992 399 0.823 2640 0.959 2911 0.927 301 0.053 179 0.026 292 0.066 219 0.132 27 0.023 377 0.177 203 0.47 726 0.562 27 0.023 726 0.562 396 0.522 396 0.015 243 0.029 1562 0.245 850 0.145 76 0.012 786 0.106 301 0.053 834 0.061 4797 0.579 586 0.102 83 0.007 142 0.024 603 0.104 167 0.115 191 0.032 203 0.47 396 0.522 587 0.103 57 0.019 153 0.097 1834 0.306 3998 0.312 1382 0.254 1038 0.259 2099 0.365 2186 0.505 834 0.061 1005 0.234 243 0.029 394 0.03 115 0.014 543 0.119 946 0.118 57 0.015 396 0.015 142 0.024 83 0.007 394 0.03 946 0.118 57 0.015 115 0.014 543 0.119 2228 0.198 136 0.075 7 0.001 7 0.001 6 0.001 544 0.04 71 16.416 0.118 16.534
25936 C25936G|(ORF3a_protein:C544G(H182D)) 922 0.996 3386 0.983 138 0.031 120 0.039 510 0.129 240 0.364 2976 0.993 84 0.977 359 0.777 1794 0.994 1551 0.99 233 0.075 57 0.016 148 0.044 144 0.088 203 0.159 248 0.554 247 0.516 445 0.04 70 0.012 1416 0.271 120 0.039 510 0.129 233 0.075 420 0.046 3234 0.528 62 0.021 148 0.035 531 0.153 165 0.153 138 0.031 248 0.554 233 0.513 68 0.023 57 0.024 56 0.055 221 0.104 2838 0.346 853 0.287 389 0.154 1685 0.364 1391 0.594 422 0.046 1029 0.524 69 0.012 165 0.022 581 0.28 928 0.175 56 0.022 445 0.04 148 0.035 165 0.022 928 0.175 56 0.022 581 0.28 6 0.002 177 0.093 7 0.001 8 0.001 1 0.002 60 14.931 0.099 15.03
25979 G25979A|(ORF3a_protein:G587A(G196E)) 840 0.995 3232 0.98 140 0.032 117 0.04 494 0.13 231 0.373 2734 0.994 83 1 320 0.79 1633 0.998 1480 0.991 223 0.075 52 0.015 128 0.043 80 0.087 173 0.188 199 0.594 223 0.519 402 0.039 89 0.016 1365 0.273 117 0.04 494 0.13 223 0.075 427 0.047 2999 0.53 62 0.022 18 0.002 151 0.037 483 0.157 167 0.156 140 0.032 199 0.594 223 0.519 62 0.022 56 0.024 57 0.057 277 0.132 2784 0.346 836 0.289 382 0.154 1498 0.372 1327 0.59 8 0.002 427 0.047 1005 0.526 89 0.016 162 0.022 3 0.001 547 0.281 7 0.002 953 0.183 56 0.024 402 0.039 151 0.037 18 0.002 162 0.022 953 0.183 7 0.002 56 0.024 3 0.001 547 0.281 148 0.006 9 0.002 3 0.007 3 0.003 3 0.001 9 0.001 3 0.001 5 0.001 17 0.001 4 0.002 3 0.001 2 0.001 6 0.001 2 0.002 11 0.001 1 0.001 140 0.101 7 0.002 1 0.002 7 0.002 6 0.001 4 0.002 177 0.026 103 0.03 9 0.001 2 0.002 10 0.002 1 0.001 1 0.001 13 0.002 5 0.001 2 0.003 1 0.003 4 0.001 5 0.002 2 0.006 98 15.202 0.215 15.417
25991 G25991A|(ORF3a_protein:G599A(C200Y)) 838 0.993 3196 0.969 140 0.032 115 0.039 493 0.13 229 0.37 2732 0.993 83 1 321 0.793 1629 0.996 1480 0.991 223 0.075 55 0.016 127 0.042 78 0.084 166 0.18 202 0.603 225 0.523 414 0.04 74 0.013 1366 0.273 115 0.039 11 0.002 493 0.13 223 0.075 429 0.047 3010 0.532 80 0.028 146 0.036 482 0.157 168 0.157 140 0.032 202 0.603 225 0.523 80 0.028 60 0.026 56 0.056 211 0.101 2791 0.347 840 0.29 385 0.155 1503 0.374 1323 0.588 429 0.047 1009 0.528 74 0.013 162 0.022 3 0.001 546 0.28 968 0.186 60 0.025 414 0.04 146 0.036 162 0.022 968 0.186 60 0.025 3 0.001 546 0.28 14 0.002 5 0.001 56 0.057 1 0.001 8 0.001 27 0.002 7 0.001 3 0.002 4 0.001 4 0.001 5 0.001 7 0.001 1 0.001 1 0.001 139 0.1 2 0.001 1 0.002 4 0.001 4 0.002 1 0.001 1 0.001 1 0.001 3 0.002 12 0.002 3 0.004 2 0.001 2 0.005 85 15.176 0.193 15.369
26158 GTTAATCCAGTA26158-26169del|(ORF3a_protein:766-777del(VNPV256-259del)) 7 0.167 12 0.035 9 0.058 5 0.357 16 0.178 19 0.128 3 0.047 29 0.853 29 0.853 3 0.047 100 0.356 9 0.058 12 3.137 0 3.137
26527 C26527A|(membrane_glycoprotein:C5A(A2E)) 67 0.918 1358 0.972 81 0.988 90 0.112 551 0.649 207 0.234 85 0.525 1388 0.994 125 0.984 50 0.962 429 0.955 491 0.901 82 0.251 20 0.021 164 0.34 26 0.082 151 0.476 48 0.361 276 0.899 26 0.082 276 0.899 157 0.692 986 0.202 284 0.085 18 0.016 171 0.275 551 0.649 20 0.055 207 0.234 82 0.251 346 0.17 1002 0.634 122 0.132 2 0.003 27 0.059 90 0.112 48 0.361 157 0.692 121 0.131 43 0.088 3 0.01 251 0.34 526 0.26 224 0.343 128 0.459 484 0.593 478 0.515 195 0.1 346 0.17 18 0.016 18 0.013 114 0.118 114 0.153 986 0.202 2 0.003 18 0.013 114 0.118 114 0.153 1 0.001 1 0.003 1 0.001 1 0.001 2 0.001 1 0.002 1 0.001 2 0.001 1 0.004 1 0.007 68 21.025 0.022 21.0469999999999
26538 G26538T|(membrane_glycoprotein:G16T(G6C)) 67 0.918 1352 0.968 81 0.988 89 0.111 550 0.648 255 0.289 84 0.519 1119 0.802 28 1 51 0.981 430 0.958 512 0.939 82 0.252 20 0.021 166 0.344 25 0.079 151 0.476 48 0.361 273 0.889 25 0.079 273 0.889 157 0.692 992 0.203 285 0.086 18 0.016 169 0.272 550 0.648 20 0.055 255 0.289 82 0.252 348 0.171 1000 0.633 121 0.131 28 0.061 89 0.111 48 0.361 157 0.692 120 0.13 3 0.01 251 0.34 527 0.261 223 0.341 127 0.455 481 0.589 477 0.514 194 0.099 348 0.171 18 0.016 17 0.012 113 0.117 117 0.157 992 0.203 1 0.001 17 0.012 113 0.117 117 0.157 1 0.001 1 0.001 1 0.001 1 0.001 1 0.001 1 0.015 2 0.001 1 0.001 64 20.886 0.022 20.9079999999999
26545 26545-insertGCAACAACTCAGAGT|(membrane_glycoprotein:ATT22-24AGCAACAACTCAGAGTTTinsert(I8SNNSEF)) 71 0.973 1347 0.964 77 0.939 89 0.111 537 0.633 198 0.224 82 0.506 1305 0.935 28 1 51 0.981 434 0.967 525 0.963 80 0.245 20 0.021 154 0.32 99 0.374 33 0.275 181 0.858 181 0.858 156 0.687 960 0.197 263 0.079 16 0.015 166 0.267 537 0.633 20 0.055 198 0.224 80 0.245 342 0.168 942 0.596 117 0.126 27 0.059 89 0.111 33 0.275 156 0.687 116 0.125 3 0.01 246 0.333 513 0.254 201 0.307 125 0.446 401 0.54 455 0.49 189 0.097 342 0.168 16 0.015 17 0.012 112 0.116 112 0.15 960 0.197 17 0.012 112 0.116 112 0.15 53 20.109 0 20.109
26571 C26571G|(membrane_glycoprotein:C49G(L17V)) 20 0.37 533 0.389 75 1 19 0.024 318 0.454 84 0.095 26 0.179 453 0.324 6 0.167 215 0.514 246 0.508 38 0.117 20 0.021 109 0.225 13 0.042 19 0.084 18 0.162 10 0.2 13 0.042 10 0.2 67 0.295 988 0.201 51 0.015 18 0.016 51 0.082 318 0.454 20 0.055 84 0.095 38 0.117 270 0.173 64 0.069 20 0.043 19 0.024 18 0.162 67 0.295 63 0.068 3 0.01 196 0.266 199 0.098 121 0.185 68 0.242 88 0.124 477 0.499 195 0.1 18 0.016 114 0.118 1 0.001 988 0.201 114 0.118 1 0.001 1 0.001 4 0.002 52 9.26 0.003 9.263
26590 T26590C|(membrane_glycoprotein:T68C(V23A)) 33 0.846 432 0.754 75 0.915 19 0.432 469 0.844 86 0.705 44 0.83 456 0.993 11 1 6 0.273 188 0.755 225 0.731 39 0.661 20 0.303 107 0.877 17 0.739 80 0.825 33 0.868 25 0.137 17 0.739 25 0.137 56 0.675 1034 0.705 52 0.196 19 0.264 40 0.678 469 0.844 19 0.452 86 0.705 39 0.661 16 0.052 64 0.66 20 0.571 19 0.432 33 0.868 56 0.675 64 0.64 3 0.375 75 0.355 199 0.858 94 0.671 37 0.402 259 0.734 479 0.899 199 0.771 1 0.02 19 0.26 1034 0.705 1 0.037 1 0.028 1 0.011 2 0.028 1 0.045 2 0.015 4 0.014 1 0.016 1 0.027 57 29.557 0.156 29.7129999999999
27285 T27285G|(ORF6_protein:T84G(N28K)) 579 0.954 2804 0.864 22 0.4 327 0.133 246 0.13 138 0.094 432 0.43 3009 0.926 45 0.849 209 0.718 1956 0.938 2320 0.92 121 0.105 117 0.068 189 0.124 114 0.3 555 0.355 241 0.37 308 0.41 114 0.3 308 0.41 47 0.084 1574 0.2 27 0.004 24 0.009 480 0.272 246 0.13 306 0.088 138 0.094 121 0.105 398 0.078 2373 0.648 432 0.125 84 0.014 80 0.028 85 0.049 44 0.1 327 0.133 241 0.37 47 0.084 437 0.126 21 0.011 76 0.07 640 0.242 2318 0.409 533 0.163 207 0.164 2269 0.389 611 0.173 58 0.023 395 0.077 389 0.052 25 0.009 15 0.002 265 0.05 543 0.07 682 0.067 26 0.005 74 0.055 1574 0.2 80 0.028 84 0.014 15 0.002 26 0.005 682 0.067 74 0.055 265 0.05 543 0.07 1 0.004 1 0.002 2 0.001 2 0.002 5 0.009 97 0.042 1 0.001 77 0.118 2 0.002 1 0.002 5 0.001 212 0.047 80 15.061 0.230999999999999 15.292
27568 T27568A|(ORF7a_protein:T175A(F59I)) 332 0.607 2100 0.789 111 0.037 218 0.165 238 0.191 205 0.184 2420 0.768 36 0.947 397 0.975 1354 0.76 1344 0.725 104 0.085 87 0.066 185 0.131 80 0.308 49 0.047 79 0.266 250 0.306 80 0.308 250 0.306 46 0.282 396 0.112 375 0.083 189 0.145 218 0.165 147 0.039 238 0.191 104 0.085 233 0.099 104 0.022 314 0.115 148 0.017 139 0.104 115 0.106 111 0.037 79 0.266 46 0.282 314 0.115 38 0.179 429 0.262 1394 0.335 203 0.124 18 0.065 306 0.312 226 0.144 233 0.099 375 0.083 52 0.018 3 0.001 367 0.14 1 0.001 396 0.112 139 0.104 148 0.017 367 0.14 1 0.001 52 0.018 3 0.001 1 0.003 1 0.001 63 0.02 1 0.001 257 0.121 63 12.392 0.146 12.538
27634 T27634C|(ORF7a_protein:T241C(S81P)) 12 0.75 83 0.865 22 0.667 5 0.052 19 0.124 30 0.145 57 0.966 2 1 2 0.667 55 0.846 53 0.768 6 0.069 2 0.2 2 0.125 5 0.455 33 0.371 2 0.2 33 0.371 6 0.231 73 0.074 12 0.068 7 0.125 19 0.124 30 0.145 6 0.069 12 0.072 83 0.519 10 0.041 2 0.023 5 0.052 5 0.455 6 0.24 11 0.044 5 0.064 17 0.162 64 0.348 9 0.214 3 0.083 29 0.154 15 0.04 20 0.085 12 0.072 11 0.063 1 0.006 10 0.021 4 0.008 12 0.102 6 0.043 73 0.074 1 0.006 12 0.102 4 0.008 6 0.043 10 0.021 1 0.003 4 0.025 2 0.006 1 0.01 2 0.002 1 0.007 1 0.005 1 0.005 1 0.006 1 0.007 1 0.029 2 0.021 1 0.01 2 0.003 10 0.024 69 12.67 0.135 12.805
28065 AT28065-28066del|(ORF8_protein:172-173del(58fs)) 106 0.139 1845 0.477 224 0.035 340 0.118 103 0.076 2696 0.726 75 0.49 124 0.241 1075 0.275 956 0.235 147 0.054 239 0.114 345 0.358 60 0.098 629 0.431 629 0.431 199 0.028 340 0.118 147 0.054 1708 0.24 91 0.024 224 0.035 60 0.098 139 0.062 193 0.027 25 4.984 0 4.984
28321 G28321T|(nucleocapsid_phosphoprotein:G48T(T16T)) 902 0.774 15862 0.995 460 0.985 556 0.013 1615 0.076 1533 0.146 15011 0.768 339 0.317 570 0.635 5975 0.793 15037 0.993 910 0.049 474 0.012 503 0.039 356 0.111 707 0.169 580 0.256 4122 0.207 356 0.111 4122 0.207 367 0.126 4523 0.054 2409 0.051 268 0.009 1615 0.076 910 0.049 8014 0.277 488 0.009 320 0.007 301 0.011 556 0.013 580 0.256 367 0.124 530 0.01 22 0.002 785 0.047 1781 0.05 1539 0.055 92 0.008 2426 0.046 1133 0.045 454 0.027 1185 0.043 2416 0.051 70 0.001 440 0.007 604 0.006 931 0.017 469 0.023 4523 0.054 320 0.007 70 0.001 931 0.017 604 0.006 469 0.023 440 0.007 1066 0.009 55 0.001 26 0.001 214 0.016 47 0.001 162 0.005 1436 0.026 364 0.017 17 0.001 46 0.001 14 0.001 67 9.28 0.07 9.35
28365 A28365C|(nucleocapsid_phosphoprotein:A92C(E31A)) 672 0.618 10369 0.673 325 0.696 44 0.001 602 0.029 1172 0.118 7191 0.395 209 0.227 544 0.638 4171 0.581 9257 0.634 216 0.012 449 0.012 164 0.055 35 0.009 191 0.098 2324 0.117 164 0.055 2324 0.117 283 0.101 4162 0.052 655 0.014 123 0.004 602 0.029 216 0.012 419 0.008 133 0.005 44 0.001 191 0.098 283 0.101 415 0.008 18 0.002 773 0.047 1361 0.039 1474 0.054 88 0.007 1324 0.046 1062 0.045 446 0.027 1169 0.044 651 0.014 474 0.008 880 0.016 432 0.022 4162 0.052 880 0.016 474 0.008 432 0.022 1024 0.009 12 0.001 214 0.017 51 5.996 0.018 6.014
linked 28382 RATG13 T28382C|(nucleocapsid_phosphoprotein:T109C(S37P)) 872 0.801 15335 0.997 466 0.998 582 0.014 1578 0.076 30 0.001 1482 0.149 14030 0.772 328 0.356 547 0.642 5720 0.796 14522 0.995 910 0.05 515 0.013 42 0.001 484 0.041 357 0.119 709 0.189 577 0.296 3498 0.176 357 0.119 3498 0.176 362 0.13 4008 0.051 115 0.002 2491 0.055 280 0.01 1578 0.076 81 0.002 30 0.001 910 0.05 109 0.003 7547 0.279 532 0.01 149 0.002 368 0.008 312 0.012 21 0.002 582 0.014 577 0.296 362 0.13 528 0.01 18 0.001 36 0.003 796 0.048 1791 0.051 1492 0.055 109 0.009 1955 0.068 1091 0.046 484 0.029 109 0.003 1217 0.046 2489 0.055 93 0.002 126 0.002 450 0.011 536 0.009 1847 0.034 710 0.036 4008 0.051 368 0.008 149 0.002 93 0.002 1847 0.034 536 0.009 710 0.036 126 0.002 450 0.011 1189 0.01 57 0.001 48 0.001 14 0.001 12 0.001 33 0.001 58 0.002 102 0.001 23 0.001 67 0.001 65 0.003 64 0.001 320 0.003 17 0.001 57 0.001 53 0.001 45 0.001 232 0.018 74 0.002 33 0.002 22 0.001 24 0.001 67 0.002 181 0.002 66 0.002 89 0.002 73 0.002 84 0.002 85 0.002 57 0.003 9 0.002 52 0.001 62 0.001 55 0.001 69 0.001 26 0.002 9 0.001 21 0.002 27 0.003 23 0.001 93 0.001 123 0.002 42 0.002 48 0.003 78 0.002 61 0.002 21 0.002 8 0.001 34 0.001 140 0.004 74 0.001 37 0.002 45 0.001 69 0.002 105 0.002 28 0.002 11 0.001 70 0.001 45 0.002 4 0.002 16 0.002 23 0.003 79 0.002 94 0.002 80 0.003 33 0.001 37 0.002 49 0.001 35 0.002 32 0.002 3 0.002 2588 0.136 84 0.002 37 0.001 104 0.002 12 0.001 15 0.001 43 0.001 19 0.002 36 0.002 114 0.002 198 0.001 22 0.001 60 0.002 153 9.595 0.287 9.882
29249 C29249T|(nucleocapsid_phosphoprotein:C976T(P326S)) 464 0.947 3380 0.98 457 0.956 97 0.023 532 0.214 427 0.145 736 0.512 1061 0.994 78 1 358 0.994 1638 0.98 3440 0.977 123 0.092 4 0.001 51 0.027 266 0.165 56 0.268 77 0.148 584 0.541 56 0.268 584 0.541 125 0.363 1546 0.236 67 0.014 92 0.031 507 0.186 532 0.214 215 0.042 427 0.145 123 0.092 389 0.16 1625 0.548 179 0.045 8 0.002 96 0.036 24 0.021 78 0.065 97 0.023 125 0.363 179 0.045 28 0.032 869 0.252 1673 0.338 1000 0.415 19 0.028 899 0.29 592 0.201 26 0.008 389 0.16 92 0.031 115 0.029 53 0.015 496 0.097 109 0.057 1546 0.236 96 0.036 8 0.002 115 0.029 496 0.097 53 0.015 109 0.057 839 0.133 1 0.001 5 0.002 80 0.028 3 0.001 5 0.001 87 0.057 4 0.001 1 0.001 1 0.001 32 0.04 5 0.002 4 0.001 7 0.002 2 0.001 4 0.002 5 0.001 6 0.002 5 0.001 5 0.001 4 0.001 2 0.001 230 0.046 84 15.962 0.194 16.156
29390 29390-insertAAG|(nucleocapsid_phosphoprotein:1117insertAAG(373K)) 153 0.17 1197 0.253 345 0.212 22 0.004 498 0.103 193 0.039 751 0.293 53 0.108 752 0.227 1344 0.247 167 0.074 295 0.085 105 0.172 49 0.045 12 0.023 955 0.477 105 0.172 955 0.477 238 0.024 514 0.109 498 0.103 167 0.074 2498 0.537 22 0.01 22 0.004 12 0.023 68 0.011 238 0.024 68 0.011 29 4.111 0 4.111
29512 T29512A|(nucleocapsid_phosphoprotein:T1239A(S413R)) 656 0.265 3335 0.34 1264 0.565 53 0.011 858 0.111 825 0.096 978 0.165 1664 0.341 86 0.306 375 0.214 2224 0.255 3828 0.264 62 0.022 206 0.083 302 0.095 371 0.216 132 0.261 212 0.125 3433 0.273 228 0.045 488 0.097 858 0.111 280 0.031 825 0.096 62 0.022 473 0.084 37 0.003 263 0.037 92 0.011 170 0.041 48 0.047 53 0.011 132 0.261 212 0.125 263 0.037 184 0.079 69 0.034 651 0.129 3101 0.257 1825 0.319 124 0.064 1916 0.202 2063 0.191 332 0.047 473 0.084 907 0.114 228 0.045 257 0.039 629 0.038 257 0.03 170 0.04 3433 0.273 170 0.041 92 0.011 257 0.039 257 0.03 629 0.038 170 0.04 1451 0.372 132 0.04 4 0.001 47 0.038 176 0.024 63 7.623 0.103 7.726
29758 RATG13 T29758G 978 0.979 2763 0.998 626 0.997 168 0.151 1970 0.608 755 0.549 953 0.404 1160 0.998 94 1 530 1 2866 0.997 6162 1 487 0.422 388 0.238 1163 0.667 33 0.138 1170 0.655 93 0.477 881 0.999 33 0.138 881 0.999 2263 0.926 4496 0.71 483 0.109 97 0.066 1337 0.578 1970 0.608 163 0.052 755 0.549 487 0.422 1095 0.23 2410 0.564 371 0.148 276 0.053 85 0.145 151 0.281 168 0.151 93 0.477 2302 0.926 388 0.15 99 0.046 336 0.294 1134 0.311 3260 0.706 2521 0.769 139 0.191 5782 0.533 1435 0.255 731 0.17 1110 0.231 7942 0.516 101 0.067 314 0.126 510 0.121 2625 0.339 814 0.161 147 0.141 4496 0.71 85 0.145 276 0.053 314 0.126 814 0.161 2625 0.339 147 0.141 510 0.121 1776 0.124 240 0.202 251 0.1 1 0.001 1145 0.337 70 28.456 0.64 29.096
29828 G29828T 46 0.05 231 0.085 109 0.178 78 0.072 654 0.209 39 0.029 82 0.169 252 0.096 628 0.104 17 0.015 60 0.032 130 0.057 989 0.167 191 0.086 654 0.209 39 0.029 17 0.015 360 0.077 25 0.006 29 0.051 1 0.002 78 0.072 129 0.057 88 0.041 72 0.064 193 0.054 1068 0.244 616 0.2 868 0.155 231 0.056 360 0.077 89 0.037 315 0.076 189 0.038 989 0.167 29 0.051 89 0.037 189 0.038 315 0.076 1 0.001 1 0.003 1 0.001 2 0.001 1 0.026 44 3.278 0.032 3.31
linked 29832 T29832A 235 0.255 764 0.282 238 0.39 78 0.072 1168 0.373 263 0.196 143 0.064 201 0.187 167 0.344 796 0.304 1939 0.321 121 0.11 34 0.022 268 0.145 83 0.094 83 0.094 545 0.239 2142 0.362 169 0.039 42 0.029 487 0.219 1168 0.373 263 0.196 121 0.11 359 0.076 290 0.072 44 0.018 67 0.013 53 0.093 1 0.002 78 0.072 544 0.239 44 0.018 88 0.041 110 0.098 278 0.078 1207 0.276 618 0.2 82 0.114 1107 0.197 155 0.043 374 0.091 359 0.076 884 0.064 42 0.029 116 0.048 315 0.076 410 0.083 2142 0.362 53 0.093 67 0.013 116 0.048 410 0.083 315 0.076 1 0.001 1 0.002 1 0.001 108 0.043 1 0.002 2 0.004 1 0.001 504 0.151 62 7.612 0.205 7.817